# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.66891 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.069 0.059 0.033 0.083 0.089 0.113 0.163 0.129 0.111 0.086 0.064 2 G 0.257 0.184 0.082 0.138 0.107 0.080 0.057 0.041 0.031 0.015 0.008 3 L 0.048 0.044 0.029 0.075 0.081 0.100 0.153 0.125 0.134 0.113 0.098 4 G 0.128 0.135 0.065 0.145 0.125 0.107 0.108 0.068 0.058 0.036 0.025 5 R 0.052 0.050 0.042 0.126 0.102 0.106 0.154 0.098 0.108 0.092 0.070 6 Q 0.060 0.075 0.065 0.122 0.116 0.119 0.154 0.093 0.084 0.066 0.045 7 S 0.033 0.063 0.040 0.149 0.127 0.129 0.168 0.113 0.088 0.058 0.033 8 L 0.021 0.018 0.023 0.039 0.052 0.082 0.149 0.147 0.177 0.164 0.129 9 N 0.069 0.093 0.071 0.200 0.164 0.127 0.123 0.070 0.045 0.025 0.013 10 I 0.018 0.020 0.035 0.065 0.070 0.078 0.153 0.128 0.167 0.154 0.112 11 M 0.027 0.017 0.033 0.045 0.053 0.071 0.153 0.132 0.175 0.162 0.131 12 T 0.054 0.104 0.125 0.228 0.163 0.122 0.104 0.045 0.030 0.016 0.008 13 F 0.011 0.022 0.032 0.043 0.051 0.090 0.194 0.161 0.154 0.141 0.102 14 S 0.108 0.118 0.063 0.158 0.135 0.127 0.131 0.077 0.045 0.024 0.013 15 G 0.215 0.114 0.101 0.131 0.107 0.098 0.088 0.058 0.050 0.026 0.012 16 Q 0.141 0.111 0.090 0.179 0.141 0.112 0.104 0.053 0.038 0.020 0.011 17 E 0.011 0.018 0.023 0.042 0.048 0.071 0.173 0.129 0.181 0.164 0.139 18 L 0.014 0.043 0.084 0.140 0.139 0.149 0.190 0.095 0.073 0.048 0.025 19 T 0.021 0.033 0.157 0.191 0.137 0.141 0.153 0.074 0.046 0.032 0.015 20 A 0.009 0.016 0.043 0.065 0.079 0.127 0.233 0.183 0.118 0.087 0.040 21 I 0.005 0.019 0.032 0.058 0.066 0.094 0.162 0.183 0.193 0.123 0.064 22 I 0.001 0.002 0.008 0.009 0.018 0.048 0.132 0.143 0.228 0.231 0.180 23 K 0.024 0.049 0.167 0.283 0.208 0.130 0.090 0.030 0.012 0.006 0.002 24 M 0.001 0.004 0.014 0.028 0.034 0.056 0.174 0.181 0.192 0.197 0.121 25 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.014 0.060 0.110 0.234 0.283 0.287 26 K 0.008 0.018 0.078 0.141 0.179 0.195 0.200 0.077 0.056 0.033 0.014 27 S 0.003 0.013 0.070 0.144 0.167 0.185 0.230 0.105 0.045 0.027 0.011 28 M 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.043 0.076 0.209 0.292 0.366 29 V 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.022 0.100 0.162 0.242 0.259 0.195 30 M 0.005 0.021 0.152 0.147 0.143 0.115 0.140 0.099 0.073 0.058 0.047 31 A 0.001 0.005 0.010 0.011 0.022 0.057 0.162 0.179 0.213 0.176 0.163 32 D 0.079 0.067 0.030 0.125 0.123 0.113 0.161 0.119 0.095 0.055 0.034 33 G 0.457 0.082 0.077 0.105 0.067 0.055 0.061 0.029 0.033 0.021 0.013 34 K 0.279 0.197 0.065 0.194 0.114 0.071 0.049 0.016 0.009 0.004 0.002 35 I 0.010 0.026 0.009 0.021 0.025 0.046 0.176 0.166 0.181 0.173 0.168 36 K 0.083 0.158 0.061 0.211 0.158 0.118 0.112 0.052 0.023 0.014 0.009 37 P 0.543 0.121 0.200 0.085 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 38 A 0.210 0.088 0.097 0.173 0.150 0.123 0.094 0.038 0.019 0.008 0.003 39 E 0.002 0.008 0.007 0.015 0.023 0.051 0.163 0.184 0.254 0.173 0.120 40 I 0.001 0.004 0.036 0.039 0.062 0.119 0.246 0.163 0.151 0.114 0.065 41 A 0.008 0.019 0.521 0.191 0.115 0.075 0.046 0.016 0.005 0.003 0.001 42 V 0.002 0.006 0.060 0.062 0.071 0.121 0.242 0.194 0.130 0.080 0.032 43 M 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.007 0.041 0.109 0.270 0.313 0.254 44 T 0.008 0.025 0.103 0.125 0.217 0.224 0.183 0.064 0.030 0.015 0.005 45 R 0.030 0.047 0.564 0.156 0.078 0.059 0.036 0.015 0.009 0.005 0.002 46 E 0.028 0.044 0.070 0.141 0.127 0.173 0.255 0.100 0.041 0.016 0.005 47 F 0.004 0.003 0.007 0.008 0.010 0.027 0.122 0.142 0.210 0.250 0.215 48 M 0.045 0.086 0.247 0.241 0.146 0.098 0.084 0.023 0.014 0.010 0.005 49 R 0.042 0.102 0.262 0.227 0.135 0.095 0.075 0.032 0.016 0.010 0.003 50 F 0.028 0.018 0.022 0.032 0.045 0.087 0.205 0.178 0.165 0.130 0.090 51 G 0.391 0.185 0.077 0.157 0.080 0.048 0.031 0.016 0.009 0.004 0.002 52 I 0.082 0.070 0.073 0.091 0.090 0.099 0.132 0.103 0.111 0.089 0.060 53 L 0.085 0.175 0.063 0.142 0.112 0.103 0.133 0.078 0.054 0.031 0.023 54 Q 0.130 0.101 0.063 0.175 0.145 0.121 0.122 0.058 0.043 0.027 0.014 55 D 0.397 0.150 0.143 0.165 0.064 0.035 0.023 0.011 0.006 0.004 0.002 56 Q 0.041 0.195 0.045 0.152 0.166 0.146 0.117 0.080 0.039 0.015 0.005 57 V 0.001 0.002 0.002 0.005 0.010 0.038 0.118 0.161 0.245 0.209 0.208 58 D 0.163 0.109 0.225 0.270 0.151 0.054 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 59 L 0.004 0.012 0.041 0.147 0.158 0.178 0.251 0.129 0.045 0.025 0.009 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 0.186 0.321 0.446 61 L 0.001 0.002 0.015 0.029 0.101 0.202 0.339 0.158 0.085 0.052 0.016 62 K 0.006 0.021 0.794 0.110 0.038 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 63 A 0.003 0.009 0.023 0.063 0.077 0.177 0.431 0.148 0.045 0.018 0.006 64 S 0.006 0.004 0.007 0.005 0.007 0.017 0.085 0.154 0.234 0.272 0.210 65 D 0.133 0.130 0.269 0.235 0.116 0.064 0.037 0.008 0.004 0.002 0.001 66 S 0.155 0.164 0.331 0.173 0.098 0.044 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 67 I 0.044 0.018 0.012 0.017 0.030 0.069 0.185 0.204 0.188 0.130 0.103 68 E 0.309 0.355 0.088 0.138 0.061 0.031 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 69 A 0.078 0.095 0.174 0.172 0.123 0.106 0.111 0.055 0.041 0.029 0.014 70 S 0.197 0.111 0.135 0.164 0.121 0.102 0.094 0.037 0.021 0.012 0.006 71 Q 0.061 0.108 0.118 0.227 0.152 0.141 0.108 0.045 0.027 0.010 0.003 72 A 0.004 0.014 0.054 0.054 0.059 0.104 0.191 0.162 0.151 0.129 0.079 73 V 0.004 0.006 0.031 0.050 0.070 0.128 0.260 0.165 0.136 0.095 0.055 74 A 0.009 0.018 0.155 0.141 0.128 0.131 0.171 0.119 0.068 0.044 0.017 75 L 0.001 0.004 0.028 0.029 0.033 0.052 0.146 0.182 0.212 0.190 0.125 76 I 0.001 0.001 0.008 0.006 0.013 0.033 0.120 0.141 0.262 0.244 0.170 77 A 0.023 0.028 0.346 0.213 0.140 0.091 0.095 0.026 0.019 0.013 0.005 78 R 0.018 0.050 0.187 0.218 0.134 0.141 0.169 0.053 0.019 0.009 0.003 79 M 0.003 0.006 0.009 0.007 0.010 0.030 0.148 0.204 0.224 0.199 0.159 80 D 0.194 0.260 0.128 0.181 0.110 0.070 0.038 0.012 0.004 0.002 0.001 81 E 0.507 0.120 0.244 0.076 0.035 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.524 0.111 0.077 0.094 0.064 0.055 0.047 0.017 0.008 0.003 0.001 83 R 0.049 0.161 0.065 0.097 0.097 0.128 0.165 0.107 0.082 0.033 0.015 84 K 0.006 0.020 0.085 0.087 0.096 0.168 0.237 0.110 0.087 0.065 0.040 85 K 0.040 0.048 0.474 0.223 0.110 0.063 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 86 Y 0.007 0.017 0.080 0.171 0.143 0.190 0.243 0.103 0.029 0.013 0.003 87 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.019 0.054 0.202 0.335 0.382 88 A 0.002 0.004 0.030 0.030 0.083 0.173 0.287 0.163 0.118 0.078 0.032 89 S 0.008 0.030 0.648 0.174 0.071 0.036 0.019 0.007 0.004 0.003 0.001 90 Y 0.001 0.005 0.015 0.032 0.055 0.141 0.373 0.196 0.094 0.057 0.030 91 L 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.011 0.058 0.115 0.227 0.286 0.288 92 G 0.048 0.048 0.143 0.185 0.178 0.157 0.131 0.051 0.033 0.017 0.009 93 V 0.020 0.042 0.149 0.181 0.186 0.148 0.133 0.066 0.041 0.023 0.010 94 I 0.001 0.001 0.003 0.006 0.009 0.017 0.083 0.105 0.218 0.255 0.303 95 M 0.006 0.007 0.017 0.029 0.036 0.052 0.155 0.167 0.197 0.189 0.144 96 A 0.008 0.023 0.111 0.131 0.130 0.123 0.160 0.107 0.083 0.070 0.053 97 S 0.005 0.013 0.024 0.030 0.044 0.079 0.171 0.166 0.186 0.157 0.124 98 D 0.045 0.042 0.023 0.113 0.134 0.133 0.181 0.134 0.102 0.060 0.032 99 G 0.199 0.046 0.059 0.069 0.064 0.073 0.113 0.089 0.125 0.095 0.068 100 D 0.124 0.162 0.064 0.241 0.160 0.104 0.083 0.032 0.018 0.008 0.005 101 I 0.005 0.009 0.006 0.009 0.012 0.024 0.107 0.132 0.204 0.238 0.253 102 D 0.142 0.149 0.063 0.224 0.169 0.100 0.086 0.037 0.016 0.009 0.006 103 D 0.625 0.129 0.144 0.066 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 N 0.198 0.158 0.066 0.140 0.146 0.122 0.091 0.041 0.024 0.009 0.004 105 E 0.017 0.026 0.013 0.033 0.044 0.094 0.228 0.171 0.182 0.110 0.082 106 L 0.030 0.045 0.163 0.208 0.169 0.142 0.132 0.052 0.033 0.019 0.009 107 A 0.028 0.042 0.393 0.228 0.132 0.090 0.056 0.021 0.006 0.003 0.001 108 L 0.001 0.001 0.008 0.007 0.012 0.022 0.086 0.139 0.229 0.279 0.216 109 W 0.001 0.001 0.007 0.008 0.017 0.047 0.140 0.182 0.253 0.206 0.139 110 T 0.004 0.013 0.175 0.155 0.168 0.162 0.152 0.068 0.054 0.034 0.015 111 L 0.002 0.006 0.044 0.076 0.114 0.187 0.314 0.151 0.056 0.034 0.016 112 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.005 0.029 0.081 0.217 0.327 0.333 113 S 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.027 0.095 0.170 0.230 0.240 0.218 114 T 0.015 0.054 0.187 0.225 0.180 0.116 0.098 0.047 0.038 0.023 0.017 115 L 0.015 0.023 0.033 0.073 0.100 0.146 0.234 0.136 0.111 0.079 0.050 116 C 0.019 0.014 0.007 0.024 0.027 0.040 0.116 0.140 0.204 0.215 0.193 117 G 0.176 0.158 0.050 0.176 0.126 0.101 0.096 0.055 0.035 0.017 0.010 118 L 0.049 0.034 0.024 0.052 0.060 0.078 0.130 0.129 0.144 0.150 0.151 119 P 0.139 0.249 0.048 0.144 0.130 0.098 0.082 0.048 0.034 0.017 0.012 120 T 0.080 0.099 0.032 0.142 0.113 0.104 0.134 0.093 0.094 0.066 0.044 121 M 0.198 0.073 0.037 0.097 0.113 0.116 0.126 0.086 0.072 0.050 0.032 122 T 0.104 0.162 0.064 0.266 0.173 0.104 0.069 0.032 0.017 0.006 0.003 123 V 0.002 0.005 0.009 0.015 0.017 0.028 0.091 0.120 0.213 0.261 0.240 124 M 0.015 0.014 0.034 0.056 0.090 0.118 0.202 0.149 0.138 0.113 0.072 125 E 0.034 0.068 0.289 0.261 0.146 0.092 0.062 0.023 0.014 0.007 0.002 126 A 0.007 0.017 0.048 0.068 0.078 0.120 0.236 0.171 0.120 0.089 0.046 127 I 0.007 0.006 0.010 0.014 0.022 0.046 0.149 0.175 0.223 0.200 0.149 128 N 0.106 0.118 0.239 0.228 0.130 0.081 0.054 0.021 0.013 0.007 0.003 129 N 0.045 0.071 0.138 0.162 0.145 0.138 0.151 0.073 0.042 0.024 0.011 130 M 0.037 0.023 0.026 0.037 0.043 0.067 0.170 0.148 0.176 0.147 0.126 131 K 0.193 0.152 0.118 0.201 0.126 0.086 0.067 0.027 0.018 0.008 0.004 132 N 0.108 0.107 0.175 0.157 0.120 0.099 0.097 0.056 0.041 0.026 0.013 133 L 0.062 0.056 0.040 0.081 0.090 0.120 0.201 0.132 0.099 0.067 0.052