# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.002 0.001 0.059 0.017 0.042 0.151 0.031 0.697 2 V 0.001 0.001 0.322 0.053 0.075 0.196 0.060 0.294 3 H 0.001 0.001 0.875 0.021 0.030 0.008 0.053 0.013 4 V 0.001 0.001 0.805 0.025 0.023 0.005 0.118 0.023 5 L 0.001 0.001 0.958 0.010 0.008 0.002 0.017 0.004 6 C 0.003 0.001 0.870 0.020 0.030 0.014 0.044 0.017 7 L 0.005 0.001 0.800 0.015 0.028 0.047 0.063 0.040 8 G 0.037 0.006 0.284 0.012 0.037 0.231 0.174 0.218 9 L 0.042 0.011 0.083 0.007 0.021 0.311 0.161 0.363 10 D 0.105 0.020 0.038 0.006 0.018 0.278 0.090 0.445 11 N 0.096 0.042 0.030 0.009 0.022 0.171 0.215 0.415 12 S 0.017 0.063 0.034 0.015 0.035 0.209 0.156 0.471 13 G 0.025 0.234 0.047 0.028 0.071 0.134 0.140 0.321 14 K 0.044 0.353 0.030 0.054 0.073 0.082 0.120 0.243 15 T 0.021 0.274 0.072 0.046 0.076 0.044 0.353 0.114 16 T 0.024 0.517 0.064 0.060 0.100 0.027 0.130 0.077 17 I 0.077 0.282 0.122 0.106 0.174 0.037 0.078 0.124 18 I 0.100 0.129 0.085 0.134 0.178 0.051 0.085 0.238 19 N 0.087 0.056 0.035 0.093 0.137 0.065 0.103 0.424 20 K 0.018 0.020 0.029 0.061 0.090 0.136 0.073 0.572 21 L 0.011 0.011 0.030 0.049 0.067 0.160 0.062 0.610 22 K 0.193 0.039 0.017 0.040 0.037 0.107 0.065 0.502 23 P 0.348 0.067 0.006 0.009 0.012 0.061 0.045 0.451 24 S 0.069 0.037 0.011 0.010 0.020 0.092 0.070 0.692 25 N 0.039 0.040 0.031 0.023 0.041 0.133 0.133 0.561 26 A 0.024 0.018 0.043 0.037 0.043 0.152 0.097 0.586 27 Q 0.073 0.026 0.059 0.034 0.042 0.124 0.090 0.553 28 S 0.225 0.049 0.029 0.024 0.040 0.086 0.112 0.434 29 Q 0.044 0.017 0.033 0.020 0.047 0.119 0.049 0.671 30 N 0.015 0.009 0.081 0.044 0.093 0.129 0.085 0.543 31 I 0.031 0.018 0.066 0.066 0.094 0.148 0.105 0.471 32 L 0.033 0.018 0.100 0.095 0.133 0.112 0.075 0.434 33 P 0.053 0.016 0.081 0.068 0.128 0.104 0.047 0.504 34 T 0.056 0.013 0.079 0.103 0.149 0.077 0.139 0.383 35 I 0.035 0.018 0.074 0.089 0.127 0.099 0.046 0.512 36 G 0.035 0.014 0.073 0.072 0.159 0.122 0.040 0.484 37 F 0.016 0.008 0.061 0.076 0.083 0.094 0.032 0.631 38 S 0.115 0.045 0.040 0.109 0.177 0.078 0.107 0.330 39 I 0.109 0.016 0.035 0.044 0.082 0.089 0.057 0.568 40 E 0.012 0.004 0.049 0.266 0.331 0.043 0.038 0.257 41 K 0.004 0.001 0.033 0.079 0.204 0.057 0.081 0.540 42 F 0.004 0.001 0.085 0.277 0.229 0.071 0.064 0.268 43 K 0.108 0.002 0.055 0.093 0.144 0.055 0.044 0.499 44 S 0.319 0.002 0.013 0.023 0.018 0.040 0.103 0.481 45 S 0.015 0.002 0.043 0.021 0.064 0.167 0.016 0.671 46 S 0.002 0.001 0.040 0.009 0.050 0.104 0.032 0.762 47 L 0.005 0.005 0.153 0.248 0.156 0.095 0.081 0.258 48 S 0.004 0.006 0.255 0.106 0.195 0.051 0.137 0.246 49 F 0.003 0.008 0.307 0.212 0.222 0.027 0.092 0.128 50 T 0.003 0.005 0.712 0.086 0.118 0.007 0.038 0.031 51 V 0.011 0.015 0.395 0.184 0.162 0.030 0.079 0.123 52 F 0.007 0.016 0.577 0.081 0.115 0.035 0.060 0.110 53 D 0.137 0.057 0.155 0.065 0.106 0.120 0.066 0.295 54 M 0.213 0.071 0.074 0.029 0.037 0.131 0.075 0.372 55 S 0.032 0.071 0.025 0.016 0.044 0.120 0.034 0.658 56 G 0.067 0.183 0.024 0.023 0.071 0.084 0.101 0.446 57 Q 0.067 0.271 0.013 0.085 0.084 0.066 0.092 0.322 58 G 0.027 0.120 0.030 0.108 0.133 0.087 0.089 0.407 59 R 0.029 0.262 0.020 0.095 0.127 0.079 0.088 0.300 60 Y 0.069 0.396 0.023 0.044 0.069 0.057 0.084 0.258 61 R 0.051 0.589 0.015 0.046 0.055 0.030 0.058 0.157 62 N 0.030 0.534 0.013 0.030 0.045 0.039 0.104 0.206 63 L 0.029 0.674 0.012 0.020 0.020 0.027 0.127 0.091 64 W 0.027 0.852 0.003 0.009 0.011 0.010 0.039 0.049 65 E 0.036 0.746 0.005 0.008 0.013 0.019 0.057 0.117 66 H 0.020 0.429 0.026 0.052 0.046 0.040 0.223 0.165 67 Y 0.065 0.311 0.020 0.049 0.061 0.046 0.284 0.163 68 Y 0.116 0.095 0.042 0.037 0.046 0.060 0.346 0.259 69 K 0.105 0.043 0.029 0.033 0.051 0.119 0.172 0.447 70 E 0.070 0.025 0.013 0.010 0.022 0.090 0.084 0.685 71 G 0.006 0.013 0.040 0.031 0.077 0.265 0.060 0.507 72 Q 0.001 0.004 0.199 0.066 0.249 0.123 0.137 0.221 73 A 0.001 0.003 0.385 0.196 0.180 0.035 0.133 0.067 74 I 0.001 0.002 0.650 0.118 0.097 0.015 0.066 0.051 75 I 0.001 0.001 0.721 0.098 0.101 0.009 0.043 0.025 76 F 0.001 0.001 0.811 0.054 0.080 0.008 0.032 0.012 77 V 0.007 0.005 0.615 0.070 0.120 0.041 0.075 0.068 78 I 0.019 0.013 0.486 0.072 0.109 0.082 0.089 0.131 79 D 0.099 0.048 0.229 0.035 0.078 0.160 0.115 0.237 80 S 0.077 0.077 0.096 0.023 0.048 0.178 0.078 0.421 81 S 0.048 0.107 0.045 0.013 0.026 0.140 0.063 0.558 82 D 0.124 0.404 0.016 0.012 0.022 0.075 0.086 0.261 83 R 0.087 0.422 0.009 0.012 0.019 0.079 0.061 0.311 84 L 0.024 0.407 0.013 0.034 0.046 0.066 0.082 0.329 85 R 0.020 0.713 0.006 0.016 0.029 0.029 0.066 0.122 86 M 0.020 0.840 0.006 0.012 0.015 0.013 0.043 0.051 87 V 0.013 0.825 0.008 0.024 0.021 0.013 0.036 0.059 88 V 0.014 0.868 0.005 0.007 0.006 0.010 0.043 0.046 89 A 0.014 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.012 90 K 0.049 0.820 0.004 0.002 0.003 0.007 0.078 0.036 91 E 0.014 0.371 0.006 0.006 0.005 0.028 0.446 0.123 92 E 0.008 0.862 0.004 0.002 0.002 0.009 0.074 0.040 93 L 0.072 0.816 0.005 0.002 0.003 0.013 0.033 0.055 94 D 0.089 0.270 0.048 0.022 0.012 0.051 0.228 0.280 95 T 0.171 0.236 0.023 0.007 0.011 0.066 0.115 0.370 96 L 0.478 0.054 0.026 0.004 0.005 0.087 0.046 0.301 97 L 0.018 0.016 0.017 0.010 0.010 0.129 0.034 0.766 98 N 0.011 0.018 0.003 0.001 0.002 0.048 0.009 0.907 99 H 0.342 0.213 0.009 0.006 0.005 0.078 0.057 0.289 100 P 0.114 0.099 0.038 0.025 0.017 0.103 0.056 0.549 101 D 0.142 0.049 0.016 0.009 0.020 0.086 0.058 0.621 102 I 0.097 0.011 0.061 0.022 0.019 0.106 0.132 0.553 103 K 0.267 0.006 0.016 0.013 0.017 0.074 0.057 0.550 104 H 0.127 0.003 0.009 0.004 0.006 0.052 0.057 0.742 105 R 0.005 0.001 0.034 0.011 0.031 0.234 0.016 0.667 106 R 0.004 0.001 0.068 0.015 0.052 0.119 0.035 0.706 107 I 0.005 0.003 0.115 0.118 0.074 0.178 0.071 0.435 108 P 0.001 0.001 0.672 0.043 0.084 0.036 0.064 0.099 109 I 0.001 0.002 0.633 0.089 0.107 0.015 0.092 0.060 110 L 0.001 0.001 0.880 0.036 0.031 0.004 0.032 0.016 111 F 0.003 0.002 0.818 0.047 0.062 0.010 0.030 0.027 112 F 0.025 0.005 0.616 0.084 0.105 0.040 0.053 0.072 113 A 0.023 0.010 0.291 0.038 0.091 0.132 0.062 0.352 114 N 0.053 0.033 0.105 0.023 0.066 0.182 0.071 0.468 115 K 0.063 0.059 0.056 0.019 0.028 0.195 0.061 0.519 116 M 0.032 0.075 0.054 0.019 0.018 0.142 0.045 0.615 117 D 0.221 0.364 0.019 0.010 0.010 0.061 0.066 0.249 118 L 0.390 0.255 0.009 0.005 0.006 0.046 0.082 0.207 119 R 0.086 0.045 0.009 0.006 0.010 0.066 0.325 0.453 120 D 0.043 0.091 0.007 0.009 0.012 0.057 0.408 0.374 121 A 0.041 0.146 0.009 0.013 0.024 0.128 0.052 0.587 122 V 0.043 0.106 0.022 0.030 0.052 0.121 0.040 0.587 123 T 0.121 0.208 0.009 0.018 0.033 0.067 0.065 0.479 124 S 0.092 0.196 0.015 0.015 0.023 0.088 0.183 0.388 125 V 0.017 0.298 0.026 0.033 0.041 0.099 0.121 0.365 126 K 0.021 0.480 0.020 0.020 0.032 0.062 0.047 0.318 127 V 0.026 0.664 0.021 0.016 0.018 0.038 0.049 0.169 128 S 0.017 0.879 0.008 0.006 0.008 0.008 0.043 0.032 129 Q 0.013 0.926 0.004 0.003 0.004 0.004 0.024 0.023 130 L 0.029 0.860 0.009 0.005 0.006 0.012 0.026 0.053 131 L 0.033 0.406 0.035 0.021 0.018 0.028 0.368 0.091 132 C 0.050 0.804 0.006 0.003 0.004 0.014 0.058 0.062 133 L 0.194 0.504 0.015 0.005 0.006 0.024 0.090 0.160 134 E 0.040 0.179 0.031 0.036 0.019 0.060 0.113 0.521 135 N 0.223 0.077 0.017 0.008 0.014 0.060 0.092 0.509 136 I 0.371 0.014 0.020 0.009 0.006 0.087 0.089 0.404 137 K 0.051 0.007 0.009 0.006 0.009 0.086 0.023 0.810 138 D 0.009 0.002 0.003 0.001 0.002 0.049 0.007 0.927 139 K 0.040 0.021 0.035 0.014 0.014 0.199 0.041 0.636 140 P 0.056 0.050 0.077 0.018 0.031 0.130 0.074 0.563 141 W 0.026 0.040 0.088 0.032 0.059 0.102 0.054 0.600 142 H 0.015 0.023 0.319 0.104 0.176 0.061 0.101 0.200 143 I 0.014 0.021 0.145 0.103 0.157 0.068 0.184 0.310 144 C 0.027 0.060 0.192 0.167 0.169 0.068 0.086 0.231 145 A 0.033 0.053 0.091 0.084 0.165 0.094 0.047 0.433 146 S 0.069 0.074 0.053 0.063 0.091 0.100 0.066 0.484 147 D 0.074 0.107 0.065 0.125 0.155 0.077 0.113 0.285 148 A 0.131 0.059 0.028 0.038 0.072 0.102 0.042 0.527 149 I 0.107 0.038 0.037 0.118 0.083 0.093 0.096 0.429 150 K 0.061 0.061 0.007 0.010 0.018 0.084 0.020 0.739 151 G 0.115 0.185 0.014 0.013 0.021 0.070 0.089 0.494 152 E 0.024 0.218 0.022 0.038 0.034 0.126 0.034 0.504 153 G 0.047 0.629 0.011 0.008 0.015 0.031 0.075 0.185 154 L 0.036 0.869 0.002 0.004 0.003 0.008 0.042 0.035 155 Q 0.012 0.869 0.004 0.003 0.004 0.007 0.061 0.039 156 E 0.003 0.917 0.002 0.003 0.004 0.006 0.033 0.031 157 G 0.003 0.971 0.002 0.001 0.001 0.002 0.016 0.005 158 V 0.007 0.915 0.003 0.002 0.002 0.002 0.066 0.005 159 D 0.007 0.751 0.009 0.004 0.003 0.005 0.202 0.019 160 W 0.023 0.834 0.015 0.003 0.003 0.009 0.082 0.030 161 L 0.192 0.506 0.032 0.009 0.008 0.023 0.152 0.078 162 Q 0.185 0.115 0.025 0.008 0.009 0.049 0.203 0.407 163 D 0.035 0.045 0.007 0.004 0.005 0.060 0.064 0.779 164 Q 0.034 0.034 0.016 0.007 0.010 0.119 0.060 0.719 165 I 0.064 0.026 0.023 0.017 0.019 0.159 0.070 0.622