# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2613 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.030 0.005 0.004 0.015 0.018 0.027 0.052 0.001 0.001 0.006 0.840 2 V 0.099 0.004 0.012 0.113 0.152 0.209 0.149 0.002 0.001 0.021 0.239 3 H 0.058 0.002 0.013 0.293 0.217 0.214 0.075 0.001 0.001 0.007 0.121 4 V 0.001 0.001 0.003 0.423 0.254 0.236 0.012 0.001 0.001 0.001 0.070 5 L 0.001 0.001 0.001 0.563 0.185 0.239 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 6 C 0.001 0.001 0.001 0.638 0.131 0.192 0.008 0.001 0.001 0.001 0.030 7 L 0.001 0.001 0.001 0.662 0.114 0.188 0.008 0.001 0.001 0.001 0.027 8 G 0.002 0.001 0.001 0.433 0.131 0.223 0.070 0.001 0.001 0.003 0.137 9 L 0.003 0.001 0.001 0.126 0.031 0.048 0.045 0.001 0.001 0.004 0.743 10 D 0.001 0.001 0.001 0.041 0.020 0.046 0.164 0.001 0.001 0.004 0.724 11 N 0.054 0.001 0.001 0.022 0.012 0.017 0.232 0.001 0.001 0.026 0.637 12 S 0.169 0.014 0.002 0.014 0.006 0.011 0.171 0.001 0.001 0.021 0.591 13 G 0.125 0.053 0.003 0.030 0.031 0.043 0.251 0.001 0.001 0.016 0.447 14 K 0.129 0.105 0.004 0.017 0.013 0.035 0.166 0.001 0.001 0.014 0.515 15 T 0.056 0.283 0.004 0.015 0.025 0.050 0.072 0.002 0.001 0.004 0.488 16 T 0.044 0.353 0.002 0.009 0.027 0.028 0.087 0.002 0.001 0.003 0.445 17 I 0.020 0.646 0.003 0.007 0.027 0.049 0.071 0.002 0.001 0.003 0.171 18 I 0.015 0.805 0.002 0.010 0.030 0.061 0.023 0.003 0.001 0.002 0.049 19 N 0.027 0.861 0.001 0.004 0.011 0.019 0.014 0.008 0.001 0.001 0.054 20 K 0.129 0.734 0.003 0.002 0.005 0.007 0.007 0.037 0.001 0.002 0.074 21 L 0.215 0.597 0.081 0.004 0.004 0.007 0.008 0.033 0.001 0.002 0.048 22 K 0.116 0.317 0.089 0.020 0.026 0.037 0.037 0.060 0.001 0.002 0.295 23 P 0.005 0.007 0.010 0.005 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.961 24 S 0.060 0.015 0.004 0.016 0.009 0.017 0.080 0.004 0.001 0.002 0.792 25 N 0.498 0.019 0.004 0.012 0.005 0.006 0.057 0.006 0.001 0.008 0.385 26 A 0.241 0.063 0.009 0.039 0.017 0.020 0.095 0.004 0.001 0.006 0.505 27 Q 0.095 0.028 0.006 0.050 0.040 0.053 0.204 0.002 0.001 0.008 0.513 28 S 0.105 0.027 0.004 0.082 0.034 0.053 0.103 0.002 0.001 0.007 0.583 29 Q 0.075 0.020 0.006 0.055 0.049 0.068 0.123 0.003 0.001 0.008 0.594 30 N 0.106 0.013 0.007 0.066 0.080 0.090 0.151 0.003 0.001 0.011 0.473 31 I 0.075 0.013 0.012 0.089 0.062 0.123 0.112 0.002 0.001 0.011 0.502 32 L 0.032 0.006 0.005 0.137 0.173 0.237 0.134 0.001 0.001 0.005 0.270 33 P 0.002 0.001 0.001 0.015 0.010 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 0.943 34 T 0.013 0.003 0.001 0.098 0.119 0.278 0.114 0.001 0.001 0.004 0.368 35 I 0.070 0.009 0.001 0.050 0.062 0.111 0.080 0.001 0.001 0.009 0.606 36 G 0.068 0.031 0.001 0.079 0.120 0.185 0.086 0.002 0.001 0.009 0.420 37 F 0.074 0.021 0.006 0.057 0.095 0.217 0.095 0.001 0.001 0.012 0.422 38 S 0.047 0.029 0.003 0.114 0.205 0.254 0.072 0.002 0.001 0.005 0.268 39 I 0.034 0.024 0.008 0.046 0.133 0.230 0.048 0.002 0.001 0.006 0.470 40 E 0.015 0.015 0.003 0.063 0.327 0.378 0.039 0.001 0.001 0.003 0.155 41 K 0.026 0.012 0.003 0.039 0.147 0.223 0.049 0.002 0.001 0.004 0.494 42 F 0.019 0.009 0.004 0.057 0.278 0.399 0.041 0.002 0.001 0.003 0.188 43 K 0.015 0.006 0.001 0.047 0.184 0.263 0.086 0.002 0.001 0.004 0.392 44 S 0.029 0.006 0.002 0.038 0.115 0.142 0.107 0.002 0.001 0.009 0.550 45 S 0.044 0.004 0.002 0.025 0.056 0.062 0.199 0.002 0.001 0.015 0.591 46 S 0.128 0.002 0.003 0.018 0.024 0.029 0.221 0.002 0.001 0.037 0.536 47 L 0.219 0.003 0.021 0.069 0.092 0.081 0.205 0.001 0.001 0.040 0.268 48 S 0.027 0.001 0.012 0.155 0.164 0.178 0.187 0.001 0.001 0.008 0.267 49 F 0.002 0.001 0.005 0.259 0.251 0.305 0.024 0.001 0.001 0.001 0.153 50 T 0.001 0.001 0.001 0.294 0.276 0.389 0.021 0.001 0.001 0.001 0.020 51 V 0.001 0.001 0.001 0.268 0.216 0.314 0.019 0.001 0.001 0.001 0.181 52 F 0.001 0.001 0.001 0.405 0.213 0.353 0.011 0.001 0.001 0.001 0.017 53 D 0.002 0.001 0.001 0.365 0.165 0.242 0.087 0.001 0.001 0.003 0.137 54 M 0.007 0.001 0.001 0.356 0.084 0.119 0.092 0.001 0.001 0.008 0.330 55 S 0.005 0.001 0.001 0.059 0.031 0.066 0.418 0.001 0.001 0.014 0.407 56 G 0.110 0.003 0.001 0.018 0.013 0.018 0.483 0.001 0.001 0.084 0.269 57 Q 0.246 0.037 0.010 0.015 0.009 0.012 0.316 0.001 0.001 0.031 0.322 58 G 0.045 0.056 0.005 0.011 0.017 0.018 0.190 0.001 0.001 0.009 0.648 59 R 0.064 0.081 0.005 0.009 0.027 0.065 0.204 0.001 0.001 0.010 0.534 60 Y 0.088 0.159 0.003 0.011 0.066 0.123 0.052 0.003 0.001 0.004 0.491 61 R 0.079 0.276 0.003 0.010 0.043 0.115 0.056 0.004 0.001 0.004 0.410 62 N 0.085 0.192 0.003 0.006 0.023 0.044 0.050 0.007 0.001 0.003 0.587 63 L 0.164 0.347 0.010 0.017 0.019 0.030 0.044 0.011 0.001 0.004 0.354 64 W 0.073 0.429 0.009 0.021 0.021 0.037 0.097 0.010 0.001 0.004 0.298 65 E 0.046 0.384 0.007 0.012 0.015 0.027 0.048 0.006 0.001 0.003 0.452 66 H 0.109 0.458 0.005 0.009 0.022 0.035 0.065 0.009 0.001 0.004 0.283 67 Y 0.201 0.449 0.007 0.007 0.023 0.024 0.044 0.014 0.001 0.005 0.225 68 Y 0.111 0.598 0.020 0.012 0.034 0.048 0.028 0.008 0.001 0.004 0.137 69 K 0.028 0.398 0.005 0.010 0.045 0.041 0.034 0.011 0.001 0.002 0.425 70 E 0.144 0.226 0.004 0.016 0.043 0.064 0.055 0.038 0.001 0.012 0.398 71 G 0.342 0.124 0.042 0.031 0.060 0.072 0.075 0.035 0.001 0.024 0.197 72 Q 0.113 0.040 0.065 0.171 0.198 0.135 0.091 0.013 0.001 0.010 0.163 73 A 0.017 0.006 0.044 0.282 0.210 0.236 0.026 0.001 0.001 0.003 0.175 74 I 0.001 0.001 0.001 0.453 0.265 0.268 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 75 I 0.001 0.001 0.001 0.560 0.167 0.239 0.007 0.001 0.001 0.001 0.025 76 F 0.001 0.001 0.001 0.611 0.179 0.203 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 77 V 0.001 0.001 0.001 0.557 0.149 0.223 0.010 0.001 0.001 0.001 0.060 78 I 0.001 0.001 0.001 0.418 0.197 0.313 0.015 0.001 0.001 0.001 0.055 79 D 0.002 0.001 0.001 0.252 0.155 0.293 0.088 0.001 0.001 0.005 0.204 80 S 0.009 0.001 0.001 0.148 0.089 0.158 0.099 0.001 0.001 0.012 0.482 81 S 0.019 0.003 0.001 0.052 0.054 0.079 0.443 0.001 0.001 0.022 0.327 82 D 0.109 0.008 0.002 0.011 0.011 0.013 0.328 0.001 0.001 0.027 0.490 83 R 0.090 0.052 0.005 0.009 0.006 0.010 0.261 0.001 0.001 0.018 0.547 84 L 0.060 0.061 0.004 0.005 0.011 0.018 0.479 0.001 0.001 0.028 0.332 85 R 0.085 0.196 0.007 0.007 0.018 0.035 0.288 0.002 0.001 0.010 0.352 86 M 0.055 0.538 0.003 0.007 0.017 0.030 0.037 0.002 0.001 0.002 0.309 87 V 0.033 0.623 0.001 0.003 0.008 0.015 0.024 0.002 0.001 0.001 0.289 88 V 0.056 0.640 0.004 0.001 0.005 0.013 0.029 0.005 0.001 0.001 0.246 89 A 0.060 0.809 0.004 0.002 0.003 0.006 0.011 0.008 0.001 0.001 0.095 90 K 0.028 0.862 0.002 0.002 0.001 0.003 0.008 0.008 0.001 0.001 0.085 91 E 0.024 0.740 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.215 92 E 0.028 0.868 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.082 93 L 0.026 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.028 94 D 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.037 95 T 0.018 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.041 96 L 0.058 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.032 97 L 0.066 0.847 0.009 0.001 0.001 0.003 0.007 0.030 0.001 0.001 0.036 98 N 0.149 0.589 0.022 0.003 0.002 0.002 0.004 0.119 0.001 0.001 0.109 99 H 0.396 0.350 0.057 0.004 0.001 0.003 0.005 0.022 0.001 0.001 0.162 100 P 0.004 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.977 101 D 0.027 0.009 0.003 0.015 0.004 0.008 0.074 0.003 0.001 0.001 0.856 102 I 0.335 0.034 0.006 0.034 0.011 0.018 0.112 0.004 0.001 0.007 0.439 103 K 0.323 0.123 0.001 0.063 0.016 0.016 0.136 0.005 0.001 0.005 0.312 104 H 0.300 0.064 0.003 0.025 0.010 0.014 0.096 0.004 0.001 0.008 0.477 105 R 0.063 0.035 0.001 0.026 0.010 0.014 0.102 0.008 0.001 0.005 0.735 106 R 0.265 0.004 0.003 0.014 0.008 0.011 0.171 0.037 0.001 0.029 0.458 107 I 0.300 0.001 0.288 0.057 0.013 0.009 0.025 0.002 0.001 0.012 0.293 108 P 0.001 0.001 0.018 0.072 0.013 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.870 109 I 0.001 0.001 0.001 0.571 0.068 0.124 0.046 0.001 0.001 0.001 0.189 110 L 0.001 0.001 0.001 0.884 0.032 0.070 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 111 F 0.001 0.001 0.001 0.959 0.012 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 112 F 0.001 0.001 0.001 0.950 0.015 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 113 A 0.001 0.001 0.001 0.868 0.028 0.076 0.008 0.001 0.001 0.001 0.017 114 N 0.003 0.002 0.001 0.283 0.103 0.244 0.150 0.001 0.001 0.006 0.208 115 K 0.034 0.003 0.002 0.074 0.044 0.069 0.090 0.003 0.001 0.022 0.658 116 M 0.061 0.015 0.026 0.044 0.050 0.086 0.268 0.002 0.001 0.018 0.430 117 D 0.052 0.015 0.003 0.022 0.038 0.042 0.230 0.003 0.001 0.009 0.587 118 L 0.058 0.020 0.007 0.012 0.012 0.015 0.046 0.001 0.001 0.005 0.824 119 R 0.024 0.029 0.002 0.009 0.014 0.025 0.210 0.001 0.001 0.006 0.680 120 D 0.185 0.046 0.002 0.008 0.012 0.022 0.291 0.003 0.001 0.026 0.404 121 A 0.287 0.267 0.006 0.014 0.007 0.014 0.080 0.007 0.001 0.011 0.309 122 V 0.160 0.336 0.010 0.018 0.020 0.022 0.106 0.010 0.001 0.011 0.307 123 T 0.115 0.298 0.015 0.013 0.016 0.025 0.083 0.007 0.001 0.006 0.422 124 S 0.072 0.363 0.015 0.018 0.025 0.049 0.043 0.008 0.001 0.003 0.404 125 V 0.052 0.373 0.008 0.017 0.023 0.037 0.063 0.006 0.001 0.003 0.417 126 K 0.078 0.354 0.006 0.011 0.014 0.027 0.084 0.008 0.001 0.004 0.413 127 V 0.096 0.548 0.011 0.016 0.011 0.022 0.052 0.009 0.001 0.004 0.231 128 S 0.048 0.623 0.005 0.011 0.008 0.015 0.059 0.008 0.001 0.002 0.221 129 Q 0.048 0.568 0.003 0.004 0.003 0.005 0.051 0.011 0.001 0.002 0.305 130 L 0.066 0.689 0.006 0.002 0.002 0.002 0.035 0.008 0.001 0.002 0.189 131 L 0.057 0.695 0.005 0.001 0.002 0.002 0.092 0.011 0.001 0.004 0.130 132 C 0.024 0.887 0.008 0.001 0.001 0.002 0.016 0.005 0.001 0.001 0.055 133 L 0.011 0.932 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.045 134 E 0.025 0.885 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.012 0.001 0.001 0.065 135 N 0.089 0.811 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.029 0.001 0.001 0.062 136 I 0.076 0.840 0.013 0.002 0.002 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.044 137 K 0.060 0.690 0.009 0.006 0.008 0.013 0.020 0.062 0.001 0.002 0.130 138 D 0.416 0.243 0.016 0.008 0.004 0.007 0.012 0.121 0.001 0.003 0.170 139 K 0.478 0.099 0.049 0.010 0.008 0.005 0.040 0.046 0.001 0.003 0.261 140 P 0.023 0.002 0.032 0.011 0.002 0.003 0.016 0.002 0.001 0.002 0.907 141 W 0.037 0.001 0.064 0.089 0.028 0.048 0.146 0.001 0.001 0.006 0.581 142 H 0.071 0.002 0.004 0.307 0.080 0.078 0.105 0.001 0.001 0.006 0.347 143 I 0.015 0.003 0.003 0.245 0.053 0.105 0.046 0.001 0.001 0.002 0.529 144 C 0.003 0.001 0.001 0.549 0.141 0.216 0.029 0.001 0.001 0.001 0.060 145 A 0.004 0.002 0.001 0.248 0.040 0.089 0.029 0.001 0.001 0.002 0.585 146 S 0.005 0.004 0.001 0.272 0.169 0.313 0.039 0.001 0.001 0.002 0.196 147 D 0.014 0.006 0.001 0.115 0.102 0.196 0.092 0.001 0.001 0.004 0.469 148 A 0.027 0.021 0.001 0.098 0.116 0.145 0.085 0.001 0.001 0.006 0.500 149 I 0.046 0.041 0.002 0.059 0.095 0.197 0.196 0.002 0.001 0.012 0.349 150 K 0.088 0.103 0.003 0.019 0.044 0.061 0.181 0.004 0.001 0.009 0.487 151 G 0.321 0.112 0.007 0.010 0.013 0.019 0.099 0.011 0.001 0.020 0.387 152 E 0.257 0.065 0.056 0.006 0.005 0.008 0.186 0.003 0.001 0.015 0.401 153 G 0.052 0.017 0.012 0.008 0.008 0.007 0.284 0.004 0.001 0.006 0.603 154 L 0.089 0.059 0.068 0.013 0.004 0.015 0.164 0.001 0.001 0.007 0.580 155 Q 0.006 0.135 0.001 0.022 0.010 0.017 0.158 0.001 0.001 0.001 0.649 156 E 0.026 0.202 0.001 0.003 0.002 0.005 0.123 0.001 0.001 0.003 0.635 157 G 0.054 0.601 0.001 0.002 0.001 0.002 0.030 0.004 0.001 0.001 0.304 158 V 0.016 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.021 159 D 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 160 W 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 161 L 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 162 Q 0.007 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 163 D 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 164 Q 0.041 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.020 165 I 0.073 0.885 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.016