# TARGET T0308 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2613 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.232 0.063 0.025 0.012 0.181 0.016 0.067 0.079 0.084 0.125 0.116 2 V 0.175 0.240 0.020 0.004 0.500 0.002 0.001 0.006 0.003 0.013 0.035 3 H 0.196 0.053 0.003 0.003 0.682 0.009 0.017 0.010 0.002 0.005 0.018 4 V 0.272 0.012 0.001 0.001 0.707 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 5 L 0.172 0.050 0.003 0.002 0.749 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 6 C 0.384 0.029 0.002 0.001 0.501 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 7 L 0.062 0.009 0.001 0.008 0.034 0.008 0.023 0.010 0.025 0.532 0.287 8 G 0.008 0.158 0.395 0.347 0.040 0.015 0.012 0.004 0.003 0.015 0.005 9 L 0.058 0.184 0.340 0.136 0.116 0.046 0.017 0.037 0.030 0.018 0.018 10 D 0.003 0.021 0.009 0.024 0.008 0.090 0.394 0.276 0.144 0.028 0.003 11 N 0.010 0.002 0.003 0.009 0.004 0.031 0.038 0.055 0.075 0.744 0.028 12 S 0.021 0.474 0.149 0.009 0.095 0.013 0.027 0.109 0.064 0.028 0.009 13 G 0.042 0.024 0.075 0.091 0.031 0.028 0.007 0.173 0.097 0.265 0.167 14 K 0.022 0.043 0.019 0.005 0.069 0.002 0.010 0.626 0.185 0.016 0.004 15 T 0.012 0.011 0.005 0.002 0.019 0.001 0.006 0.837 0.099 0.005 0.003 16 T 0.002 0.013 0.004 0.002 0.006 0.002 0.014 0.890 0.060 0.007 0.001 17 I 0.005 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.908 0.063 0.009 0.001 18 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.865 0.108 0.007 0.002 19 N 0.004 0.009 0.006 0.002 0.011 0.003 0.011 0.862 0.085 0.006 0.002 20 K 0.005 0.015 0.004 0.002 0.015 0.003 0.027 0.788 0.105 0.034 0.003 21 L 0.031 0.016 0.004 0.002 0.024 0.005 0.053 0.641 0.143 0.059 0.022 22 K 0.013 0.044 0.032 0.028 0.028 0.037 0.083 0.541 0.142 0.045 0.007 23 P 0.015 0.338 0.124 0.088 0.054 0.044 0.099 0.130 0.044 0.056 0.009 24 S 0.041 0.053 0.035 0.018 0.040 0.010 0.014 0.052 0.077 0.492 0.166 25 N 0.102 0.237 0.068 0.016 0.221 0.015 0.034 0.084 0.083 0.082 0.058 26 A 0.192 0.144 0.034 0.011 0.370 0.008 0.016 0.048 0.044 0.060 0.072 27 Q 0.130 0.228 0.074 0.024 0.277 0.025 0.044 0.061 0.047 0.055 0.036 28 S 0.111 0.183 0.112 0.047 0.206 0.029 0.041 0.068 0.078 0.077 0.049 29 Q 0.145 0.157 0.094 0.034 0.222 0.019 0.034 0.059 0.073 0.090 0.072 30 N 0.125 0.229 0.099 0.021 0.298 0.015 0.026 0.042 0.044 0.062 0.038 31 I 0.184 0.150 0.055 0.023 0.294 0.025 0.035 0.052 0.048 0.071 0.063 32 L 0.110 0.238 0.170 0.049 0.270 0.016 0.013 0.025 0.024 0.042 0.043 33 P 0.245 0.169 0.036 0.007 0.351 0.008 0.013 0.041 0.034 0.036 0.059 34 T 0.189 0.137 0.062 0.018 0.362 0.023 0.031 0.046 0.031 0.051 0.048 35 I 0.125 0.135 0.063 0.085 0.200 0.054 0.062 0.059 0.053 0.105 0.058 36 G 0.109 0.187 0.128 0.086 0.241 0.033 0.030 0.033 0.024 0.071 0.059 37 F 0.285 0.140 0.015 0.007 0.406 0.010 0.010 0.019 0.017 0.032 0.060 38 S 0.216 0.100 0.018 0.013 0.529 0.015 0.021 0.014 0.008 0.026 0.040 39 I 0.503 0.033 0.003 0.002 0.374 0.003 0.002 0.003 0.002 0.009 0.065 40 E 0.139 0.213 0.020 0.004 0.596 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.016 41 K 0.457 0.055 0.004 0.001 0.424 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.053 42 F 0.274 0.182 0.037 0.015 0.379 0.013 0.007 0.010 0.005 0.010 0.067 43 K 0.150 0.116 0.073 0.135 0.144 0.123 0.082 0.061 0.034 0.032 0.050 44 S 0.036 0.079 0.118 0.307 0.051 0.085 0.039 0.071 0.095 0.090 0.030 45 S 0.009 0.069 0.056 0.173 0.025 0.129 0.179 0.136 0.167 0.050 0.007 46 S 0.154 0.070 0.033 0.019 0.147 0.015 0.028 0.033 0.114 0.241 0.147 47 L 0.134 0.265 0.023 0.002 0.548 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 48 S 0.409 0.025 0.003 0.001 0.499 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.051 49 F 0.286 0.082 0.005 0.003 0.596 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 50 T 0.255 0.058 0.004 0.002 0.645 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.029 51 V 0.346 0.066 0.007 0.002 0.513 0.003 0.003 0.006 0.002 0.006 0.046 52 F 0.197 0.159 0.024 0.010 0.467 0.010 0.016 0.015 0.008 0.029 0.067 53 D 0.344 0.095 0.045 0.019 0.299 0.014 0.015 0.022 0.010 0.031 0.107 54 M 0.035 0.099 0.175 0.208 0.060 0.068 0.025 0.074 0.070 0.142 0.044 55 S 0.020 0.110 0.086 0.141 0.043 0.119 0.160 0.181 0.086 0.040 0.014 56 G 0.024 0.029 0.055 0.057 0.027 0.023 0.021 0.152 0.100 0.428 0.084 57 Q 0.093 0.175 0.051 0.013 0.193 0.015 0.030 0.258 0.106 0.043 0.024 58 G 0.102 0.066 0.026 0.023 0.124 0.044 0.054 0.356 0.120 0.045 0.038 59 R 0.070 0.083 0.035 0.020 0.118 0.018 0.072 0.358 0.099 0.087 0.039 60 Y 0.077 0.046 0.018 0.015 0.065 0.015 0.026 0.307 0.170 0.205 0.056 61 R 0.028 0.186 0.085 0.023 0.088 0.018 0.038 0.360 0.132 0.030 0.013 62 N 0.036 0.090 0.031 0.008 0.072 0.010 0.046 0.502 0.142 0.043 0.020 63 L 0.038 0.026 0.013 0.007 0.036 0.013 0.063 0.480 0.182 0.119 0.023 64 W 0.039 0.117 0.046 0.009 0.077 0.005 0.010 0.446 0.182 0.051 0.017 65 E 0.008 0.010 0.002 0.002 0.014 0.005 0.016 0.631 0.287 0.022 0.004 66 H 0.008 0.007 0.003 0.005 0.013 0.007 0.063 0.686 0.186 0.019 0.003 67 Y 0.027 0.018 0.005 0.003 0.035 0.008 0.056 0.533 0.196 0.106 0.014 68 Y 0.119 0.036 0.006 0.005 0.117 0.006 0.011 0.289 0.242 0.120 0.048 69 K 0.003 0.022 0.019 0.035 0.013 0.084 0.143 0.395 0.268 0.017 0.001 70 E 0.098 0.014 0.006 0.002 0.046 0.003 0.012 0.051 0.135 0.520 0.114 71 G 0.283 0.166 0.006 0.001 0.442 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.074 72 Q 0.019 0.004 0.002 0.036 0.026 0.214 0.537 0.085 0.028 0.037 0.011 73 A 0.118 0.202 0.027 0.005 0.628 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 74 I 0.142 0.040 0.002 0.001 0.812 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 75 I 0.197 0.035 0.001 0.001 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 76 F 0.226 0.067 0.003 0.003 0.622 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.072 77 V 0.518 0.010 0.001 0.001 0.317 0.003 0.007 0.005 0.002 0.017 0.119 78 I 0.044 0.443 0.125 0.024 0.284 0.017 0.012 0.009 0.006 0.018 0.019 79 D 0.196 0.175 0.031 0.002 0.533 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.044 80 S 0.016 0.012 0.006 0.006 0.024 0.014 0.054 0.370 0.400 0.080 0.019 81 S 0.009 0.066 0.036 0.025 0.025 0.058 0.217 0.221 0.144 0.188 0.010 82 D 0.173 0.110 0.030 0.004 0.331 0.005 0.009 0.115 0.087 0.080 0.055 83 R 0.007 0.014 0.004 0.003 0.013 0.008 0.015 0.431 0.409 0.083 0.013 84 L 0.010 0.025 0.008 0.003 0.025 0.006 0.080 0.600 0.149 0.085 0.009 85 R 0.013 0.099 0.034 0.003 0.021 0.003 0.016 0.564 0.139 0.101 0.007 86 M 0.006 0.006 0.003 0.002 0.008 0.003 0.008 0.771 0.169 0.020 0.005 87 V 0.002 0.007 0.003 0.002 0.003 0.003 0.012 0.886 0.077 0.004 0.002 88 V 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.001 0.007 0.817 0.096 0.063 0.003 89 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.881 0.097 0.008 0.001 90 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.058 0.002 0.001 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.942 0.039 0.006 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.941 0.043 0.006 0.001 93 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.070 0.006 0.001 94 D 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.922 0.056 0.005 0.001 95 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.889 0.075 0.017 0.001 96 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.011 0.814 0.145 0.016 0.002 97 L 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.003 0.032 0.764 0.160 0.019 0.002 98 N 0.005 0.011 0.003 0.004 0.010 0.016 0.092 0.608 0.142 0.104 0.005 99 H 0.055 0.088 0.037 0.013 0.109 0.015 0.072 0.328 0.109 0.137 0.037 100 P 0.055 0.147 0.057 0.021 0.102 0.023 0.048 0.207 0.138 0.153 0.048 101 D 0.089 0.135 0.057 0.014 0.161 0.010 0.019 0.189 0.150 0.125 0.051 102 I 0.033 0.066 0.024 0.012 0.068 0.017 0.051 0.317 0.275 0.114 0.023 103 K 0.055 0.101 0.048 0.017 0.096 0.018 0.072 0.269 0.170 0.123 0.030 104 H 0.069 0.099 0.052 0.023 0.123 0.019 0.024 0.201 0.148 0.195 0.048 105 R 0.018 0.109 0.050 0.038 0.075 0.072 0.184 0.252 0.138 0.058 0.007 106 R 0.097 0.033 0.041 0.020 0.065 0.007 0.024 0.041 0.075 0.486 0.112 107 I 0.041 0.590 0.111 0.003 0.240 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 108 P 0.171 0.097 0.006 0.001 0.700 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 109 I 0.197 0.033 0.001 0.001 0.747 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.010 110 L 0.165 0.034 0.001 0.001 0.786 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 111 F 0.315 0.029 0.003 0.001 0.579 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.067 112 F 0.315 0.037 0.007 0.004 0.260 0.003 0.007 0.017 0.015 0.107 0.228 113 A 0.071 0.239 0.126 0.073 0.183 0.044 0.051 0.038 0.035 0.094 0.046 114 N 0.098 0.286 0.125 0.036 0.247 0.012 0.011 0.023 0.024 0.065 0.074 115 K 0.055 0.070 0.033 0.023 0.120 0.027 0.051 0.227 0.288 0.078 0.028 116 M 0.033 0.111 0.073 0.023 0.084 0.050 0.104 0.269 0.136 0.095 0.021 117 D 0.177 0.127 0.037 0.009 0.220 0.009 0.026 0.122 0.067 0.135 0.071 118 L 0.014 0.034 0.022 0.013 0.024 0.009 0.010 0.333 0.355 0.163 0.022 119 R 0.005 0.030 0.013 0.009 0.012 0.017 0.078 0.590 0.209 0.033 0.004 120 D 0.016 0.059 0.033 0.011 0.035 0.013 0.053 0.384 0.164 0.216 0.016 121 A 0.049 0.055 0.023 0.008 0.057 0.012 0.042 0.317 0.164 0.220 0.054 122 V 0.070 0.140 0.052 0.011 0.139 0.009 0.026 0.291 0.117 0.098 0.046 123 T 0.059 0.242 0.059 0.007 0.149 0.007 0.018 0.282 0.080 0.074 0.023 124 S 0.052 0.100 0.024 0.005 0.124 0.006 0.017 0.504 0.121 0.031 0.015 125 V 0.016 0.025 0.013 0.007 0.026 0.011 0.026 0.731 0.117 0.021 0.009 126 K 0.022 0.047 0.021 0.004 0.044 0.004 0.012 0.706 0.090 0.037 0.012 127 V 0.016 0.024 0.009 0.003 0.023 0.005 0.009 0.762 0.099 0.040 0.010 128 S 0.010 0.030 0.012 0.005 0.020 0.004 0.009 0.793 0.093 0.018 0.005 129 Q 0.005 0.026 0.010 0.004 0.011 0.006 0.012 0.821 0.081 0.019 0.004 130 L 0.008 0.016 0.006 0.004 0.015 0.009 0.017 0.826 0.070 0.024 0.006 131 L 0.010 0.016 0.006 0.003 0.011 0.003 0.006 0.823 0.079 0.033 0.010 132 C 0.004 0.011 0.006 0.002 0.006 0.003 0.004 0.837 0.090 0.034 0.004 133 L 0.003 0.010 0.002 0.001 0.008 0.002 0.007 0.879 0.075 0.010 0.002 134 E 0.003 0.007 0.004 0.001 0.006 0.002 0.012 0.874 0.078 0.012 0.002 135 N 0.003 0.004 0.002 0.001 0.006 0.002 0.007 0.840 0.104 0.029 0.002 136 I 0.006 0.010 0.003 0.002 0.010 0.004 0.021 0.762 0.154 0.023 0.005 137 K 0.004 0.008 0.005 0.005 0.007 0.011 0.093 0.672 0.160 0.031 0.003 138 D 0.010 0.077 0.042 0.030 0.025 0.050 0.190 0.381 0.097 0.089 0.008 139 K 0.028 0.419 0.199 0.039 0.105 0.017 0.018 0.037 0.029 0.085 0.025 140 P 0.094 0.022 0.015 0.028 0.035 0.018 0.021 0.038 0.068 0.451 0.210 141 W 0.069 0.405 0.135 0.011 0.304 0.003 0.004 0.012 0.012 0.029 0.017 142 H 0.143 0.200 0.041 0.012 0.447 0.008 0.030 0.049 0.018 0.020 0.033 143 I 0.413 0.098 0.015 0.005 0.369 0.003 0.004 0.019 0.009 0.012 0.053 144 C 0.048 0.349 0.079 0.028 0.364 0.041 0.031 0.037 0.008 0.008 0.007 145 A 0.572 0.023 0.004 0.001 0.313 0.001 0.002 0.013 0.003 0.005 0.064 146 S 0.110 0.192 0.061 0.077 0.287 0.073 0.033 0.079 0.028 0.023 0.038 147 D 0.129 0.212 0.061 0.009 0.412 0.005 0.009 0.059 0.023 0.028 0.053 148 A 0.073 0.070 0.021 0.007 0.111 0.011 0.049 0.347 0.230 0.050 0.032 149 I 0.028 0.024 0.013 0.038 0.022 0.087 0.369 0.170 0.111 0.119 0.020 150 K 0.018 0.427 0.225 0.083 0.091 0.039 0.055 0.027 0.015 0.015 0.005 151 G 0.049 0.031 0.024 0.045 0.022 0.015 0.008 0.015 0.033 0.559 0.200 152 E 0.010 0.276 0.252 0.103 0.052 0.090 0.080 0.059 0.042 0.025 0.011 153 G 0.049 0.211 0.220 0.067 0.066 0.008 0.003 0.056 0.032 0.157 0.131 154 L 0.031 0.030 0.011 0.002 0.039 0.003 0.006 0.585 0.251 0.031 0.010 155 Q 0.003 0.005 0.003 0.002 0.003 0.003 0.006 0.858 0.108 0.007 0.002 156 E 0.001 0.012 0.003 0.001 0.005 0.001 0.005 0.895 0.068 0.010 0.001 157 G 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.933 0.051 0.007 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.048 0.006 0.001 159 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.040 0.002 0.001 160 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.949 0.034 0.004 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.882 0.097 0.011 0.001 162 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.798 0.166 0.017 0.001 163 D 0.001 0.007 0.002 0.002 0.003 0.005 0.063 0.783 0.115 0.019 0.001 164 Q 0.005 0.008 0.004 0.003 0.009 0.011 0.114 0.572 0.122 0.140 0.011 165 I 0.061 0.070 0.020 0.007 0.087 0.013 0.051 0.289 0.129 0.201 0.071