# TARGET T0309 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.118 0.118 0.063 0.026 0.157 0.019 0.029 0.202 0.100 0.115 0.053 2 A 0.085 0.157 0.080 0.030 0.149 0.025 0.036 0.218 0.092 0.093 0.035 3 S 0.105 0.148 0.057 0.028 0.173 0.019 0.028 0.203 0.100 0.098 0.040 4 K 0.064 0.154 0.071 0.034 0.139 0.025 0.044 0.266 0.104 0.072 0.027 5 K 0.117 0.113 0.043 0.012 0.193 0.014 0.042 0.245 0.088 0.088 0.045 6 V 0.260 0.073 0.018 0.015 0.235 0.015 0.023 0.152 0.069 0.059 0.081 7 H 0.050 0.165 0.066 0.059 0.155 0.053 0.070 0.233 0.071 0.060 0.017 8 Q 0.258 0.076 0.020 0.007 0.288 0.006 0.016 0.108 0.050 0.091 0.079 9 I 0.146 0.244 0.040 0.020 0.361 0.025 0.024 0.068 0.025 0.022 0.026 10 N 0.266 0.125 0.043 0.011 0.330 0.009 0.014 0.043 0.019 0.045 0.098 11 V 0.222 0.099 0.047 0.035 0.194 0.024 0.021 0.115 0.074 0.083 0.086 12 K 0.033 0.107 0.068 0.157 0.063 0.128 0.123 0.166 0.085 0.052 0.018 13 G 0.076 0.108 0.104 0.090 0.117 0.030 0.028 0.123 0.088 0.157 0.079 14 F 0.139 0.104 0.047 0.027 0.185 0.026 0.045 0.171 0.107 0.098 0.052 15 F 0.089 0.215 0.087 0.034 0.208 0.025 0.037 0.125 0.064 0.080 0.034 16 D 0.198 0.105 0.036 0.017 0.242 0.012 0.022 0.096 0.068 0.121 0.082 17 M 0.092 0.156 0.052 0.029 0.166 0.024 0.029 0.181 0.129 0.094 0.047 18 D 0.077 0.129 0.056 0.019 0.158 0.022 0.058 0.264 0.086 0.095 0.036 19 V 0.254 0.056 0.012 0.006 0.212 0.007 0.015 0.184 0.093 0.091 0.069 20 M 0.064 0.217 0.061 0.038 0.196 0.040 0.041 0.225 0.067 0.033 0.020 21 E 0.175 0.152 0.045 0.006 0.287 0.006 0.014 0.150 0.041 0.061 0.063 22 V 0.203 0.113 0.037 0.014 0.223 0.017 0.024 0.185 0.055 0.066 0.063 23 T 0.064 0.226 0.082 0.040 0.172 0.033 0.039 0.219 0.066 0.036 0.022 24 E 0.091 0.115 0.070 0.028 0.127 0.022 0.033 0.296 0.096 0.080 0.042 25 Q 0.087 0.113 0.045 0.020 0.127 0.019 0.036 0.305 0.099 0.107 0.042 26 T 0.086 0.169 0.063 0.020 0.149 0.016 0.025 0.283 0.093 0.061 0.035 27 K 0.041 0.099 0.055 0.025 0.078 0.023 0.039 0.453 0.119 0.052 0.016 28 E 0.084 0.080 0.033 0.019 0.099 0.019 0.030 0.388 0.126 0.080 0.042 29 A 0.056 0.110 0.047 0.023 0.132 0.021 0.026 0.384 0.129 0.047 0.024 30 E 0.086 0.067 0.024 0.011 0.128 0.015 0.034 0.398 0.138 0.063 0.036 31 Y 0.082 0.098 0.033 0.017 0.156 0.015 0.025 0.323 0.124 0.095 0.032 32 T 0.097 0.089 0.025 0.011 0.155 0.012 0.035 0.336 0.124 0.084 0.033 33 Y 0.053 0.139 0.065 0.025 0.136 0.029 0.044 0.338 0.099 0.047 0.026 34 D 0.108 0.111 0.045 0.014 0.131 0.008 0.022 0.359 0.081 0.073 0.048 35 F 0.024 0.018 0.007 0.003 0.030 0.003 0.006 0.583 0.255 0.059 0.012 36 K 0.004 0.016 0.006 0.004 0.011 0.005 0.018 0.766 0.159 0.009 0.002 37 E 0.012 0.015 0.007 0.004 0.021 0.005 0.033 0.779 0.097 0.023 0.005 38 I 0.017 0.011 0.006 0.004 0.021 0.010 0.028 0.726 0.122 0.047 0.008 39 L 0.036 0.026 0.010 0.007 0.043 0.007 0.014 0.533 0.209 0.091 0.026 40 S 0.013 0.069 0.022 0.010 0.041 0.015 0.047 0.551 0.194 0.033 0.006 41 E 0.034 0.042 0.015 0.010 0.042 0.014 0.127 0.477 0.129 0.093 0.017 42 F 0.080 0.128 0.097 0.051 0.126 0.062 0.086 0.145 0.072 0.107 0.046 43 N 0.054 0.115 0.069 0.192 0.070 0.079 0.083 0.135 0.070 0.093 0.042 44 G 0.037 0.074 0.079 0.091 0.052 0.037 0.023 0.092 0.112 0.336 0.066 45 K 0.038 0.191 0.080 0.044 0.115 0.044 0.087 0.180 0.129 0.071 0.022 46 N 0.227 0.078 0.027 0.013 0.235 0.011 0.018 0.046 0.058 0.166 0.121 47 V 0.174 0.230 0.044 0.014 0.395 0.007 0.010 0.028 0.022 0.036 0.039 48 S 0.291 0.113 0.027 0.005 0.444 0.006 0.008 0.019 0.010 0.024 0.053 49 I 0.250 0.174 0.031 0.008 0.445 0.006 0.005 0.019 0.009 0.016 0.037 50 T 0.211 0.201 0.041 0.004 0.462 0.004 0.005 0.017 0.006 0.013 0.034 51 V 0.240 0.180 0.055 0.018 0.312 0.012 0.008 0.059 0.024 0.033 0.059 52 K 0.085 0.269 0.131 0.039 0.185 0.029 0.034 0.125 0.041 0.029 0.033 53 E 0.111 0.160 0.108 0.043 0.176 0.028 0.034 0.172 0.076 0.051 0.040 54 E 0.053 0.107 0.048 0.069 0.094 0.060 0.077 0.239 0.133 0.087 0.032 55 N 0.070 0.114 0.055 0.040 0.134 0.018 0.028 0.141 0.107 0.231 0.061 56 E 0.110 0.148 0.075 0.034 0.166 0.019 0.034 0.111 0.099 0.152 0.052 57 L 0.062 0.406 0.224 0.017 0.216 0.005 0.007 0.028 0.013 0.011 0.012 58 P 0.158 0.298 0.088 0.008 0.277 0.007 0.016 0.046 0.027 0.027 0.049 59 V 0.204 0.154 0.072 0.023 0.254 0.017 0.017 0.075 0.057 0.061 0.065 60 K 0.032 0.088 0.060 0.091 0.061 0.122 0.174 0.204 0.097 0.053 0.018 61 G 0.123 0.086 0.061 0.047 0.131 0.018 0.016 0.086 0.080 0.260 0.093 62 V 0.147 0.209 0.052 0.019 0.309 0.013 0.017 0.097 0.062 0.042 0.034 63 E 0.171 0.128 0.060 0.023 0.276 0.022 0.037 0.107 0.055 0.053 0.068 64 M 0.148 0.137 0.089 0.050 0.200 0.025 0.031 0.096 0.060 0.093 0.071 65 A 0.046 0.161 0.101 0.082 0.105 0.054 0.081 0.143 0.084 0.113 0.032 66 G 0.051 0.124 0.153 0.127 0.093 0.048 0.032 0.083 0.064 0.165 0.060