# TARGET T0307 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.022 0.474 0.009 0.038 0.081 0.002 0.001 0.006 0.150 0.124 0.041 0.039 2 G 0.010 0.030 0.459 0.004 0.038 0.075 0.002 0.001 0.007 0.141 0.137 0.035 0.062 3 L 0.013 0.022 0.338 0.012 0.046 0.085 0.002 0.001 0.005 0.156 0.233 0.030 0.056 4 G 0.018 0.018 0.334 0.005 0.042 0.074 0.003 0.001 0.006 0.173 0.204 0.068 0.054 5 R 0.028 0.012 0.272 0.007 0.080 0.119 0.003 0.002 0.008 0.173 0.155 0.039 0.103 6 Q 0.056 0.016 0.281 0.020 0.054 0.090 0.007 0.001 0.012 0.162 0.095 0.123 0.082 7 S 0.080 0.021 0.252 0.024 0.045 0.049 0.014 0.002 0.020 0.073 0.057 0.070 0.293 8 L 0.094 0.014 0.263 0.067 0.031 0.060 0.016 0.004 0.027 0.073 0.038 0.155 0.159 9 N 0.102 0.013 0.230 0.051 0.025 0.050 0.015 0.004 0.032 0.066 0.035 0.205 0.172 10 I 0.163 0.008 0.130 0.023 0.025 0.071 0.036 0.011 0.052 0.033 0.023 0.050 0.375 11 M 0.249 0.016 0.089 0.033 0.009 0.040 0.046 0.009 0.047 0.027 0.019 0.320 0.095 12 T 0.128 0.013 0.206 0.006 0.007 0.026 0.031 0.008 0.038 0.032 0.025 0.055 0.425 13 F 0.058 0.013 0.327 0.011 0.011 0.050 0.012 0.004 0.020 0.095 0.076 0.232 0.093 14 S 0.005 0.009 0.248 0.007 0.014 0.065 0.001 0.001 0.004 0.171 0.418 0.025 0.033 15 G 0.002 0.001 0.177 0.003 0.014 0.068 0.001 0.001 0.001 0.291 0.429 0.003 0.011 16 Q 0.007 0.010 0.297 0.001 0.015 0.352 0.002 0.001 0.004 0.151 0.083 0.061 0.016 17 E 0.014 0.033 0.199 0.001 0.016 0.482 0.005 0.002 0.010 0.034 0.021 0.010 0.174 18 L 0.012 0.003 0.064 0.019 0.014 0.824 0.004 0.001 0.005 0.008 0.011 0.019 0.016 19 T 0.019 0.001 0.036 0.014 0.009 0.856 0.005 0.003 0.005 0.009 0.009 0.016 0.018 20 A 0.037 0.001 0.018 0.001 0.006 0.845 0.012 0.003 0.010 0.007 0.005 0.023 0.033 21 I 0.043 0.001 0.013 0.003 0.003 0.863 0.014 0.003 0.006 0.003 0.004 0.018 0.025 22 I 0.064 0.001 0.014 0.009 0.004 0.837 0.011 0.003 0.004 0.005 0.008 0.023 0.017 23 K 0.069 0.001 0.020 0.002 0.005 0.786 0.013 0.002 0.005 0.009 0.019 0.038 0.032 24 M 0.049 0.002 0.038 0.002 0.010 0.762 0.009 0.001 0.004 0.015 0.047 0.026 0.036 25 A 0.029 0.004 0.085 0.005 0.017 0.693 0.004 0.001 0.006 0.031 0.071 0.019 0.036 26 K 0.017 0.002 0.074 0.013 0.031 0.636 0.002 0.001 0.005 0.064 0.098 0.028 0.030 27 S 0.034 0.003 0.108 0.017 0.047 0.514 0.004 0.002 0.009 0.061 0.079 0.050 0.074 28 M 0.082 0.005 0.094 0.006 0.036 0.487 0.010 0.004 0.020 0.036 0.037 0.066 0.117 29 V 0.155 0.024 0.069 0.005 0.013 0.315 0.025 0.008 0.041 0.021 0.032 0.132 0.158 30 M 0.103 0.014 0.184 0.014 0.021 0.250 0.019 0.015 0.036 0.033 0.066 0.046 0.199 31 A 0.062 0.015 0.170 0.008 0.024 0.178 0.010 0.003 0.013 0.083 0.214 0.161 0.059 32 D 0.002 0.002 0.081 0.007 0.014 0.040 0.001 0.001 0.001 0.091 0.746 0.005 0.011 33 G 0.002 0.001 0.143 0.008 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.268 0.554 0.008 0.006 34 K 0.012 0.028 0.527 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.005 0.178 0.049 0.087 0.103 35 I 0.022 0.097 0.415 0.001 0.002 0.006 0.007 0.001 0.009 0.123 0.016 0.058 0.242 36 K 0.004 0.015 0.799 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.048 0.004 0.083 0.032 37 P 0.004 0.007 0.508 0.008 0.056 0.127 0.002 0.001 0.003 0.068 0.070 0.004 0.144 38 A 0.008 0.003 0.211 0.043 0.141 0.339 0.003 0.001 0.005 0.069 0.106 0.058 0.014 39 E 0.018 0.005 0.119 0.011 0.153 0.429 0.006 0.001 0.012 0.071 0.037 0.033 0.105 40 I 0.027 0.004 0.114 0.021 0.052 0.552 0.010 0.004 0.031 0.031 0.016 0.034 0.102 41 A 0.078 0.006 0.078 0.048 0.015 0.454 0.032 0.013 0.057 0.016 0.022 0.108 0.074 42 V 0.107 0.006 0.071 0.006 0.012 0.418 0.039 0.016 0.055 0.022 0.029 0.055 0.165 43 M 0.108 0.008 0.145 0.009 0.007 0.344 0.032 0.007 0.042 0.036 0.023 0.151 0.087 44 T 0.050 0.010 0.186 0.006 0.010 0.456 0.009 0.003 0.021 0.040 0.024 0.038 0.147 45 R 0.011 0.001 0.035 0.003 0.013 0.853 0.001 0.001 0.002 0.023 0.027 0.017 0.012 46 E 0.016 0.002 0.035 0.003 0.020 0.824 0.002 0.001 0.003 0.017 0.036 0.020 0.022 47 F 0.022 0.002 0.031 0.003 0.023 0.818 0.004 0.001 0.006 0.016 0.030 0.010 0.035 48 M 0.036 0.005 0.048 0.008 0.015 0.765 0.005 0.002 0.013 0.020 0.030 0.028 0.026 49 R 0.052 0.005 0.061 0.006 0.016 0.664 0.012 0.004 0.018 0.023 0.052 0.031 0.054 50 F 0.028 0.003 0.071 0.009 0.019 0.608 0.007 0.004 0.011 0.054 0.131 0.020 0.034 51 G 0.043 0.006 0.122 0.003 0.024 0.419 0.007 0.003 0.011 0.058 0.218 0.056 0.030 52 I 0.047 0.021 0.180 0.002 0.027 0.407 0.011 0.004 0.015 0.052 0.079 0.035 0.120 53 L 0.039 0.013 0.178 0.012 0.038 0.420 0.007 0.004 0.018 0.050 0.088 0.060 0.072 54 Q 0.019 0.003 0.090 0.010 0.052 0.559 0.003 0.003 0.006 0.074 0.125 0.020 0.035 55 D 0.011 0.002 0.091 0.003 0.033 0.627 0.002 0.002 0.005 0.070 0.111 0.021 0.021 56 Q 0.012 0.004 0.069 0.002 0.036 0.740 0.004 0.002 0.008 0.025 0.056 0.012 0.030 57 V 0.026 0.005 0.059 0.010 0.019 0.745 0.006 0.003 0.019 0.017 0.019 0.027 0.044 58 D 0.053 0.002 0.055 0.060 0.024 0.631 0.009 0.005 0.017 0.028 0.020 0.053 0.044 59 L 0.107 0.003 0.036 0.006 0.024 0.585 0.026 0.011 0.034 0.019 0.019 0.049 0.083 60 L 0.115 0.005 0.039 0.005 0.014 0.573 0.040 0.022 0.032 0.014 0.027 0.053 0.060 61 L 0.127 0.011 0.067 0.008 0.011 0.467 0.031 0.020 0.030 0.033 0.047 0.079 0.069 62 K 0.064 0.010 0.147 0.010 0.014 0.413 0.014 0.010 0.023 0.063 0.089 0.053 0.090 63 A 0.013 0.009 0.183 0.005 0.030 0.411 0.003 0.002 0.010 0.092 0.190 0.021 0.032 64 S 0.003 0.004 0.192 0.006 0.043 0.311 0.001 0.001 0.004 0.142 0.276 0.007 0.012 65 D 0.002 0.004 0.179 0.006 0.053 0.244 0.001 0.001 0.004 0.211 0.277 0.011 0.009 66 S 0.006 0.011 0.241 0.002 0.055 0.344 0.003 0.002 0.013 0.109 0.157 0.011 0.046 67 I 0.016 0.018 0.212 0.002 0.033 0.425 0.006 0.004 0.021 0.099 0.064 0.071 0.031 68 E 0.014 0.016 0.306 0.003 0.028 0.417 0.004 0.004 0.017 0.042 0.050 0.020 0.077 69 A 0.008 0.004 0.111 0.007 0.042 0.655 0.003 0.003 0.008 0.036 0.089 0.014 0.019 70 S 0.004 0.001 0.066 0.004 0.022 0.772 0.001 0.002 0.003 0.040 0.069 0.007 0.008 71 Q 0.006 0.002 0.052 0.002 0.015 0.839 0.002 0.001 0.004 0.030 0.028 0.011 0.011 72 A 0.010 0.002 0.030 0.001 0.007 0.884 0.004 0.001 0.007 0.007 0.010 0.008 0.029 73 V 0.023 0.001 0.017 0.009 0.005 0.885 0.006 0.004 0.010 0.005 0.007 0.016 0.012 74 A 0.039 0.001 0.017 0.002 0.005 0.857 0.010 0.005 0.012 0.005 0.007 0.020 0.020 75 L 0.046 0.001 0.019 0.001 0.006 0.825 0.015 0.004 0.015 0.006 0.009 0.027 0.026 76 I 0.065 0.002 0.024 0.004 0.007 0.793 0.013 0.005 0.008 0.007 0.017 0.022 0.033 77 A 0.073 0.002 0.030 0.005 0.013 0.715 0.010 0.002 0.006 0.022 0.053 0.038 0.032 78 R 0.030 0.003 0.067 0.001 0.017 0.693 0.004 0.001 0.004 0.032 0.092 0.027 0.031 79 M 0.011 0.006 0.205 0.001 0.012 0.587 0.001 0.001 0.003 0.067 0.069 0.012 0.025 80 D 0.001 0.003 0.247 0.001 0.009 0.657 0.001 0.001 0.001 0.035 0.032 0.003 0.012 81 E 0.001 0.001 0.013 0.001 0.013 0.933 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.001 0.001 82 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 83 R 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.001 0.001 84 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.002 85 K 0.001 0.001 0.022 0.001 0.004 0.923 0.001 0.001 0.004 0.015 0.022 0.003 0.003 86 Y 0.002 0.003 0.026 0.001 0.005 0.925 0.001 0.001 0.004 0.009 0.018 0.002 0.006 87 V 0.004 0.003 0.028 0.002 0.008 0.906 0.002 0.001 0.005 0.008 0.018 0.005 0.009 88 A 0.005 0.001 0.033 0.003 0.024 0.858 0.001 0.001 0.003 0.014 0.034 0.011 0.011 89 S 0.019 0.002 0.039 0.003 0.041 0.720 0.004 0.003 0.011 0.032 0.090 0.017 0.019 90 Y 0.055 0.005 0.051 0.002 0.059 0.555 0.009 0.003 0.014 0.032 0.148 0.025 0.043 91 L 0.050 0.008 0.161 0.044 0.034 0.334 0.011 0.005 0.035 0.087 0.111 0.026 0.094 92 G 0.083 0.003 0.109 0.077 0.048 0.189 0.012 0.006 0.025 0.096 0.089 0.210 0.053 93 V 0.180 0.004 0.071 0.005 0.034 0.188 0.038 0.021 0.061 0.032 0.022 0.043 0.299 94 I 0.269 0.012 0.048 0.005 0.013 0.132 0.067 0.038 0.083 0.013 0.012 0.212 0.096 95 M 0.208 0.025 0.095 0.020 0.007 0.072 0.065 0.036 0.107 0.024 0.027 0.076 0.236 96 A 0.071 0.012 0.321 0.042 0.011 0.035 0.016 0.014 0.053 0.080 0.091 0.129 0.125 97 S 0.010 0.009 0.347 0.018 0.022 0.018 0.002 0.001 0.015 0.230 0.233 0.036 0.058 98 D 0.003 0.006 0.262 0.020 0.024 0.009 0.001 0.001 0.003 0.281 0.358 0.013 0.021 99 G 0.003 0.012 0.321 0.005 0.013 0.005 0.001 0.001 0.003 0.403 0.188 0.026 0.021 100 D 0.007 0.048 0.574 0.001 0.007 0.006 0.002 0.001 0.011 0.154 0.052 0.037 0.099 101 I 0.014 0.104 0.349 0.002 0.026 0.040 0.003 0.001 0.007 0.198 0.138 0.028 0.089 102 D 0.004 0.022 0.536 0.002 0.026 0.056 0.001 0.001 0.003 0.143 0.139 0.036 0.032 103 D 0.001 0.003 0.065 0.002 0.120 0.227 0.001 0.001 0.001 0.087 0.487 0.002 0.006 104 N 0.001 0.002 0.047 0.001 0.077 0.308 0.001 0.001 0.001 0.081 0.477 0.002 0.003 105 E 0.003 0.004 0.069 0.001 0.054 0.720 0.001 0.001 0.003 0.057 0.066 0.007 0.013 106 L 0.008 0.006 0.047 0.002 0.015 0.840 0.002 0.002 0.004 0.022 0.027 0.005 0.020 107 A 0.020 0.005 0.039 0.002 0.007 0.857 0.006 0.003 0.006 0.007 0.016 0.017 0.015 108 L 0.022 0.002 0.019 0.002 0.006 0.897 0.005 0.001 0.004 0.006 0.010 0.008 0.018 109 W 0.014 0.001 0.025 0.003 0.007 0.905 0.003 0.001 0.002 0.009 0.008 0.011 0.012 110 T 0.023 0.001 0.014 0.001 0.004 0.903 0.004 0.001 0.002 0.005 0.010 0.017 0.015 111 L 0.010 0.001 0.007 0.001 0.004 0.944 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 0.005 0.009 112 I 0.007 0.001 0.009 0.001 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.002 0.007 113 S 0.003 0.001 0.007 0.001 0.017 0.916 0.001 0.001 0.001 0.009 0.040 0.003 0.003 114 T 0.002 0.001 0.011 0.001 0.038 0.858 0.001 0.001 0.001 0.009 0.073 0.001 0.005 115 L 0.005 0.005 0.043 0.001 0.056 0.681 0.001 0.001 0.002 0.033 0.159 0.006 0.009 116 C 0.002 0.008 0.123 0.001 0.027 0.352 0.001 0.001 0.002 0.095 0.375 0.005 0.007 117 G 0.002 0.011 0.193 0.002 0.022 0.102 0.001 0.001 0.002 0.272 0.382 0.003 0.009 118 L 0.001 0.008 0.470 0.001 0.008 0.039 0.001 0.001 0.003 0.421 0.036 0.010 0.005 119 P 0.001 0.013 0.553 0.004 0.033 0.076 0.001 0.001 0.004 0.131 0.163 0.002 0.019 120 T 0.007 0.019 0.298 0.005 0.053 0.308 0.003 0.002 0.019 0.091 0.149 0.016 0.030 121 M 0.014 0.013 0.113 0.002 0.037 0.639 0.006 0.004 0.021 0.057 0.038 0.030 0.026 122 T 0.023 0.010 0.098 0.001 0.017 0.704 0.008 0.005 0.028 0.016 0.015 0.027 0.048 123 V 0.025 0.003 0.025 0.003 0.015 0.851 0.006 0.003 0.010 0.006 0.011 0.013 0.028 124 M 0.020 0.002 0.027 0.014 0.023 0.856 0.004 0.002 0.005 0.007 0.013 0.012 0.015 125 E 0.025 0.002 0.022 0.003 0.040 0.812 0.005 0.001 0.006 0.012 0.027 0.026 0.020 126 A 0.015 0.004 0.025 0.001 0.040 0.835 0.003 0.001 0.004 0.009 0.030 0.008 0.024 127 I 0.008 0.006 0.049 0.004 0.055 0.776 0.001 0.001 0.005 0.018 0.056 0.007 0.013 128 N 0.003 0.004 0.031 0.002 0.082 0.623 0.001 0.001 0.001 0.030 0.209 0.007 0.008 129 N 0.003 0.002 0.043 0.001 0.104 0.486 0.001 0.001 0.001 0.043 0.308 0.003 0.006 130 M 0.003 0.008 0.216 0.001 0.167 0.345 0.001 0.001 0.001 0.092 0.148 0.005 0.013 131 K 0.002 0.011 0.187 0.001 0.108 0.261 0.001 0.001 0.002 0.103 0.305 0.009 0.011 132 N 0.003 0.010 0.410 0.002 0.061 0.144 0.001 0.001 0.002 0.065 0.278 0.005 0.019 133 L 0.001 0.003 0.911 0.001 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.053 0.007 0.003 0.004