# TARGET T0309 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.601 0.067 0.087 0.144 0.023 0.021 0.025 0.007 0.021 0.003 0.001 2 A 0.688 0.061 0.121 0.074 0.016 0.014 0.012 0.003 0.006 0.005 0.001 3 S 0.557 0.075 0.136 0.156 0.029 0.019 0.014 0.005 0.006 0.003 0.001 4 K 0.382 0.195 0.192 0.101 0.062 0.015 0.028 0.007 0.016 0.002 0.001 5 K 0.298 0.254 0.265 0.067 0.019 0.052 0.021 0.003 0.021 0.001 0.001 6 V 0.142 0.468 0.257 0.023 0.014 0.054 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 7 H 0.304 0.349 0.090 0.133 0.042 0.034 0.011 0.001 0.034 0.001 0.001 8 Q 0.076 0.418 0.302 0.041 0.049 0.055 0.015 0.001 0.039 0.001 0.003 9 I 0.058 0.610 0.209 0.027 0.038 0.026 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 10 N 0.042 0.223 0.275 0.027 0.031 0.246 0.056 0.003 0.094 0.002 0.001 11 V 0.112 0.432 0.179 0.092 0.024 0.085 0.006 0.002 0.066 0.001 0.001 12 K 0.181 0.171 0.320 0.135 0.033 0.034 0.071 0.010 0.030 0.013 0.001 13 G 0.059 0.046 0.062 0.040 0.222 0.008 0.168 0.308 0.003 0.082 0.001 14 F 0.163 0.390 0.129 0.155 0.076 0.029 0.016 0.005 0.032 0.003 0.001 15 F 0.073 0.452 0.247 0.034 0.099 0.031 0.020 0.004 0.029 0.010 0.001 16 D 0.166 0.185 0.281 0.110 0.021 0.154 0.033 0.004 0.040 0.003 0.003 17 M 0.119 0.410 0.227 0.054 0.115 0.015 0.021 0.004 0.032 0.003 0.001 18 D 0.151 0.173 0.433 0.032 0.020 0.130 0.029 0.002 0.020 0.002 0.007 19 V 0.113 0.618 0.170 0.033 0.024 0.025 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 20 M 0.086 0.595 0.151 0.023 0.062 0.020 0.009 0.001 0.051 0.001 0.001 21 E 0.050 0.226 0.622 0.007 0.012 0.067 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 22 V 0.134 0.515 0.220 0.026 0.028 0.053 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 23 T 0.344 0.323 0.116 0.121 0.061 0.015 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 24 E 0.268 0.291 0.195 0.044 0.137 0.019 0.026 0.004 0.013 0.002 0.001 25 Q 0.317 0.210 0.207 0.130 0.019 0.067 0.012 0.002 0.035 0.001 0.001 26 T 0.196 0.380 0.234 0.084 0.061 0.020 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 27 K 0.454 0.160 0.225 0.052 0.043 0.022 0.015 0.005 0.016 0.007 0.001 28 E 0.367 0.162 0.285 0.109 0.027 0.022 0.008 0.004 0.012 0.003 0.001 29 A 0.425 0.147 0.257 0.042 0.059 0.026 0.017 0.007 0.012 0.008 0.001 30 E 0.569 0.166 0.102 0.101 0.032 0.014 0.004 0.002 0.007 0.001 0.001 31 Y 0.238 0.367 0.122 0.097 0.107 0.027 0.014 0.004 0.021 0.003 0.001 32 T 0.254 0.454 0.121 0.091 0.034 0.022 0.003 0.001 0.018 0.002 0.001 33 Y 0.194 0.388 0.151 0.037 0.140 0.027 0.022 0.003 0.031 0.005 0.001 34 D 0.175 0.092 0.412 0.030 0.019 0.199 0.017 0.002 0.049 0.004 0.001 35 F 0.941 0.007 0.008 0.032 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 36 K 0.982 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.977 0.004 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.977 0.004 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.930 0.015 0.014 0.031 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 S 0.921 0.019 0.020 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.811 0.022 0.026 0.125 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 42 F 0.511 0.054 0.028 0.348 0.009 0.011 0.014 0.005 0.018 0.002 0.001 43 N 0.037 0.011 0.024 0.130 0.008 0.015 0.738 0.009 0.024 0.004 0.001 44 G 0.032 0.005 0.034 0.026 0.043 0.002 0.080 0.615 0.001 0.162 0.001 45 K 0.241 0.241 0.309 0.126 0.054 0.012 0.004 0.003 0.005 0.006 0.001 46 N 0.060 0.194 0.267 0.120 0.055 0.090 0.138 0.012 0.059 0.004 0.001 47 V 0.020 0.706 0.162 0.029 0.050 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 48 S 0.009 0.671 0.208 0.010 0.076 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 49 I 0.002 0.846 0.070 0.003 0.060 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 50 T 0.003 0.682 0.260 0.001 0.017 0.026 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 51 V 0.005 0.796 0.116 0.002 0.023 0.026 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 52 K 0.039 0.445 0.416 0.007 0.031 0.037 0.003 0.001 0.019 0.002 0.001 53 E 0.093 0.412 0.320 0.019 0.071 0.033 0.014 0.004 0.030 0.003 0.001 54 E 0.354 0.310 0.153 0.081 0.054 0.015 0.008 0.003 0.015 0.005 0.001 55 N 0.083 0.106 0.103 0.301 0.064 0.084 0.190 0.011 0.052 0.006 0.001 56 E 0.130 0.259 0.254 0.205 0.046 0.034 0.037 0.005 0.026 0.003 0.002 57 L 0.020 0.296 0.559 0.004 0.034 0.017 0.008 0.001 0.058 0.003 0.001 58 P 0.035 0.014 0.881 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 59 V 0.080 0.452 0.333 0.018 0.016 0.061 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 60 K 0.121 0.243 0.467 0.074 0.019 0.023 0.019 0.003 0.027 0.004 0.001 61 G 0.038 0.027 0.083 0.022 0.244 0.005 0.082 0.393 0.002 0.103 0.001 62 V 0.089 0.612 0.198 0.020 0.044 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 63 E 0.110 0.406 0.352 0.021 0.024 0.054 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 64 M 0.173 0.381 0.235 0.075 0.035 0.051 0.006 0.001 0.041 0.001 0.001 65 A 0.140 0.208 0.328 0.171 0.081 0.015 0.027 0.007 0.016 0.006 0.001 66 G 0.036 0.010 0.042 0.023 0.078 0.003 0.042 0.357 0.002 0.406 0.001 67 D 0.016 0.220 0.499 0.004 0.043 0.042 0.006 0.001 0.167 0.001 0.001 68 P 0.438 0.010 0.393 0.029 0.001 0.054 0.003 0.001 0.003 0.001 0.067 69 L 0.480 0.113 0.183 0.129 0.022 0.038 0.013 0.005 0.014 0.002 0.001 70 E 0.487 0.159 0.137 0.122 0.035 0.023 0.013 0.005 0.014 0.003 0.001 71 H 0.323 0.182 0.156 0.172 0.054 0.034 0.038 0.007 0.031 0.003 0.001 72 H 0.281 0.186 0.160 0.200 0.047 0.046 0.038 0.007 0.030 0.004 0.001 73 H 0.284 0.196 0.142 0.176 0.046 0.053 0.057 0.008 0.032 0.005 0.001 74 H 0.288 0.182 0.156 0.204 0.037 0.046 0.040 0.008 0.034 0.004 0.001 75 H 0.205 0.176 0.203 0.220 0.032 0.056 0.056 0.010 0.038 0.004 0.001 76 H 0.193 0.193 0.250 0.124 0.072 0.037 0.064 0.020 0.026 0.020 0.001