# TARGET T0308 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 2 V 0.282 0.010 0.001 0.001 0.004 0.002 0.701 3 H 0.770 0.002 0.001 0.001 0.052 0.003 0.173 4 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 5 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 6 C 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 7 L 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.038 8 G 0.618 0.008 0.001 0.001 0.064 0.005 0.304 9 L 0.107 0.009 0.007 0.002 0.220 0.010 0.644 10 D 0.008 0.003 0.099 0.015 0.143 0.659 0.073 11 N 0.004 0.002 0.072 0.024 0.079 0.783 0.037 12 S 0.020 0.021 0.045 0.141 0.385 0.171 0.217 13 G 0.045 0.022 0.008 0.165 0.425 0.074 0.261 14 K 0.033 0.005 0.011 0.822 0.033 0.034 0.062 15 T 0.041 0.007 0.010 0.864 0.022 0.014 0.041 16 T 0.035 0.006 0.013 0.867 0.024 0.012 0.043 17 I 0.029 0.003 0.021 0.898 0.014 0.024 0.011 18 I 0.010 0.001 0.064 0.897 0.003 0.020 0.005 19 N 0.013 0.001 0.140 0.733 0.010 0.090 0.013 20 K 0.011 0.002 0.151 0.568 0.012 0.237 0.019 21 L 0.056 0.049 0.057 0.346 0.123 0.204 0.165 22 K 0.025 0.013 0.027 0.067 0.085 0.057 0.726 23 P 0.007 0.003 0.176 0.140 0.097 0.466 0.111 24 S 0.011 0.003 0.137 0.068 0.075 0.636 0.071 25 N 0.040 0.012 0.156 0.044 0.220 0.268 0.260 26 A 0.099 0.030 0.048 0.060 0.143 0.078 0.541 27 Q 0.199 0.026 0.056 0.081 0.106 0.091 0.440 28 S 0.231 0.027 0.104 0.101 0.093 0.114 0.331 29 Q 0.240 0.013 0.096 0.055 0.156 0.153 0.288 30 N 0.292 0.015 0.040 0.019 0.194 0.108 0.332 31 I 0.389 0.035 0.015 0.011 0.113 0.047 0.390 32 L 0.375 0.021 0.010 0.009 0.125 0.036 0.423 33 P 0.360 0.014 0.016 0.009 0.104 0.066 0.430 34 T 0.497 0.023 0.012 0.006 0.091 0.052 0.317 35 I 0.589 0.036 0.013 0.007 0.094 0.050 0.211 36 G 0.525 0.009 0.009 0.004 0.137 0.038 0.278 37 F 0.502 0.007 0.009 0.002 0.095 0.029 0.355 38 S 0.753 0.015 0.004 0.001 0.042 0.023 0.163 39 I 0.809 0.007 0.003 0.001 0.044 0.010 0.126 40 E 0.856 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 0.104 41 K 0.958 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.027 42 F 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 43 K 0.957 0.005 0.001 0.002 0.001 0.003 0.030 44 S 0.839 0.003 0.003 0.002 0.007 0.022 0.124 45 S 0.058 0.001 0.006 0.001 0.109 0.797 0.029 46 S 0.134 0.001 0.006 0.001 0.084 0.750 0.025 47 L 0.779 0.003 0.001 0.001 0.013 0.004 0.200 48 S 0.960 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 49 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 50 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 51 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 52 F 0.957 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.038 53 D 0.568 0.004 0.001 0.001 0.022 0.002 0.403 54 M 0.093 0.006 0.003 0.001 0.261 0.054 0.582 55 S 0.022 0.017 0.014 0.006 0.337 0.298 0.306 56 G 0.019 0.015 0.027 0.032 0.412 0.202 0.292 57 Q 0.014 0.014 0.063 0.373 0.121 0.108 0.308 58 G 0.009 0.005 0.072 0.658 0.059 0.116 0.081 59 R 0.009 0.008 0.092 0.697 0.030 0.093 0.070 60 Y 0.006 0.003 0.055 0.840 0.010 0.043 0.043 61 R 0.004 0.001 0.034 0.880 0.012 0.042 0.026 62 N 0.003 0.001 0.019 0.903 0.010 0.049 0.015 63 L 0.003 0.001 0.019 0.907 0.009 0.038 0.023 64 W 0.003 0.002 0.011 0.937 0.009 0.017 0.022 65 E 0.001 0.001 0.020 0.939 0.004 0.028 0.007 66 H 0.001 0.001 0.025 0.902 0.005 0.062 0.005 67 Y 0.002 0.001 0.040 0.838 0.007 0.096 0.015 68 Y 0.006 0.007 0.081 0.731 0.032 0.100 0.043 69 K 0.005 0.001 0.113 0.414 0.027 0.422 0.018 70 E 0.010 0.003 0.112 0.095 0.060 0.687 0.033 71 G 0.075 0.004 0.012 0.003 0.135 0.055 0.717 72 Q 0.051 0.001 0.001 0.001 0.638 0.032 0.276 73 A 0.964 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.025 74 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 75 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 78 I 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 79 D 0.474 0.007 0.001 0.001 0.011 0.002 0.506 80 S 0.043 0.002 0.036 0.010 0.135 0.658 0.116 81 S 0.011 0.005 0.052 0.024 0.251 0.587 0.071 82 D 0.016 0.005 0.094 0.032 0.425 0.273 0.154 83 R 0.022 0.011 0.058 0.135 0.172 0.402 0.200 84 L 0.081 0.014 0.050 0.249 0.159 0.128 0.319 85 R 0.143 0.043 0.039 0.379 0.065 0.067 0.265 86 M 0.084 0.008 0.014 0.700 0.031 0.022 0.140 87 V 0.072 0.004 0.009 0.821 0.021 0.019 0.054 88 V 0.069 0.006 0.011 0.842 0.013 0.016 0.042 89 A 0.032 0.002 0.008 0.892 0.008 0.013 0.044 90 K 0.011 0.001 0.008 0.954 0.006 0.007 0.013 91 E 0.006 0.001 0.008 0.961 0.005 0.013 0.006 92 E 0.001 0.001 0.003 0.971 0.002 0.015 0.007 93 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.003 94 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 95 T 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 96 L 0.001 0.001 0.010 0.964 0.001 0.023 0.001 97 L 0.001 0.002 0.018 0.844 0.006 0.126 0.004 98 N 0.001 0.001 0.019 0.366 0.018 0.581 0.014 99 H 0.002 0.002 0.006 0.022 0.364 0.044 0.559 100 P 0.003 0.002 0.189 0.079 0.118 0.422 0.188 101 D 0.015 0.012 0.249 0.065 0.114 0.392 0.153 102 I 0.046 0.035 0.415 0.078 0.110 0.124 0.192 103 K 0.062 0.032 0.216 0.152 0.099 0.168 0.270 104 H 0.046 0.011 0.216 0.102 0.070 0.348 0.207 105 R 0.029 0.003 0.065 0.031 0.118 0.433 0.321 106 R 0.049 0.005 0.045 0.009 0.149 0.410 0.332 107 I 0.163 0.005 0.001 0.001 0.225 0.003 0.604 108 P 0.409 0.003 0.001 0.001 0.045 0.004 0.540 109 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 110 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 113 A 0.877 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.113 114 N 0.525 0.003 0.003 0.002 0.058 0.013 0.396 115 K 0.181 0.015 0.099 0.047 0.183 0.108 0.369 116 M 0.120 0.037 0.151 0.130 0.225 0.179 0.158 117 D 0.064 0.023 0.125 0.124 0.072 0.165 0.427 118 L 0.016 0.007 0.285 0.371 0.048 0.185 0.088 119 R 0.006 0.001 0.347 0.419 0.036 0.147 0.044 120 D 0.007 0.002 0.283 0.407 0.047 0.199 0.055 121 A 0.018 0.007 0.125 0.516 0.056 0.188 0.090 122 V 0.062 0.012 0.057 0.381 0.107 0.105 0.276 123 T 0.079 0.010 0.044 0.394 0.083 0.114 0.277 124 S 0.056 0.006 0.023 0.623 0.065 0.076 0.151 125 V 0.098 0.006 0.010 0.637 0.057 0.053 0.138 126 K 0.139 0.009 0.006 0.612 0.037 0.028 0.170 127 V 0.165 0.017 0.005 0.531 0.039 0.013 0.230 128 S 0.093 0.006 0.006 0.550 0.032 0.014 0.297 129 Q 0.011 0.001 0.010 0.920 0.012 0.023 0.023 130 L 0.005 0.001 0.007 0.944 0.010 0.019 0.014 131 L 0.006 0.001 0.011 0.938 0.006 0.018 0.021 132 C 0.006 0.001 0.008 0.946 0.004 0.015 0.019 133 L 0.004 0.001 0.012 0.954 0.004 0.015 0.010 134 E 0.003 0.001 0.027 0.920 0.005 0.037 0.008 135 N 0.003 0.001 0.026 0.886 0.005 0.065 0.014 136 I 0.008 0.008 0.045 0.754 0.028 0.110 0.048 137 K 0.005 0.004 0.075 0.540 0.031 0.296 0.049 138 D 0.005 0.001 0.066 0.292 0.102 0.451 0.083 139 K 0.010 0.002 0.017 0.037 0.523 0.176 0.234 140 P 0.044 0.010 0.019 0.009 0.175 0.218 0.525 141 W 0.175 0.011 0.007 0.003 0.101 0.016 0.688 142 H 0.563 0.012 0.005 0.002 0.059 0.013 0.346 143 I 0.905 0.008 0.002 0.002 0.010 0.003 0.070 144 C 0.921 0.003 0.001 0.003 0.008 0.001 0.063 145 A 0.871 0.004 0.002 0.004 0.018 0.004 0.098 146 S 0.687 0.008 0.002 0.009 0.036 0.006 0.252 147 D 0.376 0.015 0.005 0.011 0.066 0.013 0.513 148 A 0.100 0.007 0.046 0.116 0.106 0.416 0.209 149 I 0.052 0.015 0.074 0.124 0.112 0.499 0.125 150 K 0.023 0.008 0.072 0.131 0.086 0.615 0.066 151 G 0.009 0.003 0.024 0.050 0.137 0.691 0.086 152 E 0.023 0.019 0.020 0.112 0.353 0.270 0.203 153 G 0.046 0.078 0.020 0.207 0.156 0.234 0.259 154 L 0.010 0.006 0.017 0.697 0.017 0.015 0.238 155 Q 0.005 0.001 0.024 0.901 0.009 0.010 0.050 156 E 0.005 0.002 0.028 0.930 0.007 0.012 0.016 157 G 0.002 0.001 0.014 0.963 0.002 0.010 0.009 158 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.002 159 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 160 W 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 161 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.016 0.001 162 Q 0.001 0.001 0.015 0.956 0.001 0.026 0.001 163 D 0.001 0.001 0.023 0.797 0.003 0.172 0.005 164 Q 0.001 0.001 0.037 0.528 0.006 0.396 0.032 165 I 0.002 0.004 0.005 0.057 0.071 0.013 0.849