# TARGET T0309 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.006 0.008 0.037 0.205 0.715 2 A 0.058 0.018 0.016 0.056 0.232 0.620 3 S 0.113 0.017 0.039 0.051 0.352 0.428 4 K 0.165 0.011 0.086 0.076 0.357 0.306 5 K 0.261 0.017 0.083 0.068 0.296 0.275 6 V 0.378 0.019 0.077 0.059 0.245 0.222 7 H 0.434 0.013 0.045 0.052 0.206 0.250 8 Q 0.641 0.013 0.020 0.045 0.122 0.158 9 I 0.705 0.013 0.010 0.040 0.093 0.138 10 N 0.591 0.015 0.008 0.038 0.124 0.224 11 V 0.364 0.020 0.022 0.065 0.301 0.228 12 K 0.216 0.009 0.037 0.067 0.412 0.260 13 G 0.207 0.010 0.048 0.077 0.443 0.216 14 F 0.405 0.026 0.035 0.064 0.312 0.157 15 F 0.456 0.021 0.027 0.070 0.221 0.205 16 D 0.395 0.014 0.029 0.061 0.267 0.235 17 M 0.298 0.011 0.054 0.103 0.325 0.209 18 D 0.373 0.011 0.044 0.096 0.226 0.250 19 V 0.575 0.011 0.053 0.133 0.122 0.106 20 M 0.606 0.010 0.033 0.153 0.089 0.109 21 E 0.638 0.011 0.023 0.147 0.075 0.106 22 V 0.502 0.010 0.021 0.202 0.104 0.161 23 T 0.361 0.009 0.026 0.244 0.156 0.203 24 E 0.225 0.006 0.049 0.354 0.196 0.170 25 Q 0.204 0.009 0.040 0.347 0.212 0.187 26 T 0.209 0.010 0.037 0.286 0.245 0.214 27 K 0.159 0.008 0.034 0.288 0.251 0.259 28 E 0.152 0.012 0.054 0.379 0.214 0.189 29 A 0.129 0.008 0.055 0.419 0.199 0.191 30 E 0.155 0.008 0.047 0.319 0.197 0.274 31 Y 0.196 0.016 0.033 0.345 0.147 0.262 32 T 0.208 0.015 0.019 0.373 0.120 0.265 33 Y 0.157 0.008 0.021 0.529 0.101 0.183 34 D 0.158 0.012 0.016 0.452 0.088 0.273 35 F 0.036 0.002 0.023 0.868 0.033 0.038 36 K 0.023 0.001 0.024 0.901 0.031 0.021 37 E 0.029 0.002 0.027 0.894 0.031 0.017 38 I 0.026 0.002 0.019 0.906 0.029 0.017 39 L 0.023 0.001 0.020 0.907 0.028 0.020 40 S 0.043 0.003 0.041 0.832 0.055 0.026 41 E 0.035 0.002 0.044 0.748 0.108 0.063 42 F 0.055 0.010 0.056 0.508 0.232 0.140 43 N 0.044 0.010 0.045 0.220 0.402 0.280 44 G 0.039 0.003 0.042 0.083 0.505 0.329 45 K 0.147 0.011 0.027 0.044 0.395 0.376 46 N 0.379 0.023 0.010 0.015 0.202 0.370 47 V 0.584 0.011 0.003 0.010 0.095 0.297 48 S 0.732 0.005 0.002 0.010 0.052 0.198 49 I 0.873 0.009 0.002 0.010 0.023 0.083 50 T 0.878 0.004 0.003 0.011 0.027 0.078 51 V 0.838 0.004 0.006 0.014 0.046 0.092 52 K 0.696 0.006 0.011 0.020 0.109 0.158 53 E 0.502 0.011 0.026 0.033 0.247 0.181 54 E 0.245 0.008 0.058 0.045 0.420 0.225 55 N 0.176 0.012 0.044 0.033 0.442 0.293 56 E 0.228 0.024 0.035 0.030 0.331 0.351 57 L 0.211 0.030 0.013 0.029 0.227 0.490 58 P 0.160 0.021 0.017 0.028 0.195 0.579 59 V 0.206 0.029 0.038 0.049 0.343 0.334 60 K 0.200 0.009 0.047 0.063 0.365 0.314 61 G 0.281 0.014 0.054 0.070 0.353 0.228 62 V 0.528 0.019 0.035 0.053 0.188 0.176 63 E 0.483 0.027 0.034 0.059 0.130 0.267 64 M 0.289 0.036 0.032 0.056 0.138 0.449 65 A 0.086 0.015 0.012 0.038 0.112 0.736 66 G 0.002 0.002 0.001 0.002 0.024 0.970