# TARGET T0309 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.080 0.015 0.049 0.115 0.296 0.444 2 A 0.107 0.012 0.055 0.128 0.293 0.404 3 S 0.119 0.011 0.051 0.105 0.322 0.391 4 K 0.196 0.013 0.038 0.065 0.287 0.402 5 K 0.401 0.013 0.024 0.043 0.166 0.353 6 V 0.573 0.007 0.030 0.070 0.119 0.200 7 H 0.696 0.005 0.021 0.078 0.071 0.129 8 Q 0.787 0.004 0.011 0.069 0.049 0.080 9 I 0.770 0.007 0.006 0.067 0.037 0.113 10 N 0.639 0.008 0.008 0.059 0.075 0.212 11 V 0.624 0.011 0.015 0.053 0.111 0.185 12 K 0.518 0.009 0.034 0.039 0.183 0.217 13 G 0.503 0.008 0.061 0.042 0.224 0.162 14 F 0.575 0.023 0.040 0.036 0.203 0.123 15 F 0.572 0.021 0.021 0.030 0.176 0.180 16 D 0.394 0.014 0.013 0.034 0.227 0.318 17 M 0.295 0.008 0.029 0.076 0.282 0.310 18 D 0.374 0.009 0.032 0.095 0.191 0.300 19 V 0.537 0.011 0.064 0.184 0.111 0.093 20 M 0.628 0.007 0.032 0.159 0.081 0.092 21 E 0.691 0.006 0.024 0.156 0.060 0.062 22 V 0.633 0.009 0.021 0.145 0.081 0.111 23 T 0.463 0.010 0.019 0.135 0.166 0.208 24 E 0.302 0.009 0.045 0.192 0.274 0.178 25 Q 0.240 0.012 0.036 0.187 0.294 0.229 26 T 0.164 0.012 0.032 0.148 0.364 0.280 27 K 0.204 0.011 0.049 0.174 0.317 0.245 28 E 0.285 0.008 0.055 0.210 0.210 0.233 29 A 0.352 0.006 0.062 0.261 0.170 0.149 30 E 0.453 0.007 0.034 0.212 0.124 0.171 31 Y 0.517 0.013 0.018 0.159 0.095 0.197 32 T 0.466 0.012 0.011 0.128 0.120 0.262 33 Y 0.362 0.017 0.009 0.081 0.119 0.412 34 D 0.218 0.013 0.008 0.114 0.111 0.537 35 F 0.028 0.002 0.025 0.880 0.030 0.036 36 K 0.034 0.001 0.029 0.885 0.029 0.021 37 E 0.050 0.002 0.041 0.842 0.048 0.018 38 I 0.073 0.006 0.031 0.811 0.047 0.031 39 L 0.055 0.006 0.031 0.837 0.043 0.028 40 S 0.043 0.003 0.067 0.760 0.071 0.056 41 E 0.039 0.005 0.083 0.638 0.127 0.108 42 F 0.059 0.017 0.086 0.463 0.253 0.123 43 N 0.050 0.013 0.031 0.154 0.460 0.292 44 G 0.024 0.004 0.018 0.023 0.664 0.268 45 K 0.086 0.007 0.023 0.013 0.646 0.225 46 N 0.307 0.008 0.017 0.006 0.375 0.287 47 V 0.746 0.013 0.005 0.002 0.111 0.122 48 S 0.871 0.004 0.001 0.001 0.027 0.096 49 I 0.930 0.004 0.001 0.001 0.013 0.052 50 T 0.901 0.003 0.001 0.002 0.021 0.072 51 V 0.851 0.006 0.002 0.003 0.033 0.104 52 K 0.752 0.007 0.011 0.006 0.078 0.146 53 E 0.645 0.010 0.048 0.011 0.128 0.158 54 E 0.368 0.010 0.156 0.029 0.266 0.172 55 N 0.286 0.007 0.147 0.026 0.298 0.236 56 E 0.306 0.017 0.048 0.013 0.235 0.380 57 L 0.347 0.027 0.013 0.008 0.154 0.450 58 P 0.359 0.024 0.013 0.007 0.132 0.465 59 V 0.328 0.018 0.048 0.024 0.242 0.340 60 K 0.293 0.011 0.047 0.027 0.300 0.322 61 G 0.364 0.011 0.061 0.046 0.277 0.240 62 V 0.641 0.017 0.023 0.045 0.128 0.145 63 E 0.780 0.015 0.012 0.040 0.049 0.104 64 M 0.643 0.022 0.015 0.053 0.115 0.153 65 A 0.303 0.023 0.009 0.052 0.208 0.405 66 G 0.067 0.006 0.002 0.006 0.173 0.746