# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.111 0.082 0.077 0.120 0.102 0.106 0.145 0.098 0.074 0.052 0.033 2 A 0.103 0.108 0.068 0.109 0.106 0.115 0.145 0.102 0.073 0.044 0.028 3 S 0.137 0.152 0.136 0.184 0.130 0.095 0.072 0.041 0.030 0.015 0.007 4 K 0.090 0.069 0.097 0.128 0.125 0.129 0.143 0.075 0.064 0.048 0.032 5 K 0.118 0.125 0.082 0.209 0.152 0.113 0.101 0.049 0.030 0.015 0.006 6 V 0.016 0.017 0.026 0.050 0.054 0.080 0.161 0.150 0.167 0.158 0.121 7 H 0.026 0.040 0.053 0.087 0.091 0.115 0.184 0.133 0.116 0.091 0.065 8 Q 0.050 0.076 0.113 0.204 0.160 0.119 0.110 0.068 0.050 0.034 0.016 9 I 0.016 0.013 0.018 0.026 0.039 0.069 0.144 0.158 0.185 0.187 0.146 10 N 0.095 0.169 0.057 0.210 0.157 0.110 0.087 0.055 0.034 0.017 0.010 11 V 0.014 0.015 0.011 0.025 0.032 0.053 0.121 0.135 0.194 0.218 0.183 12 K 0.158 0.140 0.069 0.188 0.161 0.107 0.077 0.040 0.030 0.018 0.012 13 G 0.090 0.076 0.054 0.137 0.114 0.117 0.144 0.090 0.090 0.059 0.031 14 F 0.034 0.033 0.025 0.070 0.076 0.091 0.148 0.134 0.139 0.133 0.117 15 F 0.018 0.026 0.018 0.044 0.051 0.078 0.163 0.150 0.180 0.146 0.126 16 D 0.047 0.076 0.076 0.178 0.140 0.116 0.130 0.082 0.068 0.051 0.036 17 M 0.049 0.036 0.042 0.079 0.081 0.101 0.166 0.115 0.127 0.112 0.092 18 D 0.089 0.128 0.052 0.168 0.136 0.114 0.124 0.076 0.062 0.033 0.018 19 V 0.027 0.031 0.025 0.068 0.069 0.091 0.178 0.134 0.158 0.126 0.094 20 M 0.099 0.067 0.077 0.126 0.119 0.111 0.151 0.092 0.074 0.053 0.032 21 E 0.106 0.133 0.140 0.240 0.151 0.097 0.074 0.033 0.017 0.007 0.003 22 V 0.020 0.025 0.049 0.043 0.047 0.075 0.158 0.148 0.183 0.149 0.102 23 T 0.096 0.111 0.123 0.168 0.157 0.138 0.119 0.045 0.026 0.012 0.005 24 E 0.098 0.108 0.288 0.207 0.114 0.081 0.059 0.022 0.013 0.007 0.002 25 Q 0.077 0.093 0.156 0.156 0.117 0.137 0.155 0.064 0.028 0.013 0.005 26 T 0.071 0.079 0.141 0.129 0.093 0.111 0.162 0.089 0.066 0.040 0.019 27 K 0.081 0.095 0.230 0.149 0.119 0.121 0.110 0.047 0.027 0.015 0.005 28 E 0.060 0.102 0.275 0.230 0.140 0.094 0.060 0.021 0.011 0.005 0.002 29 A 0.047 0.036 0.097 0.083 0.076 0.125 0.227 0.123 0.092 0.064 0.029 30 E 0.087 0.107 0.214 0.232 0.134 0.095 0.074 0.027 0.017 0.009 0.004 31 Y 0.018 0.032 0.097 0.068 0.065 0.115 0.215 0.135 0.117 0.093 0.046 32 T 0.057 0.095 0.155 0.208 0.156 0.123 0.109 0.050 0.026 0.015 0.007 33 Y 0.108 0.061 0.096 0.086 0.076 0.113 0.155 0.119 0.092 0.062 0.031 34 D 0.120 0.201 0.124 0.222 0.138 0.085 0.056 0.029 0.015 0.007 0.003 35 F 0.015 0.020 0.019 0.030 0.035 0.063 0.159 0.138 0.195 0.179 0.146 36 K 0.106 0.088 0.092 0.202 0.183 0.131 0.102 0.040 0.031 0.018 0.009 37 E 0.082 0.085 0.197 0.243 0.139 0.100 0.084 0.033 0.022 0.011 0.004 38 I 0.005 0.010 0.018 0.039 0.043 0.067 0.195 0.184 0.163 0.159 0.117 39 L 0.006 0.007 0.017 0.019 0.027 0.048 0.135 0.163 0.213 0.199 0.166 40 S 0.056 0.072 0.278 0.209 0.139 0.091 0.074 0.031 0.025 0.016 0.008 41 E 0.074 0.092 0.155 0.196 0.165 0.129 0.106 0.043 0.024 0.013 0.005 42 F 0.029 0.021 0.014 0.028 0.035 0.062 0.166 0.171 0.189 0.161 0.124 43 N 0.187 0.199 0.055 0.176 0.120 0.089 0.080 0.049 0.026 0.013 0.007 44 G 0.176 0.106 0.117 0.110 0.106 0.092 0.084 0.064 0.066 0.048 0.032 45 K 0.209 0.148 0.066 0.178 0.137 0.097 0.084 0.035 0.024 0.013 0.008 46 N 0.143 0.115 0.052 0.149 0.122 0.100 0.110 0.077 0.067 0.043 0.023 47 V 0.017 0.020 0.012 0.032 0.045 0.073 0.151 0.165 0.177 0.165 0.142 48 S 0.142 0.173 0.102 0.213 0.146 0.094 0.056 0.035 0.022 0.010 0.005 49 I 0.021 0.016 0.019 0.037 0.050 0.078 0.150 0.150 0.175 0.173 0.132 50 T 0.125 0.160 0.062 0.195 0.152 0.105 0.091 0.052 0.033 0.016 0.010 51 V 0.026 0.023 0.021 0.048 0.044 0.060 0.146 0.132 0.192 0.176 0.133 52 K 0.141 0.131 0.117 0.184 0.154 0.098 0.081 0.037 0.027 0.018 0.011 53 E 0.124 0.140 0.100 0.213 0.124 0.097 0.102 0.046 0.031 0.016 0.007 54 E 0.105 0.092 0.073 0.132 0.125 0.119 0.145 0.085 0.058 0.041 0.025 55 N 0.196 0.129 0.095 0.146 0.106 0.095 0.105 0.052 0.041 0.023 0.012 56 E 0.249 0.149 0.149 0.187 0.124 0.066 0.038 0.019 0.011 0.005 0.002 57 L 0.044 0.029 0.028 0.038 0.059 0.104 0.179 0.171 0.148 0.115 0.085 58 P 0.119 0.232 0.082 0.193 0.127 0.091 0.067 0.044 0.026 0.012 0.008 59 V 0.027 0.028 0.024 0.048 0.060 0.086 0.153 0.147 0.151 0.151 0.125 60 K 0.182 0.164 0.061 0.171 0.145 0.099 0.072 0.047 0.030 0.017 0.011 61 G 0.114 0.100 0.043 0.166 0.145 0.124 0.112 0.076 0.070 0.034 0.016 62 V 0.019 0.012 0.013 0.029 0.035 0.046 0.104 0.108 0.184 0.220 0.229 63 E 0.050 0.070 0.057 0.190 0.153 0.123 0.161 0.079 0.059 0.037 0.022 64 M 0.012 0.024 0.052 0.072 0.063 0.074 0.156 0.133 0.139 0.154 0.121 65 A 0.056 0.079 0.060 0.119 0.122 0.134 0.170 0.114 0.072 0.047 0.028 66 G 0.271 0.164 0.087 0.145 0.110 0.079 0.054 0.038 0.030 0.015 0.006 67 D 0.243 0.127 0.048 0.106 0.111 0.107 0.101 0.066 0.049 0.027 0.015 68 P 0.230 0.190 0.048 0.139 0.114 0.085 0.077 0.051 0.038 0.018 0.010 69 L 0.055 0.042 0.029 0.058 0.068 0.090 0.152 0.131 0.149 0.123 0.102 70 E 0.139 0.156 0.130 0.225 0.148 0.088 0.059 0.026 0.016 0.008 0.005 71 H 0.042 0.047 0.060 0.121 0.102 0.115 0.178 0.108 0.099 0.079 0.049 72 H 0.071 0.066 0.063 0.116 0.106 0.110 0.158 0.105 0.092 0.068 0.045 73 H 0.090 0.087 0.084 0.152 0.116 0.113 0.139 0.083 0.068 0.044 0.024 74 H 0.099 0.099 0.099 0.141 0.124 0.115 0.124 0.078 0.059 0.040 0.024 75 H 0.141 0.120 0.073 0.133 0.113 0.109 0.123 0.076 0.058 0.034 0.020 76 H 0.195 0.135 0.079 0.140 0.110 0.093 0.096 0.059 0.047 0.028 0.017