# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.097 0.241 0.018 0.020 0.029 0.075 0.123 0.396 2 A 0.082 0.258 0.010 0.029 0.035 0.068 0.068 0.451 3 S 0.056 0.172 0.011 0.012 0.035 0.076 0.137 0.501 4 K 0.029 0.137 0.028 0.036 0.043 0.112 0.156 0.458 5 K 0.107 0.120 0.052 0.055 0.089 0.098 0.137 0.342 6 V 0.055 0.040 0.055 0.033 0.044 0.108 0.161 0.505 7 H 0.018 0.046 0.150 0.078 0.144 0.107 0.094 0.362 8 Q 0.016 0.018 0.166 0.052 0.108 0.078 0.086 0.475 9 I 0.009 0.011 0.211 0.144 0.083 0.121 0.072 0.349 10 N 0.072 0.022 0.251 0.047 0.061 0.118 0.097 0.331 11 V 0.103 0.023 0.057 0.031 0.030 0.135 0.098 0.523 12 K 0.026 0.016 0.148 0.026 0.051 0.107 0.081 0.544 13 G 0.057 0.042 0.151 0.027 0.076 0.107 0.139 0.400 14 F 0.021 0.027 0.170 0.083 0.074 0.121 0.080 0.424 15 F 0.035 0.048 0.212 0.053 0.064 0.097 0.059 0.431 16 D 0.118 0.244 0.044 0.026 0.056 0.104 0.087 0.320 17 M 0.051 0.123 0.082 0.026 0.045 0.122 0.066 0.485 18 D 0.127 0.217 0.048 0.048 0.079 0.087 0.088 0.306 19 V 0.042 0.085 0.056 0.031 0.061 0.076 0.326 0.323 20 M 0.013 0.118 0.066 0.114 0.183 0.081 0.186 0.239 21 E 0.043 0.104 0.044 0.113 0.202 0.064 0.092 0.338 22 V 0.040 0.044 0.035 0.115 0.117 0.078 0.209 0.362 23 T 0.075 0.123 0.032 0.070 0.106 0.077 0.245 0.273 24 E 0.042 0.108 0.019 0.040 0.056 0.104 0.044 0.586 25 Q 0.044 0.123 0.011 0.021 0.028 0.078 0.026 0.670 26 T 0.186 0.398 0.013 0.021 0.021 0.051 0.095 0.215 27 K 0.074 0.297 0.012 0.025 0.042 0.082 0.076 0.393 28 E 0.047 0.068 0.023 0.026 0.055 0.061 0.332 0.388 29 A 0.036 0.129 0.019 0.086 0.087 0.081 0.268 0.296 30 E 0.020 0.066 0.034 0.068 0.161 0.083 0.072 0.497 31 Y 0.025 0.147 0.036 0.102 0.163 0.079 0.058 0.391 32 T 0.033 0.339 0.033 0.046 0.070 0.071 0.052 0.357 33 Y 0.020 0.358 0.038 0.084 0.052 0.071 0.038 0.338 34 D 0.013 0.891 0.006 0.006 0.006 0.010 0.017 0.053 35 F 0.044 0.917 0.002 0.001 0.002 0.003 0.018 0.013 36 K 0.028 0.454 0.016 0.012 0.012 0.016 0.401 0.060 37 E 0.020 0.579 0.010 0.010 0.012 0.022 0.233 0.114 38 I 0.091 0.450 0.037 0.026 0.039 0.052 0.109 0.197 39 L 0.111 0.105 0.034 0.057 0.077 0.096 0.193 0.328 40 S 0.059 0.025 0.026 0.038 0.045 0.078 0.162 0.567 41 E 0.116 0.007 0.011 0.011 0.020 0.128 0.034 0.674 42 F 0.371 0.003 0.008 0.010 0.008 0.083 0.038 0.479 43 N 0.056 0.003 0.005 0.004 0.010 0.103 0.010 0.809 44 G 0.007 0.001 0.012 0.003 0.021 0.075 0.012 0.868 45 K 0.018 0.004 0.077 0.163 0.192 0.132 0.041 0.374 46 N 0.009 0.002 0.083 0.146 0.162 0.062 0.061 0.475 47 V 0.004 0.004 0.100 0.245 0.302 0.042 0.033 0.270 48 S 0.004 0.006 0.163 0.191 0.415 0.031 0.020 0.170 49 I 0.005 0.009 0.105 0.396 0.282 0.023 0.022 0.158 50 T 0.015 0.045 0.178 0.288 0.294 0.021 0.045 0.114 51 V 0.036 0.024 0.132 0.183 0.229 0.046 0.120 0.230 52 K 0.209 0.021 0.099 0.143 0.099 0.062 0.133 0.233 53 E 0.314 0.018 0.012 0.028 0.043 0.047 0.046 0.492 54 E 0.030 0.002 0.010 0.011 0.028 0.090 0.017 0.811 55 N 0.014 0.005 0.022 0.069 0.161 0.093 0.031 0.604 56 E 0.011 0.002 0.013 0.033 0.058 0.080 0.018 0.786 57 L 0.007 0.002 0.069 0.219 0.121 0.118 0.031 0.432 58 P 0.044 0.009 0.037 0.040 0.056 0.103 0.038 0.673 59 V 0.224 0.030 0.039 0.038 0.032 0.087 0.091 0.459 60 K 0.038 0.035 0.119 0.038 0.061 0.115 0.035 0.560 61 G 0.055 0.037 0.096 0.027 0.078 0.078 0.113 0.517 62 V 0.039 0.021 0.195 0.131 0.103 0.085 0.104 0.323 63 E 0.131 0.012 0.148 0.075 0.127 0.083 0.054 0.370 64 M 0.203 0.010 0.039 0.042 0.047 0.109 0.055 0.496 65 A 0.008 0.007 0.020 0.012 0.027 0.128 0.013 0.785 66 G 0.015 0.010 0.009 0.006 0.012 0.077 0.011 0.861 67 D 0.189 0.152 0.018 0.046 0.023 0.102 0.103 0.367 68 P 0.185 0.253 0.019 0.014 0.019 0.086 0.061 0.363 69 L 0.220 0.187 0.020 0.019 0.030 0.070 0.076 0.377 70 E 0.124 0.100 0.023 0.034 0.042 0.094 0.084 0.498 71 H 0.097 0.061 0.020 0.022 0.043 0.101 0.085 0.571 72 H 0.102 0.042 0.030 0.043 0.076 0.126 0.081 0.501 73 H 0.105 0.015 0.023 0.030 0.050 0.105 0.052 0.620 74 H 0.061 0.010 0.016 0.027 0.044 0.112 0.043 0.686 75 H 0.030 0.009 0.017 0.026 0.052 0.120 0.041 0.704 76 H 0.045 0.012 0.021 0.037 0.062 0.112 0.049 0.663