# TARGET T0309 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.014 0.651 0.003 0.024 0.136 0.001 0.001 0.002 0.053 0.057 0.017 0.037 2 A 0.005 0.016 0.551 0.003 0.032 0.169 0.001 0.001 0.003 0.060 0.096 0.025 0.039 3 S 0.007 0.013 0.409 0.013 0.046 0.188 0.001 0.001 0.003 0.120 0.129 0.023 0.049 4 K 0.007 0.006 0.280 0.007 0.040 0.218 0.001 0.001 0.003 0.244 0.102 0.056 0.035 5 K 0.018 0.013 0.394 0.004 0.037 0.158 0.004 0.001 0.012 0.085 0.092 0.054 0.129 6 V 0.051 0.030 0.284 0.013 0.032 0.145 0.010 0.004 0.041 0.052 0.057 0.052 0.229 7 H 0.093 0.008 0.218 0.064 0.022 0.093 0.014 0.004 0.039 0.112 0.049 0.200 0.086 8 Q 0.129 0.011 0.127 0.017 0.014 0.073 0.049 0.021 0.118 0.051 0.027 0.051 0.313 9 I 0.138 0.018 0.120 0.014 0.007 0.054 0.047 0.042 0.114 0.046 0.021 0.282 0.098 10 N 0.091 0.020 0.259 0.017 0.006 0.038 0.032 0.032 0.152 0.046 0.032 0.061 0.214 11 V 0.062 0.018 0.290 0.018 0.025 0.075 0.024 0.032 0.136 0.060 0.077 0.066 0.116 12 K 0.038 0.010 0.185 0.033 0.050 0.083 0.012 0.024 0.053 0.179 0.217 0.063 0.052 13 G 0.034 0.011 0.164 0.028 0.045 0.037 0.013 0.014 0.048 0.277 0.204 0.052 0.074 14 F 0.068 0.029 0.267 0.026 0.052 0.037 0.018 0.012 0.039 0.105 0.121 0.072 0.154 15 F 0.098 0.038 0.245 0.036 0.024 0.036 0.030 0.011 0.035 0.105 0.072 0.130 0.141 16 D 0.085 0.018 0.246 0.041 0.038 0.045 0.018 0.004 0.027 0.131 0.084 0.110 0.152 17 M 0.061 0.011 0.262 0.027 0.048 0.083 0.013 0.003 0.019 0.167 0.119 0.061 0.125 18 D 0.047 0.017 0.333 0.014 0.049 0.082 0.009 0.002 0.015 0.135 0.094 0.096 0.106 19 V 0.068 0.012 0.214 0.031 0.074 0.140 0.013 0.002 0.020 0.068 0.082 0.025 0.250 20 M 0.129 0.006 0.158 0.042 0.043 0.129 0.021 0.003 0.020 0.070 0.055 0.233 0.091 21 E 0.116 0.012 0.136 0.004 0.029 0.149 0.022 0.003 0.035 0.025 0.033 0.169 0.267 22 V 0.078 0.016 0.217 0.016 0.017 0.130 0.019 0.002 0.024 0.046 0.029 0.066 0.341 23 T 0.075 0.014 0.296 0.038 0.009 0.102 0.010 0.001 0.024 0.062 0.030 0.148 0.192 24 E 0.045 0.007 0.147 0.009 0.031 0.254 0.008 0.001 0.009 0.129 0.115 0.078 0.165 25 Q 0.029 0.006 0.283 0.012 0.033 0.195 0.006 0.001 0.007 0.101 0.115 0.087 0.126 26 T 0.031 0.014 0.424 0.047 0.021 0.100 0.006 0.001 0.007 0.081 0.059 0.041 0.167 27 K 0.028 0.014 0.314 0.006 0.021 0.137 0.004 0.001 0.012 0.087 0.068 0.227 0.081 28 E 0.039 0.011 0.294 0.020 0.016 0.075 0.008 0.001 0.009 0.053 0.039 0.018 0.417 29 A 0.045 0.007 0.288 0.022 0.025 0.084 0.008 0.001 0.012 0.077 0.034 0.332 0.066 30 E 0.072 0.010 0.216 0.009 0.026 0.113 0.014 0.002 0.019 0.044 0.051 0.042 0.382 31 Y 0.060 0.016 0.254 0.013 0.015 0.093 0.015 0.001 0.020 0.091 0.049 0.294 0.079 32 T 0.043 0.016 0.322 0.003 0.009 0.124 0.010 0.002 0.028 0.061 0.054 0.026 0.301 33 Y 0.024 0.011 0.265 0.002 0.007 0.203 0.004 0.001 0.012 0.219 0.059 0.166 0.026 34 D 0.007 0.018 0.498 0.001 0.005 0.269 0.001 0.001 0.006 0.058 0.028 0.009 0.100 35 F 0.003 0.002 0.038 0.001 0.013 0.897 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.005 0.005 36 K 0.001 0.001 0.012 0.001 0.018 0.939 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.001 0.002 37 E 0.003 0.001 0.009 0.001 0.018 0.939 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.003 0.005 38 I 0.002 0.003 0.012 0.001 0.011 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.002 0.005 39 L 0.002 0.002 0.025 0.001 0.016 0.904 0.001 0.001 0.002 0.009 0.032 0.001 0.007 40 S 0.001 0.004 0.013 0.001 0.042 0.831 0.001 0.001 0.001 0.011 0.088 0.004 0.003 41 E 0.001 0.002 0.026 0.001 0.067 0.696 0.001 0.001 0.001 0.024 0.174 0.001 0.007 42 F 0.003 0.009 0.075 0.001 0.060 0.570 0.001 0.001 0.001 0.061 0.199 0.012 0.010 43 N 0.001 0.008 0.139 0.003 0.019 0.155 0.001 0.001 0.001 0.120 0.542 0.004 0.008 44 G 0.001 0.004 0.246 0.009 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.337 0.372 0.005 0.008 45 K 0.004 0.015 0.483 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.366 0.049 0.041 0.023 46 N 0.016 0.034 0.512 0.015 0.005 0.001 0.005 0.001 0.023 0.137 0.037 0.028 0.187 47 V 0.066 0.013 0.441 0.046 0.004 0.001 0.025 0.002 0.050 0.073 0.013 0.173 0.092 48 S 0.222 0.010 0.139 0.007 0.002 0.001 0.088 0.005 0.065 0.026 0.004 0.114 0.318 49 I 0.372 0.004 0.067 0.011 0.001 0.001 0.078 0.009 0.053 0.018 0.002 0.224 0.161 50 T 0.331 0.005 0.076 0.005 0.001 0.001 0.073 0.009 0.066 0.008 0.002 0.213 0.212 51 V 0.224 0.011 0.117 0.018 0.002 0.002 0.054 0.005 0.044 0.010 0.004 0.079 0.430 52 K 0.148 0.006 0.274 0.078 0.005 0.002 0.025 0.002 0.030 0.043 0.018 0.199 0.170 53 E 0.096 0.015 0.219 0.013 0.012 0.002 0.014 0.001 0.021 0.066 0.025 0.192 0.324 54 E 0.026 0.014 0.219 0.020 0.103 0.012 0.004 0.001 0.010 0.096 0.233 0.051 0.210 55 N 0.013 0.004 0.205 0.036 0.057 0.009 0.001 0.001 0.004 0.211 0.327 0.098 0.034 56 E 0.025 0.022 0.243 0.018 0.027 0.008 0.004 0.001 0.009 0.261 0.149 0.016 0.216 57 L 0.024 0.014 0.248 0.003 0.004 0.004 0.004 0.001 0.013 0.172 0.012 0.444 0.056 58 P 0.030 0.028 0.498 0.023 0.009 0.006 0.007 0.001 0.019 0.044 0.026 0.016 0.294 59 V 0.082 0.028 0.366 0.008 0.029 0.022 0.020 0.006 0.051 0.035 0.040 0.171 0.141 60 K 0.035 0.018 0.173 0.191 0.030 0.026 0.010 0.006 0.043 0.140 0.176 0.067 0.084 61 G 0.056 0.006 0.176 0.099 0.023 0.009 0.016 0.008 0.051 0.146 0.202 0.105 0.103 62 V 0.105 0.026 0.248 0.020 0.009 0.008 0.055 0.019 0.084 0.027 0.008 0.077 0.315 63 E 0.081 0.035 0.148 0.011 0.006 0.008 0.061 0.034 0.197 0.014 0.008 0.275 0.123 64 M 0.053 0.025 0.270 0.017 0.018 0.024 0.045 0.026 0.114 0.037 0.032 0.066 0.273 65 A 0.010 0.016 0.264 0.033 0.024 0.036 0.008 0.009 0.024 0.109 0.378 0.054 0.035 66 G 0.003 0.005 0.247 0.006 0.012 0.011 0.001 0.001 0.004 0.383 0.299 0.009 0.019 67 D 0.001 0.017 0.557 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.003 0.341 0.019 0.025 0.019 68 P 0.002 0.032 0.282 0.003 0.081 0.162 0.001 0.001 0.003 0.130 0.250 0.007 0.046 69 L 0.008 0.014 0.174 0.006 0.167 0.289 0.002 0.001 0.004 0.081 0.213 0.024 0.018 70 E 0.011 0.020 0.218 0.013 0.196 0.262 0.002 0.001 0.005 0.093 0.122 0.017 0.039 71 H 0.016 0.023 0.215 0.005 0.137 0.281 0.004 0.001 0.007 0.089 0.144 0.026 0.052 72 H 0.020 0.022 0.206 0.008 0.095 0.246 0.003 0.001 0.005 0.122 0.185 0.038 0.048 73 H 0.017 0.025 0.263 0.007 0.078 0.149 0.002 0.001 0.004 0.146 0.221 0.030 0.056 74 H 0.010 0.020 0.289 0.006 0.045 0.121 0.002 0.001 0.003 0.165 0.264 0.034 0.041 75 H 0.005 0.017 0.500 0.002 0.027 0.066 0.001 0.001 0.002 0.148 0.189 0.012 0.030 76 H 0.001 0.008 0.835 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.001 0.093 0.019 0.010 0.012