# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0307/T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.66891 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.043 0.111 0.146 0.013 0.032 0.009 0.221 0.010 0.006 0.028 0.032 0.120 0.003 0.165 0.015 2 G 0.014 0.016 0.041 0.040 0.174 0.058 0.133 0.006 0.064 0.098 0.032 0.025 0.059 0.129 0.002 0.109 3 L 0.182 0.059 0.052 0.101 0.006 0.021 0.007 0.279 0.005 0.002 0.040 0.041 0.064 0.002 0.133 0.006 4 G 0.009 0.043 0.098 0.093 0.007 0.071 0.009 0.011 0.163 0.176 0.037 0.070 0.086 0.005 0.004 0.117 5 R 0.385 0.052 0.071 0.164 0.014 0.052 0.016 0.008 0.006 0.003 0.061 0.052 0.096 0.004 0.007 0.010 6 Q 0.014 0.101 0.321 0.243 0.004 0.065 0.005 0.019 0.007 0.004 0.038 0.068 0.089 0.002 0.009 0.012 7 S 0.019 0.098 0.109 0.299 0.025 0.170 0.025 0.004 0.009 0.006 0.024 0.053 0.128 0.007 0.004 0.022 8 L 0.032 0.062 0.148 0.403 0.005 0.076 0.005 0.028 0.003 0.002 0.086 0.024 0.103 0.003 0.012 0.008 9 N 0.010 0.102 0.126 0.333 0.006 0.128 0.008 0.008 0.014 0.009 0.023 0.096 0.114 0.003 0.005 0.017 10 I 0.039 0.075 0.089 0.537 0.003 0.030 0.004 0.005 0.005 0.001 0.045 0.017 0.123 0.002 0.006 0.021 11 M 0.014 0.030 0.313 0.460 0.008 0.028 0.012 0.003 0.002 0.001 0.015 0.024 0.069 0.003 0.002 0.016 12 T 0.022 0.050 0.184 0.481 0.021 0.108 0.008 0.005 0.002 0.002 0.007 0.007 0.083 0.002 0.004 0.014 13 F 0.012 0.074 0.083 0.433 0.090 0.104 0.032 0.010 0.004 0.012 0.054 0.014 0.049 0.014 0.002 0.014 14 S 0.005 0.036 0.009 0.026 0.004 0.731 0.001 0.040 0.002 0.004 0.024 0.057 0.052 0.001 0.007 0.001 15 G 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.019 0.001 0.002 0.004 0.004 0.882 0.019 0.057 0.001 0.001 0.003 16 Q 0.003 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.904 0.058 0.001 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.030 0.945 0.001 0.001 0.001 18 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.032 0.949 0.001 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.959 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.984 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 24 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 25 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.001 0.001 26 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.002 0.010 0.003 27 S 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.920 0.003 0.007 0.057 28 M 0.021 0.002 0.115 0.008 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.727 0.010 0.006 0.098 29 V 0.006 0.019 0.126 0.091 0.002 0.017 0.016 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.687 0.005 0.004 0.016 30 M 0.008 0.049 0.073 0.288 0.042 0.092 0.032 0.003 0.002 0.001 0.005 0.007 0.331 0.017 0.005 0.045 31 A 0.010 0.017 0.025 0.106 0.179 0.051 0.154 0.018 0.003 0.004 0.055 0.006 0.078 0.272 0.011 0.012 32 D 0.005 0.274 0.044 0.057 0.003 0.055 0.016 0.097 0.009 0.004 0.015 0.042 0.050 0.005 0.309 0.014 33 G 0.042 0.035 0.042 0.118 0.001 0.013 0.006 0.008 0.138 0.052 0.125 0.027 0.044 0.003 0.008 0.337 34 K 0.562 0.060 0.231 0.071 0.002 0.005 0.007 0.001 0.004 0.001 0.002 0.016 0.007 0.001 0.002 0.030 35 I 0.010 0.028 0.640 0.308 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 36 K 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 38 A 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 39 E 0.002 0.001 0.009 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.043 0.917 0.001 0.001 0.004 40 I 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.932 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.965 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.968 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 44 T 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.974 0.002 0.001 0.001 45 R 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.967 0.002 0.001 0.002 46 E 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.924 0.016 0.005 0.015 47 F 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.947 0.004 0.013 0.007 48 M 0.001 0.004 0.014 0.004 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.920 0.003 0.005 0.024 49 R 0.004 0.001 0.003 0.003 0.010 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.090 0.822 0.002 0.014 50 F 0.002 0.006 0.039 0.005 0.001 0.002 0.008 0.035 0.001 0.001 0.005 0.004 0.110 0.002 0.776 0.005 51 G 0.004 0.009 0.034 0.017 0.001 0.013 0.011 0.002 0.043 0.047 0.015 0.012 0.251 0.006 0.004 0.530 52 I 0.671 0.016 0.027 0.034 0.002 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 0.021 0.040 0.150 0.004 0.004 0.009 53 L 0.009 0.039 0.117 0.025 0.007 0.229 0.013 0.011 0.002 0.005 0.060 0.085 0.358 0.012 0.013 0.015 54 Q 0.007 0.016 0.027 0.024 0.004 0.084 0.009 0.008 0.002 0.003 0.261 0.070 0.460 0.005 0.013 0.008 55 D 0.006 0.039 0.012 0.022 0.001 0.018 0.001 0.004 0.003 0.003 0.091 0.419 0.368 0.001 0.005 0.007 56 Q 0.008 0.005 0.011 0.008 0.001 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.039 0.088 0.800 0.002 0.001 0.015 57 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.042 0.907 0.001 0.001 0.001 58 D 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.061 0.911 0.001 0.001 0.001 59 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.972 0.001 0.001 0.001 60 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.002 0.001 0.001 62 K 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.005 0.005 0.012 63 A 0.003 0.007 0.025 0.011 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.637 0.101 0.028 0.149 64 S 0.006 0.004 0.061 0.004 0.002 0.050 0.067 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.705 0.016 0.050 0.019 65 D 0.012 0.170 0.050 0.015 0.001 0.009 0.007 0.011 0.003 0.001 0.140 0.020 0.402 0.012 0.023 0.125 66 S 0.108 0.077 0.055 0.054 0.002 0.033 0.016 0.002 0.023 0.003 0.017 0.170 0.282 0.017 0.015 0.126 67 I 0.021 0.017 0.605 0.019 0.001 0.014 0.013 0.001 0.001 0.001 0.025 0.011 0.250 0.001 0.008 0.013 68 E 0.004 0.026 0.033 0.020 0.002 0.402 0.004 0.004 0.001 0.003 0.032 0.134 0.328 0.001 0.001 0.006 69 A 0.002 0.004 0.002 0.003 0.001 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.487 0.047 0.376 0.001 0.001 0.001 70 S 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.556 0.361 0.001 0.001 0.001 71 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.935 0.001 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 76 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.001 0.001 77 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.004 0.003 78 R 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.584 0.028 0.009 0.367 79 M 0.012 0.005 0.265 0.007 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.562 0.010 0.056 0.065 80 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.551 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.428 0.001 0.001 0.003 81 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.004 0.053 0.001 0.001 0.001 82 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.035 0.001 0.001 0.001 83 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.002 0.003 84 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 85 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.039 0.939 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.981 0.001 0.001 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 90 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.040 0.001 0.003 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 92 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.012 93 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.001 0.002 94 I 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.929 0.012 0.006 0.016 95 M 0.001 0.004 0.020 0.008 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.912 0.005 0.011 0.010 96 A 0.005 0.012 0.031 0.022 0.006 0.017 0.032 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.751 0.042 0.011 0.056 97 S 0.009 0.011 0.026 0.013 0.016 0.011 0.126 0.009 0.002 0.001 0.029 0.007 0.187 0.490 0.034 0.030 98 D 0.007 0.095 0.071 0.020 0.001 0.013 0.030 0.021 0.006 0.001 0.010 0.021 0.139 0.012 0.503 0.049 99 G 0.060 0.032 0.122 0.062 0.001 0.008 0.018 0.004 0.042 0.023 0.028 0.023 0.097 0.006 0.017 0.458 100 D 0.488 0.038 0.166 0.047 0.007 0.103 0.016 0.001 0.003 0.002 0.010 0.032 0.045 0.004 0.004 0.034 101 I 0.021 0.151 0.457 0.145 0.012 0.020 0.014 0.012 0.001 0.002 0.090 0.015 0.036 0.004 0.006 0.014 102 D 0.001 0.004 0.004 0.005 0.005 0.901 0.002 0.004 0.001 0.004 0.005 0.045 0.018 0.001 0.002 0.001 103 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.956 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 104 N 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.978 0.012 0.001 0.001 0.001 105 E 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.951 0.001 0.001 0.002 106 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.039 0.947 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.992 0.001 0.001 0.001 109 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 110 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.001 0.002 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.002 0.002 114 T 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.960 0.006 0.006 0.010 115 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.979 0.001 0.001 116 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.978 0.001 117 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.945 118 L 0.989 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 P 0.011 0.015 0.652 0.038 0.005 0.244 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.002 120 T 0.005 0.144 0.023 0.237 0.004 0.283 0.001 0.014 0.003 0.002 0.256 0.007 0.018 0.001 0.001 0.002 121 M 0.009 0.137 0.028 0.348 0.001 0.042 0.001 0.002 0.014 0.003 0.119 0.272 0.022 0.001 0.001 0.002 122 T 0.017 0.043 0.125 0.214 0.002 0.156 0.002 0.001 0.002 0.001 0.025 0.250 0.159 0.001 0.001 0.003 123 V 0.003 0.017 0.074 0.171 0.002 0.111 0.002 0.003 0.001 0.001 0.250 0.025 0.336 0.001 0.001 0.004 124 M 0.001 0.127 0.040 0.275 0.002 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.172 0.341 0.001 0.001 0.001 125 E 0.001 0.006 0.011 0.254 0.004 0.050 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.641 0.001 0.001 0.005 126 A 0.003 0.023 0.041 0.102 0.042 0.063 0.036 0.003 0.001 0.001 0.033 0.014 0.583 0.038 0.004 0.014 127 I 0.003 0.026 0.020 0.086 0.064 0.045 0.071 0.036 0.002 0.002 0.034 0.038 0.367 0.141 0.052 0.011 128 N 0.004 0.027 0.023 0.046 0.008 0.042 0.017 0.095 0.015 0.013 0.035 0.025 0.412 0.021 0.148 0.067 129 N 0.044 0.036 0.026 0.032 0.003 0.020 0.011 0.010 0.047 0.021 0.052 0.041 0.380 0.019 0.025 0.233 130 M 0.119 0.013 0.083 0.016 0.020 0.039 0.104 0.006 0.005 0.004 0.070 0.075 0.337 0.063 0.016 0.030 131 K 0.020 0.086 0.187 0.048 0.004 0.019 0.015 0.075 0.004 0.002 0.057 0.065 0.276 0.014 0.101 0.027 132 N 0.014 0.022 0.038 0.038 0.044 0.112 0.108 0.005 0.042 0.025 0.022 0.080 0.262 0.075 0.010 0.103 133 L 0.049 0.054 0.137 0.041 0.013 0.025 0.066 0.051 0.003 0.002 0.140 0.039 0.270 0.015 0.079 0.018