# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.186 0.136 0.016 0.015 0.032 0.041 0.074 0.011 0.007 0.052 0.430 2 A 0.126 0.136 0.005 0.017 0.033 0.046 0.081 0.011 0.002 0.032 0.512 3 S 0.074 0.098 0.002 0.014 0.028 0.053 0.080 0.006 0.001 0.028 0.615 4 K 0.060 0.049 0.011 0.032 0.052 0.081 0.106 0.008 0.004 0.048 0.548 5 K 0.066 0.059 0.003 0.037 0.062 0.100 0.093 0.011 0.001 0.042 0.525 6 V 0.072 0.032 0.003 0.042 0.049 0.060 0.088 0.005 0.001 0.052 0.596 7 H 0.020 0.026 0.002 0.132 0.113 0.155 0.091 0.006 0.001 0.053 0.402 8 Q 0.025 0.012 0.003 0.079 0.070 0.125 0.090 0.002 0.001 0.045 0.548 9 I 0.011 0.005 0.003 0.139 0.184 0.138 0.080 0.002 0.001 0.029 0.406 10 N 0.082 0.032 0.003 0.086 0.063 0.101 0.094 0.007 0.002 0.048 0.481 11 V 0.204 0.023 0.003 0.045 0.047 0.044 0.086 0.015 0.002 0.055 0.476 12 K 0.034 0.016 0.002 0.061 0.037 0.062 0.129 0.006 0.001 0.029 0.625 13 G 0.034 0.023 0.002 0.060 0.055 0.124 0.108 0.005 0.001 0.041 0.546 14 F 0.071 0.024 0.005 0.091 0.103 0.097 0.103 0.003 0.002 0.051 0.449 15 F 0.041 0.044 0.003 0.065 0.089 0.104 0.099 0.005 0.001 0.029 0.518 16 D 0.101 0.145 0.003 0.038 0.054 0.079 0.092 0.008 0.002 0.038 0.440 17 M 0.070 0.089 0.005 0.040 0.060 0.082 0.112 0.013 0.002 0.035 0.492 18 D 0.074 0.133 0.003 0.047 0.076 0.142 0.093 0.013 0.001 0.058 0.359 19 V 0.068 0.053 0.004 0.061 0.079 0.122 0.088 0.006 0.001 0.115 0.402 20 M 0.031 0.061 0.006 0.091 0.134 0.172 0.093 0.004 0.002 0.064 0.344 21 E 0.059 0.052 0.007 0.053 0.081 0.129 0.099 0.005 0.003 0.050 0.462 22 V 0.053 0.024 0.003 0.053 0.069 0.088 0.094 0.007 0.002 0.092 0.515 23 T 0.091 0.165 0.003 0.026 0.045 0.072 0.091 0.009 0.002 0.087 0.410 24 E 0.131 0.121 0.013 0.019 0.020 0.039 0.084 0.009 0.004 0.038 0.522 25 Q 0.036 0.241 0.004 0.018 0.043 0.048 0.078 0.013 0.002 0.023 0.495 26 T 0.203 0.258 0.004 0.007 0.026 0.039 0.060 0.014 0.002 0.024 0.362 27 K 0.121 0.307 0.007 0.031 0.022 0.031 0.060 0.021 0.002 0.059 0.338 28 E 0.096 0.070 0.014 0.023 0.024 0.043 0.106 0.007 0.006 0.143 0.470 29 A 0.103 0.131 0.007 0.049 0.051 0.070 0.092 0.009 0.002 0.091 0.396 30 E 0.057 0.064 0.004 0.043 0.034 0.062 0.107 0.006 0.002 0.058 0.563 31 Y 0.021 0.066 0.002 0.037 0.074 0.068 0.101 0.006 0.001 0.030 0.595 32 T 0.052 0.205 0.002 0.022 0.038 0.061 0.073 0.004 0.001 0.027 0.516 33 Y 0.017 0.147 0.003 0.022 0.035 0.041 0.089 0.012 0.001 0.038 0.595 34 D 0.028 0.843 0.003 0.007 0.005 0.006 0.017 0.004 0.002 0.015 0.070 35 F 0.068 0.875 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.004 0.030 36 K 0.090 0.455 0.002 0.015 0.018 0.021 0.028 0.007 0.001 0.171 0.192 37 E 0.027 0.468 0.016 0.019 0.013 0.018 0.053 0.005 0.004 0.157 0.222 38 I 0.109 0.471 0.016 0.020 0.014 0.019 0.059 0.039 0.004 0.062 0.187 39 L 0.186 0.192 0.025 0.030 0.019 0.031 0.060 0.018 0.012 0.109 0.318 40 S 0.076 0.041 0.009 0.018 0.022 0.055 0.128 0.004 0.008 0.079 0.562 41 E 0.107 0.017 0.014 0.018 0.008 0.033 0.075 0.007 0.007 0.070 0.643 42 F 0.230 0.005 0.007 0.012 0.011 0.018 0.113 0.006 0.004 0.081 0.513 43 N 0.037 0.002 0.001 0.012 0.007 0.018 0.105 0.002 0.001 0.030 0.787 44 G 0.017 0.001 0.001 0.011 0.006 0.017 0.124 0.001 0.001 0.027 0.794 45 K 0.005 0.001 0.001 0.036 0.113 0.140 0.145 0.004 0.001 0.051 0.504 46 N 0.011 0.003 0.001 0.089 0.045 0.124 0.111 0.001 0.001 0.090 0.526 47 V 0.002 0.003 0.001 0.105 0.251 0.317 0.043 0.001 0.001 0.048 0.229 48 S 0.007 0.006 0.001 0.089 0.165 0.280 0.052 0.001 0.001 0.033 0.367 49 I 0.002 0.004 0.001 0.049 0.403 0.317 0.022 0.001 0.001 0.019 0.183 50 T 0.017 0.016 0.002 0.050 0.218 0.328 0.047 0.002 0.001 0.044 0.276 51 V 0.036 0.027 0.006 0.040 0.206 0.214 0.053 0.006 0.004 0.049 0.360 52 K 0.167 0.019 0.019 0.027 0.105 0.132 0.073 0.008 0.019 0.090 0.341 53 E 0.257 0.029 0.005 0.017 0.040 0.060 0.059 0.016 0.003 0.052 0.463 54 E 0.107 0.012 0.001 0.014 0.020 0.034 0.071 0.003 0.001 0.031 0.706 55 N 0.008 0.011 0.001 0.034 0.093 0.151 0.091 0.002 0.001 0.026 0.584 56 E 0.007 0.008 0.001 0.024 0.058 0.112 0.078 0.001 0.001 0.035 0.678 57 L 0.007 0.004 0.004 0.043 0.286 0.115 0.090 0.003 0.001 0.043 0.404 58 P 0.119 0.036 0.003 0.062 0.052 0.083 0.086 0.008 0.002 0.053 0.495 59 V 0.344 0.046 0.002 0.022 0.021 0.024 0.051 0.011 0.001 0.053 0.425 60 K 0.022 0.027 0.001 0.047 0.033 0.061 0.093 0.006 0.001 0.025 0.684 61 G 0.014 0.033 0.004 0.051 0.049 0.146 0.094 0.004 0.001 0.050 0.554 62 V 0.036 0.012 0.012 0.080 0.234 0.139 0.077 0.004 0.005 0.062 0.340 63 E 0.183 0.012 0.005 0.066 0.067 0.080 0.065 0.008 0.003 0.064 0.446 64 M 0.245 0.009 0.001 0.023 0.025 0.029 0.069 0.004 0.001 0.044 0.550 65 A 0.020 0.004 0.001 0.022 0.008 0.022 0.115 0.003 0.001 0.013 0.793 66 G 0.018 0.006 0.001 0.011 0.017 0.029 0.109 0.005 0.001 0.021 0.783