# TARGET T0308 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.231 0.122 0.029 0.005 0.325 0.011 0.055 0.034 0.034 0.085 0.068 2 V 0.269 0.152 0.012 0.001 0.530 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 3 H 0.194 0.070 0.007 0.006 0.676 0.012 0.017 0.002 0.001 0.002 0.013 4 V 0.226 0.037 0.001 0.001 0.730 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 5 L 0.178 0.032 0.001 0.001 0.772 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 6 C 0.409 0.023 0.004 0.001 0.499 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 7 L 0.089 0.045 0.018 0.085 0.072 0.078 0.119 0.040 0.022 0.263 0.168 8 G 0.017 0.281 0.324 0.215 0.067 0.030 0.004 0.006 0.006 0.036 0.013 9 L 0.067 0.106 0.084 0.041 0.160 0.032 0.019 0.084 0.146 0.188 0.074 10 D 0.028 0.052 0.082 0.064 0.037 0.071 0.286 0.197 0.129 0.035 0.019 11 N 0.030 0.043 0.024 0.023 0.033 0.020 0.046 0.207 0.187 0.344 0.043 12 S 0.019 0.357 0.132 0.028 0.105 0.019 0.043 0.087 0.091 0.105 0.014 13 G 0.026 0.038 0.109 0.116 0.023 0.045 0.021 0.111 0.085 0.281 0.145 14 K 0.112 0.123 0.035 0.015 0.205 0.012 0.044 0.224 0.100 0.091 0.040 15 T 0.115 0.135 0.029 0.008 0.229 0.006 0.011 0.251 0.116 0.055 0.044 16 T 0.101 0.154 0.030 0.008 0.190 0.012 0.041 0.330 0.087 0.027 0.019 17 I 0.174 0.085 0.022 0.007 0.228 0.009 0.023 0.309 0.071 0.042 0.029 18 I 0.166 0.073 0.012 0.011 0.218 0.013 0.033 0.248 0.131 0.046 0.048 19 N 0.070 0.093 0.023 0.013 0.135 0.041 0.113 0.322 0.125 0.042 0.023 20 K 0.119 0.113 0.027 0.005 0.207 0.008 0.045 0.130 0.074 0.206 0.065 21 L 0.184 0.241 0.057 0.006 0.307 0.009 0.021 0.039 0.022 0.050 0.064 22 K 0.050 0.313 0.408 0.038 0.125 0.011 0.008 0.015 0.009 0.009 0.015 23 P 0.035 0.133 0.090 0.077 0.085 0.066 0.105 0.256 0.107 0.026 0.020 24 S 0.013 0.064 0.034 0.046 0.029 0.063 0.115 0.190 0.220 0.195 0.029 25 N 0.099 0.068 0.046 0.013 0.133 0.009 0.025 0.059 0.099 0.326 0.123 26 A 0.120 0.138 0.048 0.008 0.208 0.012 0.036 0.152 0.117 0.120 0.042 27 Q 0.121 0.165 0.078 0.028 0.169 0.024 0.043 0.069 0.060 0.150 0.092 28 S 0.084 0.215 0.149 0.081 0.180 0.030 0.022 0.058 0.057 0.081 0.044 29 Q 0.033 0.108 0.065 0.035 0.081 0.063 0.088 0.233 0.186 0.083 0.025 30 N 0.098 0.081 0.041 0.018 0.129 0.011 0.033 0.081 0.090 0.305 0.112 31 I 0.185 0.240 0.078 0.006 0.341 0.005 0.012 0.019 0.021 0.040 0.054 32 L 0.046 0.469 0.165 0.010 0.249 0.004 0.011 0.022 0.009 0.005 0.009 33 P 0.249 0.199 0.056 0.005 0.371 0.005 0.010 0.017 0.016 0.021 0.053 34 T 0.225 0.120 0.055 0.028 0.317 0.047 0.044 0.035 0.035 0.041 0.053 35 I 0.122 0.107 0.054 0.072 0.191 0.065 0.119 0.092 0.052 0.067 0.060 36 G 0.133 0.126 0.128 0.126 0.175 0.044 0.020 0.027 0.029 0.126 0.067 37 F 0.167 0.223 0.050 0.019 0.360 0.018 0.019 0.026 0.023 0.051 0.046 38 S 0.305 0.128 0.040 0.004 0.375 0.002 0.005 0.005 0.006 0.041 0.087 39 I 0.413 0.075 0.018 0.007 0.335 0.009 0.009 0.005 0.011 0.031 0.087 40 E 0.112 0.217 0.065 0.014 0.519 0.019 0.025 0.009 0.006 0.005 0.009 41 K 0.452 0.051 0.006 0.001 0.415 0.001 0.004 0.003 0.002 0.008 0.057 42 F 0.212 0.179 0.019 0.005 0.537 0.008 0.004 0.005 0.003 0.006 0.023 43 K 0.344 0.096 0.032 0.012 0.370 0.005 0.005 0.008 0.007 0.021 0.099 44 S 0.047 0.044 0.031 0.415 0.054 0.175 0.029 0.063 0.062 0.044 0.036 45 S 0.001 0.006 0.009 0.104 0.003 0.129 0.321 0.262 0.144 0.021 0.001 46 S 0.107 0.030 0.020 0.005 0.087 0.004 0.010 0.019 0.059 0.486 0.172 47 L 0.169 0.204 0.021 0.001 0.576 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.020 48 S 0.252 0.049 0.010 0.005 0.519 0.018 0.074 0.012 0.008 0.010 0.043 49 F 0.304 0.104 0.005 0.001 0.562 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 50 T 0.240 0.044 0.002 0.003 0.674 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.025 51 V 0.277 0.062 0.005 0.001 0.617 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.028 52 F 0.220 0.128 0.011 0.004 0.528 0.004 0.006 0.005 0.003 0.015 0.076 53 D 0.242 0.183 0.050 0.016 0.363 0.007 0.010 0.021 0.008 0.022 0.078 54 M 0.062 0.108 0.062 0.037 0.099 0.048 0.050 0.129 0.128 0.202 0.075 55 S 0.030 0.173 0.153 0.116 0.052 0.087 0.147 0.073 0.065 0.072 0.030 56 G 0.054 0.092 0.104 0.074 0.070 0.021 0.017 0.071 0.075 0.332 0.091 57 Q 0.029 0.237 0.082 0.015 0.086 0.014 0.029 0.237 0.183 0.073 0.014 58 G 0.011 0.032 0.023 0.012 0.024 0.020 0.042 0.538 0.243 0.038 0.017 59 R 0.016 0.025 0.011 0.006 0.023 0.008 0.046 0.699 0.115 0.040 0.009 60 Y 0.013 0.022 0.006 0.003 0.020 0.004 0.012 0.540 0.213 0.156 0.011 61 R 0.003 0.025 0.007 0.003 0.012 0.005 0.010 0.779 0.143 0.010 0.003 62 N 0.009 0.021 0.008 0.001 0.019 0.003 0.033 0.802 0.076 0.022 0.005 63 L 0.004 0.009 0.004 0.002 0.006 0.003 0.018 0.710 0.154 0.087 0.004 64 W 0.009 0.018 0.004 0.002 0.017 0.002 0.006 0.743 0.169 0.026 0.004 65 E 0.002 0.006 0.001 0.002 0.005 0.009 0.041 0.792 0.131 0.009 0.002 66 H 0.007 0.011 0.007 0.005 0.014 0.007 0.057 0.744 0.112 0.032 0.004 67 Y 0.016 0.010 0.004 0.006 0.018 0.011 0.044 0.626 0.179 0.073 0.014 68 Y 0.050 0.043 0.010 0.009 0.057 0.008 0.016 0.368 0.260 0.135 0.043 69 K 0.005 0.025 0.017 0.013 0.013 0.061 0.222 0.504 0.128 0.009 0.002 70 E 0.069 0.022 0.012 0.006 0.048 0.006 0.049 0.099 0.122 0.474 0.092 71 G 0.239 0.203 0.044 0.003 0.434 0.002 0.003 0.006 0.006 0.015 0.045 72 Q 0.042 0.015 0.003 0.023 0.074 0.140 0.516 0.101 0.038 0.029 0.018 73 A 0.209 0.113 0.013 0.005 0.634 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 74 I 0.143 0.022 0.001 0.001 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 75 I 0.259 0.011 0.001 0.001 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 76 F 0.231 0.047 0.001 0.001 0.687 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 77 V 0.447 0.039 0.002 0.001 0.412 0.002 0.003 0.001 0.001 0.011 0.081 78 I 0.145 0.238 0.035 0.008 0.439 0.014 0.013 0.012 0.009 0.028 0.059 79 D 0.376 0.097 0.042 0.003 0.352 0.002 0.006 0.009 0.007 0.020 0.085 80 S 0.082 0.067 0.014 0.022 0.092 0.043 0.054 0.206 0.226 0.149 0.045 81 S 0.018 0.171 0.127 0.145 0.059 0.106 0.088 0.084 0.090 0.098 0.015 82 D 0.250 0.043 0.022 0.010 0.188 0.005 0.013 0.037 0.033 0.148 0.249 83 R 0.030 0.072 0.020 0.006 0.069 0.008 0.021 0.358 0.284 0.106 0.026 84 L 0.029 0.031 0.012 0.006 0.045 0.017 0.066 0.477 0.178 0.110 0.029 85 R 0.031 0.194 0.071 0.006 0.060 0.003 0.008 0.495 0.068 0.055 0.010 86 M 0.010 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.865 0.083 0.012 0.007 87 V 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.004 0.010 0.932 0.040 0.002 0.001 88 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.930 0.036 0.019 0.003 89 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.057 0.014 0.001 90 K 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.913 0.063 0.004 0.001 91 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.961 0.024 0.001 0.001 92 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.930 0.040 0.020 0.001 93 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.851 0.136 0.009 0.001 94 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.876 0.116 0.001 0.001 95 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.830 0.128 0.018 0.001 96 L 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.005 0.043 0.688 0.214 0.041 0.001 97 L 0.003 0.021 0.004 0.003 0.006 0.006 0.072 0.634 0.173 0.072 0.005 98 N 0.010 0.011 0.006 0.005 0.010 0.016 0.073 0.063 0.080 0.690 0.037 99 H 0.127 0.229 0.066 0.003 0.481 0.001 0.002 0.009 0.010 0.021 0.050 100 P 0.011 0.022 0.010 0.003 0.022 0.009 0.022 0.343 0.517 0.033 0.008 101 D 0.078 0.022 0.009 0.006 0.073 0.009 0.112 0.277 0.170 0.199 0.045 102 I 0.062 0.041 0.014 0.008 0.063 0.017 0.030 0.192 0.253 0.275 0.044 103 K 0.017 0.040 0.021 0.033 0.032 0.048 0.108 0.392 0.184 0.099 0.026 104 H 0.031 0.052 0.033 0.022 0.041 0.013 0.019 0.096 0.234 0.416 0.043 105 R 0.020 0.168 0.143 0.018 0.087 0.011 0.034 0.180 0.204 0.118 0.017 106 R 0.207 0.080 0.036 0.003 0.212 0.005 0.032 0.058 0.081 0.164 0.123 107 I 0.046 0.542 0.090 0.001 0.315 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 108 P 0.182 0.143 0.009 0.001 0.652 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 109 I 0.267 0.027 0.002 0.003 0.675 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.008 110 L 0.121 0.039 0.001 0.001 0.831 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 F 0.220 0.019 0.001 0.001 0.742 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 112 F 0.370 0.036 0.003 0.002 0.395 0.001 0.003 0.002 0.001 0.024 0.164 113 A 0.136 0.267 0.057 0.034 0.296 0.018 0.011 0.008 0.006 0.060 0.108 114 N 0.110 0.317 0.110 0.031 0.239 0.013 0.010 0.028 0.022 0.065 0.055 115 K 0.113 0.105 0.043 0.014 0.142 0.024 0.052 0.179 0.174 0.090 0.063 116 M 0.031 0.184 0.071 0.028 0.099 0.045 0.089 0.237 0.136 0.063 0.017 117 D 0.185 0.095 0.053 0.010 0.165 0.010 0.034 0.148 0.080 0.134 0.086 118 L 0.017 0.067 0.056 0.018 0.031 0.012 0.016 0.419 0.273 0.075 0.015 119 R 0.010 0.067 0.022 0.017 0.026 0.045 0.132 0.444 0.200 0.030 0.007 120 D 0.037 0.056 0.025 0.016 0.059 0.010 0.055 0.178 0.148 0.341 0.076 121 A 0.077 0.075 0.033 0.005 0.099 0.014 0.062 0.213 0.156 0.208 0.058 122 V 0.105 0.293 0.097 0.014 0.215 0.009 0.020 0.085 0.047 0.067 0.049 123 T 0.024 0.442 0.256 0.024 0.094 0.008 0.012 0.073 0.030 0.030 0.009 124 S 0.031 0.033 0.012 0.004 0.043 0.006 0.020 0.540 0.240 0.053 0.020 125 V 0.020 0.086 0.018 0.004 0.072 0.006 0.016 0.617 0.121 0.029 0.012 126 K 0.052 0.040 0.009 0.002 0.067 0.003 0.016 0.636 0.071 0.084 0.020 127 V 0.049 0.044 0.013 0.002 0.061 0.002 0.005 0.709 0.065 0.032 0.017 128 S 0.010 0.052 0.018 0.004 0.021 0.005 0.011 0.808 0.051 0.015 0.004 129 Q 0.005 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.006 0.897 0.056 0.011 0.002 130 L 0.004 0.008 0.003 0.001 0.008 0.003 0.010 0.929 0.029 0.004 0.002 131 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.922 0.044 0.015 0.002 132 C 0.006 0.004 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.913 0.048 0.014 0.003 133 L 0.005 0.009 0.002 0.002 0.010 0.003 0.009 0.821 0.121 0.016 0.003 134 E 0.002 0.006 0.005 0.002 0.004 0.010 0.039 0.861 0.068 0.003 0.001 135 N 0.006 0.004 0.004 0.004 0.005 0.003 0.024 0.743 0.106 0.093 0.008 136 I 0.027 0.023 0.007 0.004 0.029 0.010 0.021 0.512 0.261 0.088 0.017 137 K 0.003 0.009 0.004 0.005 0.004 0.024 0.098 0.694 0.150 0.007 0.003 138 D 0.019 0.014 0.011 0.004 0.022 0.005 0.038 0.166 0.222 0.472 0.027 139 K 0.058 0.494 0.169 0.003 0.231 0.001 0.005 0.010 0.006 0.010 0.012 140 P 0.157 0.103 0.037 0.018 0.145 0.020 0.038 0.097 0.080 0.152 0.153 141 W 0.148 0.297 0.033 0.004 0.434 0.004 0.007 0.017 0.012 0.016 0.027 142 H 0.185 0.152 0.015 0.006 0.537 0.007 0.014 0.027 0.012 0.018 0.028 143 I 0.399 0.059 0.008 0.003 0.454 0.004 0.007 0.011 0.006 0.009 0.039 144 C 0.155 0.173 0.034 0.015 0.554 0.010 0.010 0.017 0.005 0.007 0.019 145 A 0.435 0.045 0.006 0.003 0.378 0.004 0.009 0.018 0.004 0.013 0.085 146 S 0.194 0.162 0.040 0.020 0.336 0.027 0.024 0.043 0.019 0.052 0.083 147 D 0.264 0.094 0.021 0.005 0.455 0.004 0.006 0.021 0.011 0.045 0.074 148 A 0.113 0.179 0.092 0.012 0.138 0.008 0.023 0.255 0.105 0.040 0.035 149 I 0.043 0.049 0.021 0.023 0.054 0.047 0.146 0.453 0.099 0.043 0.022 150 K 0.014 0.383 0.182 0.097 0.069 0.046 0.068 0.077 0.029 0.024 0.011 151 G 0.041 0.030 0.053 0.100 0.030 0.045 0.017 0.087 0.050 0.349 0.197 152 E 0.018 0.276 0.245 0.083 0.074 0.068 0.074 0.096 0.026 0.026 0.014 153 G 0.079 0.184 0.166 0.039 0.072 0.010 0.007 0.124 0.027 0.175 0.118 154 L 0.038 0.018 0.004 0.002 0.029 0.003 0.004 0.587 0.231 0.065 0.020 155 Q 0.001 0.007 0.004 0.003 0.002 0.010 0.010 0.906 0.052 0.005 0.001 156 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.042 0.003 0.001 157 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.023 0.003 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.041 0.003 0.001 159 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.016 0.001 0.001 160 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.978 0.018 0.001 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.065 0.011 0.001 162 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.839 0.151 0.002 0.001 163 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.831 0.117 0.008 0.001 164 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.091 0.640 0.145 0.108 0.002 165 I 0.045 0.071 0.019 0.005 0.060 0.007 0.025 0.455 0.168 0.111 0.033