# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.005 0.001 0.001 0.055 0.029 0.031 0.173 0.002 0.001 0.020 0.683 2 V 0.002 0.002 0.001 0.212 0.053 0.035 0.116 0.001 0.001 0.060 0.519 3 H 0.001 0.001 0.001 0.819 0.047 0.044 0.013 0.001 0.001 0.043 0.033 4 V 0.001 0.001 0.001 0.720 0.036 0.043 0.017 0.001 0.001 0.033 0.150 5 L 0.001 0.001 0.001 0.932 0.030 0.016 0.003 0.001 0.001 0.008 0.011 6 C 0.001 0.001 0.001 0.876 0.017 0.032 0.010 0.001 0.001 0.036 0.028 7 L 0.005 0.001 0.001 0.812 0.018 0.044 0.023 0.001 0.001 0.035 0.062 8 G 0.041 0.002 0.001 0.367 0.023 0.086 0.139 0.001 0.002 0.049 0.289 9 L 0.056 0.006 0.002 0.099 0.017 0.041 0.219 0.003 0.003 0.078 0.476 10 D 0.097 0.063 0.002 0.026 0.016 0.022 0.166 0.007 0.002 0.079 0.520 11 N 0.105 0.072 0.002 0.015 0.017 0.025 0.143 0.008 0.001 0.076 0.535 12 S 0.019 0.082 0.001 0.018 0.026 0.045 0.142 0.003 0.001 0.189 0.475 13 G 0.011 0.391 0.002 0.015 0.045 0.048 0.058 0.005 0.001 0.187 0.236 14 K 0.022 0.774 0.003 0.005 0.021 0.023 0.019 0.014 0.001 0.014 0.106 15 T 0.024 0.528 0.003 0.018 0.037 0.056 0.018 0.004 0.001 0.202 0.109 16 T 0.013 0.713 0.011 0.011 0.016 0.025 0.020 0.006 0.004 0.094 0.086 17 I 0.210 0.427 0.030 0.018 0.020 0.027 0.032 0.057 0.011 0.071 0.099 18 I 0.133 0.312 0.027 0.030 0.030 0.048 0.053 0.042 0.021 0.075 0.228 19 N 0.100 0.026 0.001 0.022 0.024 0.045 0.137 0.002 0.001 0.041 0.602 20 K 0.009 0.011 0.006 0.046 0.022 0.049 0.148 0.001 0.002 0.052 0.653 21 L 0.006 0.007 0.009 0.039 0.021 0.034 0.193 0.002 0.004 0.026 0.659 22 K 0.549 0.045 0.004 0.012 0.014 0.018 0.050 0.017 0.005 0.063 0.224 23 P 0.293 0.065 0.003 0.007 0.001 0.002 0.061 0.007 0.001 0.065 0.495 24 S 0.057 0.016 0.002 0.006 0.004 0.011 0.080 0.005 0.001 0.046 0.771 25 N 0.058 0.026 0.003 0.025 0.020 0.045 0.110 0.005 0.001 0.071 0.636 26 A 0.079 0.031 0.003 0.024 0.036 0.052 0.105 0.003 0.002 0.055 0.609 27 Q 0.108 0.033 0.006 0.044 0.080 0.069 0.092 0.009 0.002 0.062 0.496 28 S 0.105 0.032 0.001 0.017 0.032 0.048 0.120 0.009 0.001 0.033 0.603 29 Q 0.097 0.009 0.001 0.023 0.036 0.056 0.130 0.009 0.001 0.030 0.609 30 N 0.019 0.009 0.001 0.079 0.062 0.114 0.123 0.002 0.001 0.026 0.564 31 I 0.014 0.019 0.002 0.068 0.058 0.108 0.102 0.003 0.001 0.040 0.586 32 L 0.060 0.007 0.003 0.071 0.211 0.106 0.112 0.012 0.002 0.066 0.351 33 P 0.037 0.009 0.002 0.122 0.071 0.099 0.106 0.005 0.001 0.037 0.512 34 T 0.059 0.005 0.002 0.070 0.049 0.100 0.090 0.002 0.001 0.054 0.568 35 I 0.029 0.003 0.002 0.088 0.060 0.088 0.121 0.004 0.001 0.052 0.551 36 G 0.039 0.011 0.002 0.048 0.043 0.093 0.138 0.004 0.001 0.039 0.582 37 F 0.042 0.005 0.003 0.060 0.119 0.159 0.112 0.004 0.002 0.051 0.445 38 S 0.015 0.006 0.001 0.082 0.124 0.233 0.102 0.005 0.001 0.039 0.393 39 I 0.017 0.008 0.001 0.042 0.108 0.185 0.089 0.003 0.001 0.043 0.505 40 E 0.003 0.002 0.001 0.106 0.286 0.404 0.030 0.001 0.001 0.033 0.135 41 K 0.002 0.001 0.001 0.066 0.170 0.457 0.030 0.001 0.001 0.045 0.227 42 F 0.002 0.001 0.004 0.134 0.345 0.299 0.026 0.001 0.002 0.035 0.154 43 K 0.180 0.001 0.004 0.087 0.144 0.231 0.037 0.004 0.004 0.104 0.205 44 S 0.289 0.001 0.001 0.016 0.026 0.032 0.050 0.002 0.001 0.049 0.536 45 S 0.004 0.001 0.001 0.008 0.012 0.025 0.091 0.002 0.001 0.007 0.850 46 S 0.002 0.001 0.001 0.018 0.016 0.032 0.148 0.001 0.001 0.014 0.767 47 L 0.001 0.001 0.001 0.114 0.293 0.186 0.076 0.001 0.001 0.046 0.281 48 S 0.003 0.001 0.001 0.277 0.193 0.191 0.036 0.001 0.001 0.051 0.246 49 F 0.001 0.001 0.001 0.261 0.222 0.194 0.031 0.001 0.001 0.025 0.264 50 T 0.004 0.004 0.001 0.474 0.139 0.159 0.036 0.001 0.001 0.061 0.120 51 V 0.017 0.005 0.002 0.345 0.105 0.139 0.060 0.002 0.001 0.117 0.207 52 F 0.048 0.006 0.004 0.245 0.052 0.086 0.102 0.003 0.003 0.080 0.372 53 D 0.151 0.018 0.003 0.090 0.036 0.066 0.112 0.007 0.002 0.078 0.436 54 M 0.125 0.022 0.004 0.043 0.024 0.041 0.119 0.003 0.003 0.065 0.553 55 S 0.044 0.059 0.003 0.034 0.038 0.062 0.128 0.008 0.002 0.034 0.590 56 G 0.131 0.116 0.003 0.013 0.043 0.051 0.104 0.012 0.002 0.044 0.483 57 Q 0.099 0.144 0.003 0.025 0.074 0.079 0.110 0.019 0.001 0.034 0.411 58 G 0.101 0.123 0.003 0.032 0.055 0.121 0.095 0.007 0.001 0.053 0.409 59 R 0.040 0.162 0.006 0.065 0.097 0.133 0.093 0.007 0.002 0.048 0.348 60 Y 0.055 0.152 0.006 0.075 0.088 0.121 0.094 0.011 0.002 0.044 0.352 61 R 0.072 0.116 0.006 0.085 0.144 0.138 0.072 0.007 0.002 0.055 0.302 62 N 0.038 0.126 0.005 0.086 0.074 0.136 0.090 0.005 0.002 0.042 0.396 63 L 0.054 0.261 0.009 0.057 0.078 0.106 0.069 0.009 0.004 0.047 0.308 64 W 0.095 0.368 0.006 0.037 0.067 0.094 0.060 0.023 0.002 0.040 0.207 65 E 0.109 0.230 0.005 0.034 0.058 0.094 0.070 0.012 0.003 0.064 0.320 66 H 0.073 0.054 0.020 0.045 0.060 0.091 0.102 0.006 0.009 0.100 0.440 67 Y 0.091 0.024 0.008 0.031 0.042 0.061 0.122 0.007 0.004 0.096 0.515 68 Y 0.212 0.023 0.006 0.029 0.022 0.032 0.113 0.007 0.005 0.097 0.456 69 K 0.122 0.010 0.006 0.034 0.015 0.029 0.146 0.003 0.003 0.067 0.564 70 E 0.022 0.003 0.002 0.026 0.017 0.040 0.145 0.002 0.001 0.035 0.707 71 G 0.015 0.002 0.001 0.052 0.050 0.055 0.167 0.002 0.001 0.049 0.606 72 Q 0.003 0.002 0.001 0.266 0.072 0.106 0.112 0.001 0.001 0.064 0.372 73 A 0.001 0.001 0.001 0.398 0.077 0.154 0.047 0.001 0.001 0.099 0.222 74 I 0.001 0.001 0.001 0.660 0.107 0.091 0.012 0.001 0.001 0.060 0.069 75 I 0.001 0.001 0.001 0.793 0.073 0.063 0.006 0.001 0.001 0.029 0.036 76 F 0.001 0.001 0.001 0.751 0.087 0.085 0.007 0.001 0.001 0.035 0.034 77 V 0.002 0.001 0.001 0.619 0.095 0.140 0.020 0.001 0.001 0.057 0.066 78 I 0.010 0.002 0.001 0.358 0.094 0.230 0.065 0.001 0.001 0.084 0.156 79 D 0.111 0.035 0.003 0.135 0.054 0.116 0.131 0.004 0.006 0.082 0.323 80 S 0.194 0.057 0.007 0.037 0.031 0.045 0.129 0.007 0.007 0.061 0.424 81 S 0.061 0.154 0.003 0.015 0.021 0.029 0.130 0.011 0.002 0.041 0.535 82 D 0.204 0.481 0.003 0.004 0.010 0.014 0.048 0.016 0.001 0.022 0.197 83 R 0.116 0.582 0.004 0.005 0.012 0.014 0.032 0.012 0.001 0.019 0.203 84 L 0.033 0.633 0.002 0.003 0.019 0.032 0.039 0.007 0.001 0.019 0.214 85 R 0.018 0.846 0.003 0.002 0.007 0.008 0.017 0.004 0.001 0.019 0.075 86 M 0.022 0.901 0.002 0.001 0.004 0.004 0.008 0.004 0.001 0.012 0.042 87 V 0.019 0.913 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.017 0.033 88 V 0.003 0.933 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.017 0.032 89 A 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 90 K 0.014 0.852 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.110 0.016 91 E 0.002 0.261 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.703 0.022 92 E 0.009 0.931 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.022 0.018 93 L 0.052 0.787 0.027 0.002 0.001 0.001 0.006 0.033 0.007 0.036 0.049 94 D 0.095 0.341 0.014 0.004 0.001 0.002 0.045 0.007 0.012 0.220 0.260 95 T 0.146 0.265 0.003 0.004 0.001 0.003 0.064 0.011 0.003 0.086 0.416 96 L 0.186 0.048 0.030 0.011 0.001 0.004 0.086 0.011 0.013 0.120 0.490 97 L 0.038 0.054 0.006 0.019 0.003 0.008 0.171 0.001 0.005 0.024 0.670 98 N 0.020 0.080 0.002 0.003 0.001 0.003 0.068 0.002 0.001 0.006 0.814 99 H 0.434 0.140 0.004 0.002 0.004 0.004 0.062 0.079 0.002 0.067 0.205 100 P 0.244 0.085 0.006 0.004 0.001 0.004 0.077 0.012 0.004 0.067 0.493 101 D 0.157 0.084 0.009 0.007 0.003 0.013 0.055 0.003 0.003 0.022 0.646 102 I 0.231 0.029 0.008 0.007 0.013 0.013 0.059 0.005 0.003 0.053 0.579 103 K 0.097 0.009 0.001 0.007 0.009 0.015 0.089 0.008 0.001 0.039 0.724 104 H 0.166 0.007 0.002 0.010 0.008 0.011 0.080 0.002 0.001 0.029 0.684 105 R 0.013 0.002 0.001 0.028 0.037 0.043 0.153 0.001 0.001 0.021 0.699 106 R 0.004 0.002 0.001 0.025 0.019 0.033 0.159 0.001 0.001 0.023 0.733 107 I 0.004 0.003 0.001 0.257 0.171 0.064 0.127 0.001 0.001 0.056 0.315 108 P 0.001 0.002 0.001 0.575 0.067 0.100 0.045 0.001 0.001 0.046 0.163 109 I 0.001 0.001 0.001 0.512 0.148 0.205 0.011 0.001 0.001 0.057 0.066 110 L 0.001 0.001 0.001 0.771 0.081 0.057 0.009 0.001 0.001 0.018 0.062 111 F 0.001 0.001 0.001 0.596 0.179 0.142 0.008 0.001 0.001 0.040 0.034 112 F 0.011 0.001 0.001 0.541 0.081 0.161 0.029 0.001 0.001 0.083 0.091 113 A 0.018 0.006 0.001 0.383 0.094 0.188 0.079 0.002 0.001 0.042 0.187 114 N 0.041 0.010 0.001 0.121 0.121 0.236 0.121 0.003 0.001 0.068 0.278 115 K 0.059 0.024 0.003 0.075 0.099 0.118 0.162 0.002 0.002 0.050 0.407 116 M 0.007 0.023 0.003 0.032 0.044 0.071 0.135 0.004 0.002 0.021 0.658 117 D 0.243 0.387 0.005 0.006 0.016 0.019 0.054 0.023 0.004 0.041 0.202 118 L 0.350 0.379 0.007 0.003 0.002 0.004 0.031 0.018 0.002 0.043 0.161 119 R 0.084 0.123 0.005 0.006 0.005 0.010 0.060 0.006 0.002 0.160 0.539 120 D 0.055 0.181 0.007 0.008 0.016 0.029 0.083 0.006 0.002 0.208 0.405 121 A 0.085 0.331 0.007 0.009 0.019 0.022 0.071 0.013 0.002 0.087 0.355 122 V 0.071 0.366 0.009 0.010 0.021 0.026 0.060 0.013 0.003 0.039 0.381 123 T 0.115 0.479 0.001 0.006 0.010 0.020 0.047 0.009 0.001 0.034 0.278 124 S 0.059 0.290 0.005 0.011 0.008 0.014 0.060 0.010 0.002 0.231 0.309 125 V 0.020 0.620 0.005 0.009 0.007 0.009 0.047 0.006 0.001 0.065 0.210 126 K 0.024 0.780 0.003 0.005 0.003 0.005 0.017 0.005 0.001 0.023 0.134 127 V 0.014 0.833 0.004 0.005 0.003 0.003 0.014 0.005 0.001 0.025 0.093 128 S 0.009 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.007 0.030 129 Q 0.018 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.004 0.018 130 L 0.033 0.775 0.004 0.003 0.001 0.001 0.012 0.005 0.002 0.092 0.071 131 L 0.022 0.551 0.032 0.004 0.002 0.002 0.033 0.005 0.011 0.202 0.137 132 C 0.056 0.786 0.009 0.002 0.001 0.002 0.018 0.024 0.002 0.022 0.079 133 L 0.107 0.476 0.015 0.005 0.002 0.005 0.029 0.014 0.008 0.079 0.260 134 E 0.063 0.240 0.033 0.007 0.003 0.007 0.079 0.006 0.020 0.103 0.439 135 N 0.263 0.068 0.014 0.004 0.003 0.010 0.054 0.023 0.007 0.106 0.448 136 I 0.363 0.012 0.010 0.007 0.002 0.005 0.054 0.006 0.005 0.064 0.472 137 K 0.051 0.005 0.001 0.011 0.003 0.007 0.079 0.001 0.001 0.014 0.829 138 D 0.008 0.003 0.001 0.006 0.002 0.004 0.073 0.001 0.001 0.009 0.895 139 K 0.029 0.003 0.001 0.010 0.049 0.024 0.216 0.032 0.001 0.041 0.596 140 P 0.032 0.015 0.001 0.131 0.025 0.049 0.150 0.004 0.001 0.047 0.546 141 W 0.009 0.010 0.002 0.159 0.045 0.149 0.089 0.002 0.001 0.055 0.480 142 H 0.010 0.005 0.001 0.270 0.180 0.204 0.051 0.002 0.001 0.066 0.211 143 I 0.007 0.008 0.002 0.288 0.098 0.140 0.064 0.001 0.001 0.036 0.355 144 C 0.011 0.010 0.002 0.213 0.217 0.234 0.044 0.002 0.001 0.043 0.223 145 A 0.022 0.016 0.001 0.106 0.115 0.173 0.084 0.005 0.001 0.043 0.435 146 S 0.025 0.013 0.001 0.077 0.185 0.186 0.079 0.006 0.001 0.070 0.358 147 D 0.053 0.018 0.006 0.118 0.110 0.184 0.099 0.005 0.003 0.129 0.275 148 A 0.074 0.009 0.006 0.085 0.073 0.119 0.085 0.004 0.003 0.079 0.464 149 I 0.109 0.018 0.004 0.089 0.059 0.076 0.116 0.005 0.003 0.085 0.436 150 K 0.061 0.044 0.001 0.020 0.012 0.019 0.107 0.004 0.001 0.039 0.693 151 G 0.104 0.195 0.001 0.008 0.007 0.010 0.083 0.007 0.001 0.025 0.558 152 E 0.011 0.171 0.001 0.015 0.015 0.020 0.110 0.008 0.001 0.037 0.614 153 G 0.012 0.889 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.023 0.056 154 L 0.005 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.012 155 Q 0.006 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.037 0.013 156 E 0.004 0.944 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.007 157 G 0.001 0.955 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.013 158 V 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.005 159 D 0.007 0.898 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.056 0.028 160 W 0.031 0.582 0.064 0.002 0.001 0.002 0.022 0.007 0.026 0.178 0.085 161 L 0.287 0.398 0.039 0.004 0.001 0.002 0.026 0.051 0.020 0.082 0.089 162 Q 0.278 0.098 0.025 0.007 0.002 0.004 0.056 0.016 0.026 0.063 0.424 163 D 0.080 0.026 0.001 0.006 0.003 0.005 0.099 0.001 0.001 0.018 0.759 164 Q 0.011 0.019 0.002 0.011 0.003 0.009 0.114 0.002 0.001 0.022 0.805 165 I 0.062 0.013 0.005 0.013 0.011 0.012 0.159 0.015 0.002 0.050 0.659