# TARGET T0308 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 7493 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.438 0.426 0.111 0.022 0.003 0.001 0.001 2 V 0.002 0.029 0.159 0.420 0.324 0.065 0.001 3 H 0.002 0.023 0.113 0.304 0.387 0.158 0.013 4 V 0.001 0.001 0.002 0.008 0.064 0.566 0.360 5 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.343 0.618 6 C 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.187 0.795 7 L 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 0.244 0.713 8 G 0.001 0.004 0.012 0.048 0.162 0.446 0.327 9 L 0.004 0.026 0.072 0.194 0.318 0.293 0.092 10 D 0.052 0.197 0.247 0.234 0.155 0.088 0.027 11 N 0.118 0.165 0.183 0.199 0.165 0.127 0.042 12 S 0.049 0.110 0.138 0.183 0.208 0.231 0.082 13 G 0.012 0.031 0.063 0.141 0.229 0.338 0.186 14 K 0.004 0.021 0.048 0.094 0.194 0.380 0.258 15 T 0.023 0.060 0.094 0.141 0.203 0.293 0.186 16 T 0.010 0.047 0.122 0.205 0.233 0.240 0.143 17 I 0.001 0.004 0.008 0.031 0.133 0.484 0.339 18 I 0.003 0.017 0.055 0.170 0.342 0.351 0.063 19 N 0.031 0.176 0.222 0.228 0.182 0.140 0.021 20 K 0.007 0.051 0.225 0.388 0.254 0.070 0.005 21 L 0.004 0.015 0.050 0.189 0.389 0.322 0.030 22 K 0.090 0.298 0.300 0.204 0.088 0.019 0.001 23 P 0.417 0.357 0.143 0.063 0.017 0.003 0.001 24 S 0.553 0.283 0.116 0.039 0.007 0.001 0.001 25 N 0.492 0.306 0.139 0.050 0.011 0.002 0.001 26 A 0.345 0.242 0.183 0.144 0.070 0.015 0.001 27 Q 0.471 0.288 0.145 0.070 0.022 0.004 0.001 28 S 0.427 0.257 0.164 0.103 0.039 0.010 0.001 29 Q 0.464 0.250 0.146 0.090 0.037 0.011 0.001 30 N 0.457 0.276 0.147 0.078 0.030 0.010 0.001 31 I 0.188 0.197 0.218 0.217 0.126 0.049 0.005 32 L 0.134 0.173 0.174 0.199 0.175 0.121 0.024 33 P 0.067 0.088 0.129 0.213 0.242 0.211 0.052 34 T 0.051 0.079 0.113 0.186 0.235 0.258 0.078 35 I 0.041 0.069 0.111 0.196 0.248 0.252 0.083 36 G 0.084 0.191 0.226 0.223 0.152 0.099 0.025 37 F 0.031 0.064 0.118 0.218 0.272 0.235 0.062 38 S 0.091 0.182 0.200 0.224 0.171 0.110 0.022 39 I 0.049 0.144 0.224 0.282 0.201 0.090 0.010 40 E 0.142 0.237 0.238 0.215 0.123 0.041 0.004 41 K 0.067 0.234 0.278 0.246 0.129 0.044 0.002 42 F 0.008 0.024 0.089 0.285 0.414 0.176 0.005 43 K 0.140 0.487 0.263 0.092 0.016 0.002 0.001 44 S 0.064 0.194 0.295 0.306 0.122 0.017 0.001 45 S 0.554 0.327 0.084 0.028 0.006 0.001 0.001 46 S 0.619 0.311 0.058 0.011 0.001 0.001 0.001 47 L 0.006 0.084 0.322 0.438 0.138 0.012 0.001 48 S 0.042 0.306 0.385 0.211 0.052 0.004 0.001 49 F 0.001 0.002 0.012 0.055 0.274 0.600 0.057 50 T 0.001 0.004 0.037 0.164 0.346 0.383 0.067 51 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.070 0.475 0.444 52 F 0.001 0.003 0.010 0.031 0.099 0.389 0.467 53 D 0.001 0.004 0.011 0.035 0.115 0.419 0.416 54 M 0.002 0.010 0.027 0.077 0.185 0.382 0.316 55 S 0.012 0.038 0.073 0.158 0.252 0.323 0.143 56 G 0.045 0.111 0.157 0.220 0.230 0.187 0.050 57 Q 0.052 0.119 0.169 0.253 0.230 0.146 0.031 58 G 0.213 0.246 0.204 0.172 0.100 0.050 0.014 59 R 0.181 0.313 0.236 0.156 0.073 0.034 0.008 60 Y 0.044 0.071 0.127 0.246 0.284 0.199 0.029 61 R 0.085 0.204 0.242 0.232 0.147 0.078 0.013 62 N 0.206 0.334 0.209 0.127 0.073 0.040 0.010 63 L 0.034 0.113 0.204 0.278 0.230 0.125 0.015 64 W 0.009 0.024 0.062 0.181 0.343 0.328 0.052 65 E 0.099 0.303 0.307 0.191 0.072 0.024 0.004 66 H 0.113 0.368 0.290 0.158 0.053 0.016 0.002 67 Y 0.019 0.051 0.103 0.253 0.353 0.208 0.013 68 Y 0.013 0.039 0.108 0.283 0.389 0.162 0.006 69 K 0.237 0.461 0.216 0.071 0.013 0.002 0.001 70 E 0.092 0.401 0.338 0.137 0.027 0.004 0.001 71 G 0.001 0.011 0.033 0.150 0.450 0.337 0.017 72 Q 0.001 0.014 0.078 0.277 0.420 0.180 0.030 73 A 0.001 0.001 0.003 0.015 0.076 0.473 0.432 74 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.238 0.735 75 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.146 0.838 76 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.128 0.862 77 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.201 0.786 78 I 0.001 0.001 0.003 0.016 0.079 0.393 0.508 79 D 0.001 0.009 0.032 0.099 0.280 0.441 0.139 80 S 0.005 0.016 0.040 0.142 0.337 0.384 0.075 81 S 0.036 0.150 0.243 0.300 0.196 0.069 0.007 82 D 0.137 0.297 0.281 0.192 0.074 0.018 0.002 83 R 0.343 0.332 0.184 0.095 0.035 0.010 0.001 84 L 0.204 0.218 0.235 0.203 0.105 0.032 0.003 85 R 0.145 0.268 0.263 0.189 0.101 0.033 0.002 86 M 0.050 0.090 0.159 0.271 0.287 0.135 0.009 87 V 0.232 0.349 0.213 0.123 0.057 0.023 0.003 88 V 0.069 0.224 0.295 0.249 0.120 0.039 0.004 89 A 0.024 0.048 0.108 0.283 0.350 0.175 0.011 90 K 0.097 0.292 0.329 0.205 0.063 0.012 0.001 91 E 0.339 0.465 0.150 0.036 0.008 0.002 0.001 92 E 0.018 0.090 0.219 0.342 0.249 0.078 0.003 93 L 0.004 0.012 0.044 0.198 0.447 0.280 0.015 94 D 0.101 0.433 0.329 0.115 0.020 0.002 0.001 95 T 0.108 0.389 0.325 0.143 0.030 0.005 0.001 96 L 0.009 0.020 0.056 0.231 0.455 0.223 0.006 97 L 0.024 0.103 0.271 0.359 0.198 0.043 0.001 98 N 0.396 0.398 0.146 0.048 0.010 0.002 0.001 99 H 0.185 0.295 0.276 0.180 0.054 0.009 0.001 100 P 0.299 0.262 0.221 0.146 0.055 0.015 0.001 101 D 0.486 0.299 0.123 0.060 0.024 0.007 0.001 102 I 0.239 0.227 0.217 0.197 0.095 0.024 0.001 103 K 0.537 0.304 0.107 0.040 0.010 0.002 0.001 104 H 0.356 0.285 0.194 0.119 0.040 0.007 0.001 105 R 0.465 0.292 0.142 0.073 0.024 0.004 0.001 106 R 0.242 0.457 0.216 0.070 0.013 0.001 0.001 107 I 0.002 0.029 0.121 0.341 0.367 0.134 0.006 108 P 0.001 0.009 0.053 0.230 0.427 0.252 0.028 109 I 0.001 0.001 0.002 0.011 0.083 0.520 0.383 110 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.254 0.722 111 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.122 0.866 112 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.116 0.871 113 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 0.229 0.723 114 N 0.001 0.003 0.012 0.046 0.146 0.431 0.361 115 K 0.002 0.009 0.029 0.092 0.240 0.433 0.196 116 M 0.021 0.074 0.142 0.217 0.244 0.242 0.059 117 D 0.044 0.114 0.189 0.256 0.236 0.141 0.020 118 L 0.114 0.185 0.231 0.248 0.167 0.051 0.004 119 R 0.385 0.330 0.182 0.078 0.022 0.004 0.001 120 D 0.708 0.208 0.056 0.020 0.006 0.001 0.001 121 A 0.549 0.255 0.118 0.058 0.017 0.003 0.001 122 V 0.440 0.262 0.171 0.095 0.028 0.004 0.001 123 T 0.624 0.254 0.085 0.029 0.006 0.001 0.001 124 S 0.487 0.260 0.146 0.079 0.023 0.004 0.001 125 V 0.441 0.253 0.174 0.095 0.031 0.006 0.001 126 K 0.538 0.305 0.106 0.038 0.010 0.002 0.001 127 V 0.098 0.129 0.232 0.304 0.183 0.051 0.003 128 S 0.191 0.251 0.232 0.191 0.100 0.032 0.003 129 Q 0.204 0.305 0.244 0.153 0.066 0.024 0.004 130 L 0.418 0.275 0.148 0.095 0.046 0.016 0.002 131 L 0.069 0.200 0.266 0.253 0.147 0.060 0.005 132 C 0.025 0.045 0.107 0.253 0.337 0.215 0.017 133 L 0.093 0.244 0.307 0.242 0.095 0.017 0.001 134 E 0.463 0.400 0.107 0.025 0.004 0.001 0.001 135 N 0.067 0.210 0.312 0.285 0.107 0.020 0.001 136 I 0.045 0.091 0.198 0.373 0.252 0.040 0.001 137 K 0.623 0.302 0.062 0.012 0.001 0.001 0.001 138 D 0.783 0.179 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 139 K 0.215 0.395 0.269 0.103 0.017 0.001 0.001 140 P 0.310 0.467 0.166 0.048 0.008 0.001 0.001 141 W 0.002 0.022 0.109 0.362 0.404 0.099 0.002 142 H 0.005 0.060 0.195 0.330 0.282 0.117 0.010 143 I 0.001 0.007 0.027 0.084 0.257 0.509 0.115 144 C 0.001 0.006 0.016 0.042 0.140 0.531 0.264 145 A 0.001 0.004 0.017 0.056 0.162 0.382 0.379 146 S 0.001 0.002 0.007 0.025 0.107 0.414 0.444 147 D 0.002 0.020 0.066 0.175 0.293 0.344 0.101 148 A 0.002 0.009 0.026 0.107 0.302 0.462 0.092 149 I 0.013 0.089 0.239 0.341 0.229 0.080 0.009 150 K 0.138 0.374 0.274 0.153 0.049 0.012 0.001 151 G 0.188 0.365 0.267 0.130 0.040 0.009 0.001 152 E 0.547 0.302 0.094 0.037 0.015 0.005 0.001 153 G 0.086 0.272 0.292 0.226 0.101 0.023 0.001 154 L 0.005 0.020 0.078 0.293 0.420 0.175 0.008 155 Q 0.073 0.404 0.382 0.121 0.018 0.001 0.001 156 E 0.075 0.338 0.361 0.176 0.043 0.006 0.001 157 G 0.010 0.018 0.025 0.099 0.381 0.448 0.020 158 V 0.002 0.016 0.089 0.301 0.404 0.182 0.006 159 D 0.075 0.419 0.362 0.118 0.022 0.004 0.001 160 W 0.022 0.067 0.250 0.441 0.193 0.027 0.001 161 L 0.018 0.014 0.015 0.062 0.285 0.559 0.047 162 Q 0.073 0.163 0.305 0.306 0.126 0.026 0.001 163 D 0.355 0.437 0.153 0.046 0.008 0.001 0.001 164 Q 0.217 0.189 0.240 0.252 0.086 0.015 0.001 165 I 0.200 0.133 0.161 0.238 0.193 0.072 0.003