# TARGET T0308 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.108 0.006 0.006 0.001 0.227 0.652 2 V 0.506 0.008 0.002 0.001 0.116 0.367 3 H 0.859 0.002 0.001 0.001 0.027 0.111 4 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 5 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 C 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 7 L 0.951 0.002 0.001 0.001 0.005 0.041 8 G 0.528 0.006 0.002 0.001 0.144 0.318 9 L 0.071 0.008 0.076 0.007 0.661 0.177 10 D 0.015 0.005 0.183 0.006 0.700 0.091 11 N 0.015 0.007 0.209 0.013 0.705 0.051 12 S 0.035 0.033 0.023 0.038 0.558 0.313 13 G 0.043 0.014 0.006 0.071 0.145 0.722 14 K 0.034 0.006 0.003 0.905 0.017 0.036 15 T 0.096 0.006 0.004 0.799 0.039 0.056 16 T 0.127 0.007 0.007 0.783 0.038 0.039 17 I 0.153 0.005 0.017 0.766 0.035 0.024 18 I 0.079 0.002 0.034 0.820 0.046 0.020 19 N 0.065 0.002 0.026 0.830 0.051 0.026 20 K 0.083 0.008 0.020 0.700 0.095 0.093 21 L 0.061 0.025 0.012 0.520 0.130 0.251 22 K 0.042 0.019 0.014 0.068 0.535 0.322 23 P 0.013 0.006 0.029 0.041 0.751 0.160 24 S 0.012 0.005 0.050 0.029 0.780 0.123 25 N 0.036 0.010 0.039 0.030 0.736 0.150 26 A 0.130 0.031 0.047 0.069 0.400 0.324 27 Q 0.281 0.073 0.033 0.076 0.230 0.307 28 S 0.288 0.055 0.040 0.068 0.326 0.223 29 Q 0.203 0.009 0.065 0.081 0.416 0.225 30 N 0.182 0.009 0.060 0.056 0.398 0.294 31 I 0.294 0.090 0.037 0.063 0.237 0.278 32 L 0.276 0.055 0.020 0.040 0.180 0.428 33 P 0.225 0.023 0.048 0.086 0.294 0.323 34 T 0.186 0.032 0.082 0.037 0.542 0.121 35 I 0.165 0.018 0.072 0.038 0.602 0.106 36 G 0.093 0.010 0.033 0.015 0.630 0.218 37 F 0.208 0.009 0.009 0.002 0.384 0.387 38 S 0.561 0.009 0.002 0.001 0.082 0.344 39 I 0.892 0.006 0.002 0.001 0.025 0.075 40 E 0.942 0.001 0.001 0.001 0.017 0.038 41 K 0.980 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 42 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 43 K 0.965 0.003 0.001 0.001 0.011 0.020 44 S 0.699 0.007 0.004 0.002 0.277 0.012 45 S 0.083 0.001 0.010 0.001 0.889 0.017 46 S 0.039 0.001 0.010 0.001 0.932 0.018 47 L 0.703 0.018 0.001 0.001 0.244 0.033 48 S 0.944 0.004 0.001 0.001 0.008 0.044 49 F 0.991 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 50 T 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 51 V 0.981 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 52 F 0.906 0.003 0.005 0.004 0.028 0.055 53 D 0.534 0.010 0.032 0.015 0.138 0.272 54 M 0.099 0.020 0.117 0.090 0.442 0.231 55 S 0.020 0.009 0.151 0.095 0.493 0.233 56 G 0.008 0.004 0.074 0.083 0.462 0.369 57 Q 0.018 0.015 0.063 0.350 0.339 0.216 58 G 0.029 0.018 0.062 0.382 0.250 0.258 59 R 0.021 0.017 0.092 0.503 0.221 0.147 60 Y 0.040 0.013 0.079 0.576 0.169 0.124 61 R 0.026 0.005 0.053 0.693 0.120 0.103 62 N 0.010 0.003 0.032 0.742 0.106 0.107 63 L 0.002 0.001 0.042 0.894 0.036 0.025 64 W 0.004 0.002 0.043 0.901 0.029 0.022 65 E 0.003 0.001 0.092 0.856 0.036 0.013 66 H 0.007 0.001 0.073 0.862 0.036 0.021 67 Y 0.019 0.005 0.057 0.819 0.060 0.039 68 Y 0.061 0.012 0.056 0.519 0.290 0.061 69 K 0.049 0.004 0.066 0.349 0.468 0.063 70 E 0.066 0.006 0.050 0.074 0.661 0.143 71 G 0.140 0.010 0.012 0.004 0.662 0.171 72 Q 0.372 0.003 0.002 0.001 0.237 0.386 73 A 0.951 0.002 0.001 0.001 0.012 0.035 74 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 78 I 0.914 0.001 0.001 0.001 0.007 0.077 79 D 0.637 0.009 0.001 0.002 0.139 0.213 80 S 0.049 0.004 0.122 0.074 0.644 0.107 81 S 0.012 0.003 0.159 0.058 0.706 0.062 82 D 0.009 0.005 0.181 0.099 0.651 0.055 83 R 0.005 0.003 0.148 0.514 0.250 0.079 84 L 0.020 0.012 0.067 0.602 0.188 0.111 85 R 0.013 0.005 0.018 0.856 0.050 0.057 86 M 0.008 0.001 0.004 0.971 0.007 0.009 87 V 0.004 0.001 0.004 0.983 0.005 0.003 88 V 0.004 0.001 0.004 0.984 0.004 0.003 89 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 90 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 91 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 92 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 93 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 94 D 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.003 95 T 0.001 0.001 0.010 0.981 0.005 0.003 96 L 0.001 0.001 0.018 0.948 0.022 0.011 97 L 0.001 0.001 0.015 0.916 0.046 0.021 98 N 0.001 0.002 0.015 0.754 0.110 0.117 99 H 0.002 0.006 0.022 0.113 0.517 0.340 100 P 0.001 0.002 0.139 0.050 0.608 0.201 101 D 0.005 0.007 0.215 0.019 0.634 0.120 102 I 0.017 0.031 0.317 0.037 0.508 0.088 103 K 0.033 0.035 0.167 0.092 0.375 0.299 104 H 0.016 0.016 0.055 0.025 0.823 0.066 105 R 0.005 0.003 0.039 0.010 0.880 0.064 106 R 0.010 0.004 0.012 0.002 0.813 0.160 107 I 0.121 0.020 0.003 0.001 0.639 0.217 108 P 0.407 0.004 0.001 0.001 0.086 0.502 109 I 0.984 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 110 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 112 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 113 A 0.757 0.002 0.002 0.002 0.040 0.197 114 N 0.379 0.010 0.008 0.008 0.189 0.407 115 K 0.125 0.013 0.084 0.061 0.384 0.333 116 M 0.074 0.010 0.194 0.129 0.370 0.224 117 D 0.041 0.016 0.173 0.139 0.464 0.168 118 L 0.008 0.006 0.250 0.314 0.354 0.068 119 R 0.009 0.005 0.264 0.339 0.330 0.055 120 D 0.012 0.004 0.213 0.245 0.453 0.073 121 A 0.014 0.006 0.139 0.262 0.381 0.198 122 V 0.036 0.035 0.030 0.135 0.258 0.505 123 T 0.031 0.017 0.011 0.119 0.159 0.663 124 S 0.019 0.002 0.030 0.688 0.098 0.162 125 V 0.036 0.003 0.023 0.781 0.069 0.088 126 K 0.047 0.004 0.020 0.824 0.051 0.054 127 V 0.038 0.003 0.008 0.881 0.027 0.042 128 S 0.048 0.004 0.009 0.848 0.025 0.067 129 Q 0.020 0.001 0.008 0.937 0.013 0.022 130 L 0.017 0.001 0.011 0.937 0.014 0.019 131 L 0.014 0.002 0.017 0.929 0.018 0.019 132 C 0.023 0.003 0.023 0.877 0.033 0.041 133 L 0.013 0.002 0.027 0.888 0.032 0.037 134 E 0.011 0.002 0.044 0.863 0.044 0.036 135 N 0.005 0.002 0.044 0.843 0.064 0.042 136 I 0.005 0.003 0.080 0.697 0.154 0.062 137 K 0.005 0.003 0.075 0.540 0.253 0.124 138 D 0.009 0.006 0.060 0.267 0.357 0.301 139 K 0.010 0.004 0.017 0.033 0.442 0.493 140 P 0.030 0.004 0.009 0.007 0.313 0.636 141 W 0.306 0.012 0.010 0.007 0.213 0.453 142 H 0.773 0.006 0.004 0.006 0.070 0.142 143 I 0.956 0.002 0.001 0.003 0.010 0.027 144 C 0.970 0.002 0.001 0.004 0.007 0.018 145 A 0.949 0.002 0.001 0.005 0.012 0.032 146 S 0.872 0.003 0.002 0.014 0.029 0.080 147 D 0.566 0.008 0.011 0.028 0.189 0.199 148 A 0.238 0.017 0.068 0.088 0.429 0.159 149 I 0.099 0.023 0.080 0.084 0.543 0.172 150 K 0.057 0.013 0.070 0.120 0.562 0.178 151 G 0.024 0.006 0.049 0.159 0.547 0.214 152 E 0.028 0.009 0.048 0.399 0.316 0.200 153 G 0.034 0.015 0.024 0.403 0.178 0.347 154 L 0.013 0.003 0.006 0.916 0.017 0.044 155 Q 0.003 0.001 0.002 0.985 0.003 0.006 156 E 0.002 0.001 0.002 0.991 0.002 0.002 157 G 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 159 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 160 W 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 161 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.003 162 Q 0.001 0.001 0.025 0.952 0.015 0.007 163 D 0.001 0.001 0.019 0.938 0.022 0.020 164 Q 0.002 0.002 0.016 0.710 0.041 0.230 165 I 0.003 0.004 0.005 0.100 0.071 0.817