# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t1c2-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.66891 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.013 0.285 0.007 0.055 0.105 0.001 0.001 0.006 0.161 0.344 0.009 0.013 2 G 0.002 0.014 0.295 0.003 0.024 0.028 0.001 0.001 0.009 0.147 0.456 0.009 0.011 3 L 0.002 0.026 0.577 0.003 0.014 0.018 0.001 0.001 0.008 0.203 0.111 0.016 0.019 4 G 0.002 0.025 0.580 0.008 0.015 0.023 0.002 0.001 0.018 0.197 0.070 0.025 0.034 5 R 0.004 0.016 0.350 0.008 0.034 0.057 0.004 0.005 0.033 0.243 0.181 0.024 0.042 6 Q 0.015 0.059 0.347 0.018 0.025 0.042 0.016 0.016 0.042 0.109 0.105 0.086 0.119 7 S 0.027 0.059 0.256 0.006 0.033 0.064 0.015 0.017 0.058 0.061 0.047 0.131 0.225 8 L 0.065 0.026 0.182 0.082 0.083 0.134 0.012 0.020 0.026 0.057 0.112 0.049 0.151 9 N 0.095 0.008 0.160 0.070 0.051 0.100 0.015 0.017 0.030 0.104 0.090 0.190 0.071 10 I 0.127 0.011 0.168 0.017 0.050 0.074 0.018 0.008 0.029 0.016 0.036 0.012 0.434 11 M 0.149 0.010 0.186 0.028 0.020 0.086 0.024 0.010 0.039 0.043 0.030 0.345 0.027 12 T 0.127 0.019 0.219 0.010 0.036 0.077 0.023 0.006 0.028 0.106 0.051 0.034 0.265 13 F 0.050 0.013 0.339 0.001 0.007 0.050 0.009 0.001 0.016 0.057 0.014 0.332 0.111 14 S 0.009 0.009 0.615 0.006 0.005 0.099 0.002 0.001 0.008 0.070 0.024 0.011 0.142 15 G 0.007 0.003 0.089 0.004 0.016 0.718 0.002 0.001 0.002 0.040 0.075 0.015 0.029 16 Q 0.002 0.001 0.028 0.001 0.004 0.911 0.001 0.001 0.001 0.016 0.019 0.009 0.007 17 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 26 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 27 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.865 0.001 0.001 0.001 0.010 0.110 0.001 0.001 28 M 0.001 0.001 0.041 0.001 0.034 0.777 0.001 0.001 0.022 0.027 0.093 0.001 0.002 29 V 0.002 0.034 0.033 0.006 0.059 0.612 0.004 0.008 0.014 0.086 0.135 0.004 0.002 30 M 0.004 0.012 0.071 0.002 0.048 0.326 0.002 0.074 0.061 0.043 0.334 0.006 0.017 31 A 0.006 0.012 0.227 0.001 0.020 0.101 0.004 0.091 0.173 0.097 0.246 0.013 0.008 32 D 0.001 0.004 0.191 0.005 0.011 0.021 0.002 0.005 0.091 0.183 0.481 0.004 0.003 33 G 0.001 0.005 0.202 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.033 0.345 0.387 0.003 0.002 34 K 0.001 0.056 0.641 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.034 0.205 0.028 0.015 0.012 35 I 0.001 0.181 0.592 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.020 0.122 0.007 0.009 0.055 36 K 0.001 0.011 0.893 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.005 0.046 0.002 0.002 0.003 37 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 44 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 47 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 48 M 0.001 0.001 0.007 0.001 0.020 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 49 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.033 0.875 0.001 0.001 0.001 0.008 0.062 0.001 0.001 50 F 0.001 0.002 0.070 0.001 0.030 0.578 0.001 0.001 0.002 0.059 0.256 0.001 0.001 51 G 0.001 0.005 0.179 0.001 0.031 0.106 0.001 0.001 0.003 0.088 0.583 0.002 0.002 52 I 0.001 0.019 0.538 0.001 0.026 0.131 0.001 0.001 0.004 0.176 0.100 0.001 0.004 53 L 0.001 0.017 0.666 0.001 0.029 0.149 0.001 0.001 0.005 0.092 0.040 0.001 0.002 54 Q 0.001 0.002 0.132 0.001 0.099 0.658 0.001 0.001 0.002 0.027 0.080 0.001 0.001 55 D 0.001 0.001 0.037 0.001 0.103 0.734 0.001 0.001 0.001 0.038 0.086 0.001 0.001 56 Q 0.001 0.002 0.019 0.001 0.033 0.907 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 58 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 62 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.908 0.001 0.001 0.001 0.002 0.070 0.001 0.001 63 A 0.001 0.001 0.015 0.001 0.018 0.754 0.001 0.001 0.001 0.008 0.203 0.001 0.001 64 S 0.001 0.003 0.360 0.001 0.037 0.372 0.001 0.001 0.002 0.080 0.144 0.001 0.001 65 D 0.001 0.010 0.260 0.001 0.100 0.227 0.001 0.001 0.002 0.119 0.278 0.002 0.001 66 S 0.001 0.011 0.223 0.001 0.096 0.120 0.001 0.001 0.006 0.166 0.369 0.002 0.005 67 I 0.001 0.018 0.591 0.001 0.015 0.103 0.001 0.001 0.008 0.226 0.032 0.003 0.003 68 E 0.001 0.018 0.718 0.001 0.004 0.140 0.001 0.001 0.006 0.095 0.014 0.001 0.005 69 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 70 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.001 0.001 78 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.651 0.001 0.001 0.001 0.006 0.331 0.001 0.001 79 M 0.001 0.002 0.243 0.001 0.012 0.577 0.001 0.001 0.001 0.064 0.102 0.001 0.001 80 D 0.001 0.003 0.356 0.001 0.010 0.581 0.001 0.001 0.001 0.035 0.013 0.001 0.001 81 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 82 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.965 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 83 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 90 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 92 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 93 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.029 0.947 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 94 I 0.001 0.005 0.003 0.001 0.020 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 95 M 0.001 0.002 0.010 0.001 0.020 0.784 0.001 0.003 0.002 0.009 0.167 0.001 0.001 96 A 0.001 0.004 0.058 0.001 0.038 0.375 0.001 0.003 0.004 0.024 0.491 0.001 0.001 97 S 0.001 0.017 0.250 0.001 0.036 0.197 0.001 0.003 0.020 0.191 0.274 0.001 0.009 98 D 0.001 0.016 0.365 0.006 0.047 0.102 0.001 0.001 0.005 0.335 0.122 0.002 0.001 99 G 0.001 0.004 0.223 0.001 0.047 0.053 0.001 0.001 0.005 0.377 0.284 0.003 0.003 100 D 0.001 0.043 0.438 0.001 0.041 0.104 0.001 0.001 0.008 0.193 0.152 0.002 0.017 101 I 0.001 0.077 0.503 0.001 0.010 0.273 0.001 0.001 0.006 0.089 0.030 0.004 0.005 102 D 0.001 0.006 0.683 0.001 0.003 0.270 0.001 0.001 0.002 0.027 0.007 0.001 0.002 103 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 105 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 114 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.930 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.001 0.001 115 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 0.809 0.001 0.001 0.001 0.005 0.147 0.001 0.001 116 C 0.001 0.001 0.014 0.001 0.026 0.433 0.001 0.001 0.001 0.022 0.501 0.001 0.001 117 G 0.001 0.003 0.075 0.001 0.013 0.024 0.001 0.001 0.002 0.070 0.812 0.001 0.001 118 L 0.001 0.009 0.736 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.010 0.212 0.019 0.003 0.002 119 P 0.001 0.009 0.879 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.014 0.065 0.013 0.003 0.004 120 T 0.001 0.010 0.720 0.002 0.057 0.052 0.001 0.001 0.021 0.056 0.074 0.001 0.006 121 M 0.001 0.014 0.520 0.008 0.057 0.104 0.005 0.004 0.124 0.120 0.028 0.010 0.005 122 T 0.004 0.039 0.272 0.005 0.046 0.131 0.021 0.025 0.309 0.050 0.046 0.027 0.026 123 V 0.007 0.029 0.113 0.006 0.036 0.337 0.021 0.041 0.265 0.012 0.037 0.011 0.086 124 M 0.012 0.018 0.075 0.078 0.046 0.478 0.020 0.043 0.114 0.044 0.020 0.031 0.021 125 E 0.005 0.006 0.091 0.001 0.047 0.417 0.006 0.034 0.222 0.053 0.023 0.066 0.030 126 A 0.001 0.005 0.108 0.011 0.070 0.576 0.003 0.018 0.058 0.035 0.069 0.001 0.045 127 I 0.001 0.026 0.131 0.004 0.130 0.473 0.002 0.015 0.046 0.058 0.093 0.017 0.003 128 N 0.001 0.008 0.091 0.001 0.312 0.396 0.001 0.005 0.007 0.072 0.089 0.001 0.016 129 N 0.001 0.006 0.075 0.006 0.379 0.366 0.001 0.001 0.001 0.048 0.116 0.002 0.001 130 M 0.001 0.003 0.097 0.001 0.545 0.228 0.001 0.001 0.001 0.032 0.092 0.001 0.003 131 K 0.001 0.003 0.054 0.001 0.269 0.285 0.001 0.001 0.001 0.045 0.341 0.001 0.001 132 N 0.001 0.011 0.143 0.001 0.211 0.172 0.001 0.001 0.001 0.049 0.409 0.001 0.002 133 L 0.001 0.007 0.719 0.001 0.056 0.074 0.001 0.001 0.005 0.112 0.026 0.001 0.001