# TARGET T0307 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.235 0.125 0.063 0.123 0.091 0.083 0.095 0.060 0.058 0.039 0.026 2 G 0.411 0.185 0.057 0.109 0.075 0.052 0.046 0.024 0.020 0.013 0.009 3 L 0.139 0.102 0.040 0.095 0.091 0.100 0.136 0.097 0.094 0.065 0.041 4 G 0.321 0.225 0.053 0.119 0.082 0.062 0.053 0.029 0.026 0.017 0.013 5 R 0.181 0.125 0.076 0.166 0.139 0.104 0.086 0.047 0.036 0.024 0.016 6 Q 0.240 0.136 0.078 0.137 0.108 0.093 0.087 0.045 0.039 0.023 0.015 7 S 0.087 0.113 0.084 0.182 0.126 0.103 0.111 0.067 0.058 0.039 0.029 8 L 0.049 0.036 0.028 0.064 0.060 0.084 0.151 0.132 0.162 0.140 0.093 9 N 0.141 0.169 0.168 0.192 0.121 0.076 0.061 0.028 0.022 0.014 0.009 10 I 0.035 0.054 0.063 0.113 0.082 0.084 0.145 0.113 0.128 0.103 0.079 11 M 0.062 0.058 0.059 0.103 0.102 0.113 0.150 0.102 0.108 0.081 0.062 12 T 0.075 0.138 0.116 0.246 0.167 0.103 0.081 0.033 0.023 0.012 0.007 13 F 0.024 0.031 0.044 0.057 0.071 0.100 0.178 0.136 0.158 0.117 0.084 14 S 0.133 0.278 0.110 0.199 0.106 0.068 0.057 0.022 0.014 0.008 0.005 15 G 0.432 0.144 0.047 0.106 0.086 0.070 0.059 0.025 0.016 0.010 0.006 16 Q 0.329 0.196 0.106 0.150 0.092 0.053 0.041 0.015 0.009 0.004 0.003 17 E 0.081 0.183 0.122 0.219 0.148 0.109 0.079 0.028 0.018 0.009 0.005 18 L 0.011 0.010 0.014 0.028 0.033 0.060 0.160 0.157 0.202 0.182 0.143 19 T 0.099 0.090 0.160 0.220 0.173 0.123 0.082 0.025 0.016 0.007 0.003 20 A 0.022 0.061 0.273 0.220 0.138 0.104 0.094 0.037 0.026 0.015 0.008 21 I 0.010 0.014 0.054 0.055 0.045 0.060 0.159 0.134 0.177 0.161 0.132 22 I 0.006 0.012 0.072 0.050 0.049 0.091 0.225 0.154 0.155 0.120 0.066 23 K 0.014 0.042 0.515 0.204 0.115 0.058 0.031 0.010 0.006 0.003 0.001 24 M 0.013 0.035 0.207 0.085 0.082 0.111 0.192 0.097 0.087 0.058 0.033 25 A 0.021 0.043 0.098 0.079 0.050 0.061 0.147 0.120 0.158 0.136 0.087 26 K 0.082 0.098 0.215 0.182 0.140 0.115 0.090 0.033 0.024 0.014 0.007 27 S 0.120 0.130 0.349 0.165 0.085 0.053 0.046 0.021 0.016 0.009 0.006 28 M 0.075 0.073 0.117 0.115 0.093 0.102 0.157 0.090 0.086 0.058 0.034 29 V 0.062 0.074 0.068 0.088 0.084 0.105 0.153 0.095 0.103 0.087 0.081 30 M 0.044 0.074 0.124 0.144 0.129 0.115 0.124 0.075 0.073 0.055 0.044 31 A 0.095 0.093 0.132 0.126 0.106 0.104 0.126 0.068 0.064 0.046 0.040 32 D 0.230 0.178 0.094 0.197 0.117 0.072 0.056 0.024 0.016 0.010 0.007 33 G 0.450 0.141 0.053 0.089 0.068 0.059 0.057 0.028 0.024 0.017 0.013 34 K 0.204 0.262 0.125 0.212 0.102 0.048 0.027 0.009 0.006 0.003 0.002 35 I 0.020 0.013 0.008 0.019 0.025 0.040 0.098 0.116 0.201 0.222 0.239 36 K 0.144 0.380 0.109 0.202 0.087 0.040 0.022 0.007 0.005 0.002 0.002 37 P 0.229 0.140 0.066 0.154 0.122 0.091 0.085 0.045 0.034 0.022 0.013 38 A 0.268 0.108 0.049 0.103 0.099 0.098 0.107 0.059 0.052 0.033 0.024 39 E 0.123 0.159 0.125 0.251 0.135 0.085 0.068 0.025 0.016 0.008 0.005 40 I 0.030 0.028 0.032 0.062 0.062 0.083 0.165 0.145 0.168 0.135 0.090 41 A 0.077 0.087 0.124 0.150 0.122 0.120 0.126 0.069 0.062 0.040 0.024 42 V 0.065 0.075 0.155 0.153 0.113 0.102 0.129 0.072 0.067 0.045 0.025 43 M 0.037 0.049 0.063 0.090 0.093 0.117 0.174 0.115 0.115 0.086 0.061 44 T 0.039 0.101 0.105 0.158 0.114 0.103 0.139 0.085 0.079 0.051 0.028 45 R 0.143 0.090 0.147 0.173 0.140 0.112 0.095 0.042 0.032 0.018 0.008 46 E 0.164 0.135 0.214 0.166 0.106 0.080 0.071 0.029 0.020 0.010 0.005 47 F 0.046 0.052 0.125 0.121 0.079 0.088 0.151 0.106 0.110 0.077 0.045 48 M 0.039 0.047 0.113 0.103 0.089 0.099 0.154 0.108 0.110 0.082 0.055 49 R 0.035 0.097 0.273 0.185 0.141 0.104 0.085 0.035 0.025 0.013 0.006 50 F 0.030 0.047 0.101 0.120 0.101 0.114 0.174 0.104 0.102 0.069 0.037 51 G 0.218 0.118 0.097 0.119 0.089 0.084 0.107 0.059 0.051 0.035 0.024 52 I 0.068 0.079 0.095 0.107 0.093 0.099 0.156 0.097 0.096 0.065 0.044 53 L 0.041 0.072 0.092 0.107 0.082 0.090 0.151 0.103 0.115 0.087 0.058 54 Q 0.118 0.122 0.136 0.190 0.155 0.121 0.090 0.033 0.021 0.010 0.004 55 D 0.257 0.148 0.181 0.134 0.088 0.069 0.064 0.028 0.018 0.009 0.005 56 Q 0.046 0.080 0.132 0.140 0.101 0.104 0.148 0.083 0.081 0.053 0.031 57 V 0.021 0.026 0.057 0.053 0.049 0.078 0.185 0.143 0.161 0.136 0.092 58 D 0.085 0.100 0.321 0.258 0.126 0.056 0.030 0.010 0.007 0.004 0.002 59 L 0.020 0.044 0.133 0.105 0.097 0.122 0.194 0.109 0.090 0.056 0.029 60 L 0.021 0.027 0.109 0.094 0.068 0.069 0.133 0.111 0.144 0.123 0.101 61 L 0.014 0.023 0.079 0.059 0.075 0.114 0.221 0.133 0.125 0.093 0.064 62 K 0.027 0.097 0.441 0.229 0.112 0.053 0.026 0.008 0.005 0.002 0.001 63 A 0.046 0.051 0.080 0.079 0.079 0.107 0.184 0.111 0.109 0.089 0.065 64 S 0.211 0.161 0.103 0.134 0.093 0.077 0.090 0.047 0.040 0.026 0.018 65 D 0.271 0.198 0.137 0.147 0.090 0.063 0.048 0.019 0.014 0.008 0.005 66 S 0.223 0.199 0.115 0.159 0.097 0.069 0.059 0.028 0.023 0.015 0.011 67 I 0.134 0.067 0.046 0.081 0.086 0.100 0.146 0.100 0.106 0.077 0.057 68 E 0.239 0.276 0.142 0.164 0.083 0.045 0.029 0.010 0.007 0.004 0.003 69 A 0.071 0.067 0.074 0.116 0.115 0.133 0.158 0.092 0.083 0.056 0.035 70 S 0.244 0.109 0.126 0.117 0.092 0.087 0.099 0.048 0.040 0.024 0.016 71 Q 0.069 0.102 0.202 0.219 0.143 0.110 0.084 0.032 0.022 0.012 0.006 72 A 0.021 0.033 0.119 0.073 0.060 0.078 0.151 0.115 0.146 0.122 0.082 73 V 0.027 0.031 0.143 0.116 0.084 0.100 0.168 0.105 0.104 0.077 0.044 74 A 0.029 0.049 0.356 0.147 0.111 0.097 0.102 0.046 0.035 0.019 0.009 75 L 0.010 0.025 0.160 0.095 0.078 0.103 0.195 0.112 0.110 0.073 0.040 76 I 0.008 0.016 0.101 0.063 0.055 0.069 0.178 0.142 0.168 0.127 0.072 77 A 0.030 0.042 0.242 0.104 0.093 0.107 0.161 0.084 0.070 0.044 0.022 78 R 0.032 0.062 0.339 0.172 0.133 0.105 0.090 0.032 0.021 0.010 0.004 79 M 0.022 0.049 0.085 0.057 0.050 0.072 0.156 0.120 0.152 0.139 0.098 80 D 0.087 0.204 0.185 0.175 0.127 0.093 0.078 0.026 0.016 0.007 0.002 81 E 0.574 0.117 0.183 0.071 0.028 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 82 E 0.323 0.136 0.179 0.143 0.076 0.053 0.051 0.018 0.012 0.005 0.003 83 R 0.016 0.022 0.048 0.065 0.084 0.155 0.261 0.141 0.110 0.064 0.033 84 K 0.037 0.056 0.248 0.228 0.173 0.125 0.084 0.026 0.015 0.007 0.003 85 K 0.036 0.079 0.652 0.139 0.058 0.023 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.014 0.033 0.075 0.096 0.117 0.178 0.252 0.105 0.077 0.037 0.015 87 V 0.024 0.035 0.047 0.072 0.067 0.090 0.198 0.142 0.148 0.109 0.067 88 A 0.045 0.048 0.197 0.116 0.136 0.143 0.156 0.069 0.049 0.027 0.013 89 S 0.046 0.084 0.311 0.195 0.131 0.095 0.074 0.027 0.019 0.011 0.006 90 Y 0.023 0.038 0.060 0.070 0.051 0.072 0.179 0.143 0.167 0.129 0.069 91 L 0.024 0.043 0.071 0.085 0.053 0.062 0.127 0.115 0.161 0.151 0.108 92 G 0.055 0.083 0.161 0.112 0.092 0.092 0.120 0.081 0.086 0.069 0.049 93 V 0.021 0.031 0.072 0.085 0.069 0.076 0.153 0.126 0.146 0.124 0.097 94 I 0.022 0.026 0.042 0.049 0.046 0.062 0.148 0.136 0.173 0.162 0.134 95 M 0.024 0.045 0.060 0.111 0.111 0.127 0.164 0.101 0.108 0.080 0.068 96 A 0.026 0.039 0.048 0.078 0.086 0.105 0.173 0.126 0.133 0.102 0.083 97 S 0.147 0.142 0.113 0.171 0.130 0.108 0.094 0.039 0.028 0.017 0.012 98 D 0.283 0.197 0.097 0.179 0.100 0.058 0.045 0.018 0.011 0.007 0.005 99 G 0.380 0.161 0.057 0.104 0.079 0.063 0.060 0.030 0.027 0.021 0.018 100 D 0.136 0.284 0.109 0.233 0.114 0.057 0.036 0.013 0.009 0.005 0.004 101 I 0.034 0.023 0.010 0.034 0.048 0.065 0.132 0.129 0.178 0.174 0.172 102 D 0.223 0.342 0.107 0.179 0.078 0.036 0.019 0.007 0.004 0.002 0.002 103 D 0.221 0.189 0.091 0.228 0.129 0.064 0.043 0.016 0.010 0.005 0.003 104 N 0.385 0.174 0.059 0.116 0.086 0.069 0.055 0.023 0.018 0.010 0.006 105 E 0.092 0.096 0.080 0.205 0.163 0.148 0.123 0.045 0.028 0.013 0.006 106 L 0.073 0.045 0.083 0.100 0.093 0.115 0.188 0.107 0.095 0.061 0.039 107 A 0.061 0.074 0.191 0.160 0.126 0.129 0.130 0.055 0.040 0.022 0.013 108 L 0.018 0.031 0.098 0.100 0.081 0.102 0.192 0.114 0.125 0.093 0.047 109 W 0.027 0.034 0.134 0.094 0.073 0.095 0.160 0.100 0.114 0.099 0.068 110 T 0.033 0.057 0.265 0.164 0.125 0.106 0.107 0.054 0.043 0.029 0.017 111 L 0.020 0.052 0.198 0.096 0.051 0.056 0.132 0.098 0.127 0.105 0.065 112 I 0.021 0.057 0.178 0.099 0.045 0.044 0.112 0.096 0.138 0.126 0.083 113 S 0.053 0.084 0.200 0.134 0.117 0.112 0.120 0.065 0.054 0.038 0.023 114 T 0.105 0.114 0.251 0.152 0.101 0.081 0.091 0.043 0.031 0.019 0.012 115 L 0.068 0.073 0.121 0.115 0.074 0.076 0.144 0.092 0.101 0.081 0.056 116 C 0.085 0.108 0.100 0.101 0.075 0.093 0.140 0.083 0.089 0.071 0.056 117 G 0.265 0.199 0.153 0.136 0.080 0.055 0.045 0.022 0.020 0.014 0.012 118 L 0.104 0.081 0.060 0.086 0.078 0.084 0.140 0.105 0.110 0.083 0.070 119 P 0.266 0.189 0.079 0.129 0.093 0.079 0.074 0.033 0.028 0.018 0.012 120 T 0.171 0.159 0.066 0.154 0.122 0.102 0.094 0.049 0.039 0.026 0.018 121 M 0.145 0.071 0.059 0.086 0.086 0.101 0.147 0.097 0.097 0.067 0.043 122 T 0.102 0.229 0.135 0.229 0.122 0.074 0.053 0.022 0.017 0.010 0.007 123 V 0.027 0.037 0.038 0.070 0.064 0.077 0.157 0.147 0.171 0.129 0.082 124 M 0.091 0.050 0.095 0.121 0.126 0.146 0.173 0.079 0.067 0.036 0.017 125 E 0.050 0.096 0.383 0.250 0.113 0.055 0.033 0.011 0.006 0.003 0.001 126 A 0.010 0.021 0.101 0.073 0.069 0.103 0.208 0.135 0.133 0.092 0.056 127 I 0.007 0.016 0.092 0.056 0.045 0.065 0.160 0.135 0.172 0.149 0.103 128 N 0.041 0.084 0.461 0.191 0.107 0.058 0.035 0.011 0.007 0.004 0.001 129 N 0.075 0.132 0.263 0.190 0.125 0.094 0.072 0.024 0.015 0.007 0.004 130 M 0.063 0.046 0.045 0.055 0.052 0.073 0.164 0.137 0.155 0.126 0.083 131 K 0.267 0.160 0.134 0.151 0.105 0.078 0.062 0.020 0.013 0.007 0.004 132 N 0.209 0.199 0.220 0.146 0.084 0.057 0.040 0.017 0.014 0.008 0.004 133 L 0.185 0.098 0.074 0.100 0.079 0.087 0.113 0.077 0.083 0.062 0.042