# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.103 0.007 0.023 0.029 0.040 0.062 0.011 0.001 0.003 0.608 2 G 0.159 0.032 0.007 0.014 0.016 0.018 0.075 0.011 0.001 0.008 0.661 3 L 0.155 0.019 0.090 0.023 0.016 0.029 0.090 0.002 0.001 0.010 0.564 4 G 0.023 0.007 0.004 0.027 0.027 0.029 0.166 0.002 0.001 0.002 0.713 5 R 0.065 0.008 0.009 0.033 0.019 0.033 0.053 0.001 0.001 0.006 0.775 6 Q 0.022 0.021 0.001 0.052 0.057 0.087 0.184 0.001 0.001 0.004 0.571 7 S 0.081 0.035 0.002 0.077 0.070 0.120 0.153 0.002 0.001 0.017 0.444 8 L 0.091 0.084 0.004 0.125 0.097 0.164 0.077 0.004 0.001 0.012 0.342 9 N 0.075 0.065 0.005 0.130 0.177 0.194 0.118 0.005 0.001 0.012 0.219 10 I 0.098 0.064 0.014 0.116 0.117 0.181 0.062 0.006 0.001 0.010 0.333 11 M 0.022 0.034 0.006 0.203 0.275 0.296 0.049 0.004 0.001 0.003 0.108 12 T 0.034 0.038 0.009 0.106 0.100 0.165 0.110 0.005 0.001 0.005 0.428 13 F 0.030 0.032 0.009 0.182 0.177 0.274 0.068 0.003 0.001 0.005 0.221 14 S 0.021 0.018 0.003 0.049 0.044 0.085 0.236 0.002 0.001 0.007 0.535 15 G 0.055 0.014 0.005 0.026 0.018 0.029 0.158 0.002 0.001 0.016 0.677 16 Q 0.089 0.031 0.009 0.023 0.012 0.020 0.287 0.001 0.001 0.020 0.508 17 E 0.066 0.053 0.006 0.016 0.016 0.024 0.351 0.002 0.001 0.016 0.450 18 L 0.063 0.267 0.005 0.031 0.031 0.069 0.133 0.002 0.001 0.009 0.389 19 T 0.028 0.563 0.002 0.015 0.019 0.039 0.059 0.002 0.001 0.003 0.269 20 A 0.019 0.636 0.001 0.004 0.014 0.016 0.040 0.002 0.001 0.001 0.267 21 I 0.021 0.866 0.002 0.003 0.007 0.018 0.017 0.002 0.001 0.001 0.064 22 I 0.012 0.927 0.002 0.004 0.009 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.021 23 K 0.015 0.944 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.027 24 M 0.036 0.897 0.004 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.049 25 A 0.028 0.911 0.007 0.002 0.002 0.004 0.003 0.009 0.001 0.001 0.033 26 K 0.030 0.846 0.009 0.004 0.005 0.012 0.006 0.027 0.001 0.002 0.060 27 S 0.061 0.777 0.017 0.004 0.005 0.013 0.009 0.026 0.001 0.001 0.087 28 M 0.138 0.588 0.006 0.008 0.021 0.010 0.008 0.057 0.001 0.001 0.163 29 V 0.140 0.575 0.035 0.020 0.019 0.027 0.021 0.014 0.001 0.002 0.147 30 M 0.028 0.425 0.030 0.050 0.105 0.167 0.050 0.011 0.001 0.002 0.134 31 A 0.044 0.346 0.004 0.037 0.058 0.082 0.055 0.008 0.001 0.002 0.364 32 D 0.123 0.193 0.004 0.029 0.034 0.049 0.102 0.013 0.001 0.006 0.447 33 G 0.301 0.077 0.020 0.024 0.021 0.022 0.163 0.014 0.001 0.025 0.333 34 K 0.232 0.046 0.076 0.026 0.014 0.016 0.229 0.006 0.001 0.017 0.336 35 I 0.088 0.038 0.070 0.069 0.037 0.075 0.124 0.003 0.001 0.011 0.484 36 K 0.031 0.022 0.005 0.127 0.101 0.176 0.133 0.001 0.001 0.002 0.401 37 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 38 A 0.016 0.017 0.001 0.087 0.086 0.308 0.106 0.001 0.001 0.005 0.375 39 E 0.059 0.034 0.001 0.041 0.043 0.115 0.126 0.002 0.001 0.008 0.571 40 I 0.100 0.265 0.001 0.129 0.110 0.139 0.033 0.003 0.001 0.003 0.216 41 A 0.060 0.408 0.004 0.094 0.050 0.114 0.051 0.003 0.001 0.003 0.214 42 V 0.052 0.459 0.004 0.082 0.049 0.083 0.041 0.008 0.001 0.002 0.220 43 M 0.066 0.508 0.018 0.061 0.054 0.104 0.049 0.008 0.001 0.004 0.129 44 T 0.046 0.505 0.013 0.033 0.039 0.069 0.084 0.009 0.001 0.002 0.200 45 R 0.019 0.296 0.006 0.034 0.031 0.037 0.036 0.006 0.001 0.002 0.534 46 E 0.038 0.263 0.007 0.007 0.012 0.019 0.164 0.003 0.001 0.008 0.480 47 F 0.113 0.439 0.008 0.013 0.025 0.050 0.156 0.014 0.001 0.013 0.168 48 M 0.060 0.792 0.005 0.015 0.013 0.024 0.013 0.008 0.001 0.002 0.068 49 R 0.057 0.713 0.005 0.004 0.007 0.015 0.010 0.010 0.001 0.002 0.176 50 F 0.100 0.648 0.009 0.011 0.015 0.027 0.007 0.024 0.001 0.001 0.157 51 G 0.171 0.401 0.013 0.018 0.021 0.015 0.020 0.044 0.001 0.002 0.296 52 I 0.083 0.327 0.139 0.029 0.029 0.043 0.042 0.006 0.001 0.003 0.300 53 L 0.023 0.240 0.008 0.078 0.085 0.182 0.083 0.007 0.001 0.002 0.292 54 Q 0.088 0.253 0.006 0.055 0.028 0.065 0.069 0.006 0.001 0.005 0.424 55 D 0.090 0.305 0.008 0.015 0.009 0.019 0.080 0.005 0.001 0.004 0.464 56 Q 0.124 0.234 0.012 0.024 0.019 0.025 0.143 0.016 0.001 0.013 0.390 57 V 0.122 0.374 0.019 0.026 0.016 0.031 0.125 0.007 0.001 0.013 0.266 58 D 0.026 0.488 0.006 0.016 0.023 0.033 0.078 0.007 0.001 0.003 0.322 59 L 0.045 0.662 0.003 0.008 0.021 0.019 0.023 0.005 0.001 0.002 0.212 60 L 0.058 0.758 0.005 0.005 0.013 0.028 0.028 0.005 0.001 0.003 0.097 61 L 0.055 0.719 0.008 0.010 0.033 0.058 0.022 0.015 0.001 0.002 0.077 62 K 0.083 0.702 0.010 0.011 0.015 0.028 0.011 0.018 0.001 0.002 0.121 63 A 0.117 0.508 0.021 0.013 0.019 0.027 0.019 0.037 0.001 0.002 0.236 64 S 0.104 0.294 0.030 0.026 0.016 0.027 0.066 0.040 0.001 0.005 0.392 65 D 0.085 0.121 0.028 0.011 0.006 0.008 0.125 0.016 0.001 0.006 0.593 66 S 0.123 0.196 0.023 0.010 0.005 0.007 0.198 0.007 0.001 0.009 0.421 67 I 0.110 0.251 0.008 0.011 0.008 0.011 0.234 0.006 0.001 0.012 0.348 68 E 0.073 0.462 0.010 0.009 0.008 0.013 0.165 0.003 0.001 0.006 0.250 69 A 0.049 0.644 0.004 0.004 0.005 0.009 0.038 0.004 0.001 0.002 0.240 70 S 0.054 0.738 0.002 0.003 0.005 0.007 0.021 0.008 0.001 0.003 0.158 71 Q 0.077 0.670 0.006 0.002 0.004 0.005 0.038 0.013 0.001 0.004 0.181 72 A 0.032 0.846 0.008 0.002 0.003 0.005 0.020 0.008 0.001 0.001 0.074 73 V 0.015 0.909 0.003 0.004 0.005 0.007 0.008 0.009 0.001 0.001 0.041 74 A 0.013 0.926 0.002 0.003 0.003 0.006 0.006 0.005 0.001 0.001 0.035 75 L 0.012 0.942 0.002 0.002 0.003 0.006 0.002 0.006 0.001 0.001 0.023 76 I 0.022 0.934 0.003 0.003 0.003 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 0.019 77 A 0.026 0.896 0.005 0.005 0.004 0.009 0.003 0.018 0.001 0.001 0.034 78 R 0.103 0.704 0.014 0.008 0.006 0.009 0.006 0.056 0.001 0.001 0.093 79 M 0.163 0.565 0.076 0.010 0.007 0.013 0.024 0.022 0.001 0.002 0.118 80 D 0.042 0.403 0.020 0.020 0.010 0.015 0.079 0.022 0.001 0.001 0.388 81 E 0.021 0.190 0.009 0.006 0.003 0.003 0.054 0.004 0.001 0.002 0.708 82 E 0.044 0.247 0.004 0.003 0.003 0.005 0.339 0.004 0.001 0.010 0.342 83 R 0.142 0.462 0.006 0.004 0.004 0.009 0.195 0.011 0.001 0.011 0.155 84 K 0.041 0.872 0.004 0.002 0.001 0.003 0.007 0.003 0.001 0.001 0.066 85 K 0.035 0.866 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.085 86 Y 0.074 0.811 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.095 87 V 0.051 0.856 0.007 0.002 0.003 0.004 0.004 0.011 0.001 0.001 0.063 88 A 0.028 0.810 0.008 0.006 0.012 0.019 0.013 0.012 0.001 0.001 0.090 89 S 0.041 0.743 0.005 0.008 0.012 0.026 0.023 0.013 0.001 0.002 0.128 90 Y 0.143 0.634 0.012 0.008 0.011 0.014 0.018 0.023 0.001 0.002 0.136 91 L 0.095 0.597 0.028 0.023 0.027 0.042 0.025 0.022 0.001 0.005 0.137 92 G 0.097 0.235 0.034 0.040 0.085 0.115 0.063 0.041 0.001 0.012 0.276 93 V 0.122 0.205 0.106 0.067 0.117 0.140 0.031 0.011 0.001 0.004 0.197 94 I 0.023 0.110 0.008 0.150 0.225 0.242 0.026 0.010 0.001 0.002 0.203 95 M 0.031 0.060 0.009 0.129 0.156 0.248 0.036 0.006 0.001 0.003 0.322 96 A 0.024 0.046 0.005 0.157 0.179 0.321 0.054 0.006 0.001 0.003 0.204 97 S 0.046 0.034 0.005 0.079 0.076 0.144 0.170 0.007 0.001 0.009 0.431 98 D 0.057 0.014 0.006 0.034 0.026 0.042 0.150 0.004 0.001 0.017 0.649 99 G 0.149 0.012 0.010 0.025 0.027 0.030 0.308 0.005 0.001 0.035 0.398 100 D 0.189 0.011 0.014 0.011 0.014 0.015 0.369 0.003 0.001 0.025 0.349 101 I 0.064 0.018 0.024 0.029 0.032 0.040 0.150 0.001 0.001 0.010 0.632 102 D 0.033 0.013 0.002 0.017 0.026 0.039 0.462 0.001 0.001 0.009 0.399 103 D 0.058 0.012 0.003 0.007 0.007 0.009 0.128 0.001 0.001 0.013 0.761 104 N 0.043 0.033 0.002 0.004 0.006 0.010 0.484 0.001 0.001 0.022 0.395 105 E 0.049 0.036 0.002 0.005 0.005 0.007 0.677 0.003 0.001 0.042 0.175 106 L 0.069 0.389 0.005 0.014 0.010 0.015 0.242 0.004 0.001 0.018 0.233 107 A 0.025 0.690 0.003 0.011 0.019 0.030 0.104 0.005 0.001 0.007 0.104 108 L 0.022 0.867 0.002 0.003 0.009 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 0.062 109 W 0.014 0.925 0.001 0.003 0.008 0.014 0.002 0.006 0.001 0.001 0.027 110 T 0.019 0.891 0.002 0.002 0.006 0.006 0.003 0.009 0.001 0.001 0.060 111 L 0.026 0.868 0.006 0.005 0.009 0.014 0.006 0.012 0.001 0.001 0.053 112 I 0.022 0.854 0.007 0.013 0.013 0.026 0.010 0.015 0.001 0.001 0.039 113 S 0.029 0.772 0.005 0.017 0.019 0.027 0.014 0.021 0.001 0.001 0.095 114 T 0.080 0.722 0.009 0.009 0.010 0.012 0.016 0.012 0.001 0.001 0.129 115 L 0.172 0.538 0.020 0.009 0.014 0.014 0.026 0.024 0.001 0.003 0.178 116 C 0.116 0.420 0.050 0.025 0.022 0.043 0.065 0.023 0.001 0.006 0.230 117 G 0.146 0.137 0.035 0.020 0.018 0.023 0.046 0.033 0.001 0.006 0.536 118 L 0.220 0.096 0.105 0.041 0.016 0.047 0.053 0.005 0.001 0.006 0.409 119 P 0.002 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.979 120 T 0.044 0.017 0.003 0.058 0.019 0.047 0.098 0.001 0.001 0.004 0.708 121 M 0.142 0.091 0.004 0.056 0.016 0.045 0.082 0.002 0.001 0.006 0.557 122 T 0.071 0.305 0.001 0.062 0.029 0.036 0.105 0.002 0.001 0.002 0.385 123 V 0.050 0.421 0.004 0.028 0.012 0.035 0.082 0.001 0.001 0.003 0.363 124 M 0.016 0.726 0.001 0.028 0.018 0.036 0.036 0.002 0.001 0.001 0.134 125 E 0.017 0.741 0.001 0.006 0.009 0.016 0.049 0.004 0.001 0.002 0.156 126 A 0.021 0.897 0.002 0.003 0.005 0.008 0.009 0.004 0.001 0.001 0.051 127 I 0.027 0.922 0.002 0.001 0.003 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.027 128 N 0.030 0.894 0.005 0.001 0.004 0.005 0.007 0.011 0.001 0.001 0.042 129 N 0.104 0.684 0.008 0.001 0.003 0.002 0.007 0.046 0.001 0.001 0.142 130 M 0.163 0.641 0.097 0.001 0.002 0.003 0.013 0.011 0.001 0.004 0.064 131 K 0.047 0.436 0.033 0.011 0.015 0.019 0.078 0.049 0.001 0.004 0.309 132 N 0.172 0.233 0.028 0.014 0.013 0.013 0.061 0.043 0.001 0.007 0.417 133 L 0.256 0.255 0.042 0.015 0.010 0.013 0.039 0.014 0.001 0.007 0.348