# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.66891 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.021 0.051 0.038 0.055 0.071 0.012 0.717 2 G 0.144 0.022 0.068 0.049 0.063 0.091 0.026 0.538 3 L 0.129 0.024 0.161 0.071 0.080 0.102 0.013 0.419 4 G 0.065 0.020 0.060 0.069 0.113 0.124 0.012 0.536 5 R 0.064 0.021 0.100 0.056 0.123 0.121 0.005 0.511 6 Q 0.025 0.053 0.069 0.134 0.153 0.189 0.007 0.370 7 S 0.074 0.054 0.061 0.057 0.119 0.104 0.017 0.516 8 L 0.079 0.127 0.191 0.169 0.149 0.055 0.022 0.208 9 N 0.070 0.081 0.132 0.089 0.109 0.172 0.028 0.318 10 I 0.097 0.081 0.192 0.094 0.186 0.100 0.017 0.232 11 M 0.080 0.167 0.129 0.145 0.228 0.101 0.010 0.139 12 T 0.062 0.092 0.118 0.114 0.157 0.099 0.021 0.337 13 F 0.051 0.150 0.150 0.126 0.126 0.062 0.014 0.321 14 S 0.048 0.114 0.038 0.061 0.100 0.136 0.014 0.488 15 G 0.038 0.111 0.020 0.030 0.060 0.068 0.010 0.662 16 Q 0.046 0.160 0.010 0.011 0.027 0.262 0.008 0.477 17 E 0.060 0.385 0.006 0.010 0.015 0.244 0.008 0.272 18 L 0.010 0.929 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.045 19 T 0.003 0.962 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.024 20 A 0.003 0.980 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.010 21 I 0.002 0.987 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 22 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 23 K 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 M 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 25 A 0.010 0.973 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 26 K 0.010 0.961 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.016 27 S 0.043 0.890 0.004 0.003 0.002 0.003 0.022 0.034 28 M 0.145 0.693 0.025 0.014 0.010 0.007 0.051 0.055 29 V 0.049 0.584 0.109 0.053 0.036 0.013 0.025 0.131 30 M 0.026 0.163 0.372 0.112 0.131 0.028 0.022 0.146 31 A 0.025 0.182 0.249 0.121 0.102 0.048 0.019 0.255 32 D 0.020 0.101 0.208 0.067 0.080 0.064 0.017 0.442 33 G 0.079 0.054 0.161 0.060 0.046 0.087 0.050 0.462 34 K 0.322 0.006 0.031 0.011 0.022 0.337 0.020 0.253 35 I 0.112 0.010 0.039 0.025 0.035 0.099 0.011 0.669 36 K 0.022 0.022 0.016 0.071 0.089 0.245 0.003 0.532 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 A 0.002 0.005 0.003 0.010 0.036 0.240 0.001 0.704 39 E 0.458 0.029 0.003 0.005 0.009 0.180 0.009 0.308 40 I 0.081 0.808 0.006 0.012 0.013 0.013 0.002 0.066 41 A 0.014 0.886 0.008 0.010 0.020 0.010 0.001 0.051 42 V 0.021 0.875 0.006 0.014 0.015 0.007 0.003 0.058 43 M 0.039 0.903 0.004 0.008 0.013 0.004 0.007 0.023 44 T 0.028 0.893 0.006 0.010 0.012 0.004 0.010 0.037 45 R 0.029 0.803 0.011 0.007 0.011 0.012 0.013 0.114 46 E 0.045 0.788 0.005 0.005 0.007 0.026 0.013 0.111 47 F 0.061 0.800 0.009 0.005 0.008 0.015 0.015 0.088 48 M 0.038 0.833 0.009 0.005 0.006 0.014 0.012 0.082 49 R 0.055 0.764 0.020 0.005 0.006 0.014 0.017 0.119 50 F 0.070 0.739 0.029 0.012 0.012 0.010 0.022 0.106 51 G 0.151 0.354 0.038 0.021 0.019 0.032 0.047 0.337 52 I 0.125 0.247 0.163 0.029 0.035 0.081 0.019 0.301 53 L 0.093 0.291 0.042 0.020 0.044 0.151 0.014 0.345 54 Q 0.087 0.313 0.037 0.011 0.025 0.075 0.012 0.441 55 D 0.044 0.301 0.015 0.006 0.007 0.129 0.010 0.487 56 Q 0.190 0.290 0.008 0.003 0.004 0.140 0.022 0.342 57 V 0.072 0.720 0.015 0.005 0.007 0.029 0.009 0.143 58 D 0.008 0.816 0.011 0.005 0.007 0.023 0.004 0.126 59 L 0.016 0.838 0.008 0.003 0.006 0.019 0.005 0.105 60 L 0.012 0.955 0.005 0.002 0.004 0.004 0.003 0.016 61 L 0.010 0.953 0.009 0.003 0.005 0.004 0.003 0.013 62 K 0.016 0.947 0.006 0.004 0.004 0.003 0.005 0.014 63 A 0.092 0.806 0.022 0.004 0.006 0.008 0.028 0.034 64 S 0.188 0.665 0.025 0.007 0.007 0.008 0.035 0.066 65 D 0.177 0.290 0.095 0.011 0.010 0.033 0.074 0.310 66 S 0.296 0.094 0.045 0.008 0.011 0.116 0.053 0.377 67 I 0.135 0.090 0.080 0.008 0.014 0.070 0.012 0.591 68 E 0.020 0.059 0.016 0.005 0.012 0.448 0.005 0.435 69 A 0.058 0.104 0.017 0.003 0.010 0.194 0.006 0.608 70 S 0.031 0.329 0.006 0.002 0.004 0.102 0.003 0.523 71 Q 0.040 0.413 0.004 0.002 0.003 0.165 0.006 0.369 72 A 0.022 0.878 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.074 73 V 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 74 A 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 75 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 76 I 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 77 A 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 78 R 0.116 0.836 0.003 0.001 0.001 0.001 0.032 0.011 79 M 0.237 0.647 0.035 0.002 0.001 0.004 0.041 0.033 80 D 0.110 0.479 0.070 0.005 0.008 0.039 0.034 0.254 81 E 0.020 0.209 0.027 0.002 0.006 0.030 0.006 0.700 82 E 0.017 0.100 0.004 0.001 0.001 0.540 0.005 0.332 83 R 0.084 0.355 0.003 0.001 0.001 0.377 0.008 0.172 84 K 0.008 0.955 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 85 K 0.002 0.954 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 86 Y 0.012 0.931 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.046 87 V 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 88 A 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 89 S 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 90 Y 0.019 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 91 L 0.011 0.960 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 92 G 0.021 0.891 0.008 0.004 0.004 0.005 0.012 0.054 93 V 0.031 0.828 0.022 0.005 0.005 0.010 0.010 0.088 94 I 0.013 0.899 0.011 0.006 0.008 0.007 0.005 0.050 95 M 0.029 0.829 0.019 0.012 0.017 0.010 0.010 0.075 96 A 0.067 0.710 0.032 0.023 0.024 0.014 0.023 0.107 97 S 0.152 0.443 0.062 0.018 0.019 0.037 0.074 0.194 98 D 0.191 0.245 0.040 0.020 0.018 0.034 0.086 0.366 99 G 0.259 0.103 0.090 0.036 0.019 0.060 0.108 0.324 100 D 0.242 0.010 0.069 0.015 0.029 0.376 0.020 0.239 101 I 0.133 0.018 0.077 0.028 0.046 0.183 0.006 0.509 102 D 0.023 0.029 0.026 0.026 0.053 0.447 0.004 0.392 103 D 0.008 0.011 0.007 0.003 0.009 0.030 0.001 0.931 104 N 0.010 0.025 0.003 0.003 0.005 0.529 0.002 0.424 105 E 0.118 0.077 0.002 0.003 0.007 0.540 0.007 0.246 106 L 0.009 0.928 0.002 0.003 0.003 0.014 0.001 0.040 107 A 0.003 0.940 0.002 0.004 0.006 0.013 0.001 0.031 108 L 0.007 0.955 0.001 0.003 0.004 0.004 0.002 0.023 109 W 0.004 0.984 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 110 T 0.001 0.989 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 111 L 0.003 0.980 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.008 112 I 0.016 0.949 0.004 0.004 0.005 0.002 0.006 0.014 113 S 0.008 0.961 0.005 0.004 0.005 0.002 0.004 0.012 114 T 0.021 0.898 0.006 0.004 0.006 0.005 0.018 0.041 115 L 0.086 0.778 0.023 0.007 0.007 0.009 0.032 0.058 116 C 0.079 0.746 0.030 0.025 0.011 0.008 0.046 0.055 117 G 0.301 0.090 0.063 0.018 0.019 0.028 0.225 0.256 118 L 0.188 0.044 0.356 0.046 0.036 0.046 0.024 0.260 119 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.989 120 T 0.001 0.001 0.009 0.004 0.011 0.026 0.001 0.947 121 M 0.093 0.022 0.121 0.033 0.039 0.096 0.010 0.585 122 T 0.112 0.022 0.104 0.047 0.041 0.216 0.009 0.450 123 V 0.059 0.049 0.087 0.048 0.078 0.114 0.005 0.561 124 M 0.044 0.217 0.162 0.079 0.181 0.081 0.003 0.233 125 E 0.024 0.286 0.084 0.098 0.124 0.118 0.009 0.257 126 A 0.032 0.406 0.046 0.029 0.062 0.041 0.009 0.375 127 I 0.055 0.631 0.056 0.035 0.059 0.026 0.016 0.122 128 N 0.068 0.582 0.041 0.028 0.030 0.052 0.028 0.170 129 N 0.180 0.410 0.032 0.016 0.027 0.036 0.050 0.250 130 M 0.278 0.236 0.053 0.011 0.027 0.111 0.040 0.244 131 K 0.174 0.223 0.030 0.013 0.014 0.210 0.048 0.288 132 N 0.145 0.246 0.036 0.011 0.013 0.120 0.038 0.392 133 L 0.176 0.290 0.070 0.023 0.035 0.059 0.022 0.324