# TARGET T0307 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.165 0.134 0.105 0.154 0.053 0.051 0.094 0.048 0.078 0.040 2 G 0.095 0.108 0.129 0.132 0.137 0.068 0.033 0.083 0.038 0.114 0.063 3 L 0.113 0.162 0.090 0.058 0.139 0.037 0.056 0.120 0.067 0.099 0.059 4 G 0.057 0.125 0.172 0.122 0.112 0.042 0.027 0.098 0.055 0.133 0.057 5 R 0.202 0.112 0.034 0.012 0.241 0.016 0.031 0.158 0.096 0.052 0.045 6 Q 0.110 0.141 0.080 0.037 0.185 0.027 0.054 0.172 0.074 0.073 0.047 7 S 0.147 0.133 0.036 0.021 0.243 0.024 0.065 0.158 0.056 0.078 0.040 8 L 0.174 0.208 0.026 0.012 0.350 0.020 0.023 0.062 0.035 0.051 0.040 9 N 0.216 0.098 0.028 0.015 0.362 0.015 0.021 0.066 0.029 0.055 0.095 10 I 0.302 0.077 0.013 0.008 0.343 0.012 0.014 0.082 0.048 0.031 0.070 11 M 0.121 0.213 0.038 0.013 0.408 0.012 0.016 0.080 0.038 0.030 0.031 12 T 0.373 0.059 0.012 0.002 0.302 0.004 0.012 0.041 0.022 0.062 0.111 13 F 0.090 0.307 0.095 0.031 0.285 0.024 0.018 0.051 0.023 0.047 0.030 14 S 0.090 0.298 0.175 0.044 0.159 0.019 0.018 0.109 0.026 0.027 0.034 15 G 0.008 0.007 0.007 0.005 0.010 0.004 0.006 0.664 0.244 0.039 0.007 16 Q 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.867 0.104 0.005 0.001 17 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.902 0.070 0.010 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.936 0.052 0.003 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.061 0.002 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.051 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.047 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.921 0.071 0.001 0.001 23 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.921 0.059 0.002 0.001 24 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.863 0.095 0.015 0.001 25 A 0.004 0.006 0.001 0.001 0.008 0.002 0.016 0.689 0.256 0.016 0.002 26 K 0.001 0.008 0.005 0.008 0.003 0.037 0.162 0.619 0.148 0.008 0.001 27 S 0.017 0.007 0.004 0.004 0.022 0.024 0.152 0.404 0.154 0.191 0.021 28 M 0.177 0.030 0.002 0.002 0.201 0.011 0.049 0.243 0.104 0.097 0.082 29 V 0.056 0.101 0.005 0.002 0.414 0.008 0.031 0.227 0.070 0.070 0.016 30 M 0.218 0.078 0.023 0.008 0.353 0.014 0.021 0.129 0.039 0.065 0.050 31 A 0.080 0.047 0.060 0.113 0.099 0.074 0.046 0.153 0.111 0.160 0.058 32 D 0.006 0.333 0.142 0.159 0.047 0.023 0.058 0.103 0.086 0.039 0.004 33 G 0.006 0.032 0.049 0.025 0.015 0.022 0.047 0.121 0.222 0.417 0.044 34 K 0.125 0.304 0.048 0.001 0.353 0.002 0.011 0.028 0.028 0.064 0.035 35 I 0.171 0.203 0.049 0.004 0.459 0.005 0.019 0.011 0.010 0.037 0.032 36 K 0.003 0.583 0.383 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.631 0.353 0.003 0.001 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.801 0.177 0.014 0.002 39 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.856 0.103 0.033 0.001 40 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.913 0.075 0.002 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.912 0.070 0.002 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.918 0.056 0.016 0.001 43 M 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.877 0.097 0.012 0.002 44 T 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.002 0.018 0.858 0.103 0.004 0.001 45 R 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.003 0.038 0.863 0.071 0.012 0.001 46 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.021 0.774 0.168 0.020 0.002 47 F 0.006 0.008 0.002 0.001 0.010 0.002 0.017 0.716 0.194 0.039 0.006 48 M 0.002 0.006 0.003 0.002 0.006 0.011 0.060 0.663 0.197 0.048 0.003 49 R 0.017 0.032 0.010 0.007 0.029 0.012 0.089 0.530 0.138 0.122 0.013 50 F 0.024 0.342 0.104 0.014 0.117 0.021 0.047 0.172 0.090 0.057 0.012 51 G 0.073 0.042 0.026 0.019 0.052 0.017 0.035 0.221 0.151 0.263 0.099 52 I 0.030 0.140 0.080 0.020 0.077 0.018 0.044 0.260 0.155 0.138 0.038 53 L 0.071 0.206 0.101 0.023 0.138 0.007 0.009 0.166 0.087 0.145 0.047 54 Q 0.010 0.039 0.012 0.003 0.033 0.005 0.015 0.581 0.269 0.027 0.006 55 D 0.002 0.006 0.003 0.002 0.004 0.004 0.018 0.834 0.113 0.012 0.002 56 Q 0.003 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.818 0.113 0.044 0.002 57 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.873 0.107 0.011 0.001 58 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.917 0.068 0.002 0.001 59 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.935 0.048 0.004 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.899 0.084 0.009 0.001 61 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.811 0.169 0.007 0.001 62 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.821 0.131 0.005 0.001 63 A 0.005 0.007 0.005 0.003 0.008 0.009 0.064 0.583 0.199 0.111 0.006 64 S 0.067 0.097 0.014 0.004 0.113 0.006 0.018 0.257 0.186 0.192 0.047 65 D 0.011 0.023 0.010 0.016 0.024 0.056 0.124 0.377 0.228 0.119 0.013 66 S 0.105 0.109 0.051 0.014 0.146 0.007 0.011 0.093 0.068 0.310 0.085 67 I 0.073 0.302 0.077 0.015 0.181 0.014 0.023 0.104 0.073 0.096 0.043 68 E 0.082 0.299 0.176 0.034 0.130 0.009 0.012 0.114 0.038 0.065 0.040 69 A 0.011 0.034 0.015 0.007 0.024 0.008 0.010 0.660 0.191 0.033 0.008 70 S 0.002 0.006 0.003 0.002 0.004 0.006 0.012 0.859 0.090 0.013 0.002 71 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.904 0.068 0.015 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.054 0.004 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.941 0.054 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.952 0.040 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.071 0.004 0.001 76 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.839 0.145 0.007 0.001 77 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.834 0.119 0.007 0.001 78 R 0.004 0.008 0.004 0.003 0.005 0.007 0.060 0.553 0.107 0.239 0.010 79 M 0.024 0.346 0.176 0.016 0.083 0.010 0.015 0.148 0.062 0.096 0.025 80 D 0.054 0.268 0.070 0.013 0.094 0.007 0.017 0.339 0.078 0.034 0.026 81 E 0.001 0.010 0.006 0.005 0.005 0.016 0.030 0.761 0.137 0.026 0.003 82 E 0.007 0.010 0.003 0.002 0.010 0.006 0.022 0.782 0.089 0.054 0.013 83 R 0.007 0.024 0.005 0.001 0.012 0.001 0.004 0.789 0.107 0.046 0.006 84 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.910 0.065 0.009 0.001 85 K 0.001 0.006 0.002 0.002 0.003 0.003 0.013 0.914 0.049 0.005 0.001 86 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.916 0.062 0.010 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.897 0.091 0.009 0.001 88 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.886 0.108 0.002 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.930 0.056 0.001 0.001 90 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.783 0.138 0.064 0.001 91 L 0.006 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.689 0.256 0.024 0.003 92 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.807 0.163 0.003 0.001 93 V 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.006 0.044 0.738 0.139 0.059 0.002 94 I 0.019 0.008 0.002 0.002 0.022 0.005 0.051 0.635 0.183 0.062 0.010 95 M 0.017 0.074 0.007 0.005 0.078 0.009 0.040 0.500 0.197 0.064 0.010 96 A 0.057 0.037 0.017 0.012 0.063 0.018 0.056 0.256 0.138 0.288 0.057 97 S 0.070 0.059 0.054 0.033 0.103 0.050 0.097 0.217 0.150 0.123 0.044 98 D 0.020 0.233 0.065 0.068 0.077 0.038 0.085 0.155 0.150 0.093 0.015 99 G 0.019 0.045 0.055 0.041 0.033 0.020 0.012 0.065 0.135 0.484 0.092 100 D 0.118 0.241 0.058 0.004 0.253 0.005 0.017 0.051 0.055 0.146 0.052 101 I 0.093 0.359 0.126 0.009 0.276 0.006 0.015 0.023 0.018 0.051 0.023 102 D 0.011 0.585 0.319 0.008 0.067 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 103 D 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.013 0.736 0.228 0.005 0.001 104 N 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.847 0.115 0.024 0.003 105 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.909 0.073 0.012 0.001 106 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.048 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.042 0.001 0.001 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.001 0.001 109 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.055 0.001 0.001 110 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.938 0.057 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.973 0.021 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.060 0.001 0.001 113 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.897 0.091 0.003 0.001 114 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.070 0.798 0.125 0.002 0.001 115 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.301 0.604 0.077 0.005 0.001 116 C 0.001 0.815 0.140 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 117 G 0.103 0.004 0.003 0.016 0.014 0.003 0.002 0.003 0.012 0.409 0.432 118 L 0.015 0.513 0.353 0.010 0.086 0.003 0.002 0.004 0.004 0.005 0.005 119 P 0.021 0.420 0.331 0.061 0.077 0.012 0.011 0.018 0.010 0.013 0.026 120 T 0.103 0.195 0.093 0.007 0.195 0.012 0.022 0.119 0.183 0.047 0.023 121 M 0.033 0.072 0.031 0.011 0.078 0.015 0.045 0.401 0.236 0.052 0.024 122 T 0.036 0.104 0.028 0.005 0.111 0.007 0.068 0.479 0.079 0.074 0.010 123 V 0.079 0.037 0.009 0.003 0.083 0.005 0.023 0.576 0.107 0.055 0.024 124 M 0.019 0.035 0.013 0.014 0.038 0.020 0.027 0.658 0.144 0.020 0.013 125 E 0.031 0.065 0.046 0.006 0.053 0.003 0.014 0.654 0.090 0.017 0.021 126 A 0.016 0.019 0.009 0.004 0.020 0.007 0.025 0.753 0.115 0.024 0.007 127 I 0.012 0.029 0.012 0.011 0.029 0.013 0.040 0.661 0.166 0.022 0.005 128 N 0.017 0.030 0.026 0.028 0.024 0.031 0.057 0.536 0.180 0.060 0.012 129 N 0.038 0.043 0.024 0.018 0.046 0.017 0.044 0.404 0.147 0.180 0.038 130 M 0.052 0.072 0.025 0.012 0.076 0.014 0.030 0.367 0.204 0.110 0.038 131 K 0.022 0.095 0.039 0.025 0.058 0.043 0.116 0.403 0.148 0.038 0.013 132 N 0.082 0.052 0.027 0.023 0.101 0.022 0.047 0.227 0.119 0.233 0.067 133 L 0.058 0.096 0.057 0.028 0.101 0.024 0.043 0.223 0.152 0.177 0.041