# TARGET T0308 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.026 0.001 0.024 0.046 0.046 0.075 0.007 0.776 2 V 0.010 0.001 0.051 0.064 0.067 0.050 0.002 0.757 3 H 0.008 0.001 0.406 0.274 0.254 0.023 0.001 0.033 4 V 0.001 0.001 0.715 0.098 0.098 0.004 0.001 0.085 5 L 0.001 0.001 0.946 0.026 0.027 0.001 0.001 0.001 6 C 0.001 0.001 0.960 0.019 0.018 0.001 0.001 0.003 7 L 0.001 0.001 0.981 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 8 G 0.001 0.001 0.907 0.018 0.036 0.010 0.001 0.028 9 L 0.001 0.001 0.491 0.021 0.091 0.074 0.001 0.322 10 D 0.002 0.001 0.094 0.015 0.056 0.171 0.002 0.661 11 N 0.033 0.001 0.013 0.006 0.010 0.209 0.007 0.721 12 S 0.105 0.002 0.015 0.008 0.007 0.283 0.013 0.567 13 G 0.114 0.018 0.040 0.036 0.026 0.229 0.031 0.507 14 K 0.089 0.030 0.085 0.035 0.067 0.237 0.007 0.450 15 T 0.007 0.050 0.053 0.061 0.081 0.084 0.002 0.661 16 T 0.033 0.096 0.052 0.100 0.225 0.169 0.007 0.320 17 I 0.037 0.382 0.056 0.107 0.165 0.083 0.007 0.163 18 I 0.045 0.464 0.049 0.092 0.196 0.061 0.009 0.085 19 N 0.056 0.632 0.015 0.102 0.093 0.027 0.013 0.063 20 K 0.177 0.419 0.036 0.089 0.097 0.018 0.051 0.113 21 L 0.154 0.264 0.064 0.101 0.164 0.033 0.051 0.170 22 K 0.079 0.120 0.043 0.181 0.235 0.045 0.022 0.275 23 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 24 S 0.015 0.020 0.018 0.040 0.088 0.131 0.010 0.678 25 N 0.367 0.016 0.012 0.010 0.008 0.052 0.032 0.502 26 A 0.318 0.031 0.052 0.025 0.032 0.134 0.013 0.395 27 Q 0.133 0.039 0.073 0.067 0.089 0.181 0.009 0.410 28 S 0.064 0.058 0.071 0.075 0.120 0.108 0.008 0.495 29 Q 0.044 0.030 0.038 0.043 0.079 0.098 0.009 0.659 30 N 0.100 0.029 0.031 0.032 0.057 0.275 0.025 0.451 31 I 0.218 0.042 0.053 0.034 0.055 0.136 0.039 0.424 32 L 0.059 0.036 0.080 0.094 0.087 0.119 0.010 0.514 33 P 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.988 34 T 0.033 0.011 0.075 0.087 0.235 0.142 0.008 0.409 35 I 0.080 0.036 0.096 0.147 0.133 0.061 0.010 0.437 36 G 0.047 0.020 0.063 0.096 0.164 0.086 0.014 0.510 37 F 0.137 0.010 0.081 0.159 0.172 0.109 0.011 0.319 38 S 0.060 0.008 0.066 0.151 0.183 0.111 0.010 0.410 39 I 0.014 0.002 0.030 0.044 0.113 0.072 0.003 0.721 40 E 0.010 0.006 0.116 0.502 0.292 0.028 0.003 0.043 41 K 0.006 0.002 0.024 0.064 0.132 0.021 0.002 0.748 42 F 0.007 0.003 0.271 0.280 0.378 0.013 0.003 0.045 43 K 0.013 0.007 0.116 0.261 0.247 0.055 0.003 0.297 44 S 0.009 0.006 0.107 0.137 0.363 0.031 0.004 0.343 45 S 0.015 0.004 0.078 0.094 0.182 0.114 0.007 0.506 46 S 0.047 0.002 0.022 0.029 0.041 0.147 0.025 0.687 47 L 0.156 0.002 0.094 0.068 0.061 0.139 0.017 0.464 48 S 0.018 0.001 0.128 0.101 0.116 0.168 0.005 0.463 49 F 0.012 0.001 0.231 0.156 0.230 0.070 0.004 0.295 50 T 0.007 0.001 0.598 0.158 0.180 0.023 0.001 0.033 51 V 0.003 0.001 0.359 0.132 0.188 0.021 0.001 0.296 52 F 0.001 0.001 0.691 0.089 0.159 0.009 0.001 0.051 53 D 0.002 0.004 0.251 0.193 0.299 0.052 0.002 0.197 54 M 0.014 0.010 0.273 0.066 0.281 0.099 0.005 0.253 55 S 0.039 0.009 0.050 0.034 0.081 0.541 0.010 0.235 56 G 0.232 0.025 0.028 0.030 0.028 0.141 0.057 0.459 57 Q 0.297 0.046 0.072 0.026 0.055 0.173 0.017 0.313 58 G 0.008 0.033 0.012 0.014 0.019 0.046 0.003 0.865 59 R 0.080 0.096 0.018 0.035 0.083 0.131 0.018 0.539 60 Y 0.114 0.345 0.058 0.053 0.079 0.054 0.014 0.283 61 R 0.070 0.324 0.062 0.062 0.087 0.067 0.016 0.312 62 N 0.046 0.256 0.032 0.033 0.045 0.068 0.012 0.508 63 L 0.113 0.388 0.030 0.026 0.055 0.069 0.016 0.303 64 W 0.066 0.359 0.030 0.021 0.041 0.157 0.018 0.307 65 E 0.068 0.365 0.020 0.016 0.028 0.117 0.019 0.367 66 H 0.066 0.642 0.014 0.015 0.015 0.042 0.012 0.194 67 Y 0.111 0.593 0.016 0.017 0.028 0.044 0.023 0.167 68 Y 0.063 0.651 0.032 0.030 0.043 0.027 0.015 0.139 69 K 0.052 0.499 0.030 0.058 0.072 0.042 0.021 0.226 70 E 0.144 0.265 0.028 0.054 0.052 0.050 0.069 0.337 71 G 0.316 0.107 0.076 0.056 0.076 0.085 0.054 0.231 72 Q 0.073 0.048 0.226 0.251 0.161 0.099 0.025 0.118 73 A 0.022 0.018 0.224 0.178 0.179 0.077 0.018 0.284 74 I 0.008 0.003 0.651 0.140 0.163 0.015 0.004 0.017 75 I 0.001 0.002 0.590 0.223 0.135 0.008 0.001 0.040 76 F 0.001 0.001 0.773 0.092 0.111 0.003 0.001 0.019 77 V 0.001 0.001 0.695 0.120 0.131 0.008 0.001 0.044 78 I 0.001 0.001 0.521 0.151 0.222 0.016 0.001 0.090 79 D 0.001 0.002 0.190 0.144 0.383 0.060 0.001 0.220 80 S 0.010 0.004 0.155 0.075 0.173 0.087 0.004 0.492 81 S 0.019 0.003 0.014 0.020 0.035 0.676 0.006 0.228 82 D 0.192 0.013 0.008 0.014 0.019 0.170 0.019 0.566 83 R 0.083 0.075 0.017 0.013 0.026 0.330 0.010 0.446 84 L 0.066 0.101 0.009 0.018 0.024 0.440 0.019 0.322 85 R 0.182 0.293 0.012 0.021 0.036 0.190 0.017 0.250 86 M 0.090 0.561 0.015 0.046 0.074 0.029 0.007 0.177 87 V 0.032 0.259 0.021 0.042 0.067 0.055 0.007 0.517 88 V 0.033 0.281 0.008 0.037 0.061 0.088 0.008 0.484 89 A 0.057 0.686 0.008 0.018 0.049 0.021 0.005 0.156 90 K 0.021 0.601 0.008 0.010 0.028 0.044 0.007 0.282 91 E 0.029 0.612 0.003 0.005 0.007 0.074 0.006 0.262 92 E 0.019 0.899 0.001 0.001 0.002 0.014 0.003 0.061 93 L 0.011 0.949 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.030 94 D 0.005 0.953 0.002 0.001 0.002 0.004 0.002 0.031 95 T 0.019 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.030 96 L 0.032 0.935 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.020 97 L 0.047 0.887 0.005 0.003 0.003 0.003 0.015 0.038 98 N 0.199 0.459 0.019 0.005 0.005 0.010 0.159 0.144 99 H 0.445 0.177 0.074 0.013 0.011 0.017 0.047 0.218 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 101 D 0.003 0.007 0.007 0.010 0.019 0.076 0.003 0.877 102 I 0.428 0.027 0.051 0.017 0.017 0.066 0.014 0.381 103 K 0.207 0.057 0.039 0.026 0.033 0.201 0.011 0.426 104 H 0.208 0.047 0.039 0.022 0.035 0.085 0.014 0.550 105 R 0.148 0.053 0.042 0.033 0.031 0.111 0.027 0.554 106 R 0.180 0.010 0.029 0.029 0.029 0.172 0.083 0.469 107 I 0.249 0.003 0.139 0.092 0.082 0.115 0.025 0.295 108 P 0.002 0.001 0.111 0.065 0.048 0.023 0.001 0.750 109 I 0.002 0.001 0.362 0.144 0.344 0.032 0.001 0.115 110 L 0.001 0.001 0.778 0.100 0.107 0.003 0.001 0.012 111 F 0.001 0.001 0.847 0.081 0.061 0.001 0.001 0.009 112 F 0.001 0.001 0.933 0.022 0.033 0.002 0.001 0.010 113 A 0.001 0.001 0.907 0.031 0.043 0.005 0.001 0.014 114 N 0.001 0.001 0.441 0.068 0.191 0.087 0.001 0.211 115 K 0.004 0.001 0.299 0.038 0.152 0.084 0.003 0.420 116 M 0.013 0.003 0.058 0.018 0.032 0.529 0.003 0.343 117 D 0.074 0.009 0.009 0.011 0.021 0.615 0.013 0.249 118 L 0.173 0.248 0.030 0.021 0.041 0.052 0.009 0.426 119 R 0.027 0.082 0.009 0.006 0.015 0.496 0.015 0.350 120 D 0.228 0.111 0.004 0.004 0.006 0.382 0.030 0.235 121 A 0.290 0.584 0.005 0.004 0.007 0.023 0.010 0.078 122 V 0.098 0.476 0.025 0.023 0.030 0.084 0.026 0.238 123 T 0.062 0.295 0.037 0.029 0.037 0.072 0.023 0.444 124 S 0.054 0.230 0.020 0.020 0.050 0.036 0.008 0.583 125 V 0.066 0.208 0.029 0.030 0.050 0.179 0.014 0.424 126 K 0.101 0.213 0.021 0.015 0.020 0.236 0.016 0.378 127 V 0.060 0.636 0.029 0.017 0.020 0.046 0.004 0.188 128 S 0.013 0.658 0.018 0.018 0.024 0.048 0.004 0.217 129 Q 0.033 0.514 0.015 0.009 0.029 0.051 0.009 0.340 130 L 0.030 0.748 0.006 0.004 0.008 0.055 0.005 0.142 131 L 0.029 0.836 0.002 0.002 0.004 0.053 0.005 0.069 132 C 0.017 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.021 133 L 0.010 0.959 0.002 0.001 0.003 0.003 0.003 0.020 134 E 0.022 0.903 0.002 0.002 0.003 0.008 0.008 0.051 135 N 0.055 0.885 0.002 0.002 0.002 0.004 0.010 0.041 136 I 0.053 0.866 0.005 0.003 0.006 0.004 0.012 0.051 137 K 0.099 0.612 0.010 0.008 0.012 0.032 0.042 0.185 138 D 0.227 0.307 0.029 0.010 0.009 0.023 0.135 0.260 139 K 0.382 0.145 0.059 0.022 0.015 0.030 0.069 0.276 140 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 141 W 0.013 0.005 0.143 0.052 0.064 0.086 0.007 0.633 142 H 0.077 0.006 0.316 0.101 0.080 0.077 0.008 0.336 143 I 0.014 0.004 0.183 0.049 0.081 0.040 0.002 0.627 144 C 0.010 0.007 0.472 0.153 0.193 0.051 0.002 0.114 145 A 0.011 0.013 0.234 0.134 0.166 0.062 0.002 0.378 146 S 0.013 0.015 0.163 0.151 0.303 0.059 0.004 0.293 147 D 0.036 0.025 0.065 0.110 0.183 0.094 0.006 0.479 148 A 0.064 0.050 0.080 0.091 0.216 0.096 0.012 0.391 149 I 0.069 0.058 0.026 0.035 0.071 0.471 0.016 0.254 150 K 0.252 0.138 0.017 0.018 0.031 0.311 0.034 0.199 151 G 0.251 0.410 0.025 0.018 0.016 0.023 0.031 0.226 152 E 0.128 0.111 0.058 0.019 0.022 0.120 0.030 0.510 153 G 0.077 0.046 0.016 0.012 0.020 0.147 0.016 0.665 154 L 0.210 0.172 0.039 0.021 0.071 0.077 0.010 0.401 155 Q 0.020 0.126 0.020 0.009 0.024 0.219 0.005 0.578 156 E 0.039 0.221 0.005 0.004 0.007 0.213 0.004 0.507 157 G 0.025 0.801 0.003 0.002 0.003 0.024 0.002 0.140 158 V 0.009 0.884 0.005 0.002 0.005 0.011 0.003 0.080 159 D 0.003 0.957 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.030 160 W 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 161 L 0.011 0.957 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.023 162 Q 0.010 0.964 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.018 163 D 0.020 0.938 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.028 164 Q 0.160 0.699 0.011 0.002 0.002 0.005 0.048 0.071 165 I 0.066 0.804 0.017 0.006 0.005 0.007 0.019 0.076