# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.056 0.001 0.003 0.018 0.020 0.025 0.126 0.003 0.001 0.010 0.737 2 V 0.064 0.001 0.030 0.039 0.022 0.022 0.055 0.001 0.001 0.012 0.756 3 H 0.012 0.001 0.010 0.251 0.098 0.074 0.160 0.001 0.001 0.004 0.392 4 V 0.002 0.001 0.004 0.402 0.081 0.085 0.033 0.001 0.001 0.001 0.391 5 L 0.001 0.001 0.001 0.829 0.068 0.091 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 6 C 0.001 0.001 0.001 0.837 0.044 0.068 0.010 0.001 0.001 0.001 0.040 7 L 0.001 0.001 0.001 0.906 0.032 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 8 G 0.001 0.001 0.001 0.680 0.056 0.106 0.040 0.001 0.001 0.001 0.114 9 L 0.002 0.001 0.001 0.261 0.043 0.068 0.047 0.001 0.001 0.004 0.574 10 D 0.001 0.001 0.001 0.048 0.022 0.052 0.097 0.001 0.001 0.003 0.777 11 N 0.020 0.001 0.001 0.025 0.015 0.026 0.230 0.001 0.001 0.015 0.667 12 S 0.137 0.007 0.001 0.012 0.006 0.011 0.142 0.001 0.001 0.017 0.666 13 G 0.133 0.049 0.003 0.020 0.022 0.031 0.243 0.001 0.001 0.014 0.483 14 K 0.142 0.092 0.004 0.010 0.008 0.023 0.185 0.001 0.001 0.013 0.522 15 T 0.061 0.274 0.003 0.010 0.013 0.024 0.077 0.002 0.001 0.004 0.532 16 T 0.042 0.335 0.002 0.003 0.010 0.010 0.094 0.002 0.001 0.003 0.499 17 I 0.018 0.668 0.002 0.003 0.013 0.023 0.096 0.002 0.001 0.004 0.169 18 I 0.012 0.878 0.001 0.004 0.012 0.022 0.023 0.003 0.001 0.001 0.044 19 N 0.017 0.915 0.001 0.001 0.003 0.005 0.010 0.006 0.001 0.001 0.041 20 K 0.077 0.857 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 0.001 0.001 0.037 21 L 0.152 0.755 0.040 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.026 22 K 0.088 0.588 0.065 0.008 0.008 0.015 0.014 0.057 0.001 0.001 0.156 23 P 0.014 0.033 0.009 0.005 0.002 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.921 24 S 0.155 0.072 0.012 0.010 0.005 0.008 0.053 0.010 0.001 0.003 0.673 25 N 0.414 0.060 0.008 0.012 0.005 0.006 0.056 0.016 0.001 0.005 0.417 26 A 0.207 0.110 0.016 0.038 0.012 0.014 0.071 0.007 0.001 0.005 0.519 27 Q 0.128 0.064 0.009 0.040 0.031 0.045 0.243 0.002 0.001 0.007 0.431 28 S 0.080 0.067 0.005 0.062 0.028 0.042 0.070 0.002 0.001 0.003 0.641 29 Q 0.071 0.089 0.004 0.065 0.058 0.082 0.123 0.004 0.001 0.006 0.497 30 N 0.156 0.055 0.004 0.023 0.036 0.057 0.140 0.008 0.001 0.015 0.505 31 I 0.267 0.076 0.015 0.068 0.049 0.084 0.076 0.015 0.001 0.014 0.335 32 L 0.128 0.022 0.018 0.055 0.068 0.077 0.141 0.006 0.001 0.009 0.475 33 P 0.004 0.001 0.007 0.011 0.008 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.945 34 T 0.011 0.003 0.002 0.074 0.095 0.216 0.154 0.001 0.001 0.003 0.442 35 I 0.095 0.010 0.002 0.054 0.051 0.083 0.074 0.001 0.001 0.008 0.622 36 G 0.055 0.036 0.001 0.072 0.091 0.148 0.099 0.001 0.001 0.006 0.491 37 F 0.083 0.028 0.004 0.066 0.084 0.156 0.118 0.001 0.001 0.012 0.448 38 S 0.067 0.053 0.002 0.125 0.138 0.208 0.114 0.003 0.001 0.010 0.280 39 I 0.052 0.046 0.008 0.055 0.129 0.235 0.066 0.004 0.001 0.011 0.395 40 E 0.039 0.036 0.005 0.073 0.277 0.303 0.066 0.003 0.001 0.006 0.191 41 K 0.068 0.025 0.008 0.036 0.123 0.174 0.071 0.005 0.001 0.008 0.482 42 F 0.031 0.013 0.010 0.058 0.329 0.361 0.036 0.002 0.001 0.003 0.157 43 K 0.012 0.007 0.002 0.059 0.239 0.321 0.061 0.002 0.001 0.003 0.293 44 S 0.015 0.005 0.002 0.054 0.244 0.301 0.079 0.001 0.001 0.004 0.294 45 S 0.013 0.003 0.001 0.029 0.069 0.093 0.161 0.001 0.001 0.007 0.623 46 S 0.058 0.001 0.001 0.013 0.016 0.024 0.217 0.001 0.001 0.032 0.636 47 L 0.419 0.001 0.013 0.042 0.034 0.026 0.186 0.001 0.001 0.079 0.197 48 S 0.073 0.001 0.021 0.099 0.075 0.060 0.268 0.001 0.001 0.017 0.385 49 F 0.003 0.001 0.012 0.276 0.193 0.217 0.040 0.001 0.001 0.002 0.257 50 T 0.001 0.001 0.001 0.394 0.238 0.319 0.027 0.001 0.001 0.001 0.020 51 V 0.001 0.001 0.001 0.255 0.201 0.254 0.018 0.001 0.001 0.001 0.271 52 F 0.001 0.001 0.001 0.348 0.229 0.386 0.012 0.001 0.001 0.001 0.025 53 D 0.002 0.001 0.001 0.356 0.153 0.241 0.089 0.001 0.001 0.003 0.156 54 M 0.005 0.001 0.001 0.310 0.054 0.071 0.106 0.001 0.001 0.008 0.445 55 S 0.002 0.001 0.001 0.033 0.010 0.021 0.293 0.001 0.001 0.008 0.634 56 G 0.084 0.001 0.001 0.017 0.006 0.008 0.513 0.001 0.001 0.092 0.279 57 Q 0.340 0.008 0.003 0.008 0.003 0.004 0.330 0.001 0.001 0.040 0.264 58 G 0.047 0.026 0.003 0.008 0.007 0.009 0.233 0.001 0.001 0.008 0.659 59 R 0.056 0.040 0.003 0.009 0.018 0.049 0.322 0.001 0.001 0.010 0.493 60 Y 0.085 0.121 0.002 0.010 0.050 0.109 0.082 0.001 0.001 0.005 0.535 61 R 0.060 0.268 0.002 0.007 0.039 0.115 0.061 0.002 0.001 0.004 0.441 62 N 0.061 0.220 0.002 0.003 0.020 0.040 0.059 0.005 0.001 0.003 0.588 63 L 0.136 0.453 0.005 0.009 0.013 0.020 0.043 0.009 0.001 0.003 0.308 64 W 0.048 0.679 0.006 0.011 0.009 0.018 0.053 0.008 0.001 0.002 0.166 65 E 0.027 0.673 0.004 0.006 0.007 0.014 0.027 0.006 0.001 0.001 0.235 66 H 0.085 0.692 0.003 0.003 0.008 0.014 0.033 0.011 0.001 0.002 0.150 67 Y 0.178 0.649 0.005 0.003 0.007 0.007 0.014 0.016 0.001 0.002 0.119 68 Y 0.085 0.775 0.018 0.005 0.011 0.017 0.010 0.009 0.001 0.002 0.068 69 K 0.025 0.530 0.005 0.005 0.018 0.016 0.016 0.016 0.001 0.001 0.369 70 E 0.174 0.338 0.004 0.010 0.023 0.032 0.028 0.059 0.001 0.006 0.327 71 G 0.416 0.168 0.039 0.019 0.029 0.035 0.048 0.049 0.001 0.015 0.181 72 Q 0.150 0.052 0.093 0.126 0.146 0.096 0.093 0.018 0.001 0.009 0.216 73 A 0.022 0.007 0.067 0.286 0.176 0.208 0.028 0.002 0.001 0.003 0.202 74 I 0.001 0.001 0.001 0.488 0.247 0.248 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 75 I 0.001 0.001 0.001 0.613 0.155 0.203 0.006 0.001 0.001 0.001 0.021 76 F 0.001 0.001 0.001 0.651 0.155 0.187 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 77 V 0.001 0.001 0.001 0.612 0.138 0.205 0.007 0.001 0.001 0.001 0.037 78 I 0.001 0.001 0.001 0.453 0.195 0.296 0.012 0.001 0.001 0.001 0.043 79 D 0.001 0.001 0.001 0.252 0.183 0.316 0.068 0.001 0.001 0.004 0.175 80 S 0.007 0.001 0.001 0.164 0.109 0.190 0.092 0.001 0.001 0.011 0.424 81 S 0.017 0.002 0.001 0.057 0.066 0.097 0.432 0.001 0.001 0.021 0.306 82 D 0.116 0.006 0.002 0.013 0.014 0.016 0.305 0.001 0.001 0.030 0.497 83 R 0.119 0.035 0.005 0.012 0.007 0.012 0.264 0.001 0.001 0.023 0.521 84 L 0.083 0.038 0.005 0.007 0.011 0.017 0.454 0.001 0.001 0.028 0.354 85 R 0.085 0.095 0.008 0.008 0.018 0.030 0.283 0.001 0.001 0.008 0.462 86 M 0.066 0.272 0.004 0.011 0.021 0.042 0.068 0.002 0.001 0.003 0.512 87 V 0.042 0.387 0.002 0.006 0.014 0.031 0.055 0.002 0.001 0.003 0.459 88 V 0.061 0.401 0.003 0.002 0.006 0.015 0.053 0.003 0.001 0.002 0.455 89 A 0.085 0.712 0.003 0.004 0.004 0.009 0.022 0.007 0.001 0.001 0.153 90 K 0.035 0.813 0.001 0.003 0.001 0.003 0.012 0.006 0.001 0.001 0.123 91 E 0.020 0.733 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.223 92 E 0.027 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.091 93 L 0.026 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.022 94 D 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.029 95 T 0.011 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 96 L 0.040 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.022 97 L 0.057 0.899 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.022 98 N 0.086 0.774 0.018 0.001 0.001 0.002 0.002 0.052 0.001 0.001 0.063 99 H 0.328 0.468 0.019 0.002 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.157 100 P 0.007 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.958 101 D 0.038 0.021 0.003 0.015 0.006 0.008 0.078 0.006 0.001 0.001 0.822 102 I 0.424 0.058 0.013 0.025 0.009 0.018 0.084 0.004 0.001 0.005 0.361 103 K 0.209 0.196 0.001 0.082 0.019 0.023 0.090 0.008 0.001 0.002 0.370 104 H 0.362 0.073 0.003 0.019 0.011 0.016 0.091 0.004 0.001 0.007 0.414 105 R 0.053 0.021 0.001 0.014 0.006 0.008 0.053 0.006 0.001 0.002 0.835 106 R 0.190 0.003 0.004 0.015 0.007 0.010 0.149 0.025 0.001 0.021 0.577 107 I 0.378 0.001 0.223 0.044 0.011 0.008 0.038 0.001 0.001 0.017 0.278 108 P 0.001 0.001 0.016 0.063 0.012 0.007 0.025 0.001 0.001 0.001 0.876 109 I 0.001 0.001 0.001 0.560 0.060 0.114 0.047 0.001 0.001 0.001 0.217 110 L 0.001 0.001 0.001 0.871 0.037 0.073 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 111 F 0.001 0.001 0.001 0.930 0.021 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.014 112 F 0.001 0.001 0.001 0.925 0.024 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 113 A 0.001 0.001 0.001 0.837 0.037 0.098 0.009 0.001 0.001 0.001 0.017 114 N 0.004 0.003 0.001 0.330 0.123 0.262 0.101 0.001 0.001 0.006 0.170 115 K 0.024 0.004 0.002 0.087 0.058 0.091 0.085 0.003 0.001 0.016 0.630 116 M 0.052 0.015 0.021 0.062 0.064 0.119 0.246 0.002 0.001 0.019 0.400 117 D 0.048 0.015 0.003 0.029 0.050 0.058 0.227 0.004 0.001 0.009 0.558 118 L 0.054 0.019 0.008 0.015 0.014 0.018 0.047 0.001 0.001 0.005 0.819 119 R 0.034 0.025 0.003 0.011 0.015 0.028 0.214 0.001 0.001 0.007 0.663 120 D 0.163 0.029 0.003 0.008 0.011 0.020 0.313 0.003 0.001 0.022 0.428 121 A 0.229 0.151 0.006 0.012 0.006 0.011 0.108 0.005 0.001 0.010 0.461 122 V 0.132 0.207 0.009 0.019 0.016 0.022 0.164 0.008 0.001 0.017 0.407 123 T 0.130 0.200 0.007 0.009 0.010 0.014 0.146 0.006 0.001 0.007 0.471 124 S 0.089 0.278 0.009 0.011 0.011 0.019 0.047 0.007 0.001 0.004 0.523 125 V 0.083 0.399 0.007 0.011 0.013 0.023 0.079 0.008 0.001 0.005 0.371 126 K 0.157 0.351 0.006 0.007 0.007 0.015 0.097 0.014 0.001 0.007 0.338 127 V 0.148 0.587 0.016 0.012 0.008 0.013 0.029 0.012 0.001 0.003 0.173 128 S 0.066 0.627 0.007 0.009 0.007 0.010 0.056 0.009 0.001 0.002 0.207 129 Q 0.033 0.497 0.005 0.006 0.003 0.005 0.040 0.009 0.001 0.002 0.400 130 L 0.034 0.623 0.005 0.002 0.002 0.003 0.057 0.004 0.001 0.003 0.268 131 L 0.045 0.591 0.003 0.002 0.002 0.004 0.200 0.011 0.001 0.005 0.137 132 C 0.019 0.933 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.031 133 L 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 134 E 0.017 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.037 135 N 0.069 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.038 136 I 0.068 0.877 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.024 137 K 0.045 0.754 0.011 0.004 0.007 0.011 0.012 0.057 0.001 0.001 0.098 138 D 0.392 0.272 0.014 0.007 0.003 0.006 0.009 0.139 0.001 0.002 0.156 139 K 0.459 0.091 0.048 0.009 0.008 0.005 0.033 0.053 0.001 0.003 0.291 140 P 0.021 0.001 0.028 0.009 0.002 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.919 141 W 0.035 0.001 0.098 0.078 0.021 0.033 0.126 0.001 0.001 0.005 0.602 142 H 0.054 0.001 0.003 0.315 0.066 0.058 0.101 0.001 0.001 0.004 0.397 143 I 0.011 0.001 0.002 0.210 0.033 0.069 0.042 0.001 0.001 0.002 0.631 144 C 0.002 0.001 0.001 0.651 0.116 0.163 0.027 0.001 0.001 0.001 0.039 145 A 0.003 0.001 0.001 0.229 0.025 0.050 0.026 0.001 0.001 0.001 0.664 146 S 0.003 0.001 0.001 0.361 0.157 0.285 0.035 0.001 0.001 0.002 0.154 147 D 0.010 0.003 0.001 0.147 0.097 0.198 0.096 0.001 0.001 0.005 0.444 148 A 0.024 0.013 0.001 0.124 0.117 0.146 0.088 0.001 0.001 0.006 0.480 149 I 0.041 0.028 0.002 0.074 0.108 0.217 0.199 0.001 0.001 0.013 0.317 150 K 0.082 0.080 0.002 0.024 0.049 0.068 0.196 0.004 0.001 0.011 0.484 151 G 0.306 0.093 0.006 0.011 0.015 0.022 0.114 0.010 0.001 0.024 0.399 152 E 0.273 0.055 0.054 0.006 0.005 0.009 0.183 0.003 0.001 0.017 0.393 153 G 0.058 0.015 0.014 0.009 0.011 0.009 0.288 0.004 0.001 0.007 0.585 154 L 0.081 0.041 0.064 0.014 0.005 0.015 0.166 0.001 0.001 0.007 0.608 155 Q 0.005 0.081 0.001 0.022 0.010 0.016 0.154 0.001 0.001 0.001 0.708 156 E 0.030 0.138 0.001 0.004 0.002 0.005 0.153 0.001 0.001 0.003 0.664 157 G 0.076 0.500 0.001 0.003 0.002 0.004 0.069 0.005 0.001 0.002 0.338 158 V 0.027 0.897 0.001 0.002 0.001 0.004 0.025 0.002 0.001 0.002 0.040 159 D 0.003 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.065 160 W 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 161 L 0.007 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 162 Q 0.008 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 163 D 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 164 Q 0.054 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.022 165 I 0.093 0.848 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.025