# TARGET T0307 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.659 0.186 0.086 0.043 0.018 0.007 0.001 2 G 0.657 0.181 0.088 0.044 0.020 0.008 0.002 3 L 0.513 0.194 0.120 0.090 0.052 0.025 0.005 4 G 0.496 0.223 0.117 0.081 0.048 0.028 0.007 5 R 0.405 0.247 0.157 0.110 0.054 0.022 0.005 6 Q 0.379 0.239 0.162 0.113 0.063 0.034 0.010 7 S 0.305 0.235 0.168 0.133 0.088 0.058 0.013 8 L 0.127 0.119 0.153 0.218 0.206 0.146 0.031 9 N 0.195 0.229 0.198 0.180 0.119 0.065 0.013 10 I 0.093 0.102 0.123 0.184 0.216 0.219 0.063 11 M 0.084 0.108 0.132 0.196 0.221 0.208 0.052 12 T 0.183 0.250 0.232 0.187 0.097 0.044 0.007 13 F 0.112 0.110 0.152 0.246 0.235 0.127 0.017 14 S 0.340 0.316 0.184 0.102 0.040 0.015 0.002 15 G 0.402 0.268 0.164 0.106 0.045 0.015 0.002 16 Q 0.482 0.291 0.136 0.064 0.020 0.005 0.001 17 E 0.281 0.298 0.208 0.134 0.060 0.017 0.001 18 L 0.072 0.074 0.118 0.242 0.291 0.186 0.016 19 T 0.161 0.260 0.262 0.195 0.088 0.031 0.003 20 A 0.213 0.211 0.180 0.171 0.128 0.084 0.013 21 I 0.113 0.102 0.112 0.179 0.228 0.224 0.041 22 I 0.072 0.079 0.128 0.217 0.251 0.212 0.041 23 K 0.165 0.225 0.217 0.184 0.118 0.072 0.018 24 M 0.128 0.126 0.146 0.203 0.202 0.161 0.034 25 A 0.129 0.115 0.125 0.172 0.197 0.215 0.047 26 K 0.237 0.224 0.189 0.158 0.108 0.066 0.019 27 S 0.339 0.254 0.172 0.123 0.067 0.035 0.009 28 M 0.201 0.179 0.175 0.188 0.147 0.092 0.019 29 V 0.223 0.194 0.172 0.177 0.135 0.081 0.017 30 M 0.330 0.227 0.171 0.143 0.084 0.038 0.007 31 A 0.482 0.231 0.134 0.095 0.042 0.014 0.002 32 D 0.571 0.247 0.102 0.054 0.020 0.006 0.001 33 G 0.461 0.258 0.155 0.088 0.029 0.008 0.001 34 K 0.513 0.297 0.119 0.051 0.015 0.004 0.001 35 I 0.157 0.130 0.165 0.237 0.203 0.098 0.011 36 K 0.342 0.296 0.187 0.107 0.046 0.019 0.003 37 P 0.327 0.261 0.180 0.132 0.070 0.027 0.004 38 A 0.344 0.221 0.166 0.146 0.082 0.036 0.005 39 E 0.314 0.270 0.189 0.126 0.067 0.030 0.004 40 I 0.164 0.119 0.144 0.201 0.197 0.149 0.027 41 A 0.179 0.179 0.171 0.184 0.153 0.111 0.021 42 V 0.193 0.171 0.165 0.174 0.145 0.117 0.035 43 M 0.158 0.118 0.134 0.191 0.195 0.169 0.035 44 T 0.255 0.192 0.152 0.148 0.127 0.101 0.026 45 R 0.339 0.219 0.176 0.138 0.077 0.039 0.011 46 E 0.383 0.252 0.159 0.106 0.059 0.035 0.007 47 F 0.282 0.144 0.127 0.161 0.150 0.111 0.024 48 M 0.186 0.136 0.129 0.168 0.180 0.163 0.038 49 R 0.276 0.224 0.177 0.149 0.098 0.060 0.015 50 F 0.172 0.131 0.132 0.181 0.186 0.153 0.044 51 G 0.207 0.171 0.167 0.178 0.144 0.109 0.025 52 I 0.143 0.115 0.132 0.172 0.186 0.194 0.058 53 L 0.112 0.106 0.124 0.197 0.234 0.194 0.033 54 Q 0.190 0.258 0.238 0.175 0.094 0.038 0.007 55 D 0.304 0.245 0.182 0.140 0.080 0.039 0.011 56 Q 0.241 0.256 0.194 0.146 0.094 0.058 0.010 57 V 0.091 0.081 0.120 0.230 0.274 0.180 0.025 58 D 0.216 0.289 0.230 0.154 0.074 0.031 0.006 59 L 0.105 0.106 0.128 0.195 0.229 0.201 0.034 60 L 0.075 0.097 0.125 0.200 0.242 0.227 0.036 61 L 0.087 0.110 0.157 0.243 0.242 0.140 0.021 62 K 0.246 0.280 0.224 0.149 0.069 0.027 0.004 63 A 0.204 0.208 0.198 0.201 0.127 0.055 0.006 64 S 0.400 0.268 0.164 0.099 0.046 0.020 0.003 65 D 0.395 0.273 0.169 0.103 0.043 0.015 0.002 66 S 0.403 0.267 0.151 0.101 0.052 0.024 0.004 67 I 0.206 0.168 0.176 0.209 0.158 0.075 0.009 68 E 0.399 0.282 0.157 0.093 0.044 0.020 0.005 69 A 0.326 0.209 0.162 0.151 0.097 0.048 0.007 70 S 0.367 0.212 0.158 0.132 0.082 0.043 0.007 71 Q 0.397 0.224 0.157 0.118 0.068 0.031 0.005 72 A 0.423 0.169 0.125 0.113 0.089 0.071 0.010 73 V 0.466 0.169 0.107 0.099 0.084 0.065 0.010 74 A 0.403 0.187 0.138 0.118 0.083 0.058 0.013 75 L 0.293 0.139 0.122 0.141 0.144 0.136 0.024 76 I 0.215 0.122 0.127 0.159 0.177 0.168 0.032 77 A 0.216 0.152 0.169 0.189 0.162 0.099 0.014 78 R 0.310 0.260 0.212 0.135 0.059 0.021 0.003 79 M 0.218 0.214 0.225 0.205 0.103 0.033 0.002 80 D 0.524 0.292 0.112 0.049 0.017 0.005 0.001 81 E 0.706 0.202 0.057 0.025 0.008 0.002 0.001 82 E 0.693 0.191 0.066 0.036 0.011 0.002 0.001 83 R 0.441 0.252 0.157 0.108 0.036 0.006 0.001 84 K 0.482 0.301 0.145 0.057 0.013 0.002 0.001 85 K 0.556 0.264 0.112 0.049 0.015 0.003 0.001 86 Y 0.254 0.164 0.180 0.202 0.140 0.058 0.004 87 V 0.236 0.163 0.148 0.160 0.156 0.123 0.015 88 A 0.297 0.183 0.156 0.152 0.116 0.079 0.017 89 S 0.296 0.173 0.144 0.144 0.123 0.093 0.027 90 Y 0.260 0.132 0.120 0.124 0.137 0.164 0.062 91 L 0.186 0.110 0.115 0.134 0.149 0.208 0.098 92 G 0.208 0.143 0.142 0.150 0.137 0.150 0.071 93 V 0.183 0.109 0.108 0.153 0.174 0.194 0.079 94 I 0.113 0.094 0.108 0.172 0.222 0.224 0.068 95 M 0.170 0.155 0.159 0.190 0.173 0.123 0.028 96 A 0.210 0.195 0.186 0.203 0.142 0.056 0.008 97 S 0.365 0.278 0.172 0.118 0.051 0.014 0.002 98 D 0.456 0.289 0.138 0.077 0.030 0.009 0.001 99 G 0.378 0.266 0.177 0.117 0.047 0.013 0.001 100 D 0.464 0.314 0.134 0.062 0.020 0.005 0.001 101 I 0.140 0.128 0.188 0.260 0.200 0.079 0.006 102 D 0.497 0.278 0.134 0.061 0.022 0.007 0.001 103 D 0.475 0.265 0.141 0.078 0.031 0.009 0.001 104 N 0.419 0.244 0.153 0.109 0.054 0.020 0.002 105 E 0.407 0.263 0.156 0.106 0.051 0.017 0.001 106 L 0.303 0.172 0.152 0.167 0.128 0.071 0.007 107 A 0.301 0.179 0.146 0.156 0.130 0.078 0.010 108 L 0.254 0.137 0.127 0.136 0.144 0.163 0.037 109 W 0.269 0.124 0.123 0.147 0.153 0.150 0.035 110 T 0.369 0.157 0.117 0.113 0.110 0.098 0.035 111 L 0.470 0.156 0.112 0.108 0.074 0.066 0.014 112 I 0.435 0.131 0.110 0.116 0.091 0.096 0.022 113 S 0.593 0.180 0.091 0.068 0.037 0.024 0.006 114 T 0.666 0.155 0.070 0.049 0.032 0.023 0.005 115 L 0.616 0.129 0.085 0.082 0.052 0.031 0.005 116 C 0.545 0.196 0.101 0.063 0.045 0.038 0.011 117 G 0.651 0.173 0.074 0.052 0.030 0.018 0.004 118 L 0.578 0.172 0.103 0.079 0.044 0.021 0.004 119 P 0.585 0.207 0.104 0.058 0.028 0.015 0.003 120 T 0.504 0.200 0.122 0.083 0.050 0.033 0.008 121 M 0.468 0.202 0.128 0.107 0.064 0.027 0.004 122 T 0.408 0.248 0.156 0.109 0.053 0.022 0.004 123 V 0.291 0.160 0.119 0.152 0.149 0.111 0.019 124 M 0.410 0.236 0.158 0.123 0.054 0.018 0.001 125 E 0.519 0.292 0.115 0.052 0.017 0.004 0.001 126 A 0.301 0.183 0.168 0.175 0.117 0.052 0.004 127 I 0.267 0.151 0.156 0.175 0.159 0.087 0.005 128 N 0.475 0.280 0.149 0.070 0.021 0.005 0.001 129 N 0.468 0.281 0.146 0.071 0.026 0.008 0.001 130 M 0.412 0.211 0.177 0.135 0.050 0.014 0.001 131 K 0.675 0.211 0.078 0.028 0.007 0.002 0.001 132 N 0.778 0.164 0.040 0.014 0.004 0.001 0.001 133 L 0.644 0.172 0.098 0.061 0.020 0.005 0.001