# TARGET T0309 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.637 0.233 0.091 0.033 0.006 0.001 0.001 2 A 0.581 0.237 0.102 0.058 0.019 0.003 0.001 3 S 0.624 0.191 0.091 0.059 0.027 0.007 0.001 4 K 0.630 0.210 0.086 0.047 0.021 0.006 0.001 5 K 0.559 0.247 0.111 0.056 0.020 0.006 0.001 6 V 0.342 0.166 0.140 0.176 0.116 0.051 0.008 7 H 0.337 0.266 0.185 0.134 0.060 0.017 0.002 8 Q 0.297 0.296 0.203 0.127 0.057 0.018 0.002 9 I 0.174 0.148 0.169 0.247 0.187 0.069 0.006 10 N 0.287 0.303 0.213 0.131 0.052 0.013 0.001 11 V 0.190 0.147 0.155 0.232 0.198 0.072 0.006 12 K 0.327 0.296 0.194 0.119 0.049 0.014 0.001 13 G 0.287 0.246 0.189 0.153 0.087 0.034 0.003 14 F 0.154 0.153 0.171 0.218 0.184 0.107 0.014 15 F 0.106 0.123 0.148 0.221 0.233 0.149 0.020 16 D 0.189 0.256 0.229 0.176 0.100 0.043 0.007 17 M 0.180 0.164 0.176 0.205 0.168 0.092 0.015 18 D 0.264 0.272 0.190 0.144 0.082 0.041 0.007 19 V 0.139 0.145 0.185 0.216 0.194 0.107 0.014 20 M 0.174 0.188 0.187 0.204 0.157 0.079 0.011 21 E 0.297 0.287 0.194 0.126 0.065 0.028 0.003 22 V 0.145 0.163 0.189 0.229 0.187 0.079 0.007 23 T 0.272 0.274 0.209 0.151 0.069 0.023 0.002 24 E 0.442 0.265 0.145 0.091 0.041 0.014 0.002 25 Q 0.510 0.240 0.125 0.078 0.035 0.011 0.001 26 T 0.436 0.241 0.150 0.105 0.050 0.016 0.002 27 K 0.542 0.242 0.117 0.067 0.025 0.007 0.001 28 E 0.528 0.252 0.121 0.065 0.025 0.007 0.001 29 A 0.395 0.219 0.151 0.135 0.075 0.023 0.002 30 E 0.390 0.293 0.166 0.095 0.041 0.013 0.001 31 Y 0.209 0.194 0.191 0.213 0.138 0.050 0.004 32 T 0.207 0.259 0.227 0.176 0.094 0.034 0.003 33 Y 0.202 0.187 0.179 0.200 0.157 0.069 0.006 34 D 0.224 0.312 0.228 0.152 0.064 0.017 0.002 35 F 0.080 0.109 0.154 0.247 0.267 0.130 0.012 36 K 0.209 0.284 0.231 0.174 0.076 0.024 0.002 37 E 0.256 0.359 0.215 0.109 0.046 0.015 0.002 38 I 0.050 0.088 0.143 0.266 0.296 0.147 0.010 39 L 0.051 0.088 0.159 0.279 0.269 0.143 0.012 40 S 0.294 0.312 0.180 0.118 0.063 0.029 0.004 41 E 0.237 0.331 0.236 0.132 0.049 0.015 0.001 42 F 0.107 0.111 0.160 0.278 0.245 0.093 0.007 43 N 0.389 0.308 0.171 0.088 0.034 0.009 0.001 44 G 0.460 0.247 0.140 0.098 0.043 0.011 0.001 45 K 0.449 0.300 0.145 0.075 0.024 0.006 0.001 46 N 0.334 0.305 0.196 0.108 0.044 0.012 0.001 47 V 0.088 0.112 0.158 0.264 0.257 0.113 0.008 48 S 0.118 0.226 0.261 0.214 0.125 0.050 0.004 49 I 0.047 0.073 0.123 0.254 0.311 0.175 0.017 50 T 0.123 0.265 0.250 0.199 0.117 0.042 0.003 51 V 0.067 0.125 0.199 0.313 0.222 0.069 0.005 52 K 0.335 0.342 0.179 0.096 0.037 0.011 0.001 53 E 0.425 0.281 0.155 0.094 0.035 0.009 0.001 54 E 0.479 0.255 0.136 0.084 0.035 0.010 0.001 55 N 0.452 0.278 0.143 0.084 0.033 0.009 0.001 56 E 0.385 0.320 0.173 0.086 0.028 0.007 0.001 57 L 0.177 0.173 0.203 0.237 0.164 0.045 0.002 58 P 0.348 0.304 0.204 0.106 0.032 0.006 0.001 59 V 0.276 0.155 0.170 0.215 0.143 0.039 0.002 60 K 0.508 0.273 0.128 0.061 0.024 0.006 0.001 61 G 0.442 0.236 0.150 0.105 0.051 0.014 0.001 62 V 0.372 0.206 0.161 0.153 0.080 0.025 0.002 63 E 0.595 0.252 0.092 0.040 0.016 0.005 0.001 64 M 0.516 0.212 0.122 0.095 0.042 0.011 0.001 65 A 0.617 0.204 0.091 0.056 0.024 0.007 0.001 66 G 0.685 0.194 0.071 0.034 0.012 0.004 0.001