# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0307/T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.056 0.099 0.147 0.011 0.032 0.008 0.230 0.008 0.004 0.040 0.042 0.128 0.003 0.143 0.011 2 G 0.012 0.016 0.039 0.048 0.151 0.060 0.116 0.006 0.075 0.099 0.033 0.033 0.069 0.129 0.003 0.113 3 L 0.174 0.068 0.068 0.111 0.005 0.018 0.008 0.233 0.004 0.002 0.039 0.039 0.076 0.002 0.147 0.007 4 G 0.009 0.036 0.112 0.097 0.008 0.097 0.010 0.011 0.131 0.164 0.033 0.066 0.102 0.005 0.004 0.115 5 R 0.350 0.050 0.067 0.142 0.014 0.070 0.016 0.009 0.005 0.003 0.088 0.051 0.114 0.004 0.007 0.009 6 Q 0.013 0.146 0.235 0.226 0.004 0.063 0.005 0.019 0.007 0.004 0.052 0.103 0.098 0.002 0.009 0.013 7 S 0.023 0.094 0.143 0.317 0.021 0.123 0.025 0.004 0.012 0.004 0.021 0.050 0.120 0.009 0.005 0.029 8 L 0.031 0.071 0.230 0.410 0.003 0.054 0.005 0.020 0.003 0.001 0.045 0.017 0.089 0.002 0.012 0.008 9 N 0.009 0.106 0.176 0.453 0.003 0.081 0.003 0.005 0.011 0.006 0.012 0.040 0.071 0.001 0.003 0.020 10 I 0.039 0.028 0.088 0.608 0.008 0.049 0.004 0.004 0.003 0.001 0.060 0.009 0.084 0.003 0.002 0.010 11 M 0.007 0.072 0.255 0.523 0.014 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 0.009 0.021 0.046 0.002 0.003 0.007 12 T 0.012 0.030 0.078 0.545 0.053 0.155 0.010 0.008 0.004 0.004 0.008 0.008 0.066 0.003 0.003 0.013 13 F 0.009 0.041 0.052 0.136 0.464 0.068 0.081 0.012 0.002 0.006 0.051 0.007 0.024 0.039 0.002 0.007 14 S 0.006 0.065 0.014 0.053 0.006 0.167 0.002 0.487 0.005 0.007 0.040 0.050 0.030 0.001 0.063 0.003 15 G 0.007 0.023 0.014 0.025 0.003 0.076 0.002 0.008 0.146 0.124 0.359 0.059 0.092 0.001 0.002 0.058 16 Q 0.157 0.046 0.019 0.025 0.001 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.096 0.522 0.113 0.001 0.002 0.003 17 E 0.008 0.015 0.097 0.027 0.001 0.073 0.002 0.001 0.002 0.002 0.037 0.186 0.538 0.001 0.001 0.010 18 L 0.001 0.004 0.011 0.010 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.050 0.796 0.001 0.001 0.001 19 T 0.001 0.021 0.004 0.019 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.151 0.776 0.001 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 22 I 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 23 K 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.002 24 M 0.001 0.004 0.003 0.008 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.938 0.007 0.002 0.015 25 A 0.001 0.005 0.013 0.006 0.001 0.015 0.011 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.888 0.013 0.020 0.009 26 K 0.002 0.028 0.022 0.014 0.001 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.022 0.012 0.808 0.012 0.023 0.039 27 S 0.019 0.021 0.032 0.056 0.001 0.011 0.005 0.001 0.004 0.001 0.013 0.038 0.715 0.005 0.017 0.061 28 M 0.029 0.012 0.206 0.042 0.001 0.011 0.013 0.001 0.002 0.001 0.016 0.010 0.583 0.008 0.006 0.059 29 V 0.010 0.048 0.140 0.198 0.006 0.042 0.020 0.003 0.001 0.001 0.014 0.026 0.468 0.005 0.005 0.013 30 M 0.007 0.042 0.067 0.174 0.103 0.173 0.045 0.007 0.003 0.002 0.011 0.016 0.300 0.022 0.006 0.024 31 A 0.005 0.019 0.025 0.048 0.225 0.029 0.152 0.038 0.003 0.003 0.077 0.007 0.063 0.283 0.013 0.009 32 D 0.005 0.107 0.032 0.044 0.002 0.016 0.010 0.163 0.015 0.006 0.011 0.034 0.039 0.005 0.495 0.016 33 G 0.048 0.017 0.041 0.062 0.001 0.014 0.008 0.005 0.166 0.092 0.041 0.016 0.056 0.004 0.009 0.421 34 K 0.656 0.052 0.156 0.070 0.001 0.004 0.005 0.001 0.004 0.001 0.004 0.012 0.010 0.001 0.002 0.021 35 I 0.020 0.024 0.606 0.320 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 36 K 0.005 0.022 0.085 0.270 0.014 0.583 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 37 P 0.003 0.053 0.007 0.128 0.003 0.289 0.001 0.011 0.001 0.001 0.490 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 38 A 0.002 0.300 0.021 0.175 0.001 0.023 0.001 0.004 0.009 0.001 0.034 0.419 0.010 0.001 0.001 0.001 39 E 0.013 0.027 0.149 0.518 0.001 0.037 0.001 0.003 0.003 0.001 0.034 0.051 0.154 0.001 0.002 0.007 40 I 0.006 0.012 0.421 0.251 0.002 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.044 0.014 0.201 0.001 0.001 0.004 41 A 0.002 0.027 0.055 0.610 0.004 0.035 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 0.016 0.208 0.001 0.001 0.003 42 V 0.002 0.034 0.016 0.594 0.006 0.078 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.240 0.001 0.001 0.004 43 M 0.003 0.052 0.040 0.494 0.015 0.130 0.007 0.004 0.001 0.002 0.016 0.012 0.207 0.003 0.001 0.012 44 T 0.004 0.032 0.019 0.114 0.008 0.433 0.003 0.015 0.001 0.002 0.085 0.027 0.247 0.002 0.005 0.003 45 R 0.002 0.049 0.012 0.045 0.003 0.071 0.003 0.006 0.003 0.002 0.383 0.072 0.340 0.003 0.002 0.005 46 E 0.006 0.079 0.010 0.048 0.001 0.018 0.004 0.002 0.003 0.001 0.035 0.329 0.449 0.003 0.006 0.007 47 F 0.004 0.011 0.058 0.034 0.002 0.011 0.018 0.001 0.001 0.001 0.011 0.027 0.787 0.004 0.006 0.026 48 M 0.004 0.022 0.091 0.059 0.002 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 0.010 0.024 0.731 0.001 0.005 0.011 49 R 0.009 0.025 0.032 0.097 0.063 0.052 0.064 0.006 0.002 0.002 0.026 0.013 0.306 0.274 0.004 0.027 50 F 0.009 0.028 0.070 0.130 0.002 0.015 0.005 0.102 0.003 0.001 0.023 0.017 0.250 0.004 0.330 0.010 51 G 0.007 0.016 0.061 0.113 0.003 0.036 0.006 0.003 0.046 0.045 0.030 0.023 0.368 0.003 0.004 0.234 52 I 0.312 0.029 0.036 0.121 0.009 0.049 0.012 0.003 0.001 0.001 0.037 0.062 0.307 0.005 0.002 0.011 53 L 0.006 0.067 0.130 0.085 0.027 0.145 0.022 0.015 0.002 0.002 0.059 0.071 0.326 0.019 0.011 0.012 54 Q 0.007 0.055 0.059 0.105 0.016 0.102 0.026 0.030 0.007 0.006 0.085 0.059 0.383 0.012 0.032 0.019 55 D 0.013 0.061 0.031 0.078 0.002 0.081 0.004 0.016 0.010 0.011 0.117 0.121 0.413 0.001 0.018 0.022 56 Q 0.043 0.057 0.062 0.057 0.003 0.031 0.008 0.003 0.013 0.004 0.112 0.106 0.410 0.011 0.004 0.074 57 V 0.018 0.015 0.074 0.035 0.001 0.092 0.006 0.003 0.001 0.001 0.030 0.126 0.587 0.002 0.007 0.003 58 D 0.003 0.088 0.060 0.069 0.001 0.040 0.005 0.002 0.002 0.001 0.020 0.061 0.628 0.001 0.004 0.016 59 L 0.006 0.011 0.013 0.162 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.060 0.032 0.663 0.002 0.003 0.009 60 L 0.006 0.022 0.199 0.101 0.004 0.013 0.022 0.001 0.001 0.001 0.013 0.031 0.541 0.020 0.005 0.021 61 L 0.005 0.026 0.092 0.279 0.004 0.025 0.023 0.005 0.001 0.001 0.006 0.014 0.471 0.008 0.022 0.020 62 K 0.007 0.050 0.117 0.176 0.016 0.118 0.034 0.006 0.004 0.004 0.012 0.007 0.315 0.017 0.009 0.110 63 A 0.035 0.080 0.102 0.124 0.026 0.128 0.055 0.021 0.003 0.005 0.113 0.021 0.206 0.030 0.020 0.029 64 S 0.014 0.113 0.083 0.049 0.007 0.242 0.018 0.032 0.007 0.008 0.110 0.104 0.147 0.009 0.038 0.018 65 D 0.033 0.195 0.053 0.056 0.001 0.040 0.005 0.012 0.021 0.006 0.205 0.119 0.164 0.004 0.017 0.069 66 S 0.105 0.067 0.126 0.062 0.002 0.056 0.014 0.002 0.014 0.003 0.058 0.214 0.214 0.006 0.007 0.050 67 I 0.021 0.028 0.406 0.055 0.002 0.037 0.013 0.003 0.001 0.001 0.055 0.056 0.306 0.001 0.005 0.010 68 E 0.006 0.069 0.064 0.089 0.008 0.172 0.011 0.005 0.003 0.003 0.033 0.112 0.407 0.003 0.002 0.014 69 A 0.006 0.019 0.022 0.051 0.005 0.108 0.008 0.007 0.002 0.001 0.164 0.043 0.551 0.004 0.005 0.006 70 S 0.003 0.051 0.046 0.040 0.001 0.037 0.004 0.006 0.003 0.002 0.069 0.212 0.506 0.001 0.009 0.010 71 Q 0.008 0.015 0.023 0.045 0.001 0.021 0.001 0.002 0.003 0.001 0.053 0.064 0.741 0.001 0.003 0.018 72 A 0.006 0.010 0.035 0.022 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.022 0.051 0.811 0.001 0.001 0.005 73 V 0.001 0.017 0.025 0.034 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.033 0.849 0.001 0.001 0.002 74 A 0.001 0.010 0.014 0.127 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.799 0.001 0.001 0.004 75 L 0.001 0.004 0.009 0.064 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.875 0.002 0.001 0.003 76 I 0.001 0.014 0.030 0.099 0.003 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.771 0.015 0.006 0.008 77 A 0.002 0.025 0.029 0.143 0.002 0.023 0.010 0.004 0.001 0.001 0.010 0.014 0.686 0.005 0.022 0.023 78 R 0.014 0.047 0.071 0.140 0.008 0.047 0.022 0.004 0.005 0.003 0.012 0.008 0.361 0.033 0.010 0.214 79 M 0.045 0.084 0.194 0.162 0.005 0.060 0.021 0.016 0.002 0.003 0.039 0.020 0.265 0.010 0.043 0.032 80 D 0.005 0.014 0.020 0.009 0.002 0.641 0.004 0.005 0.002 0.005 0.043 0.034 0.203 0.002 0.004 0.008 81 E 0.004 0.017 0.003 0.004 0.001 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.784 0.044 0.121 0.003 0.001 0.003 82 E 0.003 0.028 0.009 0.005 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.768 0.145 0.004 0.008 0.004 83 R 0.002 0.003 0.039 0.004 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.864 0.002 0.013 0.025 84 K 0.004 0.005 0.027 0.005 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.035 0.028 0.847 0.002 0.003 0.016 85 K 0.009 0.015 0.021 0.019 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.057 0.800 0.001 0.003 0.008 86 Y 0.003 0.006 0.019 0.018 0.001 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.012 0.060 0.840 0.002 0.001 0.009 87 V 0.001 0.010 0.018 0.012 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.902 0.001 0.001 0.002 88 A 0.001 0.016 0.012 0.032 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.873 0.001 0.002 0.004 89 S 0.002 0.011 0.011 0.038 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.877 0.001 0.003 0.007 90 Y 0.005 0.009 0.026 0.023 0.033 0.023 0.071 0.001 0.001 0.001 0.027 0.008 0.364 0.377 0.003 0.029 91 L 0.005 0.046 0.059 0.045 0.001 0.013 0.004 0.066 0.001 0.001 0.010 0.028 0.298 0.002 0.418 0.004 92 G 0.004 0.016 0.054 0.112 0.001 0.012 0.002 0.002 0.042 0.015 0.017 0.008 0.287 0.003 0.004 0.423 93 V 0.414 0.013 0.084 0.222 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.207 0.002 0.002 0.011 94 I 0.005 0.033 0.458 0.331 0.005 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.099 0.003 0.003 0.009 95 M 0.002 0.045 0.049 0.663 0.027 0.114 0.011 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.063 0.002 0.002 0.007 96 A 0.007 0.070 0.051 0.349 0.154 0.238 0.018 0.011 0.003 0.004 0.024 0.009 0.045 0.007 0.002 0.008 97 S 0.006 0.069 0.031 0.084 0.289 0.104 0.096 0.050 0.005 0.008 0.108 0.026 0.024 0.086 0.009 0.006 98 D 0.008 0.204 0.040 0.085 0.006 0.029 0.008 0.218 0.032 0.007 0.042 0.043 0.026 0.005 0.224 0.022 99 G 0.050 0.055 0.092 0.106 0.003 0.012 0.011 0.009 0.205 0.090 0.026 0.037 0.032 0.003 0.012 0.256 100 D 0.472 0.023 0.109 0.049 0.011 0.188 0.015 0.004 0.005 0.005 0.019 0.044 0.036 0.002 0.004 0.014 101 I 0.020 0.094 0.244 0.077 0.068 0.059 0.029 0.023 0.002 0.004 0.276 0.039 0.044 0.010 0.004 0.009 102 D 0.008 0.057 0.021 0.044 0.062 0.295 0.019 0.075 0.011 0.011 0.036 0.264 0.048 0.020 0.024 0.005 103 D 0.007 0.025 0.024 0.018 0.003 0.050 0.006 0.067 0.022 0.021 0.424 0.042 0.210 0.003 0.051 0.029 104 N 0.037 0.047 0.021 0.015 0.001 0.024 0.002 0.004 0.039 0.012 0.074 0.526 0.144 0.001 0.009 0.044 105 E 0.158 0.013 0.089 0.014 0.001 0.029 0.008 0.001 0.004 0.001 0.052 0.122 0.466 0.005 0.004 0.034 106 L 0.009 0.026 0.264 0.026 0.001 0.030 0.004 0.002 0.001 0.001 0.036 0.098 0.494 0.001 0.004 0.006 107 A 0.002 0.021 0.040 0.062 0.001 0.044 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.040 0.749 0.001 0.001 0.007 108 L 0.001 0.010 0.012 0.050 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.030 0.837 0.001 0.001 0.001 109 W 0.001 0.008 0.026 0.091 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.031 0.810 0.001 0.001 0.003 110 T 0.001 0.003 0.005 0.062 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.872 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.016 0.006 0.044 0.001 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.016 0.859 0.002 0.001 0.004 112 I 0.001 0.024 0.009 0.065 0.001 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.826 0.003 0.004 0.004 113 S 0.001 0.013 0.010 0.038 0.001 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.873 0.002 0.005 0.011 114 T 0.007 0.014 0.016 0.036 0.007 0.022 0.013 0.002 0.002 0.001 0.022 0.013 0.763 0.028 0.009 0.046 115 L 0.004 0.005 0.014 0.006 0.050 0.005 0.146 0.002 0.001 0.001 0.010 0.007 0.116 0.613 0.010 0.009 116 C 0.003 0.015 0.025 0.013 0.002 0.005 0.010 0.125 0.003 0.001 0.005 0.008 0.122 0.005 0.639 0.019 117 G 0.010 0.014 0.020 0.017 0.001 0.003 0.008 0.002 0.093 0.046 0.006 0.005 0.067 0.006 0.004 0.697 118 L 0.741 0.009 0.072 0.031 0.002 0.018 0.013 0.002 0.001 0.002 0.010 0.020 0.064 0.002 0.005 0.008 119 P 0.019 0.088 0.324 0.074 0.004 0.174 0.008 0.017 0.003 0.008 0.075 0.064 0.121 0.002 0.005 0.013 120 T 0.017 0.131 0.035 0.233 0.002 0.119 0.002 0.006 0.011 0.003 0.133 0.131 0.161 0.001 0.003 0.011 121 M 0.016 0.033 0.112 0.229 0.001 0.040 0.001 0.001 0.002 0.001 0.114 0.146 0.297 0.001 0.001 0.005 122 T 0.005 0.012 0.042 0.113 0.001 0.141 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.152 0.497 0.001 0.001 0.002 123 V 0.001 0.009 0.005 0.042 0.001 0.079 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.040 0.714 0.001 0.001 0.001 124 M 0.001 0.012 0.004 0.036 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.100 0.808 0.001 0.001 0.001 125 E 0.001 0.002 0.001 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 126 A 0.001 0.003 0.004 0.010 0.002 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.915 0.019 0.002 0.014 127 I 0.001 0.003 0.011 0.008 0.006 0.008 0.050 0.003 0.001 0.001 0.012 0.008 0.743 0.105 0.034 0.006 128 N 0.001 0.010 0.013 0.009 0.001 0.008 0.008 0.023 0.002 0.001 0.012 0.011 0.708 0.017 0.127 0.048 129 N 0.018 0.009 0.011 0.011 0.001 0.007 0.010 0.002 0.018 0.006 0.014 0.017 0.557 0.031 0.016 0.272 130 M 0.062 0.006 0.065 0.006 0.009 0.016 0.112 0.002 0.001 0.001 0.034 0.025 0.546 0.069 0.019 0.026 131 K 0.011 0.077 0.178 0.028 0.003 0.012 0.020 0.050 0.003 0.001 0.032 0.045 0.362 0.020 0.119 0.039 132 N 0.018 0.017 0.036 0.032 0.038 0.086 0.105 0.005 0.036 0.023 0.019 0.049 0.299 0.098 0.015 0.124 133 L 0.049 0.054 0.153 0.031 0.012 0.021 0.075 0.045 0.003 0.002 0.144 0.029 0.251 0.021 0.088 0.023