# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.66891 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.017 0.025 0.015 0.035 0.166 0.024 0.694 2 G 0.082 0.028 0.026 0.025 0.055 0.121 0.060 0.603 3 L 0.023 0.020 0.023 0.033 0.031 0.126 0.082 0.661 4 G 0.074 0.129 0.046 0.034 0.076 0.102 0.193 0.346 5 R 0.087 0.084 0.037 0.032 0.046 0.131 0.133 0.450 6 Q 0.055 0.162 0.074 0.046 0.064 0.098 0.072 0.428 7 S 0.076 0.215 0.051 0.020 0.066 0.091 0.095 0.385 8 L 0.028 0.063 0.093 0.064 0.105 0.107 0.210 0.330 9 N 0.055 0.094 0.078 0.131 0.188 0.065 0.175 0.214 10 I 0.041 0.046 0.054 0.069 0.116 0.087 0.150 0.436 11 M 0.010 0.058 0.106 0.160 0.253 0.078 0.079 0.256 12 T 0.045 0.138 0.040 0.061 0.129 0.097 0.057 0.432 13 F 0.041 0.357 0.038 0.066 0.053 0.064 0.067 0.315 14 S 0.035 0.735 0.009 0.014 0.033 0.030 0.031 0.113 15 G 0.026 0.405 0.012 0.009 0.016 0.018 0.439 0.075 16 Q 0.009 0.733 0.006 0.026 0.022 0.016 0.150 0.037 17 E 0.008 0.841 0.005 0.007 0.012 0.008 0.062 0.057 18 L 0.002 0.956 0.001 0.008 0.012 0.002 0.009 0.010 19 T 0.003 0.881 0.005 0.008 0.023 0.005 0.055 0.020 20 A 0.001 0.936 0.002 0.023 0.010 0.002 0.021 0.005 21 I 0.002 0.962 0.002 0.004 0.007 0.001 0.019 0.003 22 I 0.011 0.845 0.007 0.012 0.007 0.003 0.108 0.008 23 K 0.012 0.389 0.036 0.043 0.034 0.012 0.447 0.028 24 M 0.044 0.277 0.041 0.010 0.014 0.030 0.463 0.120 25 A 0.092 0.248 0.033 0.026 0.027 0.077 0.277 0.219 26 K 0.036 0.055 0.015 0.016 0.022 0.072 0.073 0.711 27 S 0.020 0.034 0.057 0.026 0.056 0.143 0.078 0.585 28 M 0.014 0.014 0.151 0.072 0.104 0.123 0.129 0.393 29 V 0.015 0.007 0.315 0.136 0.126 0.089 0.071 0.241 30 M 0.065 0.004 0.187 0.060 0.106 0.096 0.083 0.399 31 A 0.284 0.005 0.060 0.067 0.057 0.086 0.060 0.380 32 D 0.036 0.002 0.028 0.022 0.069 0.097 0.015 0.730 33 G 0.010 0.001 0.024 0.015 0.053 0.092 0.016 0.789 34 K 0.005 0.003 0.030 0.179 0.163 0.151 0.017 0.451 35 I 0.003 0.003 0.013 0.021 0.021 0.062 0.008 0.870 36 K 0.196 0.441 0.012 0.053 0.032 0.031 0.069 0.166 37 P 0.118 0.679 0.007 0.007 0.009 0.019 0.023 0.138 38 A 0.012 0.755 0.018 0.018 0.029 0.015 0.035 0.118 39 E 0.023 0.817 0.013 0.013 0.029 0.015 0.035 0.055 40 I 0.019 0.101 0.012 0.017 0.017 0.016 0.784 0.034 41 A 0.009 0.505 0.014 0.024 0.033 0.022 0.329 0.063 42 V 0.023 0.782 0.009 0.008 0.019 0.021 0.043 0.095 43 M 0.010 0.830 0.010 0.016 0.014 0.014 0.047 0.058 44 T 0.033 0.876 0.005 0.004 0.007 0.008 0.032 0.035 45 R 0.049 0.818 0.008 0.004 0.003 0.013 0.043 0.060 46 E 0.080 0.718 0.019 0.006 0.006 0.021 0.064 0.085 47 F 0.222 0.193 0.070 0.007 0.007 0.048 0.231 0.221 48 M 0.178 0.166 0.021 0.007 0.006 0.067 0.043 0.513 49 R 0.124 0.082 0.024 0.002 0.004 0.049 0.045 0.671 50 F 0.032 0.090 0.017 0.005 0.006 0.124 0.044 0.682 51 G 0.042 0.110 0.029 0.010 0.013 0.102 0.081 0.613 52 I 0.056 0.162 0.025 0.008 0.005 0.090 0.076 0.578 53 L 0.158 0.496 0.013 0.004 0.005 0.027 0.172 0.124 54 Q 0.115 0.510 0.010 0.002 0.003 0.035 0.101 0.224 55 D 0.011 0.623 0.014 0.006 0.006 0.042 0.036 0.262 56 Q 0.008 0.907 0.005 0.001 0.002 0.009 0.012 0.056 57 V 0.016 0.947 0.003 0.001 0.001 0.004 0.016 0.012 58 D 0.012 0.931 0.010 0.002 0.002 0.004 0.023 0.016 59 L 0.024 0.910 0.011 0.001 0.002 0.006 0.019 0.027 60 L 0.071 0.389 0.082 0.005 0.006 0.019 0.375 0.053 61 L 0.086 0.276 0.054 0.007 0.006 0.035 0.384 0.152 62 K 0.110 0.142 0.032 0.005 0.006 0.055 0.152 0.498 63 A 0.085 0.104 0.015 0.006 0.006 0.081 0.094 0.610 64 S 0.096 0.108 0.012 0.004 0.007 0.103 0.057 0.614 65 D 0.057 0.096 0.008 0.004 0.005 0.101 0.035 0.694 66 S 0.046 0.150 0.013 0.003 0.004 0.102 0.126 0.554 67 I 0.052 0.332 0.018 0.005 0.003 0.099 0.154 0.336 68 E 0.039 0.819 0.004 0.001 0.001 0.017 0.029 0.090 69 A 0.019 0.932 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.027 70 S 0.010 0.848 0.004 0.001 0.001 0.009 0.095 0.033 71 Q 0.004 0.919 0.002 0.001 0.001 0.003 0.059 0.011 72 A 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 73 V 0.015 0.938 0.006 0.001 0.001 0.004 0.024 0.010 74 A 0.024 0.787 0.030 0.007 0.007 0.012 0.084 0.049 75 L 0.147 0.530 0.045 0.005 0.006 0.029 0.105 0.134 76 I 0.274 0.251 0.050 0.007 0.006 0.041 0.215 0.156 77 A 0.092 0.275 0.013 0.003 0.003 0.057 0.040 0.516 78 R 0.015 0.144 0.012 0.002 0.002 0.067 0.024 0.734 79 M 0.028 0.327 0.019 0.003 0.002 0.079 0.078 0.465 80 D 0.114 0.835 0.002 0.001 0.001 0.005 0.025 0.019 81 E 0.018 0.927 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.044 82 E 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.025 83 R 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 84 K 0.003 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.005 85 K 0.001 0.247 0.001 0.001 0.001 0.001 0.746 0.003 86 Y 0.001 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.003 87 V 0.006 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.004 88 A 0.011 0.811 0.006 0.002 0.001 0.005 0.145 0.021 89 S 0.032 0.744 0.003 0.001 0.001 0.016 0.136 0.067 90 Y 0.030 0.853 0.003 0.001 0.001 0.012 0.053 0.047 91 L 0.014 0.881 0.003 0.001 0.001 0.018 0.030 0.051 92 G 0.022 0.764 0.020 0.002 0.003 0.022 0.060 0.107 93 V 0.055 0.661 0.063 0.008 0.008 0.035 0.079 0.091 94 I 0.065 0.068 0.535 0.010 0.009 0.035 0.209 0.069 95 M 0.142 0.043 0.274 0.016 0.017 0.096 0.098 0.313 96 A 0.269 0.009 0.100 0.005 0.008 0.069 0.040 0.500 97 S 0.054 0.005 0.015 0.003 0.004 0.101 0.013 0.806 98 D 0.013 0.003 0.018 0.006 0.016 0.118 0.017 0.809 99 G 0.022 0.008 0.018 0.008 0.014 0.131 0.026 0.774 100 D 0.035 0.029 0.040 0.059 0.041 0.177 0.054 0.565 101 I 0.048 0.055 0.021 0.009 0.009 0.081 0.028 0.748 102 D 0.125 0.666 0.004 0.006 0.006 0.023 0.051 0.118 103 D 0.025 0.788 0.004 0.002 0.004 0.022 0.019 0.137 104 N 0.003 0.930 0.002 0.003 0.005 0.005 0.026 0.026 105 E 0.003 0.967 0.001 0.002 0.003 0.002 0.016 0.006 106 L 0.003 0.592 0.002 0.006 0.007 0.005 0.375 0.010 107 A 0.001 0.921 0.001 0.003 0.004 0.002 0.066 0.003 108 L 0.001 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.002 109 W 0.003 0.698 0.004 0.010 0.015 0.005 0.256 0.009 110 T 0.001 0.029 0.002 0.002 0.003 0.002 0.961 0.002 111 L 0.007 0.804 0.004 0.005 0.005 0.005 0.156 0.013 112 I 0.066 0.673 0.033 0.016 0.038 0.029 0.078 0.067 113 S 0.038 0.062 0.131 0.045 0.039 0.087 0.339 0.259 114 T 0.492 0.032 0.028 0.013 0.016 0.064 0.059 0.295 115 L 0.239 0.003 0.021 0.003 0.004 0.079 0.029 0.622 116 C 0.005 0.001 0.026 0.006 0.011 0.261 0.019 0.670 117 G 0.006 0.003 0.012 0.003 0.011 0.095 0.014 0.857 118 L 0.021 0.007 0.029 0.018 0.009 0.153 0.061 0.702 119 P 0.088 0.131 0.083 0.025 0.019 0.115 0.142 0.397 120 T 0.129 0.401 0.019 0.005 0.012 0.066 0.062 0.306 121 M 0.066 0.385 0.068 0.012 0.017 0.056 0.053 0.345 122 T 0.036 0.571 0.098 0.034 0.034 0.038 0.065 0.123 123 V 0.026 0.681 0.041 0.009 0.018 0.030 0.054 0.140 124 M 0.084 0.315 0.151 0.028 0.029 0.033 0.247 0.113 125 E 0.055 0.216 0.089 0.049 0.035 0.058 0.312 0.186 126 A 0.088 0.319 0.040 0.008 0.016 0.064 0.077 0.389 127 I 0.164 0.185 0.051 0.020 0.022 0.077 0.081 0.400 128 N 0.068 0.063 0.040 0.023 0.021 0.084 0.117 0.584 129 N 0.121 0.115 0.017 0.008 0.015 0.077 0.075 0.572 130 M 0.148 0.039 0.032 0.019 0.020 0.117 0.069 0.556 131 K 0.078 0.018 0.020 0.024 0.024 0.116 0.049 0.671 132 N 0.041 0.017 0.011 0.006 0.014 0.080 0.044 0.786 133 L 0.045 0.024 0.035 0.026 0.038 0.149 0.060 0.624