# TARGET T0308 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.071 0.337 0.284 0.093 0.104 0.023 0.046 0.010 0.024 0.008 0.001 2 V 0.006 0.430 0.464 0.005 0.038 0.037 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 3 H 0.063 0.431 0.318 0.048 0.009 0.092 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 4 V 0.001 0.914 0.052 0.001 0.020 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 5 L 0.001 0.844 0.097 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 6 C 0.002 0.550 0.308 0.001 0.006 0.088 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 7 L 0.016 0.780 0.062 0.020 0.032 0.044 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 8 G 0.016 0.086 0.156 0.023 0.456 0.016 0.023 0.013 0.011 0.200 0.002 9 L 0.105 0.224 0.438 0.060 0.030 0.050 0.010 0.002 0.069 0.004 0.008 10 D 0.189 0.022 0.615 0.055 0.006 0.031 0.022 0.007 0.006 0.031 0.015 11 N 0.100 0.009 0.012 0.153 0.011 0.027 0.515 0.152 0.018 0.004 0.001 12 S 0.297 0.089 0.190 0.322 0.032 0.010 0.032 0.010 0.009 0.008 0.001 13 G 0.114 0.011 0.081 0.019 0.059 0.004 0.047 0.462 0.002 0.200 0.001 14 K 0.745 0.049 0.083 0.077 0.011 0.019 0.006 0.003 0.006 0.003 0.001 15 T 0.879 0.035 0.046 0.021 0.009 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 16 T 0.966 0.012 0.007 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 I 0.973 0.008 0.007 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 I 0.963 0.013 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 N 0.955 0.010 0.013 0.014 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.778 0.021 0.015 0.172 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 21 L 0.526 0.069 0.186 0.176 0.003 0.022 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 22 K 0.136 0.211 0.389 0.005 0.023 0.021 0.013 0.001 0.192 0.008 0.001 23 P 0.474 0.002 0.449 0.029 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 24 S 0.379 0.048 0.090 0.325 0.036 0.019 0.054 0.038 0.008 0.004 0.001 25 N 0.287 0.127 0.165 0.277 0.030 0.050 0.027 0.004 0.030 0.002 0.001 26 A 0.167 0.258 0.390 0.053 0.056 0.035 0.010 0.005 0.020 0.005 0.001 27 Q 0.217 0.335 0.223 0.102 0.040 0.039 0.008 0.002 0.031 0.003 0.001 28 S 0.163 0.241 0.403 0.059 0.051 0.047 0.008 0.004 0.019 0.003 0.001 29 Q 0.293 0.306 0.106 0.153 0.086 0.015 0.009 0.005 0.019 0.006 0.001 30 N 0.110 0.254 0.265 0.118 0.064 0.087 0.065 0.004 0.030 0.002 0.001 31 I 0.056 0.515 0.241 0.066 0.048 0.028 0.006 0.002 0.036 0.001 0.001 32 L 0.015 0.407 0.292 0.002 0.059 0.022 0.015 0.001 0.186 0.002 0.001 33 P 0.067 0.009 0.858 0.010 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 34 T 0.067 0.373 0.196 0.047 0.230 0.037 0.006 0.010 0.027 0.008 0.001 35 I 0.137 0.469 0.182 0.107 0.046 0.019 0.011 0.002 0.026 0.001 0.001 36 G 0.102 0.116 0.219 0.044 0.250 0.015 0.036 0.075 0.011 0.132 0.001 37 F 0.143 0.438 0.208 0.060 0.095 0.022 0.008 0.005 0.019 0.003 0.001 38 S 0.074 0.407 0.287 0.041 0.087 0.057 0.012 0.002 0.029 0.004 0.001 39 I 0.081 0.569 0.214 0.028 0.051 0.029 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 40 E 0.087 0.542 0.103 0.055 0.158 0.017 0.010 0.002 0.021 0.003 0.001 41 K 0.025 0.615 0.271 0.010 0.033 0.022 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 42 F 0.024 0.682 0.165 0.016 0.049 0.027 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 43 K 0.027 0.605 0.213 0.023 0.026 0.063 0.005 0.001 0.037 0.001 0.001 44 S 0.102 0.413 0.199 0.074 0.106 0.034 0.009 0.003 0.052 0.008 0.001 45 S 0.306 0.076 0.140 0.277 0.061 0.026 0.059 0.010 0.013 0.031 0.001 46 S 0.050 0.121 0.079 0.389 0.086 0.019 0.180 0.047 0.025 0.004 0.001 47 L 0.003 0.560 0.330 0.005 0.073 0.010 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 48 S 0.003 0.552 0.377 0.003 0.013 0.038 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 49 F 0.001 0.866 0.051 0.001 0.070 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 50 T 0.001 0.919 0.043 0.001 0.019 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 51 V 0.002 0.751 0.182 0.001 0.009 0.037 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 52 F 0.010 0.713 0.093 0.004 0.030 0.072 0.002 0.001 0.076 0.001 0.001 53 D 0.016 0.284 0.327 0.012 0.051 0.206 0.010 0.001 0.091 0.001 0.001 54 M 0.301 0.198 0.115 0.231 0.043 0.044 0.013 0.002 0.051 0.002 0.002 55 S 0.274 0.049 0.360 0.164 0.036 0.017 0.049 0.013 0.006 0.031 0.001 56 G 0.128 0.014 0.041 0.044 0.069 0.008 0.120 0.418 0.004 0.154 0.001 57 Q 0.561 0.065 0.151 0.144 0.020 0.020 0.015 0.005 0.010 0.009 0.001 58 G 0.711 0.025 0.052 0.062 0.020 0.005 0.020 0.067 0.002 0.035 0.001 59 R 0.850 0.023 0.031 0.064 0.006 0.009 0.009 0.003 0.004 0.002 0.001 60 Y 0.819 0.025 0.029 0.097 0.004 0.011 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 61 R 0.921 0.019 0.022 0.019 0.005 0.003 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 62 N 0.918 0.009 0.015 0.033 0.004 0.009 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 63 L 0.919 0.009 0.008 0.057 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 64 W 0.946 0.013 0.016 0.015 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 65 E 0.966 0.004 0.009 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 H 0.883 0.012 0.009 0.084 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 67 Y 0.763 0.022 0.025 0.159 0.006 0.009 0.006 0.003 0.005 0.001 0.001 68 Y 0.599 0.074 0.130 0.092 0.015 0.043 0.016 0.004 0.025 0.002 0.001 69 K 0.859 0.015 0.035 0.074 0.005 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 70 E 0.182 0.009 0.019 0.696 0.010 0.004 0.045 0.025 0.006 0.003 0.001 71 G 0.011 0.069 0.743 0.007 0.081 0.030 0.015 0.029 0.006 0.008 0.001 72 Q 0.419 0.011 0.008 0.558 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 A 0.001 0.644 0.010 0.001 0.343 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.916 0.056 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 75 I 0.001 0.834 0.101 0.001 0.012 0.018 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 76 F 0.001 0.740 0.171 0.001 0.011 0.047 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 77 V 0.004 0.533 0.332 0.002 0.003 0.075 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 78 I 0.008 0.681 0.200 0.002 0.035 0.049 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 79 D 0.007 0.184 0.499 0.007 0.013 0.236 0.007 0.001 0.046 0.001 0.001 80 S 0.431 0.104 0.155 0.177 0.051 0.052 0.007 0.004 0.018 0.002 0.001 81 S 0.473 0.013 0.018 0.475 0.009 0.004 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 82 D 0.071 0.167 0.145 0.241 0.115 0.058 0.083 0.004 0.115 0.002 0.001 83 R 0.541 0.047 0.107 0.113 0.016 0.022 0.101 0.030 0.014 0.007 0.002 84 L 0.503 0.100 0.192 0.117 0.017 0.022 0.024 0.008 0.014 0.002 0.001 85 R 0.417 0.152 0.238 0.103 0.025 0.026 0.012 0.006 0.014 0.005 0.001 86 M 0.653 0.107 0.160 0.036 0.011 0.014 0.007 0.003 0.007 0.001 0.001 87 V 0.734 0.143 0.073 0.017 0.007 0.011 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 88 V 0.835 0.036 0.087 0.013 0.002 0.016 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 89 A 0.945 0.012 0.017 0.015 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 90 K 0.977 0.004 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.980 0.004 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.974 0.003 0.006 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 93 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 T 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.934 0.002 0.003 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.884 0.005 0.029 0.072 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.254 0.004 0.016 0.667 0.002 0.012 0.016 0.022 0.005 0.001 0.001 99 H 0.016 0.068 0.656 0.004 0.005 0.033 0.016 0.001 0.201 0.001 0.001 100 P 0.658 0.004 0.283 0.027 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 101 D 0.356 0.044 0.094 0.337 0.015 0.071 0.040 0.013 0.027 0.002 0.001 102 I 0.562 0.077 0.152 0.120 0.008 0.039 0.008 0.002 0.030 0.001 0.001 103 K 0.610 0.033 0.134 0.165 0.005 0.028 0.015 0.003 0.006 0.002 0.001 104 H 0.330 0.087 0.143 0.289 0.020 0.047 0.035 0.007 0.039 0.002 0.001 105 R 0.269 0.115 0.328 0.193 0.025 0.014 0.037 0.007 0.006 0.006 0.001 106 R 0.067 0.032 0.057 0.356 0.012 0.051 0.365 0.031 0.027 0.002 0.001 107 I 0.002 0.464 0.439 0.001 0.011 0.015 0.002 0.001 0.067 0.001 0.001 108 P 0.033 0.010 0.875 0.005 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 109 I 0.003 0.826 0.120 0.002 0.029 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 110 L 0.003 0.815 0.122 0.001 0.007 0.022 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 111 F 0.004 0.566 0.311 0.001 0.004 0.084 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 112 F 0.005 0.725 0.101 0.002 0.020 0.080 0.001 0.001 0.065 0.001 0.001 113 A 0.014 0.530 0.164 0.015 0.173 0.058 0.005 0.001 0.036 0.002 0.001 114 N 0.035 0.227 0.390 0.022 0.186 0.082 0.017 0.003 0.026 0.009 0.002 115 K 0.467 0.073 0.076 0.183 0.019 0.062 0.079 0.007 0.031 0.003 0.002 116 M 0.508 0.122 0.139 0.132 0.033 0.028 0.014 0.004 0.015 0.005 0.001 117 D 0.299 0.069 0.123 0.203 0.029 0.125 0.069 0.009 0.070 0.002 0.002 118 L 0.575 0.047 0.094 0.192 0.009 0.030 0.025 0.006 0.019 0.002 0.001 119 R 0.724 0.029 0.128 0.081 0.007 0.009 0.009 0.004 0.004 0.004 0.001 120 D 0.530 0.021 0.063 0.252 0.014 0.017 0.071 0.019 0.010 0.004 0.001 121 A 0.543 0.043 0.127 0.184 0.013 0.026 0.038 0.012 0.011 0.002 0.001 122 V 0.524 0.141 0.157 0.112 0.018 0.017 0.009 0.003 0.015 0.003 0.001 123 T 0.467 0.110 0.233 0.098 0.023 0.029 0.015 0.003 0.016 0.005 0.001 124 S 0.510 0.103 0.202 0.100 0.021 0.024 0.018 0.005 0.011 0.003 0.002 125 V 0.528 0.199 0.150 0.068 0.021 0.015 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 126 K 0.486 0.164 0.218 0.041 0.014 0.040 0.011 0.003 0.019 0.004 0.001 127 V 0.687 0.135 0.109 0.019 0.009 0.018 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 128 S 0.796 0.031 0.113 0.017 0.007 0.022 0.003 0.001 0.005 0.003 0.002 129 Q 0.979 0.005 0.005 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.978 0.003 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.973 0.003 0.003 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 132 C 0.963 0.004 0.006 0.016 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 133 L 0.959 0.006 0.007 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 E 0.931 0.009 0.014 0.037 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.752 0.009 0.016 0.191 0.004 0.009 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 136 I 0.695 0.036 0.050 0.178 0.004 0.015 0.008 0.004 0.009 0.001 0.001 137 K 0.691 0.025 0.086 0.150 0.006 0.012 0.021 0.002 0.002 0.004 0.001 138 D 0.216 0.021 0.041 0.563 0.012 0.031 0.063 0.020 0.032 0.001 0.001 139 K 0.017 0.180 0.560 0.003 0.012 0.023 0.048 0.001 0.156 0.001 0.001 140 P 0.169 0.009 0.619 0.053 0.001 0.097 0.001 0.001 0.002 0.001 0.050 141 W 0.032 0.431 0.363 0.029 0.093 0.022 0.007 0.004 0.018 0.002 0.001 142 H 0.056 0.382 0.358 0.037 0.024 0.098 0.008 0.001 0.035 0.001 0.001 143 I 0.018 0.674 0.232 0.010 0.026 0.023 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 144 C 0.033 0.720 0.135 0.004 0.038 0.024 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 145 A 0.048 0.107 0.756 0.002 0.003 0.074 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 146 S 0.274 0.487 0.082 0.028 0.083 0.020 0.002 0.002 0.019 0.002 0.001 147 D 0.283 0.346 0.160 0.019 0.120 0.035 0.006 0.002 0.024 0.005 0.001 148 A 0.746 0.096 0.069 0.036 0.029 0.013 0.003 0.002 0.005 0.002 0.001 149 I 0.844 0.047 0.031 0.060 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 150 K 0.304 0.064 0.075 0.502 0.013 0.005 0.015 0.002 0.018 0.002 0.001 151 G 0.065 0.003 0.017 0.020 0.010 0.004 0.315 0.491 0.004 0.071 0.001 152 E 0.333 0.062 0.281 0.253 0.020 0.010 0.022 0.002 0.006 0.013 0.001 153 G 0.073 0.004 0.039 0.034 0.022 0.012 0.123 0.606 0.003 0.084 0.001 154 L 0.792 0.028 0.111 0.034 0.003 0.022 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 155 Q 0.941 0.008 0.015 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 E 0.988 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 G 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 W 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 Q 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.972 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 Q 0.730 0.001 0.002 0.262 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 I 0.544 0.054 0.167 0.165 0.004 0.030 0.010 0.005 0.019 0.001 0.001