# TARGET T0307 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.253 0.164 0.188 0.289 0.038 0.015 0.022 0.005 0.021 0.003 0.001 2 G 0.110 0.030 0.093 0.040 0.096 0.014 0.170 0.234 0.011 0.201 0.001 3 L 0.245 0.181 0.250 0.241 0.031 0.021 0.011 0.002 0.016 0.003 0.001 4 G 0.119 0.034 0.110 0.050 0.119 0.013 0.071 0.224 0.007 0.253 0.001 5 R 0.332 0.233 0.202 0.109 0.042 0.034 0.014 0.004 0.024 0.003 0.002 6 Q 0.242 0.307 0.261 0.079 0.039 0.024 0.018 0.004 0.022 0.003 0.001 7 S 0.177 0.295 0.318 0.057 0.047 0.054 0.016 0.004 0.027 0.003 0.003 8 L 0.196 0.439 0.195 0.058 0.059 0.019 0.009 0.002 0.021 0.002 0.001 9 N 0.178 0.193 0.273 0.050 0.040 0.152 0.059 0.005 0.046 0.003 0.002 10 I 0.246 0.463 0.164 0.045 0.028 0.026 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 11 M 0.293 0.374 0.170 0.056 0.044 0.035 0.004 0.001 0.022 0.002 0.001 12 T 0.201 0.460 0.181 0.048 0.053 0.029 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 13 F 0.264 0.302 0.172 0.114 0.044 0.035 0.021 0.003 0.041 0.004 0.001 14 S 0.172 0.147 0.349 0.145 0.047 0.020 0.046 0.005 0.036 0.030 0.001 15 G 0.163 0.004 0.030 0.029 0.027 0.004 0.110 0.505 0.002 0.125 0.001 16 Q 0.615 0.087 0.170 0.075 0.014 0.018 0.008 0.003 0.007 0.003 0.001 17 E 0.555 0.107 0.218 0.044 0.007 0.040 0.006 0.002 0.015 0.001 0.003 18 L 0.776 0.063 0.099 0.021 0.004 0.027 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 19 T 0.914 0.032 0.017 0.027 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.929 0.027 0.015 0.007 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.950 0.018 0.009 0.015 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 I 0.939 0.023 0.013 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 23 K 0.938 0.013 0.013 0.024 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 24 M 0.857 0.022 0.021 0.082 0.004 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 25 A 0.797 0.032 0.062 0.068 0.010 0.009 0.010 0.005 0.005 0.003 0.001 26 K 0.829 0.030 0.053 0.057 0.010 0.006 0.010 0.002 0.002 0.002 0.001 27 S 0.658 0.042 0.054 0.185 0.025 0.009 0.011 0.009 0.004 0.002 0.001 28 M 0.500 0.165 0.145 0.110 0.024 0.026 0.007 0.002 0.019 0.001 0.001 29 V 0.358 0.337 0.154 0.057 0.017 0.045 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 30 M 0.254 0.282 0.264 0.074 0.026 0.052 0.008 0.001 0.037 0.002 0.001 31 A 0.467 0.174 0.182 0.057 0.045 0.021 0.012 0.006 0.022 0.013 0.001 32 D 0.158 0.038 0.137 0.379 0.013 0.030 0.199 0.005 0.035 0.005 0.001 33 G 0.021 0.003 0.022 0.012 0.036 0.001 0.086 0.675 0.001 0.143 0.001 34 K 0.156 0.302 0.324 0.128 0.031 0.033 0.009 0.001 0.014 0.002 0.001 35 I 0.041 0.407 0.436 0.019 0.017 0.041 0.006 0.001 0.029 0.001 0.001 36 K 0.025 0.301 0.512 0.002 0.017 0.033 0.008 0.001 0.100 0.001 0.001 37 P 0.195 0.006 0.733 0.008 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 38 A 0.555 0.098 0.190 0.052 0.049 0.014 0.012 0.015 0.008 0.006 0.002 39 E 0.394 0.194 0.271 0.059 0.026 0.032 0.005 0.002 0.013 0.002 0.002 40 I 0.310 0.406 0.173 0.037 0.023 0.023 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 41 A 0.471 0.197 0.211 0.027 0.030 0.039 0.005 0.003 0.013 0.003 0.001 42 V 0.351 0.410 0.088 0.055 0.042 0.026 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 43 M 0.416 0.248 0.167 0.059 0.045 0.032 0.007 0.002 0.020 0.003 0.001 44 T 0.498 0.167 0.200 0.047 0.029 0.030 0.005 0.002 0.017 0.003 0.001 45 R 0.864 0.033 0.038 0.024 0.008 0.008 0.010 0.006 0.005 0.002 0.001 46 E 0.913 0.024 0.033 0.017 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 47 F 0.927 0.016 0.014 0.029 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 48 M 0.859 0.055 0.029 0.039 0.006 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 49 R 0.869 0.035 0.031 0.042 0.004 0.009 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 50 F 0.721 0.031 0.036 0.187 0.006 0.003 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 51 G 0.478 0.013 0.031 0.031 0.040 0.007 0.091 0.254 0.005 0.050 0.001 52 I 0.759 0.085 0.069 0.053 0.009 0.015 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 53 L 0.698 0.053 0.109 0.081 0.004 0.037 0.004 0.001 0.009 0.002 0.001 54 Q 0.833 0.041 0.048 0.040 0.009 0.010 0.009 0.001 0.005 0.003 0.001 55 D 0.731 0.025 0.034 0.106 0.017 0.017 0.051 0.012 0.006 0.001 0.001 56 Q 0.774 0.026 0.020 0.137 0.005 0.020 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 57 V 0.660 0.148 0.091 0.056 0.012 0.017 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 58 D 0.882 0.017 0.024 0.036 0.004 0.013 0.018 0.001 0.004 0.001 0.001 59 L 0.849 0.070 0.024 0.035 0.011 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 60 L 0.829 0.060 0.038 0.052 0.005 0.008 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 61 L 0.700 0.103 0.097 0.044 0.014 0.022 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 62 K 0.593 0.088 0.152 0.100 0.012 0.024 0.014 0.004 0.011 0.002 0.001 63 A 0.579 0.056 0.157 0.123 0.018 0.023 0.015 0.006 0.015 0.009 0.001 64 S 0.603 0.060 0.105 0.144 0.031 0.014 0.016 0.008 0.010 0.010 0.001 65 D 0.489 0.035 0.081 0.259 0.024 0.024 0.066 0.008 0.010 0.003 0.001 66 S 0.534 0.083 0.102 0.189 0.031 0.018 0.016 0.012 0.012 0.003 0.001 67 I 0.445 0.232 0.192 0.053 0.023 0.023 0.007 0.002 0.021 0.002 0.001 68 E 0.540 0.124 0.206 0.053 0.011 0.032 0.010 0.002 0.017 0.003 0.001 69 A 0.757 0.055 0.097 0.036 0.018 0.012 0.010 0.005 0.006 0.004 0.001 70 S 0.816 0.035 0.057 0.055 0.011 0.009 0.007 0.005 0.003 0.003 0.001 71 Q 0.809 0.052 0.039 0.054 0.012 0.010 0.013 0.003 0.008 0.001 0.001 72 A 0.889 0.031 0.043 0.021 0.004 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 V 0.879 0.063 0.022 0.021 0.005 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 A 0.928 0.028 0.022 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 75 L 0.906 0.034 0.025 0.018 0.002 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 76 I 0.841 0.051 0.026 0.061 0.003 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 77 A 0.824 0.046 0.066 0.027 0.017 0.007 0.006 0.002 0.002 0.003 0.001 78 R 0.635 0.051 0.062 0.187 0.012 0.022 0.015 0.002 0.011 0.001 0.001 79 M 0.463 0.099 0.170 0.189 0.018 0.029 0.010 0.002 0.015 0.004 0.001 80 D 0.456 0.059 0.210 0.077 0.028 0.089 0.034 0.005 0.034 0.008 0.001 81 E 0.943 0.004 0.008 0.034 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 82 E 0.946 0.003 0.009 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 R 0.913 0.007 0.013 0.051 0.002 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 84 K 0.902 0.016 0.027 0.033 0.003 0.005 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 85 K 0.909 0.020 0.023 0.034 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Y 0.862 0.030 0.033 0.052 0.005 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 87 V 0.883 0.036 0.023 0.033 0.003 0.010 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 88 A 0.908 0.015 0.031 0.025 0.006 0.006 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 89 S 0.804 0.036 0.028 0.101 0.013 0.008 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 90 Y 0.672 0.083 0.056 0.124 0.015 0.020 0.012 0.002 0.013 0.001 0.001 91 L 0.333 0.227 0.175 0.193 0.024 0.014 0.013 0.002 0.018 0.001 0.001 92 G 0.229 0.099 0.159 0.031 0.228 0.009 0.066 0.113 0.006 0.060 0.001 93 V 0.160 0.550 0.172 0.021 0.052 0.026 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 94 I 0.205 0.516 0.160 0.038 0.013 0.042 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 95 M 0.146 0.449 0.239 0.044 0.024 0.058 0.006 0.001 0.034 0.001 0.001 96 A 0.186 0.224 0.379 0.042 0.079 0.037 0.013 0.005 0.025 0.010 0.001 97 S 0.347 0.237 0.151 0.097 0.095 0.020 0.011 0.004 0.020 0.017 0.001 98 D 0.242 0.061 0.106 0.427 0.037 0.024 0.062 0.008 0.027 0.004 0.002 99 G 0.055 0.010 0.043 0.021 0.108 0.001 0.016 0.270 0.001 0.474 0.001 100 D 0.155 0.124 0.307 0.227 0.033 0.081 0.028 0.004 0.027 0.002 0.010 101 I 0.169 0.327 0.260 0.132 0.027 0.040 0.015 0.004 0.022 0.003 0.001 102 D 0.126 0.173 0.297 0.110 0.039 0.117 0.040 0.003 0.084 0.010 0.001 103 D 0.583 0.018 0.037 0.247 0.011 0.020 0.059 0.010 0.009 0.005 0.001 104 N 0.434 0.023 0.045 0.329 0.010 0.030 0.087 0.025 0.015 0.001 0.001 105 E 0.570 0.098 0.100 0.167 0.009 0.024 0.010 0.002 0.018 0.001 0.001 106 L 0.493 0.163 0.260 0.034 0.010 0.020 0.008 0.002 0.008 0.001 0.001 107 A 0.738 0.086 0.097 0.029 0.020 0.011 0.005 0.004 0.006 0.003 0.001 108 L 0.851 0.059 0.045 0.022 0.006 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 109 W 0.889 0.045 0.027 0.020 0.007 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 110 T 0.914 0.036 0.017 0.017 0.005 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 111 L 0.926 0.021 0.021 0.018 0.002 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 112 I 0.901 0.032 0.015 0.039 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 113 S 0.928 0.016 0.022 0.016 0.007 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 114 T 0.865 0.034 0.018 0.065 0.009 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 115 L 0.795 0.024 0.023 0.144 0.002 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 116 C 0.370 0.041 0.104 0.436 0.009 0.007 0.015 0.003 0.010 0.004 0.001 117 G 0.056 0.002 0.015 0.047 0.011 0.004 0.239 0.584 0.003 0.039 0.001 118 L 0.060 0.208 0.585 0.003 0.015 0.030 0.012 0.001 0.085 0.001 0.001 119 P 0.272 0.003 0.650 0.010 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 120 T 0.484 0.185 0.157 0.084 0.032 0.030 0.008 0.005 0.013 0.001 0.001 121 M 0.473 0.243 0.140 0.035 0.054 0.020 0.012 0.004 0.015 0.003 0.001 122 T 0.655 0.156 0.099 0.029 0.023 0.021 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 123 V 0.788 0.090 0.048 0.027 0.008 0.024 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 124 M 0.849 0.059 0.046 0.017 0.005 0.013 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 125 E 0.913 0.030 0.021 0.015 0.007 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 126 A 0.926 0.015 0.014 0.029 0.004 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 127 I 0.835 0.031 0.015 0.103 0.003 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 128 N 0.803 0.020 0.039 0.085 0.007 0.012 0.024 0.002 0.005 0.002 0.001 129 N 0.434 0.021 0.034 0.347 0.016 0.048 0.053 0.017 0.028 0.001 0.001 130 M 0.602 0.047 0.099 0.207 0.004 0.020 0.010 0.002 0.007 0.001 0.001 131 K 0.664 0.047 0.149 0.093 0.008 0.015 0.015 0.002 0.006 0.002 0.001 132 N 0.222 0.023 0.057 0.410 0.012 0.060 0.136 0.018 0.060 0.002 0.001 133 L 0.298 0.091 0.395 0.104 0.008 0.054 0.023 0.003 0.023 0.001 0.001