# TARGET T0309 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0309.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.631 0.079 0.096 0.120 0.017 0.019 0.014 0.003 0.018 0.002 0.001 2 A 0.669 0.066 0.124 0.079 0.016 0.015 0.014 0.003 0.007 0.006 0.001 3 S 0.553 0.077 0.143 0.144 0.030 0.020 0.015 0.006 0.007 0.003 0.001 4 K 0.441 0.163 0.172 0.107 0.049 0.014 0.029 0.009 0.015 0.002 0.001 5 K 0.373 0.198 0.231 0.086 0.018 0.047 0.022 0.003 0.021 0.001 0.001 6 V 0.228 0.406 0.219 0.043 0.019 0.046 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 7 H 0.301 0.311 0.097 0.151 0.053 0.036 0.016 0.001 0.033 0.002 0.001 8 Q 0.090 0.355 0.335 0.056 0.047 0.055 0.018 0.002 0.037 0.001 0.003 9 I 0.070 0.563 0.229 0.049 0.042 0.023 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 10 N 0.034 0.224 0.319 0.028 0.048 0.202 0.058 0.003 0.080 0.003 0.001 11 V 0.187 0.390 0.168 0.110 0.029 0.062 0.006 0.002 0.044 0.001 0.001 12 K 0.264 0.172 0.221 0.205 0.028 0.023 0.041 0.007 0.031 0.007 0.001 13 G 0.076 0.040 0.073 0.046 0.217 0.005 0.124 0.306 0.003 0.110 0.001 14 F 0.203 0.356 0.170 0.136 0.057 0.030 0.013 0.004 0.028 0.002 0.001 15 F 0.093 0.451 0.229 0.049 0.089 0.029 0.017 0.003 0.031 0.008 0.001 16 D 0.129 0.151 0.310 0.114 0.021 0.175 0.045 0.004 0.045 0.003 0.004 17 M 0.154 0.392 0.241 0.064 0.094 0.013 0.013 0.004 0.022 0.003 0.001 18 D 0.146 0.149 0.429 0.048 0.019 0.135 0.039 0.003 0.027 0.002 0.004 19 V 0.173 0.518 0.194 0.047 0.027 0.024 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 20 M 0.200 0.498 0.138 0.053 0.055 0.018 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 21 E 0.076 0.280 0.530 0.014 0.024 0.053 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 22 V 0.217 0.428 0.229 0.036 0.024 0.043 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 23 T 0.369 0.305 0.130 0.098 0.057 0.018 0.002 0.001 0.016 0.003 0.001 24 E 0.443 0.200 0.165 0.058 0.083 0.016 0.017 0.004 0.011 0.003 0.001 25 Q 0.481 0.139 0.152 0.145 0.019 0.032 0.010 0.002 0.020 0.001 0.001 26 T 0.325 0.242 0.212 0.130 0.044 0.021 0.006 0.002 0.017 0.002 0.001 27 K 0.449 0.147 0.200 0.083 0.041 0.026 0.020 0.006 0.021 0.007 0.001 28 E 0.371 0.145 0.296 0.104 0.026 0.022 0.012 0.004 0.015 0.004 0.001 29 A 0.460 0.125 0.240 0.058 0.050 0.021 0.018 0.008 0.010 0.008 0.001 30 E 0.491 0.167 0.144 0.114 0.038 0.020 0.009 0.003 0.012 0.001 0.001 31 Y 0.216 0.298 0.184 0.122 0.088 0.036 0.021 0.006 0.025 0.004 0.001 32 T 0.223 0.431 0.154 0.096 0.042 0.026 0.006 0.001 0.019 0.002 0.001 33 Y 0.172 0.378 0.176 0.053 0.144 0.026 0.017 0.003 0.026 0.006 0.001 34 D 0.093 0.110 0.455 0.027 0.026 0.198 0.019 0.002 0.066 0.004 0.001 35 F 0.918 0.010 0.013 0.042 0.002 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 36 K 0.972 0.004 0.007 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 E 0.966 0.006 0.009 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.969 0.005 0.007 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.913 0.019 0.021 0.035 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 40 S 0.911 0.023 0.026 0.025 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.808 0.026 0.039 0.109 0.006 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 42 F 0.431 0.064 0.033 0.421 0.006 0.012 0.008 0.003 0.022 0.001 0.001 43 N 0.027 0.010 0.025 0.098 0.006 0.016 0.783 0.006 0.024 0.005 0.001 44 G 0.025 0.005 0.028 0.023 0.035 0.001 0.063 0.653 0.001 0.166 0.001 45 K 0.259 0.208 0.312 0.150 0.041 0.014 0.005 0.002 0.005 0.004 0.001 46 N 0.060 0.198 0.309 0.100 0.056 0.084 0.125 0.013 0.050 0.004 0.001 47 V 0.034 0.648 0.194 0.044 0.044 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 48 S 0.016 0.588 0.270 0.016 0.075 0.023 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 49 I 0.005 0.813 0.078 0.007 0.077 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 50 T 0.006 0.693 0.237 0.003 0.031 0.019 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 51 V 0.011 0.764 0.134 0.004 0.036 0.025 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 52 K 0.073 0.477 0.332 0.017 0.040 0.032 0.004 0.001 0.023 0.003 0.001 53 E 0.120 0.394 0.289 0.030 0.076 0.029 0.018 0.005 0.034 0.005 0.001 54 E 0.349 0.289 0.160 0.104 0.045 0.014 0.012 0.003 0.018 0.005 0.001 55 N 0.082 0.090 0.109 0.247 0.055 0.079 0.281 0.016 0.034 0.006 0.001 56 E 0.149 0.296 0.228 0.212 0.036 0.029 0.019 0.002 0.025 0.002 0.001 57 L 0.014 0.333 0.501 0.003 0.022 0.025 0.006 0.001 0.094 0.001 0.001 58 P 0.030 0.012 0.909 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 59 V 0.126 0.395 0.308 0.049 0.025 0.063 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 60 K 0.108 0.307 0.357 0.103 0.040 0.022 0.018 0.003 0.036 0.005 0.001 61 G 0.041 0.022 0.121 0.026 0.178 0.005 0.053 0.387 0.002 0.163 0.001 62 V 0.160 0.353 0.347 0.063 0.036 0.023 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 63 E 0.246 0.200 0.292 0.096 0.058 0.037 0.017 0.009 0.021 0.023 0.001