# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.090 0.085 0.125 0.104 0.106 0.137 0.091 0.067 0.044 0.025 2 A 0.107 0.130 0.076 0.121 0.108 0.110 0.137 0.092 0.063 0.035 0.022 3 S 0.135 0.145 0.124 0.181 0.135 0.102 0.083 0.043 0.030 0.015 0.007 4 K 0.161 0.107 0.159 0.166 0.130 0.099 0.084 0.038 0.028 0.018 0.010 5 K 0.158 0.158 0.098 0.225 0.139 0.093 0.073 0.032 0.016 0.006 0.002 6 V 0.021 0.021 0.029 0.046 0.054 0.084 0.170 0.162 0.164 0.145 0.103 7 H 0.060 0.082 0.107 0.147 0.125 0.127 0.152 0.084 0.058 0.037 0.021 8 Q 0.084 0.111 0.189 0.240 0.162 0.093 0.058 0.031 0.018 0.010 0.003 9 I 0.018 0.012 0.015 0.019 0.033 0.072 0.156 0.186 0.188 0.174 0.126 10 N 0.130 0.255 0.068 0.230 0.136 0.080 0.049 0.028 0.015 0.006 0.003 11 V 0.020 0.020 0.016 0.030 0.039 0.066 0.141 0.148 0.184 0.194 0.144 12 K 0.237 0.183 0.086 0.203 0.140 0.072 0.040 0.018 0.012 0.006 0.004 13 G 0.157 0.107 0.065 0.164 0.117 0.110 0.120 0.063 0.055 0.030 0.012 14 F 0.057 0.051 0.036 0.088 0.087 0.092 0.139 0.129 0.121 0.111 0.089 15 F 0.026 0.039 0.023 0.051 0.059 0.095 0.183 0.162 0.161 0.112 0.089 16 D 0.082 0.138 0.124 0.237 0.154 0.096 0.073 0.042 0.028 0.017 0.009 17 M 0.086 0.050 0.054 0.086 0.090 0.110 0.158 0.109 0.107 0.087 0.064 18 D 0.172 0.196 0.064 0.194 0.130 0.089 0.072 0.039 0.027 0.011 0.005 19 V 0.034 0.037 0.029 0.075 0.075 0.099 0.188 0.137 0.144 0.110 0.072 20 M 0.116 0.075 0.095 0.133 0.121 0.110 0.138 0.081 0.062 0.044 0.027 21 E 0.117 0.162 0.177 0.251 0.132 0.077 0.049 0.020 0.010 0.004 0.001 22 V 0.024 0.031 0.051 0.051 0.057 0.092 0.188 0.161 0.153 0.119 0.074 23 T 0.149 0.133 0.114 0.172 0.144 0.116 0.099 0.038 0.021 0.010 0.004 24 E 0.188 0.141 0.284 0.189 0.091 0.053 0.032 0.012 0.007 0.003 0.001 25 Q 0.126 0.127 0.158 0.163 0.117 0.114 0.115 0.048 0.021 0.009 0.003 26 T 0.093 0.091 0.113 0.119 0.099 0.118 0.168 0.088 0.060 0.034 0.017 27 K 0.139 0.150 0.269 0.181 0.105 0.074 0.050 0.018 0.009 0.004 0.001 28 E 0.096 0.121 0.291 0.214 0.127 0.076 0.046 0.017 0.008 0.003 0.001 29 A 0.074 0.044 0.083 0.077 0.077 0.124 0.216 0.133 0.091 0.056 0.025 30 E 0.134 0.149 0.217 0.227 0.126 0.075 0.041 0.016 0.009 0.004 0.001 31 Y 0.020 0.034 0.093 0.062 0.065 0.117 0.205 0.144 0.122 0.093 0.045 32 T 0.067 0.112 0.140 0.227 0.169 0.120 0.091 0.041 0.018 0.010 0.004 33 Y 0.104 0.052 0.086 0.073 0.068 0.109 0.155 0.133 0.109 0.075 0.036 34 D 0.116 0.237 0.131 0.240 0.132 0.072 0.039 0.019 0.009 0.004 0.002 35 F 0.011 0.015 0.013 0.023 0.029 0.060 0.166 0.150 0.201 0.187 0.147 36 K 0.146 0.118 0.106 0.233 0.179 0.102 0.064 0.023 0.016 0.009 0.004 37 E 0.127 0.105 0.230 0.241 0.121 0.079 0.055 0.021 0.013 0.006 0.002 38 I 0.008 0.013 0.021 0.044 0.047 0.073 0.202 0.186 0.159 0.147 0.101 39 L 0.009 0.012 0.019 0.028 0.039 0.069 0.175 0.179 0.191 0.157 0.121 40 S 0.067 0.081 0.330 0.214 0.123 0.074 0.055 0.022 0.017 0.011 0.005 41 E 0.107 0.111 0.177 0.214 0.159 0.107 0.075 0.028 0.013 0.007 0.002 42 F 0.032 0.020 0.012 0.023 0.030 0.057 0.160 0.182 0.197 0.164 0.123 43 N 0.223 0.253 0.055 0.177 0.109 0.071 0.055 0.031 0.015 0.006 0.003 44 G 0.230 0.132 0.131 0.115 0.105 0.080 0.066 0.048 0.044 0.030 0.018 45 K 0.318 0.178 0.067 0.168 0.113 0.067 0.048 0.020 0.012 0.006 0.003 46 N 0.218 0.151 0.058 0.154 0.122 0.091 0.081 0.052 0.041 0.021 0.010 47 V 0.024 0.026 0.016 0.039 0.052 0.083 0.165 0.169 0.167 0.145 0.114 48 S 0.143 0.179 0.118 0.226 0.148 0.087 0.047 0.027 0.015 0.006 0.003 49 I 0.023 0.018 0.027 0.039 0.052 0.084 0.157 0.160 0.171 0.160 0.109 50 T 0.130 0.185 0.079 0.218 0.149 0.093 0.071 0.039 0.022 0.010 0.006 51 V 0.027 0.023 0.020 0.044 0.046 0.069 0.165 0.144 0.187 0.163 0.112 52 K 0.184 0.174 0.132 0.209 0.140 0.071 0.047 0.019 0.012 0.008 0.004 53 E 0.159 0.154 0.095 0.206 0.119 0.092 0.093 0.040 0.025 0.012 0.005 54 E 0.145 0.108 0.075 0.130 0.123 0.108 0.123 0.078 0.053 0.037 0.021 55 N 0.235 0.149 0.089 0.148 0.105 0.090 0.089 0.043 0.030 0.015 0.007 56 E 0.268 0.158 0.152 0.178 0.119 0.059 0.032 0.018 0.010 0.005 0.002 57 L 0.051 0.032 0.026 0.039 0.061 0.103 0.183 0.173 0.144 0.108 0.081 58 P 0.186 0.246 0.083 0.199 0.115 0.069 0.046 0.029 0.016 0.007 0.004 59 V 0.060 0.041 0.035 0.060 0.072 0.092 0.151 0.132 0.136 0.125 0.097 60 K 0.332 0.214 0.074 0.161 0.099 0.053 0.032 0.016 0.010 0.005 0.003 61 G 0.235 0.177 0.051 0.153 0.111 0.086 0.076 0.048 0.036 0.017 0.008 62 V 0.135 0.086 0.028 0.071 0.082 0.093 0.129 0.121 0.109 0.081 0.064 63 E 0.311 0.226 0.075 0.167 0.096 0.055 0.034 0.017 0.011 0.005 0.002