# TARGET T0309 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.577 0.210 0.100 0.066 0.030 0.014 0.002 2 A 0.481 0.182 0.134 0.112 0.064 0.024 0.002 3 S 0.624 0.181 0.093 0.059 0.030 0.011 0.002 4 K 0.632 0.207 0.095 0.044 0.016 0.005 0.001 5 K 0.498 0.226 0.150 0.076 0.034 0.014 0.002 6 V 0.236 0.170 0.165 0.179 0.152 0.080 0.017 7 H 0.283 0.228 0.150 0.134 0.108 0.077 0.019 8 Q 0.199 0.248 0.246 0.177 0.094 0.030 0.005 9 I 0.186 0.103 0.124 0.238 0.219 0.110 0.020 10 N 0.286 0.322 0.206 0.121 0.047 0.016 0.002 11 V 0.170 0.116 0.121 0.194 0.227 0.146 0.025 12 K 0.381 0.239 0.177 0.134 0.051 0.016 0.003 13 G 0.270 0.228 0.192 0.163 0.095 0.046 0.006 14 F 0.200 0.120 0.118 0.189 0.188 0.144 0.041 15 F 0.250 0.178 0.147 0.164 0.142 0.096 0.023 16 D 0.408 0.269 0.143 0.097 0.049 0.027 0.007 17 M 0.379 0.193 0.150 0.135 0.086 0.047 0.011 18 D 0.342 0.208 0.158 0.126 0.096 0.058 0.012 19 V 0.282 0.156 0.141 0.154 0.134 0.101 0.032 20 M 0.347 0.198 0.141 0.132 0.096 0.064 0.022 21 E 0.322 0.223 0.165 0.133 0.088 0.053 0.016 22 V 0.339 0.172 0.146 0.158 0.116 0.059 0.009 23 T 0.461 0.244 0.143 0.092 0.042 0.015 0.002 24 E 0.678 0.204 0.070 0.033 0.012 0.003 0.001 25 Q 0.655 0.172 0.097 0.053 0.019 0.004 0.001 26 T 0.768 0.154 0.047 0.021 0.007 0.002 0.001 27 K 0.738 0.169 0.057 0.026 0.008 0.002 0.001 28 E 0.605 0.226 0.099 0.046 0.018 0.006 0.001 29 A 0.598 0.179 0.107 0.075 0.033 0.008 0.001 30 E 0.430 0.365 0.145 0.043 0.012 0.004 0.001 31 Y 0.459 0.155 0.118 0.138 0.098 0.029 0.003 32 T 0.364 0.260 0.206 0.124 0.039 0.007 0.001 33 Y 0.410 0.214 0.148 0.130 0.073 0.023 0.002 34 D 0.405 0.260 0.191 0.105 0.031 0.007 0.001 35 F 0.327 0.098 0.091 0.160 0.209 0.106 0.009 36 K 0.418 0.281 0.170 0.100 0.025 0.005 0.001 37 E 0.420 0.357 0.141 0.059 0.018 0.005 0.001 38 I 0.235 0.135 0.146 0.215 0.180 0.078 0.009 39 L 0.159 0.206 0.211 0.243 0.135 0.043 0.003 40 S 0.515 0.311 0.103 0.048 0.017 0.006 0.001 41 E 0.322 0.315 0.205 0.116 0.034 0.007 0.001 42 F 0.223 0.128 0.159 0.232 0.186 0.067 0.005 43 N 0.497 0.296 0.137 0.052 0.014 0.003 0.001 44 G 0.628 0.238 0.088 0.032 0.011 0.002 0.001 45 K 0.421 0.273 0.178 0.093 0.028 0.006 0.001 46 N 0.250 0.316 0.234 0.133 0.054 0.012 0.001 47 V 0.155 0.128 0.155 0.231 0.226 0.097 0.009 48 S 0.153 0.291 0.255 0.196 0.081 0.022 0.002 49 I 0.145 0.113 0.129 0.230 0.239 0.131 0.014 50 T 0.176 0.276 0.269 0.206 0.059 0.013 0.001 51 V 0.090 0.122 0.167 0.278 0.247 0.089 0.005 52 K 0.339 0.354 0.208 0.077 0.018 0.004 0.001 53 E 0.546 0.298 0.101 0.039 0.012 0.003 0.001 54 E 0.366 0.291 0.206 0.098 0.031 0.007 0.001 55 N 0.334 0.279 0.184 0.125 0.061 0.016 0.001 56 E 0.348 0.335 0.196 0.086 0.027 0.006 0.001 57 L 0.177 0.143 0.175 0.249 0.189 0.062 0.005 58 P 0.230 0.296 0.246 0.149 0.059 0.018 0.003 59 V 0.123 0.116 0.152 0.245 0.235 0.117 0.013 60 K 0.287 0.223 0.185 0.142 0.091 0.058 0.015 61 G 0.258 0.202 0.169 0.171 0.121 0.067 0.012 62 V 0.170 0.138 0.143 0.200 0.186 0.133 0.031 63 E 0.262 0.247 0.179 0.150 0.096 0.053 0.014 64 M 0.272 0.222 0.167 0.146 0.109 0.066 0.017 65 A 0.349 0.231 0.181 0.137 0.070 0.028 0.005 66 G 0.571 0.225 0.109 0.060 0.026 0.008 0.002 67 D 0.516 0.250 0.134 0.069 0.024 0.005 0.001 68 P 0.510 0.255 0.127 0.071 0.029 0.008 0.001 69 L 0.324 0.200 0.177 0.167 0.096 0.034 0.003 70 E 0.532 0.289 0.115 0.045 0.015 0.004 0.001 71 H 0.355 0.223 0.175 0.156 0.071 0.019 0.002 72 H 0.324 0.220 0.176 0.157 0.090 0.031 0.002 73 H 0.401 0.258 0.176 0.105 0.045 0.013 0.001 74 H 0.486 0.251 0.144 0.079 0.030 0.009 0.001 75 H 0.524 0.216 0.135 0.082 0.034 0.009 0.001 76 H 0.639 0.192 0.097 0.048 0.018 0.006 0.001