# TARGET T0309 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.064 0.027 0.011 0.075 0.013 0.033 0.495 0.104 0.095 0.027 2 A 0.043 0.108 0.048 0.017 0.074 0.016 0.029 0.474 0.101 0.070 0.020 3 S 0.055 0.082 0.036 0.015 0.097 0.016 0.041 0.441 0.129 0.068 0.021 4 K 0.047 0.139 0.053 0.014 0.122 0.020 0.045 0.398 0.098 0.046 0.017 5 K 0.135 0.105 0.030 0.010 0.191 0.011 0.045 0.279 0.064 0.089 0.041 6 V 0.257 0.083 0.015 0.010 0.250 0.020 0.035 0.152 0.056 0.059 0.063 7 H 0.073 0.162 0.039 0.034 0.228 0.040 0.054 0.235 0.066 0.044 0.025 8 Q 0.254 0.084 0.017 0.004 0.333 0.005 0.021 0.107 0.043 0.070 0.061 9 I 0.148 0.252 0.027 0.007 0.431 0.010 0.015 0.046 0.018 0.017 0.029 10 N 0.350 0.080 0.020 0.004 0.368 0.004 0.010 0.025 0.011 0.035 0.092 11 V 0.305 0.097 0.035 0.017 0.267 0.014 0.017 0.059 0.042 0.064 0.083 12 K 0.018 0.054 0.028 0.126 0.033 0.182 0.273 0.154 0.077 0.042 0.012 13 G 0.073 0.113 0.145 0.158 0.117 0.043 0.027 0.066 0.058 0.147 0.054 14 F 0.156 0.119 0.023 0.013 0.285 0.025 0.042 0.119 0.085 0.082 0.051 15 F 0.105 0.222 0.100 0.038 0.258 0.035 0.030 0.064 0.037 0.058 0.053 16 D 0.435 0.045 0.014 0.003 0.305 0.003 0.009 0.014 0.010 0.039 0.122 17 M 0.116 0.227 0.060 0.009 0.237 0.009 0.011 0.106 0.111 0.080 0.033 18 D 0.160 0.160 0.041 0.007 0.273 0.009 0.036 0.171 0.050 0.049 0.044 19 V 0.222 0.056 0.010 0.006 0.170 0.010 0.029 0.200 0.140 0.110 0.048 20 M 0.068 0.260 0.055 0.014 0.327 0.018 0.021 0.161 0.045 0.016 0.015 21 E 0.226 0.152 0.030 0.002 0.366 0.002 0.010 0.126 0.020 0.026 0.040 22 V 0.231 0.087 0.017 0.009 0.225 0.013 0.024 0.214 0.050 0.060 0.069 23 T 0.046 0.233 0.108 0.039 0.138 0.029 0.028 0.265 0.061 0.037 0.015 24 E 0.063 0.067 0.032 0.008 0.084 0.008 0.023 0.530 0.108 0.052 0.025 25 Q 0.047 0.079 0.027 0.012 0.082 0.016 0.048 0.536 0.078 0.055 0.021 26 T 0.075 0.205 0.082 0.029 0.150 0.019 0.028 0.267 0.057 0.064 0.024 27 K 0.043 0.076 0.045 0.022 0.069 0.021 0.034 0.511 0.099 0.058 0.023 28 E 0.069 0.089 0.027 0.016 0.104 0.021 0.044 0.427 0.095 0.078 0.030 29 A 0.078 0.116 0.035 0.017 0.175 0.017 0.035 0.331 0.104 0.061 0.031 30 E 0.105 0.099 0.017 0.007 0.172 0.019 0.068 0.313 0.096 0.065 0.039 31 Y 0.154 0.114 0.027 0.007 0.223 0.007 0.023 0.191 0.073 0.116 0.064 32 T 0.132 0.118 0.023 0.008 0.222 0.019 0.042 0.265 0.066 0.062 0.044 33 Y 0.056 0.219 0.081 0.028 0.162 0.041 0.036 0.200 0.059 0.076 0.041 34 D 0.220 0.166 0.059 0.003 0.229 0.001 0.006 0.181 0.025 0.051 0.058 35 F 0.012 0.009 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.731 0.180 0.048 0.006 36 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.910 0.074 0.002 0.001 37 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.951 0.032 0.003 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.928 0.049 0.010 0.001 39 L 0.007 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.777 0.150 0.039 0.004 40 S 0.004 0.025 0.007 0.002 0.012 0.008 0.035 0.738 0.152 0.016 0.002 41 E 0.011 0.012 0.012 0.004 0.012 0.010 0.165 0.594 0.096 0.074 0.010 42 F 0.054 0.067 0.050 0.062 0.059 0.097 0.170 0.203 0.074 0.129 0.036 43 N 0.046 0.126 0.071 0.221 0.059 0.091 0.102 0.079 0.050 0.103 0.052 44 G 0.020 0.035 0.062 0.140 0.021 0.043 0.010 0.048 0.097 0.461 0.063 45 K 0.025 0.258 0.116 0.042 0.139 0.041 0.087 0.127 0.091 0.062 0.013 46 N 0.318 0.066 0.017 0.006 0.270 0.006 0.015 0.021 0.024 0.095 0.163 47 V 0.154 0.265 0.037 0.004 0.475 0.003 0.004 0.008 0.007 0.014 0.030 48 S 0.287 0.101 0.016 0.003 0.502 0.004 0.011 0.011 0.006 0.016 0.043 49 I 0.353 0.102 0.011 0.001 0.475 0.001 0.002 0.004 0.003 0.007 0.041 50 T 0.166 0.218 0.037 0.003 0.521 0.003 0.006 0.009 0.004 0.008 0.025 51 V 0.356 0.128 0.024 0.004 0.355 0.003 0.007 0.016 0.007 0.018 0.082 52 K 0.089 0.324 0.135 0.048 0.217 0.041 0.026 0.041 0.023 0.026 0.031 53 E 0.126 0.183 0.099 0.038 0.191 0.021 0.030 0.122 0.087 0.050 0.053 54 E 0.042 0.128 0.045 0.064 0.078 0.100 0.118 0.218 0.131 0.050 0.026 55 N 0.067 0.116 0.043 0.044 0.129 0.019 0.044 0.110 0.112 0.246 0.069 56 E 0.159 0.137 0.051 0.009 0.195 0.014 0.049 0.080 0.085 0.143 0.079 57 L 0.050 0.514 0.165 0.007 0.215 0.002 0.005 0.019 0.008 0.006 0.010 58 P 0.192 0.233 0.080 0.008 0.334 0.009 0.018 0.047 0.018 0.018 0.042 59 V 0.242 0.121 0.063 0.024 0.257 0.027 0.033 0.072 0.040 0.048 0.075 60 K 0.016 0.065 0.069 0.129 0.037 0.136 0.219 0.233 0.051 0.032 0.013 61 G 0.094 0.090 0.115 0.088 0.108 0.026 0.010 0.067 0.046 0.262 0.093 62 V 0.143 0.233 0.040 0.005 0.421 0.005 0.007 0.052 0.037 0.029 0.028 63 E 0.236 0.103 0.028 0.007 0.324 0.018 0.050 0.092 0.027 0.031 0.084 64 M 0.232 0.104 0.049 0.028 0.252 0.022 0.031 0.065 0.043 0.087 0.087 65 A 0.047 0.113 0.069 0.134 0.086 0.136 0.150 0.116 0.056 0.065 0.028 66 G 0.035 0.100 0.153 0.197 0.050 0.054 0.019 0.057 0.055 0.223 0.057