# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2613 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.105 0.012 0.034 0.063 0.073 0.187 0.023 0.504 2 V 0.175 0.008 0.140 0.137 0.172 0.135 0.016 0.217 3 H 0.023 0.002 0.353 0.295 0.261 0.030 0.003 0.033 4 V 0.002 0.001 0.495 0.146 0.191 0.013 0.001 0.152 5 L 0.001 0.001 0.822 0.088 0.086 0.001 0.001 0.002 6 C 0.001 0.001 0.736 0.110 0.117 0.004 0.001 0.031 7 L 0.001 0.001 0.912 0.029 0.049 0.002 0.001 0.008 8 G 0.001 0.001 0.620 0.084 0.107 0.045 0.001 0.142 9 L 0.003 0.001 0.321 0.039 0.123 0.074 0.002 0.437 10 D 0.003 0.001 0.055 0.017 0.052 0.122 0.002 0.747 11 N 0.039 0.002 0.011 0.006 0.011 0.176 0.010 0.745 12 S 0.164 0.004 0.010 0.006 0.005 0.301 0.016 0.494 13 G 0.135 0.045 0.039 0.025 0.016 0.227 0.036 0.478 14 K 0.092 0.062 0.083 0.026 0.049 0.245 0.008 0.435 15 T 0.006 0.080 0.038 0.031 0.052 0.071 0.002 0.720 16 T 0.032 0.225 0.030 0.057 0.152 0.165 0.006 0.334 17 I 0.030 0.664 0.024 0.034 0.067 0.057 0.005 0.118 18 I 0.021 0.834 0.011 0.019 0.046 0.018 0.004 0.046 19 N 0.032 0.884 0.004 0.018 0.016 0.007 0.009 0.031 20 K 0.246 0.553 0.015 0.020 0.017 0.007 0.068 0.073 21 L 0.244 0.419 0.056 0.036 0.050 0.018 0.074 0.103 22 K 0.110 0.223 0.057 0.082 0.124 0.048 0.030 0.326 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 24 S 0.026 0.029 0.019 0.022 0.037 0.113 0.015 0.739 25 N 0.429 0.017 0.017 0.007 0.005 0.061 0.036 0.428 26 A 0.207 0.035 0.079 0.029 0.027 0.089 0.015 0.519 27 Q 0.056 0.022 0.084 0.047 0.064 0.113 0.006 0.607 28 S 0.027 0.020 0.060 0.045 0.070 0.083 0.005 0.690 29 Q 0.041 0.018 0.062 0.044 0.072 0.107 0.010 0.647 30 N 0.105 0.018 0.075 0.048 0.073 0.167 0.019 0.494 31 I 0.103 0.024 0.136 0.074 0.101 0.099 0.021 0.442 32 L 0.034 0.012 0.109 0.125 0.136 0.078 0.006 0.499 33 P 0.001 0.001 0.007 0.009 0.012 0.008 0.001 0.962 34 T 0.017 0.006 0.073 0.108 0.247 0.127 0.005 0.416 35 I 0.072 0.014 0.071 0.131 0.166 0.082 0.008 0.458 36 G 0.043 0.014 0.040 0.116 0.181 0.104 0.012 0.490 37 F 0.129 0.007 0.049 0.111 0.166 0.127 0.012 0.399 38 S 0.075 0.011 0.055 0.226 0.218 0.113 0.010 0.293 39 I 0.015 0.002 0.017 0.054 0.135 0.047 0.002 0.727 40 E 0.008 0.006 0.058 0.484 0.366 0.022 0.002 0.054 41 K 0.011 0.005 0.022 0.120 0.213 0.028 0.003 0.599 42 F 0.012 0.006 0.103 0.303 0.469 0.019 0.003 0.084 43 K 0.013 0.010 0.036 0.194 0.267 0.073 0.004 0.403 44 S 0.022 0.009 0.032 0.091 0.259 0.057 0.010 0.520 45 S 0.071 0.008 0.030 0.070 0.095 0.121 0.019 0.585 46 S 0.111 0.003 0.019 0.038 0.040 0.182 0.039 0.569 47 L 0.183 0.003 0.115 0.154 0.123 0.124 0.019 0.279 48 S 0.017 0.001 0.192 0.193 0.248 0.096 0.004 0.249 49 F 0.006 0.001 0.245 0.195 0.323 0.035 0.002 0.193 50 T 0.002 0.001 0.658 0.168 0.150 0.007 0.001 0.015 51 V 0.001 0.001 0.487 0.148 0.187 0.011 0.001 0.165 52 F 0.001 0.001 0.778 0.066 0.125 0.004 0.001 0.027 53 D 0.001 0.001 0.383 0.149 0.263 0.042 0.001 0.159 54 M 0.006 0.002 0.307 0.054 0.219 0.091 0.003 0.317 55 S 0.017 0.002 0.045 0.019 0.054 0.561 0.005 0.297 56 G 0.158 0.009 0.024 0.022 0.023 0.201 0.034 0.529 57 Q 0.292 0.025 0.048 0.021 0.045 0.207 0.012 0.351 58 G 0.009 0.024 0.011 0.013 0.019 0.055 0.003 0.867 59 R 0.075 0.101 0.015 0.035 0.080 0.146 0.013 0.535 60 Y 0.134 0.341 0.033 0.038 0.072 0.062 0.013 0.306 61 R 0.090 0.372 0.036 0.038 0.066 0.073 0.015 0.311 62 N 0.053 0.367 0.022 0.026 0.031 0.060 0.013 0.428 63 L 0.123 0.444 0.020 0.017 0.033 0.059 0.017 0.287 64 W 0.069 0.451 0.023 0.016 0.036 0.110 0.016 0.280 65 E 0.055 0.466 0.018 0.013 0.026 0.090 0.014 0.319 66 H 0.056 0.682 0.009 0.009 0.010 0.049 0.011 0.174 67 Y 0.121 0.648 0.009 0.008 0.015 0.035 0.020 0.146 68 Y 0.049 0.790 0.015 0.012 0.019 0.014 0.009 0.092 69 K 0.052 0.589 0.020 0.034 0.040 0.034 0.025 0.206 70 E 0.202 0.270 0.023 0.035 0.032 0.040 0.091 0.308 71 G 0.364 0.097 0.080 0.048 0.060 0.066 0.057 0.227 72 Q 0.041 0.032 0.321 0.262 0.138 0.076 0.020 0.109 73 A 0.013 0.009 0.287 0.144 0.154 0.072 0.013 0.308 74 I 0.003 0.001 0.805 0.084 0.091 0.007 0.002 0.007 75 I 0.001 0.001 0.738 0.143 0.085 0.005 0.001 0.027 76 F 0.001 0.001 0.901 0.043 0.048 0.001 0.001 0.006 77 V 0.001 0.001 0.819 0.068 0.077 0.006 0.001 0.030 78 I 0.001 0.001 0.684 0.096 0.157 0.011 0.001 0.051 79 D 0.001 0.001 0.241 0.122 0.334 0.064 0.001 0.236 80 S 0.009 0.003 0.158 0.056 0.155 0.096 0.004 0.519 81 S 0.018 0.002 0.010 0.011 0.023 0.718 0.006 0.213 82 D 0.223 0.011 0.006 0.010 0.013 0.172 0.019 0.547 83 R 0.070 0.067 0.011 0.009 0.015 0.344 0.009 0.475 84 L 0.079 0.097 0.007 0.011 0.019 0.449 0.016 0.322 85 R 0.118 0.407 0.009 0.019 0.027 0.165 0.011 0.244 86 M 0.061 0.598 0.009 0.027 0.053 0.033 0.006 0.213 87 V 0.034 0.459 0.014 0.034 0.059 0.054 0.006 0.339 88 V 0.025 0.603 0.006 0.027 0.039 0.047 0.006 0.249 89 A 0.027 0.841 0.004 0.010 0.025 0.011 0.004 0.077 90 K 0.017 0.805 0.004 0.006 0.015 0.016 0.005 0.132 91 E 0.020 0.797 0.002 0.003 0.005 0.028 0.005 0.139 92 E 0.016 0.927 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.042 93 L 0.010 0.962 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.020 94 D 0.005 0.959 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.026 95 T 0.018 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.029 96 L 0.021 0.952 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.016 97 L 0.038 0.911 0.003 0.002 0.002 0.003 0.013 0.027 98 N 0.166 0.582 0.017 0.005 0.004 0.007 0.123 0.096 99 H 0.406 0.246 0.067 0.014 0.012 0.014 0.043 0.198 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 101 D 0.004 0.008 0.007 0.010 0.022 0.070 0.003 0.877 102 I 0.275 0.022 0.027 0.010 0.011 0.053 0.010 0.590 103 K 0.161 0.061 0.024 0.018 0.024 0.198 0.009 0.505 104 H 0.259 0.087 0.039 0.024 0.036 0.111 0.012 0.432 105 R 0.133 0.109 0.036 0.042 0.043 0.119 0.023 0.494 106 R 0.194 0.021 0.025 0.032 0.037 0.107 0.103 0.480 107 I 0.389 0.004 0.118 0.082 0.063 0.083 0.026 0.234 108 P 0.001 0.001 0.031 0.019 0.010 0.006 0.001 0.934 109 I 0.001 0.001 0.338 0.125 0.373 0.032 0.001 0.130 110 L 0.001 0.001 0.878 0.059 0.053 0.002 0.001 0.008 111 F 0.001 0.001 0.908 0.053 0.033 0.001 0.001 0.005 112 F 0.001 0.001 0.962 0.011 0.018 0.001 0.001 0.007 113 A 0.001 0.001 0.958 0.013 0.019 0.003 0.001 0.007 114 N 0.001 0.001 0.508 0.065 0.150 0.082 0.001 0.194 115 K 0.003 0.001 0.353 0.036 0.159 0.068 0.002 0.379 116 M 0.009 0.003 0.058 0.018 0.036 0.507 0.003 0.367 117 D 0.070 0.010 0.008 0.013 0.022 0.636 0.013 0.229 118 L 0.194 0.248 0.023 0.021 0.041 0.061 0.010 0.401 119 R 0.032 0.111 0.007 0.006 0.018 0.407 0.017 0.402 120 D 0.186 0.159 0.004 0.005 0.006 0.300 0.030 0.309 121 A 0.171 0.694 0.003 0.004 0.006 0.026 0.011 0.085 122 V 0.119 0.567 0.015 0.019 0.024 0.054 0.029 0.174 123 T 0.079 0.368 0.044 0.042 0.041 0.050 0.024 0.352 124 S 0.041 0.166 0.022 0.030 0.057 0.027 0.006 0.650 125 V 0.032 0.161 0.039 0.062 0.092 0.072 0.007 0.536 126 K 0.026 0.201 0.023 0.029 0.041 0.101 0.007 0.573 127 V 0.037 0.521 0.033 0.027 0.045 0.054 0.005 0.279 128 S 0.020 0.580 0.012 0.016 0.027 0.069 0.005 0.272 129 Q 0.054 0.577 0.009 0.006 0.017 0.072 0.010 0.256 130 L 0.035 0.847 0.003 0.003 0.003 0.029 0.005 0.075 131 L 0.031 0.900 0.002 0.002 0.002 0.017 0.006 0.041 132 C 0.030 0.923 0.002 0.002 0.003 0.005 0.005 0.030 133 L 0.020 0.922 0.004 0.002 0.005 0.005 0.005 0.037 134 E 0.022 0.882 0.004 0.002 0.004 0.013 0.008 0.065 135 N 0.036 0.908 0.002 0.002 0.002 0.006 0.007 0.037 136 I 0.054 0.868 0.006 0.003 0.006 0.004 0.011 0.048 137 K 0.143 0.583 0.011 0.008 0.010 0.030 0.048 0.167 138 D 0.250 0.313 0.036 0.010 0.010 0.023 0.129 0.229 139 K 0.306 0.159 0.056 0.028 0.020 0.033 0.061 0.338 140 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 141 W 0.022 0.005 0.135 0.054 0.070 0.106 0.008 0.600 142 H 0.076 0.006 0.311 0.088 0.062 0.067 0.008 0.382 143 I 0.009 0.002 0.125 0.031 0.053 0.030 0.001 0.747 144 C 0.010 0.005 0.526 0.135 0.167 0.047 0.002 0.110 145 A 0.008 0.008 0.212 0.108 0.127 0.058 0.002 0.478 146 S 0.009 0.011 0.205 0.139 0.296 0.055 0.003 0.282 147 D 0.030 0.023 0.086 0.111 0.184 0.101 0.005 0.461 148 A 0.058 0.046 0.097 0.096 0.213 0.088 0.011 0.389 149 I 0.064 0.055 0.034 0.038 0.073 0.466 0.016 0.254 150 K 0.287 0.118 0.021 0.019 0.032 0.295 0.037 0.189 151 G 0.295 0.364 0.029 0.021 0.017 0.022 0.038 0.213 152 E 0.145 0.084 0.075 0.022 0.027 0.142 0.031 0.476 153 G 0.063 0.036 0.016 0.012 0.021 0.159 0.013 0.681 154 L 0.209 0.139 0.039 0.020 0.081 0.085 0.010 0.416 155 Q 0.015 0.082 0.014 0.005 0.016 0.224 0.004 0.639 156 E 0.037 0.178 0.003 0.003 0.005 0.238 0.004 0.532 157 G 0.026 0.773 0.002 0.002 0.002 0.027 0.002 0.167 158 V 0.007 0.875 0.004 0.001 0.004 0.011 0.002 0.095 159 D 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 160 W 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 161 L 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 162 Q 0.007 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 163 D 0.012 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 164 Q 0.085 0.827 0.009 0.001 0.001 0.002 0.032 0.042 165 I 0.038 0.881 0.010 0.003 0.003 0.003 0.013 0.048