# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2613 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.005 0.013 0.119 0.040 0.161 0.171 0.129 0.361 2 V 0.002 0.004 0.280 0.114 0.132 0.152 0.124 0.192 3 H 0.001 0.001 0.735 0.060 0.066 0.021 0.094 0.023 4 V 0.001 0.001 0.705 0.032 0.049 0.020 0.146 0.046 5 L 0.001 0.001 0.887 0.023 0.028 0.007 0.041 0.012 6 C 0.006 0.002 0.751 0.045 0.073 0.026 0.068 0.029 7 L 0.008 0.002 0.681 0.030 0.065 0.070 0.085 0.059 8 G 0.041 0.009 0.243 0.026 0.070 0.226 0.159 0.227 9 L 0.046 0.011 0.091 0.008 0.022 0.295 0.158 0.368 10 D 0.103 0.021 0.035 0.005 0.015 0.261 0.090 0.469 11 N 0.115 0.048 0.032 0.007 0.018 0.165 0.225 0.390 12 S 0.017 0.067 0.032 0.012 0.027 0.202 0.153 0.489 13 G 0.025 0.305 0.041 0.022 0.053 0.115 0.120 0.319 14 K 0.045 0.458 0.023 0.035 0.048 0.070 0.116 0.204 15 T 0.020 0.297 0.067 0.034 0.050 0.038 0.396 0.098 16 T 0.026 0.583 0.061 0.043 0.061 0.026 0.130 0.069 17 I 0.095 0.407 0.122 0.055 0.087 0.036 0.082 0.116 18 I 0.139 0.238 0.084 0.075 0.094 0.048 0.092 0.230 19 N 0.120 0.093 0.034 0.045 0.065 0.065 0.101 0.478 20 K 0.021 0.023 0.028 0.035 0.048 0.130 0.117 0.598 21 L 0.020 0.013 0.033 0.037 0.045 0.160 0.120 0.572 22 K 0.240 0.026 0.014 0.024 0.025 0.096 0.064 0.510 23 P 0.221 0.026 0.006 0.008 0.013 0.067 0.033 0.626 24 S 0.037 0.014 0.012 0.011 0.022 0.106 0.048 0.749 25 N 0.023 0.011 0.032 0.023 0.048 0.161 0.081 0.621 26 A 0.040 0.008 0.042 0.042 0.043 0.121 0.084 0.620 27 Q 0.098 0.012 0.054 0.036 0.043 0.114 0.089 0.554 28 S 0.059 0.012 0.044 0.031 0.061 0.105 0.064 0.624 29 Q 0.027 0.005 0.052 0.035 0.080 0.119 0.031 0.652 30 N 0.011 0.005 0.086 0.080 0.129 0.101 0.071 0.518 31 I 0.024 0.013 0.071 0.097 0.133 0.115 0.063 0.484 32 L 0.036 0.014 0.090 0.131 0.176 0.091 0.071 0.392 33 P 0.053 0.011 0.045 0.079 0.110 0.085 0.039 0.578 34 T 0.108 0.018 0.050 0.094 0.141 0.078 0.142 0.369 35 I 0.030 0.014 0.035 0.060 0.116 0.109 0.039 0.597 36 G 0.045 0.018 0.041 0.086 0.238 0.089 0.050 0.433 37 F 0.022 0.009 0.032 0.131 0.189 0.071 0.035 0.510 38 S 0.025 0.011 0.032 0.217 0.415 0.045 0.041 0.215 39 I 0.020 0.005 0.029 0.164 0.305 0.044 0.033 0.400 40 E 0.003 0.001 0.027 0.443 0.364 0.022 0.015 0.124 41 K 0.004 0.001 0.022 0.175 0.336 0.041 0.043 0.377 42 F 0.016 0.001 0.044 0.239 0.183 0.056 0.092 0.370 43 K 0.205 0.002 0.025 0.097 0.126 0.052 0.048 0.446 44 S 0.131 0.002 0.010 0.017 0.025 0.044 0.043 0.728 45 S 0.011 0.002 0.051 0.052 0.162 0.145 0.021 0.556 46 S 0.002 0.001 0.062 0.028 0.124 0.100 0.051 0.633 47 L 0.002 0.002 0.140 0.324 0.214 0.059 0.060 0.199 48 S 0.002 0.002 0.282 0.158 0.237 0.035 0.089 0.195 49 F 0.002 0.003 0.291 0.245 0.260 0.022 0.056 0.121 50 T 0.002 0.002 0.657 0.119 0.160 0.006 0.025 0.029 51 V 0.006 0.006 0.348 0.225 0.215 0.026 0.052 0.122 52 F 0.005 0.007 0.534 0.125 0.147 0.033 0.040 0.109 53 D 0.143 0.036 0.144 0.080 0.125 0.108 0.071 0.293 54 M 0.218 0.062 0.061 0.031 0.038 0.126 0.072 0.392 55 S 0.031 0.055 0.021 0.014 0.035 0.114 0.021 0.709 56 G 0.070 0.194 0.028 0.021 0.058 0.085 0.094 0.450 57 Q 0.074 0.325 0.015 0.070 0.068 0.064 0.092 0.293 58 G 0.037 0.141 0.035 0.088 0.106 0.075 0.115 0.403 59 R 0.041 0.290 0.018 0.081 0.095 0.073 0.093 0.309 60 Y 0.084 0.386 0.023 0.033 0.051 0.055 0.088 0.280 61 R 0.051 0.570 0.012 0.034 0.042 0.037 0.049 0.205 62 N 0.029 0.446 0.013 0.025 0.038 0.046 0.106 0.297 63 L 0.030 0.671 0.008 0.017 0.015 0.031 0.123 0.105 64 W 0.028 0.869 0.002 0.006 0.007 0.008 0.040 0.039 65 E 0.035 0.771 0.005 0.007 0.011 0.017 0.050 0.104 66 H 0.023 0.407 0.027 0.047 0.041 0.040 0.233 0.182 67 Y 0.080 0.247 0.022 0.042 0.050 0.048 0.342 0.169 68 Y 0.135 0.070 0.041 0.028 0.036 0.062 0.361 0.266 69 K 0.098 0.029 0.027 0.020 0.033 0.126 0.145 0.522 70 E 0.052 0.016 0.014 0.007 0.015 0.097 0.068 0.732 71 G 0.006 0.010 0.047 0.025 0.060 0.280 0.058 0.513 72 Q 0.001 0.003 0.282 0.051 0.191 0.121 0.139 0.212 73 A 0.001 0.002 0.536 0.134 0.121 0.026 0.125 0.055 74 I 0.001 0.002 0.750 0.085 0.060 0.011 0.056 0.037 75 I 0.001 0.001 0.803 0.066 0.064 0.007 0.036 0.022 76 F 0.002 0.002 0.836 0.044 0.066 0.008 0.030 0.012 77 V 0.008 0.006 0.614 0.058 0.109 0.046 0.086 0.075 78 I 0.022 0.016 0.451 0.061 0.100 0.096 0.099 0.155 79 D 0.111 0.057 0.190 0.034 0.074 0.169 0.120 0.246 80 S 0.074 0.097 0.071 0.018 0.039 0.179 0.076 0.446 81 S 0.056 0.161 0.033 0.011 0.022 0.132 0.060 0.524 82 D 0.110 0.476 0.012 0.010 0.016 0.067 0.074 0.234 83 R 0.070 0.506 0.008 0.011 0.016 0.065 0.062 0.262 84 L 0.029 0.526 0.010 0.023 0.032 0.049 0.079 0.252 85 R 0.021 0.762 0.004 0.013 0.022 0.023 0.055 0.099 86 M 0.019 0.837 0.006 0.011 0.016 0.014 0.039 0.059 87 V 0.015 0.832 0.007 0.020 0.020 0.014 0.033 0.060 88 V 0.017 0.857 0.006 0.008 0.007 0.011 0.042 0.052 89 A 0.018 0.921 0.002 0.002 0.002 0.004 0.033 0.018 90 K 0.059 0.794 0.004 0.003 0.004 0.010 0.079 0.048 91 E 0.016 0.262 0.006 0.007 0.006 0.033 0.524 0.147 92 E 0.010 0.792 0.004 0.002 0.003 0.014 0.114 0.062 93 L 0.057 0.815 0.004 0.002 0.003 0.016 0.033 0.070 94 D 0.086 0.279 0.040 0.023 0.015 0.055 0.235 0.266 95 T 0.178 0.232 0.020 0.009 0.014 0.066 0.177 0.303 96 L 0.447 0.055 0.024 0.005 0.006 0.086 0.063 0.314 97 L 0.023 0.020 0.021 0.015 0.017 0.135 0.040 0.727 98 N 0.012 0.018 0.004 0.001 0.003 0.060 0.009 0.894 99 H 0.187 0.188 0.015 0.012 0.010 0.122 0.067 0.398 100 P 0.105 0.178 0.025 0.023 0.016 0.088 0.038 0.527 101 D 0.213 0.130 0.014 0.008 0.015 0.064 0.068 0.489 102 I 0.109 0.024 0.094 0.030 0.018 0.089 0.210 0.425 103 K 0.579 0.010 0.012 0.008 0.010 0.036 0.048 0.296 104 H 0.163 0.002 0.010 0.002 0.003 0.051 0.050 0.718 105 R 0.004 0.001 0.039 0.007 0.024 0.251 0.013 0.661 106 R 0.003 0.001 0.039 0.007 0.031 0.098 0.025 0.797 107 I 0.003 0.003 0.129 0.113 0.058 0.203 0.064 0.429 108 P 0.001 0.001 0.805 0.026 0.052 0.019 0.049 0.047 109 I 0.001 0.002 0.704 0.069 0.066 0.012 0.095 0.050 110 L 0.001 0.001 0.940 0.016 0.012 0.002 0.021 0.008 111 F 0.003 0.002 0.886 0.026 0.035 0.007 0.025 0.015 112 F 0.026 0.007 0.685 0.055 0.071 0.040 0.054 0.063 113 A 0.022 0.017 0.341 0.028 0.069 0.121 0.068 0.334 114 N 0.058 0.056 0.108 0.021 0.059 0.180 0.078 0.439 115 K 0.071 0.095 0.060 0.019 0.028 0.194 0.069 0.464 116 M 0.043 0.110 0.053 0.019 0.019 0.138 0.053 0.566 117 D 0.209 0.422 0.016 0.009 0.009 0.057 0.056 0.223 118 L 0.286 0.310 0.011 0.005 0.007 0.050 0.083 0.249 119 R 0.096 0.080 0.010 0.007 0.010 0.069 0.254 0.475 120 D 0.060 0.141 0.005 0.008 0.010 0.048 0.400 0.327 121 A 0.047 0.206 0.009 0.011 0.021 0.108 0.067 0.530 122 V 0.045 0.189 0.020 0.032 0.062 0.111 0.044 0.497 123 T 0.060 0.267 0.010 0.020 0.039 0.076 0.059 0.467 124 S 0.053 0.265 0.021 0.020 0.028 0.082 0.202 0.329 125 V 0.021 0.484 0.021 0.030 0.027 0.065 0.127 0.224 126 K 0.030 0.723 0.012 0.009 0.011 0.028 0.036 0.152 127 V 0.031 0.831 0.010 0.005 0.006 0.015 0.036 0.066 128 S 0.017 0.892 0.005 0.003 0.004 0.007 0.035 0.037 129 Q 0.015 0.925 0.003 0.002 0.002 0.005 0.020 0.028 130 L 0.036 0.864 0.007 0.003 0.003 0.012 0.026 0.050 131 L 0.031 0.399 0.026 0.009 0.009 0.026 0.407 0.093 132 C 0.046 0.809 0.005 0.002 0.002 0.013 0.059 0.064 133 L 0.182 0.518 0.017 0.004 0.004 0.025 0.093 0.157 134 E 0.052 0.191 0.033 0.021 0.012 0.058 0.138 0.495 135 N 0.267 0.075 0.015 0.005 0.008 0.057 0.100 0.473 136 I 0.317 0.013 0.018 0.007 0.004 0.092 0.084 0.465 137 K 0.048 0.006 0.009 0.004 0.007 0.084 0.025 0.818 138 D 0.014 0.002 0.004 0.001 0.002 0.061 0.010 0.907 139 K 0.044 0.011 0.032 0.011 0.010 0.198 0.036 0.658 140 P 0.050 0.023 0.060 0.011 0.020 0.136 0.048 0.652 141 W 0.023 0.019 0.074 0.023 0.043 0.112 0.044 0.662 142 H 0.015 0.017 0.345 0.094 0.163 0.064 0.090 0.212 143 I 0.011 0.015 0.150 0.092 0.146 0.065 0.136 0.384 144 C 0.019 0.038 0.234 0.196 0.171 0.062 0.064 0.215 145 A 0.026 0.039 0.119 0.093 0.177 0.088 0.049 0.411 146 S 0.072 0.068 0.067 0.077 0.102 0.095 0.072 0.448 147 D 0.076 0.091 0.079 0.137 0.167 0.071 0.112 0.267 148 A 0.165 0.049 0.028 0.038 0.073 0.097 0.036 0.514 149 I 0.118 0.030 0.036 0.127 0.088 0.091 0.079 0.430 150 K 0.048 0.041 0.005 0.008 0.014 0.082 0.012 0.790 151 G 0.126 0.182 0.011 0.012 0.017 0.067 0.098 0.486 152 E 0.022 0.250 0.016 0.034 0.025 0.122 0.030 0.502 153 G 0.038 0.731 0.007 0.004 0.007 0.020 0.059 0.135 154 L 0.022 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.012 155 Q 0.006 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.042 0.016 156 E 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.011 157 G 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 158 V 0.003 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.002 159 D 0.002 0.715 0.004 0.001 0.001 0.002 0.270 0.006 160 W 0.010 0.934 0.005 0.001 0.001 0.003 0.040 0.008 161 L 0.132 0.674 0.020 0.002 0.002 0.010 0.127 0.033 162 Q 0.172 0.212 0.022 0.003 0.003 0.035 0.249 0.303 163 D 0.033 0.088 0.007 0.002 0.002 0.052 0.075 0.743 164 Q 0.049 0.074 0.023 0.005 0.005 0.125 0.086 0.633 165 I 0.098 0.047 0.029 0.011 0.012 0.158 0.097 0.548