# TARGET T0308 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.075 0.406 0.228 0.118 0.101 0.025 0.022 0.006 0.015 0.003 0.001 2 V 0.005 0.641 0.239 0.009 0.072 0.016 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 3 H 0.028 0.565 0.286 0.027 0.029 0.037 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 4 V 0.001 0.906 0.055 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 5 L 0.001 0.857 0.101 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 6 C 0.001 0.711 0.170 0.001 0.008 0.058 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 7 L 0.012 0.647 0.165 0.011 0.018 0.089 0.003 0.001 0.053 0.001 0.001 8 G 0.010 0.085 0.182 0.016 0.481 0.037 0.028 0.025 0.013 0.122 0.001 9 L 0.277 0.135 0.202 0.251 0.032 0.051 0.009 0.002 0.033 0.005 0.003 10 D 0.299 0.057 0.314 0.186 0.047 0.018 0.033 0.010 0.005 0.031 0.001 11 N 0.200 0.021 0.019 0.219 0.027 0.017 0.339 0.131 0.013 0.013 0.001 12 S 0.216 0.141 0.187 0.381 0.028 0.008 0.020 0.004 0.012 0.002 0.001 13 G 0.056 0.016 0.078 0.025 0.125 0.003 0.068 0.427 0.002 0.198 0.001 14 K 0.335 0.223 0.225 0.111 0.045 0.038 0.008 0.003 0.008 0.004 0.001 15 T 0.363 0.297 0.154 0.070 0.082 0.012 0.005 0.003 0.008 0.005 0.001 16 T 0.456 0.320 0.109 0.030 0.053 0.015 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 17 I 0.552 0.239 0.122 0.024 0.009 0.036 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 18 I 0.576 0.238 0.084 0.056 0.018 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 19 N 0.511 0.204 0.105 0.052 0.063 0.019 0.029 0.004 0.011 0.001 0.001 20 K 0.510 0.183 0.115 0.127 0.025 0.019 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 21 L 0.249 0.211 0.261 0.200 0.018 0.032 0.008 0.002 0.018 0.001 0.001 22 K 0.036 0.316 0.394 0.003 0.019 0.023 0.013 0.001 0.193 0.002 0.001 23 P 0.319 0.007 0.611 0.021 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 24 S 0.315 0.055 0.114 0.273 0.043 0.015 0.115 0.047 0.009 0.013 0.001 25 N 0.156 0.054 0.127 0.160 0.048 0.054 0.285 0.081 0.025 0.009 0.001 26 A 0.325 0.231 0.234 0.136 0.033 0.022 0.005 0.003 0.012 0.001 0.001 27 Q 0.223 0.248 0.238 0.160 0.043 0.048 0.012 0.002 0.023 0.003 0.001 28 S 0.124 0.212 0.427 0.069 0.081 0.040 0.008 0.003 0.030 0.004 0.001 29 Q 0.595 0.073 0.122 0.145 0.034 0.008 0.009 0.005 0.004 0.005 0.001 30 N 0.189 0.147 0.145 0.326 0.039 0.046 0.064 0.014 0.028 0.002 0.001 31 I 0.060 0.496 0.302 0.045 0.024 0.026 0.005 0.001 0.041 0.001 0.001 32 L 0.022 0.304 0.454 0.002 0.015 0.032 0.014 0.001 0.156 0.001 0.001 33 P 0.056 0.010 0.877 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 34 T 0.151 0.393 0.210 0.062 0.101 0.043 0.006 0.005 0.024 0.003 0.001 35 I 0.120 0.397 0.203 0.163 0.040 0.024 0.014 0.001 0.035 0.002 0.001 36 G 0.061 0.041 0.136 0.037 0.176 0.007 0.049 0.230 0.006 0.256 0.001 37 F 0.089 0.310 0.295 0.081 0.156 0.017 0.019 0.011 0.010 0.010 0.002 38 S 0.037 0.366 0.295 0.072 0.094 0.057 0.043 0.008 0.022 0.005 0.001 39 I 0.014 0.659 0.230 0.007 0.060 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 40 E 0.023 0.745 0.123 0.013 0.030 0.021 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 41 K 0.009 0.514 0.409 0.003 0.012 0.036 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 42 F 0.018 0.715 0.157 0.008 0.035 0.036 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 43 K 0.019 0.654 0.190 0.019 0.040 0.045 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 44 S 0.105 0.422 0.222 0.070 0.067 0.047 0.009 0.002 0.054 0.004 0.001 45 S 0.319 0.089 0.058 0.362 0.086 0.012 0.037 0.010 0.006 0.021 0.001 46 S 0.030 0.216 0.060 0.306 0.136 0.021 0.186 0.013 0.029 0.002 0.001 47 L 0.002 0.635 0.268 0.003 0.073 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 48 S 0.007 0.726 0.191 0.005 0.023 0.030 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 49 F 0.002 0.813 0.086 0.001 0.082 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 50 T 0.003 0.856 0.082 0.001 0.026 0.017 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 51 V 0.009 0.697 0.176 0.002 0.014 0.063 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 52 F 0.042 0.557 0.210 0.015 0.062 0.066 0.005 0.001 0.040 0.001 0.001 53 D 0.062 0.262 0.317 0.016 0.102 0.166 0.018 0.002 0.048 0.005 0.001 54 M 0.527 0.090 0.042 0.272 0.012 0.031 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 55 S 0.423 0.052 0.189 0.191 0.041 0.010 0.057 0.016 0.005 0.016 0.001 56 G 0.251 0.008 0.022 0.105 0.036 0.010 0.129 0.364 0.005 0.069 0.001 57 Q 0.590 0.062 0.109 0.172 0.009 0.030 0.010 0.001 0.014 0.002 0.001 58 G 0.797 0.021 0.044 0.061 0.015 0.007 0.024 0.021 0.001 0.008 0.001 59 R 0.889 0.025 0.016 0.048 0.008 0.004 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 60 Y 0.736 0.039 0.031 0.163 0.006 0.012 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 61 R 0.861 0.048 0.044 0.017 0.008 0.008 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 62 N 0.859 0.012 0.044 0.045 0.005 0.019 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 63 L 0.876 0.009 0.011 0.094 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 64 W 0.901 0.018 0.034 0.029 0.003 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 65 E 0.952 0.004 0.012 0.025 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 H 0.786 0.024 0.021 0.142 0.010 0.005 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 67 Y 0.591 0.066 0.061 0.226 0.015 0.018 0.008 0.003 0.011 0.002 0.001 68 Y 0.394 0.151 0.153 0.094 0.026 0.077 0.037 0.005 0.059 0.003 0.001 69 K 0.604 0.076 0.126 0.131 0.019 0.020 0.010 0.003 0.007 0.003 0.001 70 E 0.164 0.017 0.024 0.458 0.030 0.010 0.215 0.064 0.012 0.006 0.001 71 G 0.037 0.107 0.610 0.027 0.127 0.027 0.018 0.031 0.006 0.009 0.001 72 Q 0.267 0.100 0.061 0.540 0.019 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 A 0.002 0.613 0.042 0.003 0.335 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 I 0.001 0.924 0.048 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 75 I 0.001 0.792 0.159 0.001 0.008 0.015 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 76 F 0.001 0.744 0.177 0.001 0.010 0.044 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 77 V 0.003 0.512 0.345 0.001 0.002 0.086 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 78 I 0.015 0.643 0.203 0.004 0.028 0.071 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 79 D 0.025 0.231 0.371 0.016 0.022 0.267 0.007 0.001 0.058 0.001 0.001 80 S 0.313 0.185 0.094 0.258 0.073 0.033 0.009 0.003 0.027 0.004 0.001 81 S 0.351 0.063 0.148 0.268 0.108 0.022 0.015 0.008 0.004 0.013 0.001 82 D 0.066 0.072 0.166 0.178 0.062 0.184 0.054 0.006 0.208 0.003 0.001 83 R 0.843 0.027 0.033 0.066 0.003 0.014 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 84 L 0.863 0.018 0.036 0.063 0.002 0.005 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 85 R 0.716 0.067 0.040 0.134 0.023 0.005 0.005 0.002 0.007 0.001 0.001 86 M 0.952 0.007 0.015 0.016 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 V 0.983 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 V 0.961 0.004 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 A 0.967 0.002 0.005 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 K 0.990 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.989 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 T 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 L 0.865 0.001 0.004 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.840 0.010 0.065 0.074 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.132 0.003 0.016 0.785 0.002 0.013 0.025 0.019 0.004 0.001 0.001 99 H 0.011 0.062 0.724 0.003 0.005 0.033 0.005 0.001 0.156 0.001 0.001 100 P 0.870 0.002 0.100 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 101 D 0.562 0.017 0.048 0.328 0.005 0.014 0.010 0.006 0.009 0.001 0.001 102 I 0.364 0.098 0.229 0.237 0.006 0.041 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 103 K 0.344 0.096 0.209 0.248 0.019 0.032 0.022 0.004 0.015 0.008 0.001 104 H 0.215 0.087 0.211 0.250 0.030 0.050 0.078 0.019 0.053 0.005 0.001 105 R 0.395 0.062 0.242 0.174 0.036 0.019 0.039 0.017 0.004 0.010 0.001 106 R 0.115 0.088 0.094 0.541 0.017 0.028 0.082 0.016 0.018 0.002 0.001 107 I 0.002 0.464 0.439 0.001 0.014 0.017 0.002 0.001 0.062 0.001 0.001 108 P 0.039 0.021 0.874 0.003 0.001 0.053 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 109 I 0.003 0.854 0.092 0.002 0.031 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 110 L 0.002 0.834 0.127 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 111 F 0.004 0.636 0.257 0.001 0.004 0.074 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 112 F 0.004 0.789 0.084 0.004 0.039 0.042 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 113 A 0.009 0.571 0.198 0.005 0.144 0.041 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 114 N 0.016 0.170 0.539 0.013 0.056 0.159 0.009 0.001 0.035 0.002 0.001 115 K 0.571 0.086 0.086 0.125 0.030 0.046 0.027 0.008 0.016 0.003 0.001 116 M 0.557 0.098 0.109 0.179 0.018 0.019 0.007 0.002 0.009 0.002 0.001 117 D 0.172 0.087 0.208 0.185 0.035 0.131 0.048 0.003 0.128 0.002 0.001 118 L 0.719 0.023 0.090 0.108 0.004 0.024 0.015 0.002 0.011 0.001 0.001 119 R 0.901 0.004 0.030 0.057 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 D 0.560 0.008 0.025 0.345 0.005 0.006 0.037 0.010 0.004 0.001 0.001 121 A 0.528 0.036 0.148 0.226 0.008 0.020 0.020 0.005 0.007 0.001 0.001 122 V 0.436 0.152 0.177 0.175 0.018 0.019 0.008 0.002 0.012 0.002 0.001 123 T 0.290 0.161 0.300 0.109 0.051 0.028 0.020 0.004 0.024 0.013 0.001 124 S 0.639 0.057 0.150 0.082 0.026 0.014 0.010 0.010 0.004 0.006 0.001 125 V 0.699 0.099 0.081 0.083 0.016 0.006 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 126 K 0.641 0.102 0.137 0.054 0.011 0.029 0.008 0.003 0.012 0.002 0.001 127 V 0.696 0.147 0.093 0.022 0.009 0.017 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 128 S 0.848 0.031 0.074 0.017 0.007 0.014 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 129 Q 0.976 0.007 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 L 0.977 0.005 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 L 0.969 0.003 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 132 C 0.972 0.002 0.005 0.013 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 133 L 0.966 0.003 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 E 0.939 0.005 0.011 0.038 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.811 0.004 0.015 0.132 0.003 0.008 0.016 0.004 0.006 0.001 0.001 136 I 0.795 0.027 0.046 0.103 0.003 0.011 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 137 K 0.868 0.016 0.042 0.063 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 138 D 0.219 0.014 0.024 0.689 0.005 0.012 0.017 0.008 0.012 0.001 0.001 139 K 0.008 0.193 0.517 0.003 0.013 0.021 0.021 0.001 0.224 0.001 0.001 140 P 0.205 0.013 0.613 0.040 0.001 0.070 0.002 0.001 0.002 0.001 0.055 141 W 0.028 0.464 0.319 0.028 0.111 0.024 0.005 0.003 0.015 0.002 0.001 142 H 0.067 0.416 0.304 0.043 0.036 0.091 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 143 I 0.025 0.734 0.149 0.014 0.040 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 144 C 0.033 0.643 0.189 0.012 0.048 0.027 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 145 A 0.070 0.264 0.529 0.011 0.050 0.057 0.003 0.003 0.008 0.002 0.003 146 S 0.222 0.423 0.095 0.063 0.161 0.013 0.004 0.003 0.011 0.005 0.001 147 D 0.143 0.335 0.147 0.060 0.250 0.014 0.009 0.006 0.023 0.014 0.001 148 A 0.406 0.152 0.228 0.061 0.094 0.024 0.007 0.009 0.009 0.009 0.002 149 I 0.590 0.192 0.069 0.095 0.017 0.018 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 150 K 0.303 0.169 0.209 0.196 0.054 0.011 0.033 0.004 0.013 0.009 0.001 151 G 0.152 0.020 0.053 0.059 0.039 0.006 0.211 0.396 0.004 0.060 0.001 152 E 0.488 0.057 0.326 0.101 0.015 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 153 G 0.074 0.002 0.020 0.063 0.008 0.007 0.119 0.666 0.003 0.039 0.001 154 L 0.507 0.058 0.346 0.017 0.002 0.059 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 155 Q 0.950 0.008 0.011 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 E 0.969 0.010 0.009 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 G 0.985 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 V 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 159 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 160 W 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 161 L 0.987 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 162 Q 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 163 D 0.958 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 164 Q 0.737 0.002 0.006 0.246 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 165 I 0.446 0.073 0.167 0.227 0.007 0.036 0.010 0.003 0.031 0.001 0.001