# TARGET T0309 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.071 0.012 0.017 0.020 0.026 0.046 0.005 0.001 0.004 0.672 2 A 0.050 0.052 0.007 0.016 0.025 0.035 0.113 0.004 0.001 0.005 0.694 3 S 0.118 0.050 0.005 0.016 0.018 0.035 0.153 0.005 0.001 0.010 0.590 4 K 0.118 0.078 0.007 0.019 0.016 0.022 0.101 0.004 0.001 0.008 0.627 5 K 0.114 0.110 0.007 0.021 0.024 0.031 0.248 0.003 0.001 0.013 0.429 6 V 0.110 0.184 0.015 0.036 0.048 0.094 0.134 0.004 0.001 0.012 0.363 7 H 0.041 0.298 0.004 0.081 0.125 0.179 0.069 0.004 0.001 0.004 0.194 8 Q 0.075 0.239 0.004 0.022 0.035 0.063 0.047 0.008 0.001 0.005 0.502 9 I 0.148 0.290 0.017 0.062 0.099 0.148 0.031 0.010 0.001 0.005 0.190 10 N 0.045 0.177 0.008 0.062 0.096 0.110 0.109 0.013 0.001 0.004 0.375 11 V 0.047 0.127 0.020 0.065 0.082 0.130 0.058 0.007 0.001 0.006 0.457 12 K 0.030 0.114 0.006 0.077 0.089 0.185 0.159 0.007 0.001 0.007 0.326 13 G 0.138 0.080 0.006 0.028 0.030 0.036 0.154 0.012 0.001 0.017 0.500 14 F 0.257 0.168 0.052 0.040 0.031 0.050 0.080 0.005 0.001 0.015 0.301 15 F 0.034 0.145 0.011 0.076 0.113 0.132 0.147 0.006 0.001 0.006 0.331 16 D 0.074 0.104 0.004 0.046 0.050 0.083 0.076 0.008 0.001 0.008 0.546 17 M 0.113 0.151 0.023 0.067 0.065 0.130 0.047 0.006 0.001 0.009 0.388 18 D 0.050 0.094 0.007 0.051 0.097 0.104 0.197 0.007 0.001 0.008 0.385 19 V 0.076 0.086 0.021 0.060 0.069 0.127 0.088 0.004 0.001 0.012 0.457 20 M 0.026 0.167 0.008 0.157 0.145 0.245 0.081 0.004 0.001 0.005 0.163 21 E 0.046 0.145 0.004 0.071 0.098 0.156 0.103 0.007 0.001 0.009 0.361 22 V 0.081 0.260 0.011 0.087 0.115 0.171 0.045 0.006 0.001 0.004 0.219 23 T 0.046 0.254 0.007 0.073 0.102 0.155 0.073 0.010 0.001 0.004 0.277 24 E 0.037 0.149 0.007 0.038 0.073 0.097 0.086 0.009 0.001 0.007 0.497 25 Q 0.117 0.109 0.009 0.019 0.034 0.064 0.243 0.015 0.001 0.023 0.367 26 T 0.273 0.160 0.039 0.020 0.021 0.030 0.181 0.013 0.001 0.023 0.238 27 K 0.072 0.200 0.018 0.017 0.019 0.020 0.111 0.006 0.001 0.008 0.529 28 E 0.062 0.160 0.011 0.015 0.035 0.057 0.171 0.006 0.001 0.015 0.467 29 A 0.138 0.280 0.009 0.025 0.041 0.073 0.089 0.009 0.001 0.009 0.326 30 E 0.099 0.332 0.008 0.026 0.047 0.071 0.082 0.015 0.001 0.007 0.314 31 Y 0.112 0.349 0.017 0.026 0.063 0.087 0.056 0.011 0.001 0.005 0.273 32 T 0.126 0.324 0.013 0.033 0.032 0.063 0.081 0.018 0.001 0.005 0.303 33 Y 0.079 0.192 0.035 0.059 0.036 0.046 0.068 0.012 0.001 0.006 0.467 34 D 0.049 0.111 0.010 0.016 0.013 0.021 0.283 0.005 0.001 0.006 0.485 35 F 0.058 0.207 0.015 0.021 0.012 0.021 0.142 0.005 0.001 0.010 0.509 36 K 0.019 0.504 0.003 0.016 0.009 0.018 0.105 0.003 0.001 0.006 0.318 37 E 0.037 0.397 0.001 0.005 0.010 0.017 0.261 0.011 0.001 0.012 0.248 38 I 0.054 0.869 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.004 0.001 0.001 0.051 39 L 0.020 0.937 0.002 0.001 0.004 0.006 0.003 0.004 0.001 0.001 0.023 40 S 0.020 0.887 0.002 0.002 0.008 0.008 0.003 0.012 0.001 0.001 0.058 41 E 0.137 0.725 0.003 0.001 0.004 0.004 0.003 0.042 0.001 0.001 0.079 42 F 0.183 0.675 0.034 0.002 0.005 0.006 0.016 0.035 0.001 0.002 0.041 43 N 0.127 0.341 0.037 0.014 0.024 0.026 0.074 0.095 0.001 0.007 0.256 44 G 0.176 0.067 0.087 0.020 0.015 0.017 0.067 0.045 0.001 0.014 0.491 45 K 0.215 0.018 0.106 0.036 0.018 0.019 0.104 0.008 0.001 0.018 0.455 46 N 0.048 0.003 0.033 0.058 0.027 0.029 0.151 0.002 0.001 0.009 0.639 47 V 0.029 0.002 0.030 0.240 0.095 0.123 0.081 0.001 0.001 0.006 0.391 48 S 0.007 0.003 0.001 0.302 0.146 0.251 0.091 0.001 0.001 0.003 0.196 49 I 0.010 0.004 0.001 0.257 0.188 0.259 0.038 0.001 0.001 0.003 0.242 50 T 0.008 0.006 0.001 0.259 0.174 0.300 0.055 0.001 0.001 0.003 0.195 51 V 0.010 0.005 0.001 0.134 0.205 0.304 0.046 0.001 0.001 0.003 0.290 52 K 0.007 0.007 0.001 0.125 0.189 0.362 0.079 0.001 0.001 0.004 0.226 53 E 0.021 0.013 0.001 0.066 0.132 0.195 0.109 0.001 0.001 0.007 0.455 54 E 0.086 0.038 0.002 0.046 0.085 0.130 0.161 0.004 0.001 0.018 0.430 55 N 0.144 0.037 0.003 0.019 0.045 0.057 0.204 0.006 0.001 0.018 0.467 56 E 0.335 0.036 0.017 0.021 0.024 0.036 0.116 0.007 0.001 0.023 0.385 57 L 0.157 0.018 0.037 0.034 0.081 0.095 0.151 0.002 0.001 0.008 0.417 58 P 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.965 59 V 0.010 0.002 0.001 0.042 0.074 0.276 0.097 0.001 0.001 0.003 0.494 60 K 0.047 0.006 0.001 0.043 0.051 0.107 0.080 0.001 0.001 0.004 0.660 61 G 0.072 0.012 0.001 0.029 0.041 0.047 0.070 0.001 0.001 0.004 0.724 62 V 0.137 0.014 0.014 0.074 0.050 0.111 0.104 0.001 0.001 0.011 0.483 63 E 0.011 0.010 0.002 0.092 0.060 0.095 0.114 0.001 0.001 0.002 0.614