# TARGET T0308 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2613 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.991 2 V 0.417 0.003 0.001 0.001 0.018 0.002 0.558 3 H 0.914 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.043 4 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 5 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 6 C 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 7 L 0.932 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.061 8 G 0.534 0.008 0.001 0.001 0.081 0.002 0.375 9 L 0.070 0.031 0.020 0.008 0.351 0.042 0.478 10 D 0.005 0.006 0.067 0.017 0.244 0.562 0.099 11 N 0.001 0.004 0.034 0.012 0.163 0.743 0.042 12 S 0.002 0.015 0.008 0.036 0.684 0.119 0.135 13 G 0.005 0.008 0.001 0.025 0.543 0.019 0.400 14 K 0.002 0.003 0.013 0.832 0.035 0.078 0.036 15 T 0.009 0.006 0.009 0.878 0.020 0.052 0.025 16 T 0.015 0.003 0.017 0.918 0.009 0.022 0.016 17 I 0.025 0.004 0.020 0.856 0.012 0.012 0.072 18 I 0.012 0.003 0.029 0.905 0.007 0.016 0.027 19 N 0.019 0.001 0.049 0.857 0.015 0.027 0.031 20 K 0.023 0.003 0.041 0.846 0.015 0.039 0.034 21 L 0.039 0.014 0.028 0.763 0.041 0.076 0.039 22 K 0.042 0.005 0.020 0.568 0.053 0.243 0.068 23 P 0.015 0.006 0.019 0.273 0.092 0.473 0.121 24 S 0.025 0.007 0.024 0.081 0.261 0.229 0.373 25 N 0.080 0.014 0.029 0.051 0.276 0.140 0.408 26 A 0.148 0.025 0.028 0.038 0.185 0.093 0.484 27 Q 0.255 0.036 0.029 0.032 0.098 0.049 0.501 28 S 0.353 0.022 0.034 0.026 0.128 0.066 0.372 29 Q 0.404 0.018 0.035 0.021 0.131 0.063 0.329 30 N 0.463 0.018 0.024 0.016 0.103 0.041 0.334 31 I 0.539 0.025 0.017 0.015 0.097 0.036 0.271 32 L 0.521 0.014 0.014 0.011 0.114 0.039 0.287 33 P 0.469 0.026 0.016 0.012 0.105 0.037 0.335 34 T 0.446 0.025 0.018 0.009 0.101 0.049 0.352 35 I 0.433 0.024 0.039 0.014 0.134 0.117 0.238 36 G 0.463 0.014 0.032 0.009 0.141 0.111 0.230 37 F 0.597 0.009 0.018 0.004 0.109 0.040 0.223 38 S 0.756 0.007 0.007 0.002 0.060 0.017 0.152 39 I 0.896 0.008 0.003 0.001 0.016 0.006 0.072 40 E 0.956 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.033 41 K 0.967 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 42 F 0.913 0.008 0.001 0.001 0.005 0.002 0.071 43 K 0.696 0.011 0.005 0.001 0.046 0.057 0.183 44 S 0.273 0.006 0.035 0.004 0.178 0.353 0.151 45 S 0.068 0.005 0.036 0.002 0.166 0.679 0.045 46 S 0.262 0.004 0.015 0.001 0.130 0.406 0.182 47 L 0.728 0.006 0.001 0.001 0.038 0.003 0.225 48 S 0.946 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.043 49 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 50 T 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 51 V 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 52 F 0.930 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.055 53 D 0.616 0.009 0.002 0.003 0.040 0.005 0.325 54 M 0.108 0.004 0.013 0.009 0.155 0.092 0.619 55 S 0.034 0.005 0.031 0.032 0.348 0.402 0.147 56 G 0.027 0.005 0.053 0.043 0.328 0.332 0.211 57 Q 0.071 0.019 0.042 0.120 0.254 0.052 0.443 58 G 0.205 0.040 0.060 0.255 0.102 0.061 0.276 59 R 0.161 0.019 0.086 0.324 0.075 0.097 0.237 60 Y 0.101 0.013 0.131 0.447 0.055 0.108 0.143 61 R 0.066 0.006 0.114 0.490 0.070 0.080 0.173 62 N 0.043 0.005 0.129 0.572 0.050 0.107 0.094 63 L 0.044 0.008 0.083 0.639 0.055 0.076 0.094 64 W 0.068 0.011 0.066 0.602 0.045 0.051 0.158 65 E 0.021 0.002 0.085 0.775 0.019 0.049 0.048 66 H 0.020 0.001 0.070 0.789 0.017 0.080 0.024 67 Y 0.015 0.004 0.079 0.741 0.020 0.109 0.033 68 Y 0.032 0.018 0.115 0.560 0.047 0.121 0.108 69 K 0.015 0.003 0.101 0.292 0.068 0.474 0.046 70 E 0.017 0.003 0.048 0.090 0.067 0.720 0.055 71 G 0.083 0.005 0.002 0.005 0.123 0.021 0.761 72 Q 0.269 0.002 0.001 0.001 0.326 0.009 0.394 73 A 0.955 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.031 74 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 75 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 78 I 0.898 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.081 79 D 0.463 0.012 0.004 0.005 0.047 0.009 0.460 80 S 0.090 0.007 0.031 0.015 0.186 0.272 0.398 81 S 0.030 0.012 0.022 0.025 0.462 0.247 0.203 82 D 0.014 0.007 0.013 0.021 0.404 0.084 0.457 83 R 0.008 0.005 0.066 0.236 0.264 0.254 0.167 84 L 0.013 0.014 0.099 0.371 0.171 0.195 0.136 85 R 0.010 0.006 0.077 0.533 0.082 0.104 0.188 86 M 0.003 0.002 0.035 0.832 0.031 0.043 0.054 87 V 0.004 0.002 0.030 0.851 0.024 0.056 0.034 88 V 0.001 0.001 0.018 0.877 0.015 0.052 0.035 89 A 0.001 0.001 0.004 0.933 0.015 0.017 0.028 90 K 0.001 0.001 0.002 0.964 0.007 0.015 0.010 91 E 0.001 0.001 0.002 0.968 0.005 0.015 0.009 92 E 0.001 0.001 0.001 0.977 0.004 0.010 0.007 93 L 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.009 0.005 94 D 0.002 0.001 0.001 0.972 0.003 0.016 0.006 95 T 0.001 0.001 0.002 0.962 0.005 0.020 0.009 96 L 0.002 0.001 0.005 0.949 0.008 0.021 0.013 97 L 0.004 0.001 0.011 0.912 0.012 0.047 0.014 98 N 0.003 0.001 0.014 0.832 0.018 0.110 0.023 99 H 0.003 0.002 0.024 0.664 0.046 0.171 0.089 100 P 0.007 0.005 0.051 0.446 0.083 0.193 0.215 101 D 0.009 0.005 0.111 0.282 0.086 0.151 0.355 102 I 0.013 0.003 0.147 0.281 0.099 0.275 0.181 103 K 0.014 0.011 0.153 0.209 0.110 0.331 0.173 104 H 0.015 0.020 0.231 0.116 0.120 0.155 0.343 105 R 0.008 0.006 0.138 0.105 0.145 0.501 0.097 106 R 0.011 0.003 0.035 0.027 0.145 0.699 0.080 107 I 0.100 0.006 0.001 0.005 0.283 0.009 0.598 108 P 0.336 0.010 0.001 0.001 0.084 0.003 0.566 109 I 0.928 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.059 110 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 111 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 112 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 113 A 0.952 0.002 0.001 0.004 0.005 0.003 0.032 114 N 0.666 0.003 0.008 0.015 0.055 0.028 0.225 115 K 0.119 0.007 0.040 0.037 0.215 0.081 0.501 116 M 0.060 0.013 0.112 0.090 0.321 0.192 0.212 117 D 0.029 0.020 0.153 0.142 0.218 0.146 0.291 118 L 0.013 0.017 0.162 0.220 0.197 0.128 0.263 119 R 0.006 0.003 0.137 0.289 0.089 0.356 0.121 120 D 0.005 0.002 0.128 0.316 0.065 0.354 0.130 121 A 0.012 0.008 0.087 0.376 0.122 0.153 0.242 122 V 0.031 0.017 0.045 0.388 0.116 0.099 0.304 123 T 0.037 0.013 0.029 0.433 0.068 0.088 0.333 124 S 0.017 0.005 0.024 0.640 0.045 0.050 0.218 125 V 0.017 0.004 0.021 0.774 0.024 0.038 0.123 126 K 0.011 0.003 0.016 0.825 0.033 0.040 0.072 127 V 0.006 0.002 0.011 0.867 0.025 0.032 0.057 128 S 0.004 0.001 0.007 0.881 0.024 0.031 0.051 129 Q 0.004 0.001 0.004 0.912 0.016 0.033 0.030 130 L 0.004 0.001 0.004 0.894 0.020 0.034 0.043 131 L 0.003 0.002 0.005 0.901 0.014 0.041 0.035 132 C 0.003 0.001 0.004 0.898 0.021 0.033 0.040 133 L 0.003 0.001 0.005 0.927 0.014 0.023 0.028 134 E 0.002 0.001 0.005 0.931 0.011 0.024 0.026 135 N 0.002 0.001 0.007 0.925 0.011 0.028 0.027 136 I 0.002 0.001 0.015 0.897 0.015 0.054 0.017 137 K 0.002 0.001 0.026 0.820 0.012 0.126 0.014 138 D 0.002 0.002 0.024 0.722 0.036 0.179 0.035 139 K 0.003 0.003 0.013 0.309 0.113 0.494 0.066 140 P 0.009 0.003 0.007 0.025 0.136 0.522 0.299 141 W 0.073 0.008 0.002 0.006 0.110 0.013 0.788 142 H 0.377 0.008 0.003 0.006 0.139 0.010 0.457 143 I 0.846 0.015 0.003 0.008 0.014 0.006 0.108 144 C 0.919 0.004 0.003 0.009 0.008 0.003 0.055 145 A 0.906 0.004 0.003 0.011 0.013 0.002 0.061 146 S 0.752 0.007 0.006 0.028 0.027 0.006 0.174 147 D 0.532 0.021 0.019 0.061 0.065 0.042 0.261 148 A 0.240 0.013 0.053 0.171 0.119 0.167 0.237 149 I 0.063 0.011 0.080 0.189 0.193 0.276 0.188 150 K 0.020 0.004 0.046 0.180 0.250 0.353 0.146 151 G 0.013 0.006 0.040 0.104 0.170 0.416 0.251 152 E 0.031 0.020 0.040 0.134 0.235 0.281 0.258 153 G 0.035 0.028 0.028 0.161 0.159 0.196 0.394 154 L 0.008 0.004 0.027 0.605 0.094 0.036 0.225 155 Q 0.002 0.001 0.011 0.919 0.016 0.018 0.033 156 E 0.001 0.001 0.005 0.958 0.008 0.016 0.011 157 G 0.001 0.001 0.003 0.971 0.004 0.014 0.007 158 V 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.003 159 D 0.001 0.001 0.001 0.983 0.004 0.006 0.004 160 W 0.001 0.001 0.002 0.979 0.004 0.009 0.005 161 L 0.001 0.001 0.005 0.964 0.005 0.017 0.008 162 Q 0.002 0.002 0.018 0.877 0.011 0.074 0.016 163 D 0.002 0.001 0.016 0.458 0.012 0.497 0.015 164 Q 0.002 0.005 0.020 0.228 0.002 0.554 0.189 165 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997