# TARGET T0309 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.006 0.040 0.559 0.042 0.084 0.224 2 A 0.074 0.016 0.043 0.469 0.037 0.101 0.259 3 S 0.093 0.010 0.065 0.412 0.081 0.106 0.232 4 K 0.128 0.005 0.059 0.340 0.144 0.129 0.195 5 K 0.285 0.013 0.037 0.248 0.084 0.106 0.227 6 V 0.442 0.030 0.027 0.180 0.059 0.047 0.214 7 H 0.528 0.007 0.023 0.133 0.056 0.050 0.202 8 Q 0.724 0.010 0.018 0.088 0.043 0.034 0.084 9 I 0.720 0.019 0.012 0.065 0.037 0.029 0.119 10 N 0.678 0.010 0.012 0.043 0.041 0.042 0.174 11 V 0.564 0.019 0.028 0.058 0.047 0.060 0.223 12 K 0.389 0.013 0.043 0.042 0.132 0.195 0.186 13 G 0.288 0.006 0.050 0.023 0.227 0.221 0.184 14 F 0.378 0.027 0.054 0.041 0.096 0.088 0.316 15 F 0.522 0.037 0.028 0.032 0.119 0.053 0.209 16 D 0.418 0.015 0.027 0.034 0.099 0.058 0.349 17 M 0.337 0.013 0.056 0.067 0.129 0.070 0.328 18 D 0.378 0.011 0.040 0.077 0.140 0.071 0.282 19 V 0.472 0.014 0.073 0.185 0.050 0.074 0.132 20 M 0.590 0.011 0.030 0.179 0.027 0.038 0.125 21 E 0.623 0.010 0.015 0.170 0.028 0.030 0.125 22 V 0.553 0.013 0.010 0.152 0.037 0.024 0.212 23 T 0.481 0.013 0.007 0.138 0.051 0.031 0.279 24 E 0.284 0.006 0.027 0.318 0.076 0.117 0.171 25 Q 0.225 0.008 0.027 0.327 0.094 0.118 0.202 26 T 0.222 0.011 0.030 0.239 0.127 0.066 0.304 27 K 0.184 0.010 0.036 0.309 0.124 0.103 0.233 28 E 0.187 0.009 0.054 0.375 0.080 0.120 0.175 29 A 0.228 0.010 0.050 0.336 0.083 0.094 0.200 30 E 0.262 0.016 0.036 0.267 0.074 0.091 0.254 31 Y 0.282 0.020 0.024 0.232 0.091 0.069 0.283 32 T 0.272 0.017 0.013 0.205 0.072 0.094 0.327 33 Y 0.205 0.020 0.006 0.180 0.230 0.059 0.301 34 D 0.155 0.023 0.005 0.177 0.115 0.037 0.487 35 F 0.015 0.002 0.016 0.919 0.005 0.013 0.030 36 K 0.008 0.001 0.017 0.958 0.003 0.006 0.007 37 E 0.006 0.001 0.023 0.960 0.002 0.005 0.004 38 I 0.009 0.001 0.023 0.951 0.002 0.008 0.006 39 L 0.013 0.002 0.035 0.920 0.005 0.016 0.009 40 S 0.016 0.001 0.046 0.872 0.006 0.049 0.010 41 E 0.016 0.001 0.043 0.816 0.012 0.084 0.028 42 F 0.069 0.021 0.046 0.445 0.110 0.180 0.128 43 N 0.021 0.007 0.032 0.131 0.081 0.615 0.112 44 G 0.025 0.001 0.037 0.020 0.256 0.496 0.165 45 K 0.104 0.009 0.026 0.014 0.291 0.195 0.362 46 N 0.322 0.017 0.029 0.007 0.157 0.122 0.346 47 V 0.603 0.014 0.004 0.004 0.040 0.007 0.329 48 S 0.776 0.010 0.002 0.003 0.011 0.004 0.196 49 I 0.892 0.004 0.001 0.002 0.007 0.002 0.091 50 T 0.925 0.004 0.001 0.003 0.006 0.002 0.060 51 V 0.892 0.004 0.003 0.005 0.012 0.005 0.079 52 K 0.790 0.008 0.008 0.014 0.027 0.019 0.134 53 E 0.555 0.010 0.038 0.041 0.082 0.080 0.194 54 E 0.260 0.009 0.078 0.029 0.124 0.306 0.194 55 N 0.173 0.007 0.055 0.013 0.195 0.375 0.180 56 E 0.352 0.022 0.043 0.018 0.207 0.147 0.211 57 L 0.499 0.034 0.005 0.006 0.170 0.006 0.279 58 P 0.392 0.013 0.014 0.009 0.025 0.017 0.530 59 V 0.478 0.053 0.053 0.029 0.065 0.049 0.273 60 K 0.236 0.014 0.054 0.041 0.178 0.262 0.216 61 G 0.230 0.004 0.068 0.041 0.143 0.380 0.133 62 V 0.564 0.022 0.028 0.073 0.032 0.027 0.252 63 E 0.740 0.022 0.021 0.050 0.028 0.013 0.126 64 M 0.591 0.018 0.049 0.049 0.048 0.038 0.206 65 A 0.292 0.016 0.028 0.039 0.094 0.171 0.359 66 G 0.068 0.004 0.024 0.021 0.179 0.130 0.575