# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.057 0.003 0.002 0.015 0.022 0.027 0.118 0.003 0.001 0.011 0.743 2 V 0.153 0.001 0.034 0.054 0.041 0.044 0.076 0.001 0.001 0.022 0.574 3 H 0.021 0.001 0.017 0.282 0.166 0.113 0.132 0.001 0.001 0.005 0.263 4 V 0.001 0.001 0.004 0.479 0.148 0.142 0.027 0.001 0.001 0.001 0.197 5 L 0.001 0.001 0.001 0.737 0.106 0.148 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 6 C 0.001 0.001 0.001 0.806 0.067 0.096 0.007 0.001 0.001 0.001 0.024 7 L 0.001 0.001 0.001 0.867 0.043 0.074 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 8 G 0.001 0.001 0.001 0.644 0.084 0.132 0.050 0.001 0.001 0.002 0.088 9 L 0.001 0.001 0.001 0.173 0.025 0.041 0.038 0.001 0.001 0.004 0.717 10 D 0.002 0.001 0.001 0.065 0.034 0.082 0.261 0.001 0.001 0.007 0.549 11 N 0.100 0.001 0.001 0.029 0.021 0.024 0.213 0.001 0.001 0.037 0.573 12 S 0.121 0.022 0.003 0.020 0.013 0.023 0.194 0.001 0.001 0.019 0.585 13 G 0.086 0.053 0.004 0.046 0.065 0.099 0.227 0.001 0.001 0.017 0.402 14 K 0.099 0.102 0.004 0.026 0.028 0.071 0.137 0.001 0.001 0.013 0.518 15 T 0.060 0.234 0.004 0.026 0.064 0.115 0.070 0.003 0.001 0.005 0.419 16 T 0.046 0.283 0.003 0.021 0.065 0.086 0.079 0.003 0.001 0.004 0.409 17 I 0.026 0.457 0.004 0.023 0.087 0.132 0.062 0.003 0.001 0.004 0.202 18 I 0.028 0.508 0.003 0.030 0.094 0.210 0.036 0.005 0.001 0.003 0.082 19 N 0.053 0.593 0.003 0.024 0.069 0.118 0.027 0.014 0.001 0.002 0.097 20 K 0.188 0.420 0.007 0.013 0.032 0.043 0.020 0.064 0.001 0.004 0.210 21 L 0.269 0.290 0.137 0.025 0.032 0.051 0.028 0.057 0.001 0.007 0.104 22 K 0.093 0.066 0.081 0.051 0.074 0.082 0.086 0.041 0.001 0.004 0.422 23 P 0.002 0.001 0.013 0.007 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.962 24 S 0.009 0.002 0.001 0.027 0.014 0.032 0.113 0.001 0.001 0.002 0.799 25 N 0.311 0.005 0.002 0.015 0.006 0.009 0.104 0.001 0.001 0.015 0.533 26 A 0.275 0.035 0.003 0.037 0.018 0.022 0.131 0.002 0.001 0.010 0.467 27 Q 0.106 0.030 0.003 0.054 0.041 0.053 0.260 0.001 0.001 0.010 0.442 28 S 0.118 0.055 0.002 0.082 0.047 0.068 0.155 0.001 0.001 0.008 0.462 29 Q 0.058 0.049 0.004 0.025 0.035 0.051 0.101 0.002 0.001 0.006 0.670 30 N 0.105 0.035 0.004 0.024 0.059 0.084 0.220 0.005 0.001 0.017 0.448 31 I 0.269 0.048 0.022 0.043 0.055 0.115 0.116 0.006 0.001 0.023 0.301 32 L 0.063 0.035 0.013 0.084 0.147 0.190 0.115 0.003 0.001 0.005 0.344 33 P 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.965 34 T 0.020 0.005 0.001 0.068 0.108 0.271 0.085 0.001 0.001 0.003 0.437 35 I 0.103 0.014 0.002 0.044 0.065 0.099 0.055 0.002 0.001 0.006 0.611 36 G 0.079 0.035 0.001 0.066 0.110 0.183 0.068 0.002 0.001 0.006 0.450 37 F 0.062 0.014 0.005 0.056 0.088 0.157 0.092 0.001 0.001 0.008 0.517 38 S 0.064 0.019 0.003 0.114 0.126 0.191 0.105 0.002 0.001 0.008 0.368 39 I 0.044 0.014 0.011 0.058 0.117 0.211 0.061 0.002 0.001 0.009 0.472 40 E 0.019 0.009 0.004 0.100 0.311 0.317 0.064 0.001 0.001 0.004 0.171 41 K 0.030 0.006 0.004 0.046 0.113 0.167 0.062 0.001 0.001 0.005 0.567 42 F 0.017 0.004 0.003 0.091 0.341 0.395 0.031 0.001 0.001 0.003 0.114 43 K 0.007 0.003 0.001 0.080 0.222 0.322 0.068 0.001 0.001 0.003 0.292 44 S 0.010 0.003 0.001 0.071 0.253 0.327 0.069 0.001 0.001 0.004 0.260 45 S 0.013 0.002 0.001 0.043 0.088 0.133 0.154 0.001 0.001 0.008 0.557 46 S 0.041 0.001 0.001 0.015 0.022 0.032 0.194 0.001 0.001 0.024 0.667 47 L 0.291 0.002 0.015 0.052 0.050 0.046 0.191 0.001 0.001 0.067 0.284 48 S 0.058 0.002 0.016 0.117 0.107 0.103 0.263 0.001 0.001 0.018 0.315 49 F 0.005 0.001 0.010 0.202 0.208 0.276 0.045 0.001 0.001 0.003 0.252 50 T 0.001 0.001 0.001 0.251 0.246 0.445 0.027 0.001 0.001 0.001 0.029 51 V 0.002 0.001 0.001 0.213 0.226 0.385 0.022 0.001 0.001 0.001 0.149 52 F 0.001 0.001 0.001 0.233 0.272 0.461 0.012 0.001 0.001 0.001 0.020 53 D 0.002 0.005 0.001 0.338 0.177 0.301 0.063 0.001 0.001 0.002 0.112 54 M 0.013 0.024 0.001 0.345 0.150 0.216 0.082 0.001 0.001 0.006 0.162 55 S 0.023 0.042 0.002 0.103 0.101 0.204 0.312 0.003 0.001 0.025 0.184 56 G 0.111 0.037 0.005 0.017 0.031 0.051 0.456 0.009 0.001 0.052 0.232 57 Q 0.219 0.126 0.052 0.020 0.017 0.022 0.173 0.007 0.001 0.023 0.341 58 G 0.042 0.105 0.018 0.008 0.014 0.014 0.135 0.002 0.001 0.008 0.653 59 R 0.058 0.117 0.014 0.013 0.038 0.069 0.195 0.003 0.001 0.010 0.483 60 Y 0.101 0.214 0.005 0.019 0.056 0.109 0.046 0.005 0.001 0.004 0.442 61 R 0.075 0.337 0.003 0.020 0.039 0.105 0.051 0.004 0.001 0.004 0.361 62 N 0.084 0.224 0.003 0.007 0.017 0.032 0.039 0.007 0.001 0.002 0.584 63 L 0.164 0.406 0.010 0.023 0.019 0.029 0.034 0.012 0.001 0.003 0.300 64 W 0.068 0.479 0.009 0.025 0.024 0.047 0.081 0.010 0.001 0.004 0.252 65 E 0.046 0.373 0.007 0.013 0.017 0.034 0.044 0.007 0.001 0.002 0.456 66 H 0.126 0.452 0.006 0.009 0.025 0.039 0.050 0.008 0.001 0.003 0.282 67 Y 0.173 0.440 0.008 0.009 0.032 0.032 0.053 0.014 0.001 0.006 0.234 68 Y 0.100 0.542 0.025 0.013 0.049 0.062 0.038 0.008 0.001 0.005 0.160 69 K 0.030 0.388 0.006 0.015 0.068 0.065 0.046 0.011 0.001 0.003 0.369 70 E 0.136 0.212 0.005 0.020 0.060 0.085 0.071 0.033 0.001 0.015 0.363 71 G 0.274 0.110 0.047 0.043 0.087 0.099 0.086 0.032 0.001 0.027 0.196 72 Q 0.078 0.032 0.054 0.210 0.246 0.162 0.081 0.011 0.001 0.009 0.118 73 A 0.013 0.004 0.035 0.308 0.216 0.240 0.025 0.001 0.001 0.003 0.155 74 I 0.001 0.001 0.001 0.446 0.272 0.268 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 75 I 0.001 0.001 0.001 0.555 0.165 0.244 0.008 0.001 0.001 0.001 0.027 76 F 0.001 0.001 0.001 0.592 0.188 0.211 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 77 V 0.001 0.001 0.001 0.531 0.158 0.220 0.011 0.001 0.001 0.001 0.078 78 I 0.001 0.001 0.001 0.371 0.199 0.321 0.018 0.001 0.001 0.001 0.090 79 D 0.002 0.001 0.001 0.238 0.156 0.292 0.095 0.001 0.001 0.005 0.211 80 S 0.010 0.001 0.001 0.125 0.080 0.144 0.099 0.001 0.001 0.013 0.528 81 S 0.021 0.002 0.001 0.058 0.065 0.086 0.411 0.001 0.001 0.023 0.332 82 D 0.111 0.006 0.001 0.011 0.013 0.015 0.327 0.001 0.001 0.027 0.488 83 R 0.105 0.038 0.005 0.011 0.007 0.012 0.225 0.001 0.001 0.020 0.576 84 L 0.062 0.044 0.005 0.008 0.016 0.024 0.479 0.001 0.001 0.029 0.334 85 R 0.077 0.109 0.006 0.010 0.029 0.055 0.354 0.002 0.001 0.011 0.347 86 M 0.068 0.426 0.004 0.016 0.034 0.068 0.047 0.002 0.001 0.002 0.333 87 V 0.027 0.509 0.001 0.006 0.016 0.030 0.035 0.002 0.001 0.002 0.371 88 V 0.053 0.481 0.003 0.002 0.008 0.020 0.050 0.004 0.001 0.002 0.378 89 A 0.075 0.754 0.004 0.005 0.005 0.011 0.015 0.007 0.001 0.001 0.122 90 K 0.023 0.869 0.001 0.004 0.002 0.005 0.010 0.005 0.001 0.001 0.080 91 E 0.019 0.721 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.240 92 E 0.030 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.081 93 L 0.033 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.023 94 D 0.009 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.033 95 T 0.014 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.043 96 L 0.062 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.024 97 L 0.105 0.816 0.015 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.001 0.001 0.037 98 N 0.122 0.657 0.051 0.003 0.002 0.004 0.008 0.066 0.001 0.001 0.088 99 H 0.370 0.325 0.020 0.005 0.001 0.003 0.005 0.027 0.001 0.001 0.243 100 P 0.003 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 101 D 0.039 0.018 0.002 0.015 0.007 0.010 0.155 0.005 0.001 0.002 0.747 102 I 0.586 0.044 0.006 0.025 0.009 0.014 0.075 0.005 0.001 0.009 0.227 103 K 0.242 0.231 0.002 0.060 0.019 0.023 0.143 0.005 0.001 0.004 0.271 104 H 0.243 0.078 0.002 0.015 0.010 0.014 0.106 0.006 0.001 0.007 0.519 105 R 0.169 0.062 0.003 0.028 0.010 0.015 0.082 0.017 0.001 0.008 0.605 106 R 0.233 0.004 0.006 0.014 0.014 0.014 0.292 0.051 0.001 0.032 0.339 107 I 0.093 0.001 0.434 0.060 0.015 0.010 0.018 0.001 0.001 0.006 0.362 108 P 0.001 0.001 0.011 0.171 0.035 0.027 0.031 0.001 0.001 0.001 0.724 109 I 0.001 0.001 0.001 0.629 0.088 0.131 0.031 0.001 0.001 0.001 0.120 110 L 0.001 0.001 0.001 0.887 0.031 0.068 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 111 F 0.001 0.001 0.001 0.966 0.011 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 112 F 0.001 0.001 0.001 0.951 0.015 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 113 A 0.001 0.001 0.001 0.781 0.042 0.106 0.014 0.001 0.001 0.001 0.055 114 N 0.003 0.001 0.001 0.218 0.099 0.233 0.187 0.001 0.001 0.007 0.251 115 K 0.045 0.002 0.002 0.051 0.031 0.049 0.091 0.002 0.001 0.025 0.703 116 M 0.071 0.012 0.020 0.043 0.045 0.071 0.259 0.001 0.001 0.017 0.459 117 D 0.057 0.011 0.003 0.025 0.040 0.047 0.226 0.002 0.001 0.009 0.580 118 L 0.062 0.016 0.006 0.015 0.013 0.018 0.047 0.001 0.001 0.005 0.819 119 R 0.022 0.020 0.002 0.010 0.016 0.028 0.177 0.001 0.001 0.006 0.718 120 D 0.150 0.028 0.002 0.009 0.016 0.026 0.330 0.003 0.001 0.027 0.409 121 A 0.346 0.168 0.006 0.017 0.009 0.016 0.102 0.006 0.001 0.013 0.317 122 V 0.150 0.251 0.014 0.032 0.031 0.037 0.135 0.009 0.001 0.014 0.325 123 T 0.112 0.190 0.012 0.017 0.022 0.032 0.134 0.006 0.001 0.007 0.468 124 S 0.060 0.196 0.011 0.018 0.018 0.037 0.042 0.005 0.001 0.003 0.608 125 V 0.051 0.276 0.006 0.020 0.026 0.043 0.099 0.006 0.001 0.005 0.468 126 K 0.116 0.263 0.005 0.012 0.013 0.029 0.168 0.010 0.001 0.010 0.373 127 V 0.108 0.583 0.011 0.021 0.014 0.023 0.043 0.010 0.001 0.004 0.185 128 S 0.053 0.682 0.006 0.011 0.009 0.015 0.055 0.005 0.001 0.002 0.162 129 Q 0.030 0.611 0.003 0.005 0.005 0.008 0.039 0.008 0.001 0.002 0.289 130 L 0.043 0.734 0.004 0.002 0.002 0.003 0.027 0.005 0.001 0.002 0.178 131 L 0.044 0.679 0.005 0.001 0.002 0.003 0.122 0.008 0.001 0.004 0.130 132 C 0.022 0.906 0.005 0.001 0.001 0.003 0.012 0.004 0.001 0.001 0.043 133 L 0.011 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.029 134 E 0.021 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.053 135 N 0.081 0.818 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.070 136 I 0.074 0.856 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.038 137 K 0.041 0.751 0.009 0.005 0.007 0.014 0.017 0.045 0.001 0.001 0.110 138 D 0.360 0.337 0.012 0.006 0.003 0.007 0.011 0.097 0.001 0.002 0.164 139 K 0.538 0.153 0.030 0.007 0.006 0.004 0.020 0.042 0.001 0.002 0.198 140 P 0.030 0.006 0.032 0.010 0.003 0.003 0.015 0.003 0.001 0.002 0.897 141 W 0.034 0.004 0.073 0.065 0.029 0.046 0.152 0.002 0.001 0.005 0.591 142 H 0.098 0.006 0.004 0.268 0.092 0.107 0.120 0.001 0.001 0.006 0.297 143 I 0.030 0.013 0.004 0.260 0.073 0.131 0.055 0.001 0.001 0.002 0.432 144 C 0.006 0.006 0.001 0.422 0.162 0.253 0.036 0.001 0.001 0.001 0.113 145 A 0.006 0.007 0.001 0.225 0.056 0.124 0.033 0.001 0.001 0.002 0.546 146 S 0.008 0.009 0.001 0.202 0.150 0.281 0.051 0.001 0.001 0.003 0.293 147 D 0.022 0.012 0.001 0.089 0.103 0.169 0.106 0.001 0.001 0.005 0.491 148 A 0.044 0.032 0.001 0.078 0.099 0.126 0.094 0.002 0.001 0.007 0.516 149 I 0.062 0.057 0.004 0.053 0.082 0.165 0.195 0.003 0.001 0.013 0.368 150 K 0.089 0.108 0.004 0.017 0.037 0.054 0.167 0.004 0.001 0.008 0.513 151 G 0.280 0.113 0.007 0.011 0.015 0.021 0.094 0.010 0.001 0.017 0.432 152 E 0.225 0.062 0.045 0.007 0.006 0.009 0.178 0.003 0.001 0.014 0.450 153 G 0.044 0.019 0.010 0.009 0.010 0.009 0.265 0.003 0.001 0.005 0.626 154 L 0.089 0.078 0.048 0.014 0.006 0.019 0.165 0.001 0.001 0.008 0.572 155 Q 0.010 0.210 0.001 0.029 0.016 0.032 0.159 0.001 0.001 0.002 0.541 156 E 0.028 0.270 0.001 0.005 0.004 0.009 0.102 0.002 0.001 0.003 0.576 157 G 0.059 0.659 0.001 0.002 0.002 0.003 0.021 0.003 0.001 0.001 0.250 158 V 0.014 0.949 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.021 159 D 0.003 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 160 W 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 161 L 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 162 Q 0.009 0.977 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 163 D 0.011 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.014 164 Q 0.079 0.850 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.038 165 I 0.129 0.770 0.041 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.039