# TARGET T0307 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.807 0.143 0.037 0.010 0.002 0.001 0.001 2 G 0.692 0.178 0.076 0.038 0.013 0.003 0.001 3 L 0.541 0.187 0.105 0.093 0.054 0.018 0.003 4 G 0.597 0.211 0.096 0.059 0.026 0.010 0.002 5 R 0.530 0.224 0.132 0.076 0.030 0.007 0.001 6 Q 0.552 0.240 0.106 0.059 0.029 0.011 0.002 7 S 0.488 0.213 0.130 0.098 0.049 0.019 0.003 8 L 0.484 0.180 0.123 0.112 0.066 0.031 0.005 9 N 0.490 0.265 0.124 0.079 0.033 0.009 0.001 10 I 0.480 0.197 0.140 0.106 0.055 0.019 0.002 11 M 0.422 0.196 0.126 0.140 0.081 0.032 0.003 12 T 0.384 0.262 0.171 0.122 0.048 0.011 0.001 13 F 0.213 0.161 0.152 0.185 0.195 0.085 0.009 14 S 0.306 0.294 0.204 0.134 0.047 0.012 0.001 15 G 0.167 0.237 0.210 0.205 0.124 0.050 0.007 16 Q 0.133 0.210 0.196 0.201 0.170 0.078 0.012 17 E 0.022 0.060 0.117 0.230 0.297 0.229 0.045 18 L 0.016 0.046 0.087 0.156 0.278 0.345 0.072 19 T 0.024 0.098 0.156 0.260 0.286 0.154 0.022 20 A 0.006 0.025 0.063 0.179 0.279 0.333 0.115 21 I 0.001 0.002 0.005 0.022 0.092 0.412 0.467 22 I 0.001 0.005 0.017 0.071 0.206 0.469 0.231 23 K 0.003 0.021 0.072 0.233 0.364 0.277 0.031 24 M 0.001 0.004 0.013 0.065 0.266 0.497 0.155 25 A 0.001 0.001 0.002 0.012 0.066 0.468 0.450 26 K 0.003 0.029 0.102 0.275 0.331 0.227 0.033 27 S 0.004 0.044 0.145 0.348 0.319 0.123 0.016 28 M 0.002 0.009 0.020 0.058 0.199 0.524 0.189 29 V 0.005 0.023 0.068 0.175 0.314 0.348 0.066 30 M 0.044 0.142 0.214 0.264 0.198 0.114 0.025 31 A 0.030 0.053 0.090 0.220 0.329 0.225 0.053 32 D 0.055 0.121 0.206 0.261 0.216 0.120 0.021 33 G 0.218 0.295 0.207 0.166 0.078 0.030 0.005 34 K 0.241 0.366 0.224 0.115 0.042 0.010 0.001 35 I 0.058 0.124 0.205 0.328 0.231 0.052 0.003 36 K 0.252 0.378 0.248 0.098 0.021 0.003 0.001 37 P 0.648 0.271 0.063 0.014 0.002 0.001 0.001 38 A 0.372 0.377 0.181 0.057 0.011 0.002 0.001 39 E 0.039 0.079 0.135 0.283 0.337 0.122 0.005 40 I 0.038 0.109 0.265 0.319 0.210 0.056 0.003 41 A 0.172 0.431 0.275 0.097 0.019 0.004 0.001 42 V 0.048 0.110 0.187 0.284 0.274 0.093 0.005 43 M 0.021 0.023 0.036 0.131 0.358 0.390 0.041 44 T 0.050 0.210 0.319 0.298 0.104 0.019 0.002 45 R 0.175 0.394 0.272 0.113 0.038 0.007 0.001 46 E 0.070 0.096 0.143 0.244 0.278 0.158 0.010 47 F 0.087 0.105 0.193 0.337 0.219 0.056 0.002 48 M 0.442 0.380 0.129 0.037 0.010 0.002 0.001 49 R 0.384 0.282 0.183 0.108 0.035 0.007 0.001 50 F 0.132 0.142 0.203 0.292 0.176 0.052 0.003 51 G 0.380 0.293 0.170 0.095 0.048 0.013 0.001 52 I 0.284 0.232 0.187 0.180 0.093 0.023 0.002 53 L 0.243 0.264 0.203 0.172 0.087 0.029 0.003 54 Q 0.295 0.254 0.207 0.142 0.072 0.026 0.003 55 D 0.542 0.286 0.104 0.044 0.016 0.005 0.001 56 Q 0.178 0.258 0.238 0.189 0.102 0.031 0.004 57 V 0.068 0.110 0.181 0.266 0.254 0.110 0.011 58 D 0.251 0.429 0.218 0.075 0.021 0.005 0.001 59 L 0.081 0.257 0.325 0.241 0.079 0.017 0.001 60 L 0.014 0.023 0.049 0.153 0.397 0.341 0.023 61 L 0.030 0.104 0.237 0.345 0.213 0.067 0.005 62 K 0.179 0.409 0.241 0.111 0.044 0.015 0.002 63 A 0.032 0.112 0.267 0.356 0.189 0.041 0.003 64 S 0.019 0.038 0.085 0.224 0.362 0.249 0.023 65 D 0.192 0.349 0.241 0.145 0.057 0.015 0.001 66 S 0.286 0.390 0.193 0.094 0.030 0.007 0.001 67 I 0.082 0.145 0.214 0.290 0.200 0.063 0.005 68 E 0.362 0.348 0.174 0.078 0.029 0.007 0.001 69 A 0.215 0.300 0.249 0.160 0.061 0.013 0.002 70 S 0.260 0.320 0.203 0.136 0.064 0.015 0.001 71 Q 0.157 0.317 0.262 0.169 0.072 0.019 0.003 72 A 0.082 0.131 0.159 0.236 0.241 0.139 0.013 73 V 0.160 0.230 0.230 0.202 0.126 0.050 0.003 74 A 0.257 0.292 0.212 0.161 0.060 0.017 0.001 75 L 0.138 0.168 0.185 0.227 0.186 0.089 0.007 76 I 0.104 0.115 0.164 0.268 0.252 0.089 0.007 77 A 0.161 0.336 0.275 0.156 0.054 0.016 0.003 78 R 0.220 0.309 0.244 0.147 0.064 0.014 0.001 79 M 0.061 0.113 0.170 0.279 0.263 0.106 0.008 80 D 0.235 0.355 0.228 0.132 0.040 0.009 0.001 81 E 0.271 0.376 0.218 0.098 0.031 0.005 0.001 82 E 0.227 0.301 0.224 0.161 0.070 0.016 0.001 83 R 0.091 0.215 0.239 0.259 0.150 0.044 0.003 84 K 0.032 0.119 0.221 0.318 0.238 0.069 0.004 85 K 0.170 0.470 0.272 0.073 0.012 0.001 0.001 86 Y 0.030 0.150 0.293 0.351 0.146 0.028 0.002 87 V 0.005 0.011 0.018 0.085 0.363 0.486 0.032 88 A 0.007 0.062 0.226 0.413 0.250 0.040 0.001 89 S 0.045 0.423 0.361 0.142 0.026 0.003 0.001 90 Y 0.005 0.018 0.099 0.370 0.402 0.103 0.003 91 L 0.007 0.011 0.015 0.068 0.302 0.540 0.058 92 G 0.059 0.291 0.333 0.230 0.075 0.012 0.001 93 V 0.096 0.302 0.320 0.211 0.060 0.011 0.001 94 I 0.049 0.079 0.099 0.182 0.293 0.265 0.034 95 M 0.076 0.151 0.215 0.283 0.200 0.068 0.007 96 A 0.309 0.325 0.209 0.112 0.036 0.008 0.001 97 S 0.228 0.223 0.175 0.191 0.134 0.041 0.007 98 D 0.199 0.206 0.189 0.186 0.130 0.079 0.011 99 G 0.266 0.264 0.194 0.165 0.080 0.028 0.004 100 D 0.284 0.375 0.202 0.096 0.034 0.008 0.001 101 I 0.077 0.121 0.192 0.330 0.228 0.049 0.003 102 D 0.230 0.385 0.257 0.105 0.019 0.002 0.001 103 D 0.670 0.275 0.046 0.008 0.001 0.001 0.001 104 N 0.250 0.378 0.258 0.095 0.017 0.002 0.001 105 E 0.010 0.025 0.070 0.229 0.435 0.220 0.009 106 L 0.019 0.143 0.320 0.311 0.170 0.034 0.002 107 A 0.060 0.289 0.338 0.230 0.066 0.016 0.001 108 L 0.008 0.020 0.048 0.153 0.386 0.356 0.030 109 W 0.003 0.004 0.007 0.036 0.170 0.578 0.203 110 T 0.010 0.074 0.219 0.380 0.241 0.070 0.007 111 L 0.022 0.093 0.224 0.324 0.254 0.078 0.005 112 I 0.006 0.008 0.011 0.045 0.190 0.585 0.155 113 S 0.020 0.037 0.093 0.257 0.332 0.230 0.031 114 T 0.117 0.375 0.300 0.144 0.048 0.014 0.002 115 L 0.137 0.196 0.209 0.253 0.152 0.047 0.006 116 C 0.050 0.083 0.143 0.255 0.264 0.176 0.030 117 G 0.222 0.258 0.196 0.161 0.107 0.050 0.007 118 L 0.124 0.114 0.132 0.196 0.220 0.165 0.049 119 P 0.209 0.239 0.201 0.191 0.108 0.044 0.008 120 T 0.228 0.230 0.196 0.170 0.113 0.053 0.010 121 M 0.168 0.202 0.199 0.213 0.147 0.062 0.011 122 T 0.211 0.262 0.204 0.180 0.099 0.038 0.007 123 V 0.133 0.103 0.131 0.197 0.218 0.183 0.036 124 M 0.204 0.130 0.125 0.179 0.197 0.142 0.022 125 E 0.340 0.266 0.194 0.122 0.056 0.019 0.004 126 A 0.214 0.164 0.166 0.199 0.152 0.093 0.012 127 I 0.239 0.147 0.169 0.198 0.159 0.079 0.008 128 N 0.437 0.258 0.156 0.094 0.039 0.014 0.002 129 N 0.448 0.238 0.144 0.097 0.055 0.017 0.001 130 M 0.482 0.178 0.137 0.115 0.067 0.020 0.001 131 K 0.702 0.203 0.065 0.024 0.005 0.001 0.001 132 N 0.723 0.180 0.063 0.025 0.008 0.001 0.001 133 L 0.692 0.153 0.073 0.051 0.024 0.006 0.001