# TARGET T0307 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.005 0.032 0.368 0.148 0.424 2 G 0.028 0.008 0.014 0.085 0.203 0.663 3 L 0.059 0.016 0.017 0.080 0.271 0.558 4 G 0.065 0.019 0.014 0.043 0.291 0.567 5 R 0.090 0.009 0.076 0.147 0.379 0.299 6 Q 0.148 0.008 0.107 0.142 0.333 0.262 7 S 0.299 0.016 0.095 0.120 0.252 0.219 8 L 0.442 0.008 0.038 0.088 0.184 0.240 9 N 0.556 0.010 0.025 0.071 0.125 0.213 10 I 0.779 0.008 0.011 0.053 0.052 0.097 11 M 0.831 0.006 0.008 0.040 0.041 0.075 12 T 0.814 0.010 0.007 0.040 0.053 0.075 13 F 0.518 0.017 0.016 0.066 0.276 0.107 14 S 0.175 0.008 0.013 0.066 0.536 0.203 15 G 0.046 0.003 0.029 0.197 0.537 0.188 16 Q 0.132 0.015 0.047 0.455 0.237 0.113 17 E 0.113 0.011 0.031 0.695 0.045 0.105 18 L 0.072 0.002 0.026 0.841 0.023 0.036 19 T 0.060 0.001 0.017 0.861 0.027 0.036 20 A 0.076 0.001 0.014 0.878 0.019 0.012 21 I 0.100 0.001 0.009 0.859 0.019 0.011 22 I 0.092 0.001 0.011 0.861 0.026 0.009 23 K 0.102 0.001 0.012 0.832 0.036 0.017 24 M 0.070 0.002 0.015 0.810 0.052 0.050 25 A 0.050 0.003 0.022 0.783 0.072 0.069 26 K 0.041 0.002 0.026 0.778 0.090 0.064 27 S 0.070 0.002 0.022 0.728 0.087 0.091 28 M 0.168 0.005 0.024 0.593 0.077 0.133 29 V 0.289 0.016 0.023 0.449 0.079 0.144 30 M 0.354 0.018 0.028 0.267 0.237 0.095 31 A 0.237 0.016 0.033 0.186 0.405 0.124 32 D 0.054 0.006 0.031 0.090 0.655 0.165 33 G 0.062 0.007 0.027 0.024 0.656 0.223 34 K 0.169 0.024 0.012 0.011 0.282 0.501 35 I 0.248 0.083 0.008 0.012 0.157 0.493 36 K 0.173 0.018 0.005 0.011 0.163 0.630 37 P 0.149 0.005 0.077 0.147 0.237 0.385 38 A 0.216 0.003 0.110 0.314 0.179 0.179 39 E 0.359 0.005 0.087 0.378 0.097 0.073 40 I 0.505 0.006 0.028 0.330 0.057 0.074 41 A 0.576 0.003 0.015 0.300 0.042 0.064 42 V 0.592 0.005 0.016 0.279 0.036 0.072 43 M 0.522 0.011 0.010 0.245 0.054 0.158 44 T 0.272 0.008 0.012 0.282 0.094 0.332 45 R 0.041 0.002 0.042 0.805 0.062 0.048 46 E 0.043 0.002 0.049 0.784 0.083 0.039 47 F 0.032 0.002 0.056 0.815 0.071 0.024 48 M 0.043 0.003 0.034 0.816 0.062 0.042 49 R 0.026 0.003 0.022 0.853 0.054 0.043 50 F 0.025 0.001 0.019 0.816 0.054 0.085 51 G 0.065 0.003 0.026 0.361 0.148 0.397 52 I 0.137 0.030 0.034 0.335 0.136 0.327 53 L 0.137 0.016 0.050 0.340 0.171 0.286 54 Q 0.047 0.004 0.074 0.543 0.176 0.157 55 D 0.037 0.003 0.071 0.606 0.152 0.130 56 Q 0.032 0.003 0.076 0.753 0.084 0.052 57 V 0.046 0.002 0.038 0.791 0.075 0.048 58 D 0.045 0.002 0.046 0.794 0.065 0.048 59 L 0.076 0.002 0.027 0.844 0.028 0.023 60 L 0.073 0.004 0.017 0.857 0.022 0.026 61 L 0.091 0.004 0.018 0.810 0.039 0.038 62 K 0.107 0.004 0.021 0.679 0.083 0.107 63 A 0.046 0.005 0.034 0.584 0.130 0.201 64 S 0.025 0.004 0.061 0.461 0.227 0.222 65 D 0.024 0.004 0.076 0.392 0.313 0.191 66 S 0.031 0.004 0.068 0.488 0.234 0.175 67 I 0.042 0.008 0.049 0.636 0.144 0.122 68 E 0.077 0.010 0.046 0.582 0.120 0.165 69 A 0.040 0.003 0.052 0.729 0.085 0.091 70 S 0.047 0.003 0.037 0.730 0.078 0.105 71 Q 0.032 0.002 0.024 0.856 0.046 0.041 72 A 0.058 0.002 0.017 0.841 0.038 0.044 73 V 0.062 0.001 0.012 0.857 0.035 0.033 74 A 0.061 0.001 0.011 0.886 0.022 0.019 75 L 0.044 0.001 0.009 0.917 0.014 0.014 76 I 0.076 0.002 0.020 0.854 0.024 0.025 77 A 0.090 0.002 0.026 0.769 0.055 0.059 78 R 0.122 0.005 0.026 0.557 0.096 0.194 79 M 0.058 0.009 0.012 0.413 0.109 0.398 80 D 0.029 0.005 0.009 0.310 0.135 0.513 81 E 0.002 0.001 0.030 0.899 0.048 0.021 82 E 0.004 0.001 0.034 0.882 0.061 0.018 83 R 0.006 0.001 0.031 0.886 0.054 0.022 84 K 0.017 0.002 0.021 0.875 0.040 0.046 85 K 0.024 0.002 0.018 0.861 0.043 0.052 86 Y 0.060 0.003 0.018 0.819 0.049 0.051 87 V 0.069 0.003 0.018 0.796 0.054 0.059 88 A 0.115 0.004 0.043 0.722 0.068 0.048 89 S 0.129 0.003 0.070 0.605 0.109 0.085 90 Y 0.240 0.007 0.060 0.452 0.129 0.112 91 L 0.325 0.003 0.019 0.383 0.135 0.134 92 G 0.545 0.003 0.017 0.225 0.087 0.124 93 V 0.773 0.004 0.008 0.131 0.033 0.051 94 I 0.809 0.007 0.006 0.106 0.023 0.048 95 M 0.771 0.009 0.006 0.072 0.055 0.088 96 A 0.645 0.009 0.007 0.037 0.142 0.159 97 S 0.363 0.017 0.014 0.024 0.316 0.266 98 D 0.141 0.014 0.023 0.014 0.568 0.241 99 G 0.080 0.012 0.022 0.008 0.574 0.304 100 D 0.083 0.046 0.025 0.010 0.514 0.322 101 I 0.074 0.070 0.038 0.026 0.472 0.318 102 D 0.048 0.017 0.024 0.032 0.577 0.302 103 D 0.020 0.005 0.103 0.216 0.529 0.126 104 N 0.029 0.004 0.094 0.430 0.311 0.132 105 E 0.058 0.007 0.081 0.663 0.124 0.066 106 L 0.077 0.007 0.037 0.765 0.060 0.055 107 A 0.106 0.006 0.020 0.792 0.033 0.043 108 L 0.081 0.002 0.014 0.868 0.016 0.019 109 W 0.084 0.001 0.014 0.871 0.015 0.015 110 T 0.085 0.001 0.015 0.864 0.019 0.015 111 L 0.091 0.003 0.019 0.840 0.028 0.020 112 I 0.058 0.003 0.020 0.851 0.041 0.026 113 S 0.039 0.003 0.040 0.831 0.059 0.027 114 T 0.029 0.004 0.042 0.810 0.071 0.043 115 L 0.019 0.007 0.068 0.697 0.156 0.052 116 C 0.011 0.006 0.045 0.498 0.290 0.149 117 G 0.007 0.004 0.025 0.159 0.388 0.417 118 L 0.014 0.009 0.020 0.081 0.494 0.382 119 P 0.022 0.008 0.021 0.190 0.286 0.473 120 T 0.045 0.012 0.034 0.509 0.146 0.254 121 M 0.060 0.005 0.028 0.752 0.074 0.081 122 T 0.084 0.006 0.018 0.799 0.030 0.063 123 V 0.070 0.002 0.014 0.868 0.020 0.026 124 M 0.050 0.002 0.014 0.898 0.020 0.017 125 E 0.025 0.001 0.016 0.924 0.023 0.011 126 A 0.016 0.001 0.018 0.929 0.023 0.012 127 I 0.005 0.001 0.014 0.947 0.021 0.012 128 N 0.004 0.001 0.018 0.919 0.031 0.028 129 N 0.004 0.001 0.032 0.685 0.107 0.171 130 M 0.008 0.005 0.069 0.474 0.174 0.271 131 K 0.010 0.004 0.062 0.377 0.181 0.366 132 N 0.008 0.005 0.021 0.139 0.136 0.691 133 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.962