# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.002 0.001 0.046 0.012 0.031 0.130 0.025 0.753 2 V 0.001 0.001 0.347 0.056 0.076 0.194 0.051 0.276 3 H 0.001 0.001 0.875 0.020 0.031 0.007 0.054 0.013 4 V 0.001 0.001 0.803 0.032 0.024 0.004 0.114 0.022 5 L 0.001 0.001 0.969 0.008 0.006 0.001 0.012 0.003 6 C 0.003 0.001 0.874 0.024 0.032 0.012 0.036 0.018 7 L 0.003 0.001 0.858 0.013 0.023 0.032 0.040 0.031 8 G 0.033 0.005 0.317 0.013 0.037 0.235 0.131 0.230 9 L 0.048 0.009 0.095 0.007 0.019 0.310 0.151 0.361 10 D 0.102 0.016 0.036 0.004 0.013 0.263 0.086 0.480 11 N 0.122 0.042 0.035 0.007 0.016 0.162 0.236 0.380 12 S 0.017 0.061 0.030 0.011 0.023 0.192 0.137 0.529 13 G 0.025 0.320 0.040 0.019 0.046 0.118 0.098 0.335 14 K 0.044 0.503 0.021 0.027 0.037 0.066 0.102 0.199 15 T 0.021 0.338 0.063 0.025 0.033 0.035 0.398 0.087 16 T 0.026 0.676 0.050 0.025 0.031 0.021 0.118 0.053 17 I 0.097 0.510 0.110 0.029 0.047 0.029 0.086 0.092 18 I 0.177 0.342 0.071 0.043 0.051 0.041 0.090 0.185 19 N 0.143 0.117 0.032 0.026 0.038 0.060 0.119 0.466 20 K 0.023 0.033 0.026 0.020 0.027 0.124 0.146 0.601 21 L 0.021 0.021 0.035 0.025 0.030 0.162 0.161 0.545 22 K 0.231 0.045 0.014 0.017 0.018 0.098 0.059 0.519 23 P 0.247 0.053 0.006 0.006 0.010 0.064 0.035 0.579 24 S 0.047 0.034 0.013 0.008 0.017 0.105 0.047 0.728 25 N 0.033 0.030 0.032 0.020 0.038 0.148 0.102 0.596 26 A 0.036 0.016 0.049 0.043 0.037 0.129 0.092 0.599 27 Q 0.095 0.023 0.063 0.036 0.045 0.114 0.103 0.522 28 S 0.146 0.020 0.044 0.022 0.039 0.083 0.084 0.562 29 Q 0.069 0.009 0.040 0.031 0.061 0.113 0.041 0.636 30 N 0.010 0.004 0.038 0.032 0.068 0.098 0.049 0.701 31 I 0.019 0.009 0.050 0.068 0.117 0.150 0.053 0.535 32 L 0.024 0.010 0.080 0.122 0.169 0.097 0.071 0.427 33 P 0.029 0.011 0.065 0.104 0.137 0.088 0.042 0.525 34 T 0.062 0.018 0.092 0.106 0.159 0.069 0.142 0.353 35 I 0.042 0.020 0.059 0.106 0.131 0.098 0.056 0.488 36 G 0.056 0.024 0.066 0.069 0.165 0.085 0.059 0.476 37 F 0.031 0.018 0.050 0.104 0.153 0.088 0.045 0.511 38 S 0.043 0.019 0.041 0.149 0.324 0.066 0.066 0.293 39 I 0.035 0.006 0.031 0.128 0.230 0.058 0.042 0.470 40 E 0.004 0.001 0.026 0.382 0.416 0.023 0.017 0.132 41 K 0.003 0.001 0.024 0.183 0.385 0.040 0.044 0.321 42 F 0.002 0.001 0.044 0.381 0.325 0.037 0.037 0.174 43 K 0.081 0.001 0.037 0.126 0.190 0.045 0.039 0.481 44 S 0.375 0.001 0.012 0.033 0.025 0.038 0.079 0.437 45 S 0.022 0.001 0.034 0.022 0.067 0.145 0.014 0.695 46 S 0.002 0.001 0.044 0.010 0.066 0.114 0.030 0.734 47 L 0.002 0.001 0.195 0.227 0.200 0.090 0.064 0.222 48 S 0.001 0.001 0.318 0.160 0.215 0.035 0.093 0.177 49 F 0.001 0.001 0.365 0.219 0.213 0.018 0.053 0.130 50 T 0.001 0.001 0.783 0.083 0.098 0.003 0.016 0.016 51 V 0.004 0.002 0.487 0.178 0.167 0.020 0.043 0.100 52 F 0.003 0.002 0.640 0.099 0.108 0.027 0.027 0.093 53 D 0.104 0.018 0.193 0.065 0.108 0.118 0.073 0.321 54 M 0.180 0.041 0.068 0.026 0.034 0.153 0.076 0.423 55 S 0.031 0.043 0.022 0.010 0.020 0.122 0.020 0.731 56 G 0.083 0.216 0.023 0.013 0.030 0.091 0.088 0.454 57 Q 0.100 0.417 0.013 0.025 0.027 0.061 0.095 0.262 58 G 0.045 0.258 0.024 0.040 0.051 0.074 0.147 0.361 59 R 0.033 0.492 0.014 0.030 0.039 0.056 0.103 0.233 60 Y 0.046 0.704 0.009 0.012 0.018 0.026 0.062 0.121 61 R 0.028 0.787 0.008 0.012 0.016 0.018 0.041 0.091 62 N 0.022 0.647 0.010 0.015 0.021 0.027 0.117 0.141 63 L 0.024 0.753 0.008 0.008 0.007 0.018 0.125 0.057 64 W 0.024 0.888 0.002 0.003 0.004 0.006 0.045 0.028 65 E 0.034 0.774 0.006 0.005 0.007 0.015 0.064 0.096 66 H 0.029 0.399 0.024 0.031 0.023 0.038 0.260 0.197 67 Y 0.119 0.193 0.025 0.024 0.026 0.049 0.377 0.187 68 Y 0.189 0.044 0.035 0.014 0.017 0.067 0.329 0.303 69 K 0.098 0.019 0.021 0.008 0.014 0.116 0.094 0.631 70 E 0.043 0.010 0.014 0.003 0.008 0.100 0.047 0.776 71 G 0.005 0.007 0.066 0.016 0.038 0.310 0.056 0.501 72 Q 0.001 0.002 0.407 0.033 0.117 0.114 0.127 0.199 73 A 0.001 0.001 0.683 0.077 0.068 0.020 0.100 0.049 74 I 0.001 0.001 0.841 0.053 0.034 0.007 0.040 0.024 75 I 0.001 0.001 0.856 0.045 0.045 0.005 0.029 0.017 76 F 0.002 0.001 0.860 0.039 0.056 0.007 0.024 0.011 77 V 0.006 0.004 0.655 0.057 0.100 0.039 0.072 0.066 78 I 0.019 0.011 0.455 0.063 0.100 0.096 0.100 0.155 79 D 0.126 0.032 0.190 0.038 0.080 0.161 0.131 0.242 80 S 0.089 0.040 0.061 0.017 0.039 0.185 0.073 0.497 81 S 0.059 0.047 0.029 0.011 0.022 0.138 0.053 0.640 82 D 0.127 0.174 0.014 0.012 0.022 0.109 0.080 0.462 83 R 0.076 0.204 0.012 0.014 0.023 0.108 0.064 0.500 84 L 0.034 0.260 0.015 0.033 0.046 0.089 0.064 0.460 85 R 0.031 0.560 0.009 0.023 0.035 0.047 0.067 0.229 86 M 0.024 0.781 0.009 0.013 0.017 0.020 0.042 0.095 87 V 0.019 0.831 0.009 0.015 0.014 0.014 0.033 0.065 88 V 0.015 0.865 0.007 0.006 0.005 0.010 0.042 0.050 89 A 0.013 0.941 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.011 90 K 0.063 0.830 0.003 0.001 0.002 0.006 0.064 0.030 91 E 0.009 0.190 0.005 0.005 0.003 0.021 0.672 0.095 92 E 0.008 0.815 0.004 0.001 0.002 0.011 0.109 0.051 93 L 0.067 0.848 0.003 0.001 0.002 0.011 0.026 0.043 94 D 0.068 0.287 0.040 0.016 0.009 0.046 0.287 0.246 95 T 0.167 0.284 0.017 0.004 0.009 0.061 0.165 0.293 96 L 0.564 0.067 0.022 0.003 0.003 0.069 0.056 0.216 97 L 0.024 0.022 0.028 0.010 0.010 0.125 0.056 0.725 98 N 0.015 0.019 0.005 0.001 0.002 0.059 0.009 0.890 99 H 0.250 0.127 0.017 0.006 0.006 0.122 0.061 0.411 100 P 0.110 0.093 0.039 0.020 0.012 0.103 0.036 0.588 101 D 0.170 0.073 0.012 0.006 0.014 0.074 0.053 0.597 102 I 0.059 0.011 0.101 0.022 0.015 0.100 0.163 0.529 103 K 0.535 0.006 0.017 0.010 0.011 0.043 0.045 0.333 104 H 0.241 0.002 0.010 0.002 0.003 0.042 0.048 0.652 105 R 0.004 0.001 0.045 0.006 0.025 0.259 0.010 0.650 106 R 0.002 0.001 0.049 0.007 0.037 0.088 0.023 0.793 107 I 0.002 0.001 0.126 0.125 0.057 0.182 0.058 0.448 108 P 0.001 0.001 0.816 0.027 0.051 0.018 0.038 0.048 109 I 0.001 0.001 0.676 0.083 0.078 0.012 0.090 0.058 110 L 0.001 0.001 0.935 0.020 0.014 0.002 0.020 0.009 111 F 0.003 0.002 0.887 0.027 0.036 0.006 0.025 0.015 112 F 0.019 0.007 0.693 0.061 0.077 0.034 0.049 0.060 113 A 0.019 0.015 0.412 0.032 0.072 0.099 0.060 0.290 114 N 0.060 0.057 0.144 0.029 0.074 0.169 0.076 0.392 115 K 0.073 0.100 0.071 0.022 0.033 0.181 0.067 0.452 116 M 0.052 0.116 0.058 0.020 0.022 0.127 0.054 0.551 117 D 0.222 0.359 0.022 0.013 0.012 0.065 0.063 0.243 118 L 0.273 0.226 0.014 0.007 0.009 0.061 0.089 0.321 119 R 0.084 0.050 0.010 0.007 0.010 0.071 0.273 0.495 120 D 0.059 0.113 0.006 0.008 0.009 0.056 0.367 0.384 121 A 0.056 0.204 0.006 0.007 0.013 0.092 0.047 0.574 122 V 0.070 0.181 0.015 0.019 0.033 0.097 0.044 0.543 123 T 0.113 0.234 0.007 0.014 0.026 0.069 0.056 0.481 124 S 0.063 0.163 0.014 0.015 0.025 0.087 0.216 0.418 125 V 0.017 0.336 0.020 0.027 0.031 0.090 0.136 0.343 126 K 0.020 0.520 0.018 0.019 0.028 0.059 0.042 0.293 127 V 0.021 0.687 0.018 0.013 0.014 0.035 0.040 0.173 128 S 0.013 0.937 0.003 0.002 0.003 0.004 0.022 0.015 129 Q 0.009 0.958 0.002 0.001 0.001 0.002 0.013 0.013 130 L 0.014 0.924 0.005 0.003 0.003 0.006 0.017 0.029 131 L 0.024 0.485 0.023 0.009 0.008 0.017 0.383 0.050 132 C 0.039 0.852 0.005 0.002 0.002 0.009 0.061 0.031 133 L 0.154 0.599 0.015 0.003 0.004 0.017 0.086 0.121 134 E 0.040 0.194 0.032 0.020 0.011 0.050 0.151 0.502 135 N 0.283 0.092 0.017 0.006 0.009 0.058 0.105 0.430 136 I 0.352 0.012 0.017 0.007 0.004 0.079 0.091 0.437 137 K 0.050 0.005 0.007 0.004 0.006 0.077 0.021 0.829 138 D 0.014 0.001 0.004 0.001 0.002 0.058 0.011 0.909 139 K 0.032 0.005 0.031 0.010 0.008 0.213 0.028 0.673 140 P 0.065 0.011 0.062 0.009 0.017 0.138 0.051 0.647 141 W 0.021 0.007 0.053 0.014 0.025 0.108 0.037 0.734 142 H 0.010 0.007 0.473 0.065 0.128 0.067 0.061 0.188 143 I 0.008 0.008 0.159 0.063 0.113 0.067 0.091 0.492 144 C 0.015 0.018 0.338 0.184 0.132 0.063 0.043 0.207 145 A 0.027 0.028 0.175 0.072 0.134 0.095 0.051 0.418 146 S 0.074 0.058 0.086 0.065 0.082 0.102 0.072 0.461 147 D 0.079 0.078 0.112 0.101 0.125 0.078 0.111 0.316 148 A 0.200 0.052 0.032 0.032 0.058 0.099 0.041 0.486 149 I 0.129 0.029 0.042 0.098 0.074 0.093 0.079 0.456 150 K 0.050 0.037 0.005 0.007 0.015 0.086 0.014 0.785 151 G 0.129 0.154 0.011 0.011 0.017 0.072 0.091 0.516 152 E 0.021 0.188 0.015 0.032 0.023 0.133 0.030 0.558 153 G 0.038 0.693 0.007 0.004 0.007 0.024 0.061 0.167 154 L 0.029 0.920 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 0.016 155 Q 0.010 0.909 0.002 0.001 0.001 0.004 0.054 0.020 156 E 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.015 157 G 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 158 V 0.003 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.002 159 D 0.003 0.791 0.005 0.001 0.001 0.002 0.186 0.010 160 W 0.017 0.889 0.009 0.001 0.001 0.005 0.066 0.013 161 L 0.162 0.592 0.028 0.003 0.002 0.013 0.155 0.045 162 Q 0.202 0.153 0.022 0.003 0.004 0.039 0.211 0.365 163 D 0.032 0.057 0.007 0.002 0.002 0.054 0.066 0.780 164 Q 0.040 0.048 0.023 0.005 0.006 0.129 0.076 0.673 165 I 0.078 0.032 0.028 0.012 0.014 0.162 0.077 0.597