# TARGET T0308 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0308.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 40.9228 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.284 0.434 0.183 0.074 0.020 0.005 0.001 2 V 0.002 0.015 0.087 0.332 0.428 0.131 0.005 3 H 0.003 0.013 0.047 0.137 0.312 0.417 0.072 4 V 0.001 0.001 0.002 0.011 0.075 0.516 0.395 5 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.261 0.710 6 C 0.001 0.001 0.001 0.007 0.041 0.244 0.706 7 L 0.001 0.001 0.003 0.013 0.062 0.307 0.615 8 G 0.002 0.010 0.028 0.096 0.263 0.446 0.155 9 L 0.011 0.043 0.096 0.199 0.319 0.247 0.085 10 D 0.085 0.171 0.211 0.223 0.148 0.117 0.046 11 N 0.123 0.139 0.192 0.218 0.185 0.110 0.035 12 S 0.044 0.064 0.098 0.162 0.203 0.284 0.144 13 G 0.032 0.046 0.064 0.142 0.227 0.297 0.191 14 K 0.006 0.014 0.025 0.058 0.120 0.352 0.425 15 T 0.010 0.032 0.064 0.132 0.200 0.337 0.224 16 T 0.003 0.012 0.036 0.084 0.185 0.406 0.275 17 I 0.001 0.004 0.010 0.035 0.135 0.477 0.338 18 I 0.001 0.006 0.018 0.061 0.200 0.499 0.215 19 N 0.006 0.033 0.089 0.228 0.341 0.270 0.034 20 K 0.009 0.074 0.193 0.294 0.278 0.134 0.017 21 L 0.010 0.033 0.095 0.241 0.372 0.234 0.016 22 K 0.186 0.317 0.260 0.161 0.062 0.013 0.001 23 P 0.428 0.309 0.170 0.074 0.017 0.002 0.001 24 S 0.832 0.121 0.030 0.012 0.004 0.001 0.001 25 N 0.796 0.149 0.039 0.013 0.003 0.001 0.001 26 A 0.547 0.250 0.122 0.060 0.018 0.003 0.001 27 Q 0.473 0.263 0.142 0.086 0.031 0.006 0.001 28 S 0.479 0.248 0.152 0.085 0.031 0.005 0.001 29 Q 0.546 0.259 0.124 0.054 0.015 0.002 0.001 30 N 0.401 0.292 0.175 0.093 0.032 0.007 0.001 31 I 0.186 0.183 0.207 0.225 0.146 0.050 0.005 32 L 0.196 0.216 0.206 0.194 0.123 0.057 0.009 33 P 0.107 0.135 0.154 0.211 0.196 0.159 0.039 34 T 0.059 0.098 0.136 0.200 0.223 0.204 0.078 35 I 0.070 0.099 0.127 0.186 0.205 0.213 0.101 36 G 0.121 0.196 0.197 0.181 0.143 0.115 0.047 37 F 0.065 0.098 0.152 0.224 0.253 0.163 0.044 38 S 0.130 0.272 0.256 0.182 0.100 0.048 0.013 39 I 0.101 0.180 0.226 0.255 0.169 0.060 0.009 40 E 0.088 0.180 0.228 0.252 0.173 0.073 0.007 41 K 0.083 0.319 0.338 0.185 0.059 0.013 0.001 42 F 0.015 0.032 0.088 0.299 0.401 0.158 0.008 43 K 0.193 0.457 0.249 0.081 0.017 0.003 0.001 44 S 0.109 0.235 0.293 0.259 0.090 0.012 0.001 45 S 0.491 0.360 0.117 0.026 0.004 0.001 0.001 46 S 0.230 0.399 0.251 0.096 0.021 0.003 0.001 47 L 0.013 0.040 0.125 0.309 0.362 0.144 0.007 48 S 0.027 0.142 0.266 0.292 0.199 0.067 0.008 49 F 0.007 0.017 0.040 0.104 0.242 0.459 0.131 50 T 0.009 0.035 0.085 0.189 0.286 0.290 0.107 51 V 0.005 0.010 0.021 0.061 0.157 0.405 0.341 52 F 0.014 0.029 0.053 0.129 0.187 0.282 0.306 53 D 0.045 0.070 0.076 0.097 0.123 0.286 0.304 54 M 0.089 0.095 0.102 0.137 0.155 0.223 0.200 55 S 0.092 0.097 0.119 0.151 0.152 0.204 0.185 56 G 0.196 0.183 0.124 0.145 0.138 0.140 0.074 57 Q 0.109 0.144 0.146 0.187 0.187 0.161 0.067 58 G 0.170 0.152 0.153 0.183 0.167 0.124 0.051 59 R 0.155 0.247 0.230 0.161 0.097 0.076 0.034 60 Y 0.074 0.064 0.079 0.156 0.240 0.271 0.116 61 R 0.134 0.202 0.226 0.203 0.133 0.077 0.025 62 N 0.167 0.183 0.163 0.159 0.141 0.131 0.056 63 L 0.077 0.085 0.111 0.168 0.201 0.239 0.118 64 W 0.057 0.067 0.088 0.165 0.251 0.279 0.092 65 E 0.084 0.237 0.279 0.240 0.103 0.045 0.012 66 H 0.106 0.146 0.178 0.210 0.202 0.133 0.024 67 Y 0.038 0.102 0.163 0.222 0.266 0.179 0.029 68 Y 0.042 0.053 0.092 0.225 0.344 0.222 0.022 69 K 0.117 0.311 0.312 0.190 0.058 0.011 0.002 70 E 0.110 0.304 0.289 0.203 0.070 0.021 0.004 71 G 0.003 0.008 0.025 0.117 0.403 0.395 0.048 72 Q 0.007 0.028 0.107 0.279 0.372 0.172 0.036 73 A 0.007 0.011 0.015 0.030 0.095 0.427 0.416 74 I 0.002 0.005 0.008 0.021 0.066 0.278 0.620 75 I 0.001 0.004 0.013 0.033 0.063 0.194 0.692 76 F 0.003 0.005 0.012 0.037 0.081 0.252 0.610 77 V 0.005 0.010 0.014 0.033 0.079 0.371 0.488 78 I 0.006 0.014 0.027 0.077 0.172 0.424 0.280 79 D 0.018 0.064 0.113 0.203 0.232 0.294 0.075 80 S 0.029 0.057 0.090 0.185 0.293 0.292 0.052 81 S 0.053 0.135 0.202 0.263 0.210 0.119 0.017 82 D 0.130 0.284 0.277 0.191 0.087 0.028 0.004 83 R 0.316 0.342 0.216 0.096 0.025 0.004 0.001 84 L 0.341 0.395 0.172 0.065 0.022 0.004 0.001 85 R 0.051 0.138 0.222 0.295 0.223 0.067 0.004 86 M 0.022 0.054 0.118 0.346 0.348 0.108 0.004 87 V 0.118 0.501 0.284 0.083 0.013 0.002 0.001 88 V 0.013 0.127 0.334 0.380 0.124 0.021 0.001 89 A 0.002 0.004 0.011 0.070 0.387 0.500 0.026 90 K 0.021 0.149 0.380 0.350 0.091 0.009 0.001 91 E 0.069 0.508 0.313 0.091 0.016 0.002 0.001 92 E 0.002 0.018 0.108 0.331 0.406 0.132 0.003 93 L 0.001 0.007 0.043 0.263 0.497 0.184 0.005 94 D 0.135 0.531 0.260 0.062 0.010 0.001 0.001 95 T 0.048 0.276 0.385 0.235 0.049 0.006 0.001 96 L 0.003 0.011 0.047 0.240 0.474 0.220 0.006 97 L 0.025 0.157 0.340 0.338 0.125 0.015 0.001 98 N 0.479 0.392 0.102 0.023 0.004 0.001 0.001 99 H 0.216 0.310 0.287 0.149 0.034 0.003 0.001 100 P 0.661 0.247 0.067 0.020 0.004 0.001 0.001 101 D 0.456 0.330 0.140 0.058 0.015 0.002 0.001 102 I 0.118 0.167 0.256 0.298 0.139 0.022 0.001 103 K 0.417 0.376 0.148 0.050 0.008 0.001 0.001 104 H 0.566 0.262 0.113 0.048 0.010 0.001 0.001 105 R 0.494 0.294 0.134 0.060 0.017 0.002 0.001 106 R 0.165 0.396 0.286 0.118 0.029 0.004 0.001 107 I 0.002 0.012 0.061 0.255 0.456 0.204 0.010 108 P 0.005 0.016 0.054 0.180 0.392 0.311 0.043 109 I 0.001 0.003 0.007 0.019 0.076 0.477 0.416 110 L 0.001 0.002 0.004 0.015 0.054 0.251 0.673 111 F 0.001 0.001 0.004 0.013 0.039 0.207 0.735 112 F 0.001 0.003 0.008 0.025 0.071 0.262 0.630 113 A 0.002 0.007 0.014 0.044 0.122 0.443 0.369 114 N 0.005 0.024 0.051 0.132 0.262 0.378 0.149 115 K 0.014 0.038 0.075 0.149 0.263 0.365 0.095 116 M 0.045 0.132 0.199 0.276 0.213 0.121 0.014 117 D 0.064 0.184 0.255 0.250 0.171 0.069 0.007 118 L 0.091 0.134 0.215 0.279 0.205 0.069 0.006 119 R 0.510 0.319 0.117 0.041 0.011 0.002 0.001 120 D 0.645 0.248 0.077 0.024 0.005 0.001 0.001 121 A 0.504 0.247 0.134 0.081 0.028 0.006 0.001 122 V 0.283 0.251 0.217 0.165 0.071 0.012 0.001 123 T 0.574 0.259 0.110 0.044 0.011 0.002 0.001 124 S 0.459 0.264 0.152 0.088 0.030 0.006 0.001 125 V 0.458 0.301 0.160 0.063 0.015 0.002 0.001 126 K 0.528 0.319 0.104 0.038 0.009 0.002 0.001 127 V 0.113 0.110 0.172 0.281 0.235 0.084 0.005 128 S 0.130 0.207 0.234 0.238 0.138 0.049 0.004 129 Q 0.226 0.341 0.236 0.127 0.050 0.018 0.003 130 L 0.283 0.299 0.206 0.129 0.059 0.020 0.003 131 L 0.087 0.165 0.227 0.245 0.187 0.081 0.008 132 C 0.048 0.075 0.131 0.250 0.293 0.183 0.020 133 L 0.106 0.199 0.264 0.251 0.137 0.040 0.003 134 E 0.303 0.435 0.182 0.062 0.015 0.003 0.001 135 N 0.082 0.187 0.250 0.298 0.144 0.039 0.002 136 I 0.021 0.043 0.132 0.337 0.358 0.105 0.003 137 K 0.510 0.355 0.107 0.024 0.003 0.001 0.001 138 D 0.706 0.233 0.048 0.011 0.002 0.001 0.001 139 K 0.206 0.283 0.288 0.164 0.051 0.008 0.001 140 P 0.341 0.395 0.176 0.066 0.018 0.004 0.001 141 W 0.031 0.054 0.133 0.300 0.353 0.120 0.010 142 H 0.038 0.116 0.194 0.257 0.229 0.146 0.020 143 I 0.034 0.053 0.083 0.173 0.257 0.311 0.090 144 C 0.034 0.055 0.094 0.179 0.240 0.283 0.115 145 A 0.024 0.056 0.101 0.172 0.215 0.283 0.150 146 S 0.033 0.043 0.060 0.130 0.223 0.327 0.185 147 D 0.097 0.206 0.212 0.202 0.141 0.102 0.041 148 A 0.188 0.218 0.177 0.182 0.135 0.080 0.020 149 I 0.170 0.285 0.255 0.177 0.080 0.029 0.006 150 K 0.382 0.377 0.158 0.061 0.018 0.004 0.001 151 G 0.269 0.316 0.231 0.135 0.042 0.008 0.001 152 E 0.500 0.314 0.119 0.044 0.017 0.005 0.001 153 G 0.050 0.231 0.351 0.254 0.088 0.023 0.003 154 L 0.006 0.010 0.030 0.176 0.446 0.310 0.022 155 Q 0.063 0.284 0.384 0.210 0.051 0.007 0.001 156 E 0.152 0.420 0.272 0.115 0.033 0.007 0.001 157 G 0.039 0.050 0.104 0.237 0.349 0.210 0.011 158 V 0.026 0.033 0.065 0.220 0.385 0.254 0.017 159 D 0.157 0.376 0.286 0.142 0.032 0.006 0.001 160 W 0.116 0.176 0.283 0.293 0.110 0.022 0.001 161 L 0.112 0.060 0.060 0.102 0.258 0.373 0.035 162 Q 0.224 0.173 0.226 0.233 0.113 0.030 0.001 163 D 0.510 0.345 0.103 0.031 0.009 0.002 0.001 164 Q 0.431 0.220 0.184 0.125 0.035 0.004 0.001 165 I 0.355 0.198 0.163 0.168 0.088 0.026 0.002