# TARGET T0308 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.472 0.200 0.094 0.144 0.056 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 2 V 0.003 0.005 0.004 0.019 0.035 0.060 0.179 0.211 0.243 0.156 0.084 3 H 0.005 0.052 0.038 0.230 0.308 0.213 0.110 0.027 0.011 0.003 0.002 4 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.096 0.229 0.300 0.343 5 L 0.001 0.002 0.002 0.017 0.043 0.102 0.281 0.213 0.166 0.100 0.075 6 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.060 0.179 0.307 0.434 7 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.069 0.136 0.244 0.288 0.236 8 G 0.002 0.008 0.008 0.023 0.029 0.044 0.100 0.148 0.219 0.213 0.206 9 L 0.013 0.027 0.015 0.121 0.162 0.172 0.208 0.121 0.083 0.050 0.027 10 D 0.111 0.152 0.069 0.256 0.168 0.107 0.076 0.031 0.016 0.008 0.005 11 N 0.217 0.109 0.044 0.180 0.150 0.105 0.087 0.041 0.032 0.021 0.013 12 S 0.030 0.032 0.010 0.041 0.046 0.059 0.113 0.135 0.190 0.178 0.166 13 G 0.014 0.051 0.011 0.059 0.084 0.113 0.169 0.141 0.167 0.117 0.073 14 K 0.006 0.009 0.005 0.031 0.076 0.120 0.179 0.158 0.176 0.134 0.107 15 T 0.032 0.038 0.027 0.094 0.101 0.112 0.172 0.114 0.127 0.104 0.080 16 T 0.003 0.010 0.008 0.091 0.125 0.143 0.205 0.147 0.125 0.090 0.054 17 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.019 0.063 0.210 0.311 0.383 18 I 0.001 0.001 0.002 0.012 0.036 0.083 0.168 0.180 0.214 0.181 0.123 19 N 0.002 0.010 0.108 0.164 0.168 0.153 0.172 0.097 0.073 0.038 0.016 20 K 0.001 0.002 0.005 0.027 0.069 0.162 0.361 0.202 0.108 0.048 0.016 21 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.037 0.096 0.247 0.336 0.267 22 K 0.016 0.067 0.035 0.179 0.221 0.193 0.164 0.066 0.037 0.016 0.006 23 P 0.210 0.169 0.124 0.195 0.106 0.080 0.062 0.029 0.016 0.007 0.002 24 S 0.528 0.173 0.056 0.097 0.055 0.036 0.030 0.012 0.007 0.004 0.002 25 N 0.398 0.244 0.061 0.128 0.069 0.041 0.031 0.012 0.009 0.004 0.002 26 A 0.157 0.056 0.017 0.041 0.040 0.057 0.104 0.111 0.164 0.146 0.107 27 Q 0.116 0.209 0.105 0.213 0.137 0.098 0.071 0.026 0.015 0.007 0.004 28 S 0.158 0.112 0.079 0.116 0.093 0.089 0.110 0.076 0.076 0.053 0.037 29 Q 0.158 0.125 0.077 0.203 0.160 0.113 0.086 0.035 0.022 0.013 0.007 30 N 0.316 0.181 0.090 0.149 0.104 0.066 0.048 0.020 0.015 0.008 0.004 31 I 0.024 0.034 0.027 0.095 0.116 0.142 0.198 0.128 0.115 0.075 0.045 32 L 0.042 0.063 0.035 0.100 0.115 0.125 0.170 0.125 0.108 0.074 0.041 33 P 0.066 0.060 0.036 0.103 0.111 0.118 0.166 0.111 0.104 0.073 0.050 34 T 0.027 0.024 0.014 0.046 0.053 0.063 0.126 0.142 0.183 0.174 0.147 35 I 0.042 0.041 0.025 0.095 0.109 0.129 0.189 0.126 0.118 0.079 0.046 36 G 0.196 0.143 0.062 0.162 0.118 0.088 0.089 0.053 0.044 0.027 0.018 37 F 0.043 0.026 0.018 0.053 0.060 0.081 0.157 0.153 0.172 0.145 0.092 38 S 0.141 0.213 0.073 0.185 0.128 0.086 0.075 0.038 0.031 0.018 0.012 39 I 0.025 0.032 0.021 0.085 0.093 0.109 0.156 0.129 0.149 0.114 0.086 40 E 0.129 0.140 0.100 0.199 0.155 0.105 0.087 0.036 0.026 0.014 0.009 41 K 0.038 0.116 0.101 0.311 0.208 0.112 0.074 0.022 0.011 0.004 0.002 42 F 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.018 0.063 0.109 0.217 0.275 0.302 43 K 0.055 0.199 0.115 0.342 0.183 0.068 0.029 0.006 0.003 0.001 0.001 44 S 0.021 0.031 0.033 0.062 0.068 0.091 0.173 0.142 0.160 0.130 0.091 45 S 0.257 0.165 0.065 0.253 0.130 0.071 0.041 0.010 0.004 0.002 0.002 46 S 0.505 0.245 0.071 0.125 0.038 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.002 0.005 0.003 0.020 0.042 0.083 0.219 0.224 0.212 0.126 0.064 48 S 0.035 0.137 0.076 0.330 0.248 0.118 0.043 0.008 0.004 0.001 0.001 49 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.077 0.227 0.305 0.368 50 T 0.004 0.018 0.023 0.153 0.243 0.229 0.206 0.074 0.032 0.012 0.007 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.076 0.193 0.294 0.410 52 F 0.001 0.002 0.001 0.012 0.025 0.054 0.166 0.198 0.237 0.185 0.118 53 D 0.001 0.003 0.003 0.009 0.012 0.024 0.093 0.152 0.252 0.236 0.215 54 M 0.005 0.007 0.005 0.017 0.020 0.030 0.091 0.137 0.217 0.249 0.222 55 S 0.011 0.020 0.013 0.050 0.067 0.093 0.179 0.168 0.179 0.130 0.089 56 G 0.067 0.087 0.027 0.105 0.111 0.124 0.161 0.108 0.096 0.071 0.042 57 Q 0.040 0.066 0.030 0.119 0.146 0.146 0.168 0.102 0.089 0.057 0.038 58 G 0.297 0.115 0.075 0.123 0.098 0.084 0.086 0.043 0.038 0.025 0.016 59 R 0.158 0.142 0.080 0.172 0.129 0.102 0.096 0.047 0.038 0.023 0.013 60 Y 0.010 0.015 0.011 0.024 0.030 0.053 0.127 0.142 0.224 0.207 0.157 61 R 0.043 0.053 0.079 0.184 0.205 0.179 0.146 0.052 0.036 0.017 0.008 62 N 0.216 0.141 0.357 0.161 0.062 0.029 0.019 0.007 0.005 0.002 0.001 63 L 0.006 0.013 0.027 0.055 0.078 0.146 0.254 0.160 0.139 0.079 0.041 64 W 0.002 0.003 0.009 0.016 0.029 0.066 0.201 0.195 0.215 0.163 0.101 65 E 0.019 0.045 0.337 0.300 0.169 0.075 0.037 0.010 0.005 0.002 0.001 66 H 0.029 0.075 0.300 0.229 0.158 0.105 0.064 0.021 0.012 0.006 0.003 67 Y 0.003 0.005 0.010 0.026 0.031 0.059 0.165 0.167 0.218 0.177 0.139 68 Y 0.003 0.004 0.009 0.021 0.041 0.080 0.211 0.194 0.193 0.144 0.101 69 K 0.053 0.119 0.457 0.235 0.086 0.032 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 70 E 0.077 0.130 0.131 0.259 0.187 0.128 0.067 0.012 0.005 0.002 0.001 71 G 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.054 0.108 0.258 0.302 0.258 72 Q 0.009 0.051 0.060 0.232 0.292 0.213 0.110 0.022 0.008 0.002 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.012 0.066 0.163 0.298 0.256 0.197 74 I 0.001 0.001 0.001 0.009 0.015 0.037 0.161 0.200 0.240 0.186 0.149 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.039 0.116 0.262 0.323 0.253 76 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.048 0.124 0.245 0.274 0.295 77 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.048 0.113 0.222 0.291 0.311 78 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.021 0.098 0.182 0.285 0.260 0.139 79 D 0.003 0.013 0.013 0.059 0.086 0.137 0.242 0.183 0.148 0.077 0.040 80 S 0.004 0.009 0.008 0.023 0.032 0.051 0.126 0.159 0.217 0.198 0.174 81 S 0.043 0.087 0.042 0.191 0.200 0.166 0.145 0.058 0.040 0.019 0.010 82 D 0.157 0.206 0.060 0.200 0.148 0.099 0.073 0.028 0.017 0.009 0.004 83 R 0.323 0.156 0.064 0.179 0.122 0.073 0.046 0.017 0.011 0.006 0.003 84 L 0.195 0.100 0.045 0.113 0.105 0.103 0.134 0.076 0.065 0.039 0.025 85 R 0.039 0.175 0.070 0.175 0.142 0.123 0.118 0.061 0.050 0.029 0.018 86 M 0.010 0.009 0.011 0.027 0.051 0.101 0.193 0.157 0.190 0.146 0.105 87 V 0.233 0.136 0.251 0.187 0.096 0.047 0.033 0.009 0.006 0.003 0.001 88 V 0.026 0.101 0.173 0.292 0.170 0.106 0.078 0.028 0.016 0.007 0.003 89 A 0.003 0.006 0.010 0.014 0.019 0.039 0.123 0.149 0.227 0.222 0.187 90 K 0.017 0.018 0.074 0.151 0.213 0.243 0.208 0.049 0.020 0.006 0.001 91 E 0.068 0.076 0.703 0.114 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.001 0.003 0.011 0.025 0.059 0.168 0.370 0.165 0.114 0.058 0.027 93 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.019 0.113 0.170 0.261 0.244 0.180 94 D 0.009 0.028 0.547 0.239 0.112 0.043 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 95 T 0.004 0.034 0.339 0.262 0.174 0.107 0.057 0.013 0.006 0.002 0.001 96 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.014 0.083 0.130 0.255 0.276 0.227 97 L 0.002 0.003 0.011 0.027 0.064 0.132 0.304 0.203 0.145 0.079 0.029 98 N 0.013 0.078 0.560 0.182 0.096 0.044 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 99 H 0.018 0.045 0.066 0.111 0.124 0.183 0.235 0.103 0.066 0.035 0.015 100 P 0.486 0.131 0.032 0.058 0.041 0.045 0.068 0.045 0.044 0.031 0.018 101 D 0.382 0.211 0.055 0.134 0.085 0.053 0.044 0.017 0.011 0.005 0.003 102 I 0.086 0.040 0.024 0.057 0.057 0.068 0.110 0.114 0.170 0.151 0.124 103 K 0.218 0.213 0.076 0.184 0.108 0.081 0.060 0.025 0.017 0.010 0.009 104 H 0.184 0.175 0.099 0.163 0.122 0.093 0.078 0.036 0.026 0.015 0.010 105 R 0.348 0.125 0.066 0.124 0.086 0.081 0.084 0.035 0.025 0.015 0.010 106 R 0.287 0.216 0.098 0.207 0.113 0.048 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 107 I 0.002 0.006 0.006 0.029 0.053 0.082 0.196 0.179 0.203 0.149 0.096 108 P 0.006 0.021 0.023 0.112 0.215 0.235 0.214 0.088 0.051 0.023 0.012 109 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.027 0.122 0.208 0.258 0.209 0.156 110 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.037 0.146 0.192 0.226 0.211 0.163 111 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.041 0.106 0.227 0.298 0.316 112 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.041 0.110 0.237 0.296 0.304 113 A 0.001 0.003 0.004 0.009 0.013 0.024 0.080 0.136 0.240 0.263 0.227 114 N 0.001 0.004 0.003 0.017 0.021 0.036 0.121 0.176 0.266 0.226 0.130 115 K 0.004 0.013 0.011 0.063 0.104 0.164 0.236 0.165 0.126 0.072 0.043 116 M 0.025 0.038 0.034 0.075 0.089 0.100 0.173 0.143 0.138 0.109 0.075 117 D 0.009 0.028 0.020 0.113 0.154 0.165 0.202 0.120 0.101 0.060 0.028 118 L 0.008 0.022 0.021 0.060 0.069 0.082 0.135 0.138 0.190 0.165 0.110 119 R 0.108 0.076 0.068 0.220 0.216 0.139 0.096 0.038 0.025 0.011 0.004 120 D 0.272 0.179 0.121 0.187 0.100 0.065 0.045 0.016 0.009 0.004 0.002 121 A 0.149 0.099 0.062 0.117 0.091 0.105 0.142 0.084 0.071 0.049 0.031 122 V 0.103 0.064 0.044 0.066 0.066 0.095 0.160 0.120 0.122 0.094 0.065 123 T 0.185 0.245 0.201 0.143 0.078 0.051 0.044 0.020 0.017 0.011 0.006 124 S 0.202 0.160 0.132 0.179 0.113 0.082 0.062 0.028 0.023 0.013 0.007 125 V 0.232 0.108 0.058 0.126 0.114 0.106 0.113 0.057 0.047 0.027 0.013 126 K 0.284 0.215 0.139 0.189 0.092 0.043 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 127 V 0.032 0.025 0.031 0.045 0.063 0.098 0.199 0.171 0.167 0.110 0.058 128 S 0.062 0.189 0.105 0.140 0.117 0.116 0.124 0.063 0.048 0.025 0.012 129 Q 0.059 0.079 0.143 0.241 0.216 0.136 0.080 0.025 0.015 0.006 0.002 130 L 0.309 0.116 0.219 0.141 0.075 0.051 0.050 0.018 0.013 0.006 0.003 131 L 0.012 0.024 0.076 0.153 0.145 0.159 0.196 0.108 0.074 0.036 0.015 132 C 0.002 0.003 0.009 0.010 0.017 0.043 0.169 0.190 0.240 0.193 0.123 133 L 0.002 0.010 0.190 0.192 0.232 0.192 0.120 0.034 0.019 0.008 0.002 134 E 0.028 0.055 0.701 0.117 0.048 0.024 0.016 0.005 0.004 0.002 0.001 135 N 0.003 0.011 0.030 0.067 0.092 0.162 0.318 0.150 0.097 0.046 0.024 136 I 0.002 0.002 0.005 0.006 0.009 0.025 0.104 0.150 0.238 0.256 0.202 137 K 0.032 0.105 0.351 0.271 0.150 0.059 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 138 D 0.164 0.147 0.442 0.149 0.054 0.026 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 139 K 0.056 0.054 0.025 0.100 0.118 0.173 0.253 0.110 0.063 0.033 0.015 140 P 0.363 0.254 0.074 0.159 0.082 0.037 0.020 0.005 0.003 0.002 0.001 141 W 0.003 0.003 0.002 0.008 0.014 0.025 0.080 0.142 0.254 0.253 0.216 142 H 0.037 0.117 0.083 0.256 0.229 0.156 0.082 0.023 0.011 0.004 0.002 143 I 0.001 0.002 0.002 0.009 0.013 0.026 0.089 0.151 0.234 0.242 0.231 144 C 0.004 0.004 0.003 0.018 0.036 0.067 0.191 0.212 0.208 0.151 0.106 145 A 0.014 0.026 0.021 0.068 0.080 0.092 0.168 0.147 0.162 0.121 0.101 146 S 0.002 0.002 0.002 0.006 0.008 0.014 0.050 0.089 0.200 0.298 0.330 147 D 0.012 0.032 0.022 0.108 0.127 0.142 0.199 0.134 0.113 0.065 0.046 148 A 0.010 0.013 0.008 0.026 0.028 0.039 0.110 0.147 0.205 0.204 0.212 149 I 0.013 0.024 0.020 0.090 0.156 0.165 0.187 0.112 0.110 0.072 0.052 150 K 0.090 0.180 0.096 0.248 0.156 0.105 0.072 0.024 0.016 0.008 0.004 151 G 0.335 0.115 0.051 0.139 0.116 0.092 0.076 0.034 0.021 0.013 0.008 152 E 0.258 0.193 0.074 0.161 0.098 0.067 0.077 0.034 0.022 0.011 0.006 153 G 0.050 0.294 0.067 0.162 0.142 0.111 0.088 0.036 0.025 0.015 0.010 154 L 0.006 0.008 0.006 0.027 0.056 0.093 0.182 0.158 0.182 0.147 0.134 155 Q 0.455 0.177 0.102 0.147 0.072 0.030 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 156 E 0.050 0.149 0.203 0.391 0.139 0.048 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 157 G 0.001 0.002 0.004 0.005 0.007 0.019 0.096 0.155 0.272 0.244 0.195 158 V 0.001 0.001 0.009 0.016 0.043 0.149 0.374 0.193 0.124 0.065 0.026 159 D 0.006 0.026 0.815 0.118 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 160 W 0.001 0.004 0.029 0.096 0.201 0.319 0.268 0.055 0.019 0.006 0.002 161 L 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.021 0.065 0.228 0.338 0.336 162 Q 0.001 0.003 0.034 0.090 0.209 0.304 0.263 0.065 0.023 0.007 0.002 163 D 0.013 0.044 0.837 0.079 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 164 Q 0.007 0.015 0.031 0.048 0.097 0.229 0.382 0.112 0.052 0.021 0.006 165 I 0.017 0.017 0.029 0.020 0.015 0.027 0.113 0.136 0.236 0.228 0.163