# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2613 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.040 0.006 0.282 0.024 0.004 0.003 0.024 0.061 0.291 0.089 0.026 0.028 0.123 2 V 0.057 0.002 0.181 0.037 0.001 0.001 0.055 0.198 0.344 0.038 0.004 0.059 0.023 3 H 0.038 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 0.084 0.541 0.274 0.009 0.001 0.010 0.012 4 V 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.819 0.100 0.001 0.001 0.002 0.002 5 L 0.018 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.108 0.825 0.043 0.001 0.001 0.002 0.001 6 C 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.095 0.722 0.129 0.001 0.001 0.005 0.004 7 L 0.034 0.001 0.032 0.002 0.001 0.001 0.061 0.502 0.323 0.019 0.004 0.012 0.009 8 G 0.004 0.009 0.286 0.003 0.004 0.001 0.013 0.103 0.346 0.200 0.015 0.005 0.011 9 L 0.001 0.013 0.693 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.055 0.197 0.020 0.001 0.005 10 D 0.001 0.012 0.217 0.001 0.061 0.042 0.001 0.001 0.007 0.252 0.406 0.001 0.001 11 N 0.001 0.003 0.050 0.001 0.067 0.146 0.001 0.001 0.002 0.091 0.639 0.001 0.001 12 S 0.001 0.008 0.144 0.001 0.085 0.446 0.001 0.001 0.004 0.143 0.161 0.003 0.004 13 G 0.001 0.013 0.169 0.001 0.012 0.541 0.001 0.001 0.004 0.148 0.096 0.007 0.006 14 K 0.001 0.002 0.014 0.001 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.002 15 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 16 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 17 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 18 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 19 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 20 K 0.001 0.001 0.044 0.001 0.026 0.788 0.001 0.001 0.001 0.030 0.105 0.001 0.003 21 L 0.002 0.015 0.280 0.001 0.034 0.435 0.001 0.001 0.004 0.105 0.119 0.004 0.003 22 K 0.001 0.025 0.534 0.001 0.033 0.087 0.001 0.001 0.005 0.223 0.076 0.006 0.009 23 P 0.001 0.007 0.569 0.003 0.071 0.062 0.001 0.001 0.001 0.112 0.166 0.003 0.006 24 S 0.001 0.002 0.103 0.002 0.212 0.061 0.001 0.001 0.001 0.133 0.481 0.001 0.003 25 N 0.001 0.008 0.167 0.003 0.259 0.074 0.002 0.001 0.005 0.156 0.292 0.019 0.014 26 A 0.005 0.032 0.426 0.002 0.134 0.062 0.002 0.003 0.044 0.093 0.074 0.017 0.105 27 Q 0.007 0.065 0.368 0.015 0.062 0.062 0.004 0.007 0.103 0.151 0.067 0.053 0.035 28 S 0.002 0.019 0.452 0.013 0.057 0.044 0.001 0.003 0.055 0.182 0.114 0.029 0.029 29 Q 0.002 0.009 0.298 0.043 0.052 0.030 0.001 0.002 0.020 0.202 0.299 0.007 0.035 30 N 0.005 0.024 0.402 0.014 0.026 0.024 0.003 0.003 0.021 0.184 0.148 0.120 0.027 31 I 0.007 0.049 0.403 0.008 0.011 0.008 0.003 0.002 0.026 0.155 0.040 0.036 0.254 32 L 0.005 0.035 0.475 0.023 0.011 0.011 0.001 0.001 0.022 0.124 0.021 0.229 0.040 33 P 0.006 0.018 0.462 0.010 0.029 0.019 0.002 0.003 0.032 0.069 0.091 0.022 0.238 34 T 0.012 0.028 0.391 0.029 0.058 0.022 0.005 0.005 0.028 0.085 0.110 0.130 0.098 35 I 0.028 0.028 0.242 0.049 0.066 0.027 0.008 0.006 0.029 0.106 0.154 0.070 0.188 36 G 0.032 0.016 0.252 0.073 0.029 0.015 0.004 0.002 0.023 0.201 0.136 0.137 0.079 37 F 0.055 0.012 0.288 0.041 0.008 0.007 0.006 0.002 0.027 0.079 0.033 0.159 0.282 38 S 0.086 0.009 0.292 0.019 0.002 0.004 0.012 0.002 0.034 0.028 0.014 0.271 0.227 39 I 0.180 0.009 0.125 0.026 0.003 0.003 0.031 0.003 0.027 0.011 0.006 0.129 0.447 40 E 0.231 0.004 0.039 0.023 0.002 0.001 0.031 0.003 0.022 0.007 0.002 0.521 0.116 41 K 0.280 0.003 0.024 0.014 0.002 0.001 0.027 0.002 0.017 0.004 0.003 0.120 0.502 42 F 0.183 0.003 0.040 0.020 0.002 0.001 0.018 0.003 0.016 0.004 0.003 0.457 0.251 43 K 0.129 0.007 0.068 0.024 0.005 0.001 0.016 0.004 0.021 0.015 0.015 0.090 0.603 44 S 0.036 0.009 0.208 0.079 0.023 0.003 0.004 0.001 0.012 0.093 0.078 0.236 0.217 45 S 0.006 0.003 0.099 0.093 0.027 0.006 0.001 0.001 0.009 0.256 0.403 0.068 0.027 46 S 0.011 0.004 0.288 0.036 0.014 0.003 0.005 0.004 0.024 0.228 0.289 0.030 0.064 47 L 0.031 0.007 0.303 0.018 0.002 0.001 0.032 0.027 0.196 0.104 0.014 0.220 0.045 48 S 0.077 0.003 0.149 0.031 0.001 0.001 0.117 0.106 0.350 0.044 0.002 0.021 0.100 49 F 0.136 0.001 0.016 0.021 0.001 0.001 0.194 0.400 0.143 0.003 0.001 0.062 0.024 50 T 0.178 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.263 0.399 0.091 0.002 0.001 0.017 0.038 51 V 0.060 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.162 0.598 0.138 0.001 0.001 0.015 0.016 52 F 0.044 0.002 0.038 0.006 0.001 0.001 0.091 0.436 0.331 0.010 0.003 0.025 0.011 53 D 0.006 0.006 0.478 0.004 0.003 0.001 0.015 0.060 0.319 0.055 0.016 0.005 0.033 54 M 0.001 0.015 0.261 0.005 0.012 0.007 0.003 0.011 0.102 0.248 0.322 0.007 0.006 55 S 0.001 0.004 0.044 0.001 0.018 0.013 0.001 0.005 0.005 0.072 0.836 0.001 0.001 56 G 0.001 0.015 0.132 0.001 0.053 0.045 0.002 0.008 0.007 0.206 0.527 0.002 0.003 57 Q 0.004 0.054 0.343 0.002 0.102 0.144 0.007 0.011 0.021 0.182 0.103 0.006 0.023 58 G 0.010 0.045 0.230 0.029 0.123 0.242 0.005 0.004 0.012 0.161 0.073 0.032 0.034 59 R 0.009 0.029 0.161 0.027 0.137 0.334 0.003 0.001 0.004 0.123 0.095 0.027 0.050 60 Y 0.003 0.014 0.136 0.002 0.067 0.609 0.001 0.001 0.003 0.032 0.084 0.006 0.042 61 R 0.002 0.008 0.211 0.001 0.022 0.627 0.001 0.001 0.003 0.040 0.061 0.019 0.005 62 N 0.001 0.002 0.068 0.001 0.040 0.774 0.001 0.001 0.001 0.030 0.078 0.001 0.004 63 L 0.001 0.003 0.039 0.001 0.033 0.857 0.001 0.001 0.001 0.016 0.048 0.001 0.001 64 W 0.001 0.002 0.061 0.001 0.037 0.849 0.001 0.001 0.001 0.012 0.034 0.001 0.004 65 E 0.001 0.004 0.021 0.001 0.054 0.846 0.001 0.001 0.001 0.014 0.054 0.002 0.003 66 H 0.001 0.002 0.018 0.001 0.066 0.791 0.001 0.001 0.001 0.013 0.103 0.003 0.003 67 Y 0.001 0.003 0.040 0.001 0.069 0.748 0.001 0.001 0.001 0.024 0.110 0.001 0.002 68 Y 0.001 0.013 0.154 0.001 0.151 0.461 0.001 0.001 0.004 0.073 0.134 0.004 0.004 69 K 0.001 0.007 0.086 0.004 0.179 0.193 0.001 0.001 0.001 0.067 0.459 0.001 0.002 70 E 0.001 0.004 0.210 0.005 0.100 0.060 0.001 0.002 0.006 0.116 0.494 0.003 0.001 71 G 0.001 0.003 0.675 0.001 0.023 0.013 0.001 0.005 0.061 0.171 0.041 0.001 0.006 72 Q 0.003 0.005 0.297 0.032 0.006 0.006 0.006 0.051 0.184 0.352 0.035 0.020 0.003 73 A 0.006 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.023 0.725 0.207 0.009 0.004 0.002 0.008 74 I 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 0.906 0.054 0.001 0.001 0.002 0.001 75 I 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.902 0.030 0.001 0.001 0.002 0.003 76 F 0.015 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.037 0.808 0.120 0.001 0.001 0.007 0.003 77 V 0.006 0.001 0.096 0.024 0.003 0.002 0.019 0.345 0.451 0.032 0.004 0.005 0.013 78 I 0.006 0.006 0.375 0.036 0.010 0.006 0.013 0.043 0.292 0.178 0.008 0.008 0.018 79 D 0.003 0.012 0.557 0.020 0.016 0.015 0.004 0.010 0.128 0.186 0.021 0.011 0.017 80 S 0.005 0.031 0.317 0.012 0.060 0.078 0.005 0.015 0.051 0.236 0.146 0.010 0.035 81 S 0.002 0.024 0.299 0.004 0.054 0.133 0.002 0.005 0.012 0.222 0.194 0.032 0.017 82 D 0.001 0.004 0.405 0.002 0.038 0.219 0.001 0.001 0.004 0.158 0.140 0.009 0.020 83 R 0.001 0.002 0.073 0.002 0.047 0.642 0.001 0.001 0.002 0.070 0.154 0.003 0.004 84 L 0.001 0.003 0.068 0.001 0.033 0.733 0.001 0.001 0.002 0.060 0.081 0.009 0.006 85 R 0.001 0.002 0.065 0.001 0.022 0.837 0.001 0.001 0.002 0.024 0.031 0.005 0.009 86 M 0.001 0.002 0.020 0.001 0.010 0.938 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.002 0.003 87 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.002 0.002 88 V 0.001 0.001 0.011 0.001 0.007 0.943 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.026 0.001 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 90 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 91 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 93 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 94 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 95 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 96 L 0.001 0.002 0.014 0.001 0.025 0.905 0.001 0.001 0.001 0.004 0.049 0.001 0.001 97 L 0.001 0.003 0.029 0.001 0.037 0.702 0.001 0.001 0.001 0.016 0.210 0.001 0.001 98 N 0.001 0.004 0.070 0.001 0.038 0.300 0.001 0.001 0.001 0.082 0.505 0.001 0.001 99 H 0.001 0.006 0.640 0.001 0.018 0.089 0.001 0.001 0.002 0.198 0.046 0.001 0.001 100 P 0.001 0.020 0.449 0.001 0.076 0.150 0.001 0.001 0.002 0.093 0.208 0.001 0.002 101 D 0.001 0.009 0.334 0.001 0.161 0.098 0.001 0.001 0.001 0.187 0.208 0.001 0.001 102 I 0.001 0.003 0.080 0.001 0.353 0.127 0.001 0.001 0.001 0.067 0.367 0.001 0.002 103 K 0.001 0.005 0.145 0.001 0.218 0.111 0.001 0.001 0.001 0.085 0.431 0.001 0.001 104 H 0.001 0.008 0.308 0.001 0.309 0.076 0.001 0.001 0.005 0.117 0.170 0.001 0.006 105 R 0.001 0.006 0.381 0.003 0.077 0.034 0.001 0.001 0.005 0.279 0.210 0.004 0.001 106 R 0.001 0.034 0.334 0.004 0.025 0.006 0.001 0.001 0.017 0.156 0.409 0.001 0.012 107 I 0.001 0.006 0.660 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.108 0.158 0.006 0.047 0.003 108 P 0.001 0.003 0.634 0.016 0.001 0.001 0.004 0.007 0.202 0.055 0.006 0.004 0.065 109 I 0.009 0.001 0.020 0.017 0.001 0.001 0.053 0.405 0.458 0.008 0.001 0.019 0.009 110 L 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.065 0.780 0.130 0.001 0.001 0.003 0.005 111 F 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.852 0.083 0.001 0.001 0.003 0.002 112 F 0.015 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.061 0.654 0.231 0.001 0.001 0.013 0.010 113 A 0.010 0.001 0.190 0.078 0.002 0.001 0.028 0.143 0.467 0.034 0.004 0.018 0.023 114 N 0.004 0.003 0.300 0.051 0.007 0.002 0.006 0.015 0.327 0.230 0.017 0.014 0.025 115 K 0.005 0.012 0.402 0.029 0.041 0.017 0.007 0.013 0.137 0.207 0.097 0.006 0.026 116 M 0.006 0.050 0.386 0.004 0.032 0.038 0.011 0.036 0.079 0.240 0.044 0.058 0.016 117 D 0.003 0.028 0.584 0.003 0.028 0.042 0.002 0.008 0.057 0.101 0.034 0.019 0.092 118 L 0.002 0.007 0.328 0.015 0.116 0.224 0.001 0.001 0.013 0.117 0.141 0.016 0.020 119 R 0.002 0.002 0.221 0.014 0.153 0.280 0.001 0.001 0.003 0.108 0.197 0.010 0.010 120 D 0.002 0.002 0.139 0.006 0.208 0.411 0.001 0.001 0.003 0.075 0.115 0.013 0.022 121 A 0.006 0.010 0.168 0.015 0.068 0.554 0.002 0.002 0.009 0.050 0.070 0.017 0.028 122 V 0.008 0.011 0.213 0.014 0.033 0.457 0.003 0.007 0.028 0.053 0.042 0.080 0.051 123 T 0.008 0.012 0.200 0.009 0.016 0.568 0.002 0.004 0.018 0.046 0.027 0.046 0.045 124 S 0.001 0.005 0.194 0.007 0.011 0.693 0.001 0.001 0.007 0.027 0.024 0.007 0.022 125 V 0.002 0.005 0.155 0.005 0.007 0.715 0.001 0.003 0.010 0.021 0.025 0.038 0.014 126 K 0.001 0.002 0.054 0.003 0.007 0.857 0.001 0.003 0.006 0.015 0.020 0.012 0.021 127 V 0.001 0.003 0.046 0.012 0.007 0.892 0.001 0.001 0.002 0.015 0.013 0.004 0.006 128 S 0.001 0.001 0.051 0.001 0.004 0.917 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.005 0.006 129 Q 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 130 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 131 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 132 C 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 133 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 134 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 135 N 0.001 0.002 0.013 0.001 0.005 0.925 0.001 0.001 0.001 0.011 0.041 0.001 0.001 136 I 0.001 0.002 0.059 0.001 0.046 0.644 0.001 0.001 0.001 0.023 0.222 0.001 0.002 137 K 0.001 0.005 0.044 0.001 0.093 0.307 0.001 0.001 0.001 0.038 0.511 0.001 0.001 138 D 0.001 0.004 0.092 0.001 0.106 0.175 0.001 0.001 0.001 0.131 0.488 0.001 0.002 139 K 0.001 0.002 0.311 0.001 0.022 0.025 0.001 0.001 0.003 0.494 0.140 0.001 0.001 140 P 0.001 0.006 0.587 0.007 0.026 0.010 0.001 0.001 0.009 0.170 0.181 0.001 0.003 141 W 0.007 0.019 0.607 0.006 0.017 0.005 0.005 0.008 0.062 0.128 0.065 0.022 0.048 142 H 0.062 0.009 0.161 0.022 0.005 0.003 0.050 0.054 0.279 0.096 0.011 0.192 0.056 143 I 0.126 0.003 0.045 0.009 0.001 0.001 0.143 0.113 0.216 0.006 0.002 0.036 0.298 144 C 0.155 0.003 0.054 0.039 0.001 0.001 0.119 0.062 0.199 0.007 0.003 0.313 0.043 145 A 0.144 0.007 0.089 0.017 0.003 0.002 0.082 0.040 0.208 0.025 0.005 0.065 0.314 146 S 0.078 0.005 0.213 0.040 0.004 0.002 0.023 0.019 0.146 0.026 0.006 0.294 0.145 147 D 0.048 0.010 0.282 0.043 0.018 0.007 0.014 0.009 0.085 0.064 0.026 0.060 0.333 148 A 0.040 0.020 0.196 0.047 0.109 0.051 0.023 0.022 0.078 0.099 0.135 0.072 0.107 149 I 0.046 0.037 0.142 0.024 0.114 0.139 0.021 0.021 0.071 0.102 0.166 0.027 0.090 150 K 0.006 0.022 0.359 0.004 0.069 0.121 0.006 0.005 0.029 0.131 0.159 0.053 0.036 151 G 0.002 0.006 0.073 0.003 0.013 0.047 0.001 0.001 0.004 0.150 0.678 0.007 0.015 152 E 0.001 0.009 0.077 0.001 0.007 0.065 0.001 0.001 0.001 0.250 0.573 0.016 0.003 153 G 0.001 0.058 0.498 0.001 0.003 0.126 0.001 0.001 0.001 0.172 0.072 0.005 0.063 154 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 155 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 156 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 162 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 163 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.889 0.001 0.001 0.001 0.002 0.093 0.001 0.001 164 Q 0.001 0.001 0.012 0.001 0.027 0.747 0.001 0.001 0.001 0.008 0.204 0.001 0.001 165 I 0.001 0.008 0.467 0.001 0.029 0.271 0.001 0.001 0.003 0.141 0.081 0.001 0.001