# TARGET T0307 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0307.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.036 0.029 0.004 0.031 0.030 0.051 0.127 0.006 0.002 0.031 0.654 2 G 0.095 0.044 0.002 0.019 0.035 0.058 0.107 0.007 0.001 0.049 0.584 3 L 0.051 0.011 0.003 0.027 0.050 0.065 0.121 0.005 0.001 0.077 0.590 4 G 0.044 0.045 0.002 0.041 0.037 0.087 0.122 0.005 0.001 0.065 0.550 5 R 0.065 0.027 0.004 0.050 0.055 0.076 0.126 0.004 0.001 0.082 0.509 6 Q 0.017 0.038 0.003 0.087 0.117 0.192 0.106 0.005 0.001 0.061 0.374 7 S 0.035 0.044 0.002 0.066 0.120 0.220 0.086 0.007 0.001 0.066 0.355 8 L 0.014 0.021 0.002 0.109 0.157 0.184 0.078 0.003 0.001 0.070 0.359 9 N 0.011 0.030 0.002 0.129 0.158 0.350 0.056 0.004 0.001 0.091 0.169 10 I 0.027 0.010 0.003 0.102 0.155 0.218 0.058 0.002 0.001 0.106 0.317 11 M 0.009 0.008 0.005 0.173 0.199 0.210 0.077 0.002 0.003 0.054 0.260 12 T 0.088 0.030 0.004 0.051 0.089 0.147 0.090 0.005 0.003 0.071 0.424 13 F 0.165 0.035 0.005 0.033 0.042 0.053 0.092 0.012 0.003 0.091 0.468 14 S 0.078 0.132 0.002 0.015 0.011 0.026 0.100 0.011 0.001 0.051 0.572 15 G 0.086 0.060 0.009 0.020 0.011 0.021 0.094 0.003 0.003 0.219 0.474 16 Q 0.021 0.348 0.003 0.016 0.051 0.047 0.074 0.009 0.001 0.107 0.322 17 E 0.048 0.586 0.003 0.006 0.012 0.018 0.032 0.006 0.001 0.040 0.248 18 L 0.006 0.843 0.002 0.009 0.016 0.018 0.013 0.002 0.001 0.021 0.070 19 T 0.009 0.858 0.001 0.005 0.008 0.015 0.012 0.002 0.001 0.022 0.068 20 A 0.003 0.928 0.002 0.005 0.010 0.007 0.005 0.002 0.001 0.009 0.029 21 I 0.007 0.945 0.002 0.002 0.005 0.007 0.004 0.004 0.001 0.007 0.018 22 I 0.026 0.813 0.004 0.004 0.006 0.006 0.008 0.004 0.001 0.080 0.046 23 K 0.048 0.223 0.036 0.014 0.011 0.010 0.035 0.006 0.016 0.481 0.120 24 M 0.130 0.378 0.032 0.013 0.008 0.011 0.062 0.024 0.013 0.174 0.154 25 A 0.155 0.225 0.021 0.019 0.011 0.019 0.067 0.020 0.012 0.053 0.397 26 K 0.075 0.197 0.004 0.016 0.011 0.024 0.082 0.006 0.002 0.036 0.547 27 S 0.033 0.102 0.002 0.022 0.026 0.092 0.087 0.005 0.001 0.069 0.561 28 M 0.040 0.069 0.020 0.042 0.036 0.100 0.104 0.004 0.006 0.114 0.465 29 V 0.067 0.047 0.043 0.052 0.062 0.125 0.093 0.006 0.019 0.081 0.406 30 M 0.363 0.021 0.008 0.013 0.016 0.033 0.047 0.008 0.007 0.047 0.437 31 A 0.373 0.013 0.001 0.010 0.007 0.013 0.052 0.010 0.001 0.038 0.480 32 D 0.030 0.009 0.001 0.009 0.005 0.020 0.080 0.005 0.001 0.021 0.821 33 G 0.012 0.002 0.001 0.013 0.030 0.051 0.091 0.001 0.001 0.021 0.779 34 K 0.005 0.002 0.001 0.024 0.149 0.105 0.092 0.001 0.001 0.022 0.598 35 I 0.006 0.008 0.001 0.020 0.045 0.027 0.078 0.001 0.001 0.015 0.799 36 K 0.190 0.152 0.002 0.024 0.061 0.042 0.108 0.035 0.001 0.070 0.317 37 P 0.138 0.359 0.003 0.020 0.004 0.006 0.065 0.005 0.001 0.041 0.357 38 A 0.035 0.398 0.004 0.044 0.032 0.061 0.058 0.007 0.001 0.027 0.334 39 E 0.047 0.423 0.003 0.049 0.041 0.072 0.047 0.005 0.001 0.049 0.263 40 I 0.029 0.105 0.004 0.060 0.128 0.079 0.051 0.004 0.001 0.368 0.172 41 A 0.027 0.432 0.005 0.073 0.054 0.061 0.048 0.007 0.001 0.081 0.212 42 V 0.075 0.341 0.011 0.042 0.049 0.055 0.050 0.008 0.004 0.063 0.302 43 M 0.023 0.549 0.009 0.039 0.030 0.039 0.044 0.009 0.003 0.029 0.226 44 T 0.032 0.812 0.001 0.003 0.006 0.010 0.015 0.007 0.001 0.008 0.106 45 R 0.062 0.691 0.012 0.009 0.010 0.014 0.019 0.021 0.003 0.038 0.121 46 E 0.062 0.593 0.008 0.011 0.010 0.016 0.036 0.007 0.004 0.071 0.183 47 F 0.099 0.277 0.052 0.017 0.012 0.017 0.063 0.011 0.018 0.155 0.279 48 M 0.182 0.311 0.012 0.022 0.015 0.014 0.074 0.021 0.004 0.070 0.274 49 R 0.102 0.357 0.004 0.018 0.009 0.017 0.066 0.009 0.002 0.035 0.380 50 F 0.053 0.256 0.005 0.022 0.013 0.028 0.088 0.010 0.002 0.026 0.497 51 G 0.063 0.272 0.006 0.025 0.022 0.048 0.083 0.011 0.002 0.072 0.396 52 I 0.085 0.353 0.013 0.017 0.019 0.028 0.078 0.009 0.005 0.062 0.331 53 L 0.118 0.479 0.006 0.017 0.009 0.014 0.044 0.009 0.003 0.036 0.265 54 Q 0.088 0.540 0.005 0.012 0.008 0.012 0.041 0.007 0.002 0.037 0.250 55 D 0.030 0.678 0.003 0.014 0.008 0.013 0.034 0.005 0.001 0.023 0.192 56 Q 0.021 0.826 0.006 0.008 0.006 0.009 0.016 0.005 0.001 0.013 0.088 57 V 0.036 0.780 0.003 0.009 0.017 0.018 0.020 0.008 0.001 0.018 0.092 58 D 0.043 0.697 0.005 0.016 0.016 0.027 0.024 0.008 0.002 0.044 0.119 59 L 0.071 0.479 0.008 0.031 0.023 0.029 0.053 0.011 0.002 0.072 0.220 60 L 0.089 0.206 0.023 0.058 0.035 0.061 0.086 0.009 0.009 0.134 0.289 61 L 0.071 0.135 0.015 0.047 0.027 0.042 0.097 0.006 0.006 0.080 0.473 62 K 0.149 0.105 0.010 0.027 0.021 0.034 0.092 0.009 0.007 0.075 0.471 63 A 0.111 0.194 0.005 0.015 0.009 0.015 0.083 0.010 0.002 0.044 0.512 64 S 0.088 0.221 0.003 0.010 0.009 0.017 0.072 0.010 0.001 0.033 0.535 65 D 0.076 0.289 0.004 0.017 0.010 0.021 0.075 0.013 0.001 0.060 0.434 66 S 0.092 0.132 0.007 0.018 0.012 0.018 0.072 0.005 0.002 0.235 0.408 67 I 0.048 0.338 0.007 0.021 0.014 0.016 0.065 0.007 0.002 0.141 0.342 68 E 0.090 0.576 0.004 0.007 0.005 0.008 0.037 0.008 0.001 0.046 0.217 69 A 0.037 0.676 0.005 0.011 0.004 0.007 0.030 0.006 0.002 0.043 0.178 70 S 0.026 0.801 0.001 0.004 0.004 0.008 0.021 0.004 0.001 0.021 0.110 71 Q 0.018 0.868 0.003 0.004 0.004 0.006 0.012 0.003 0.001 0.022 0.058 72 A 0.014 0.895 0.003 0.004 0.005 0.007 0.011 0.005 0.001 0.012 0.043 73 V 0.036 0.839 0.002 0.007 0.007 0.010 0.013 0.004 0.001 0.023 0.057 74 A 0.031 0.714 0.012 0.021 0.013 0.015 0.029 0.007 0.003 0.052 0.105 75 L 0.096 0.514 0.013 0.029 0.018 0.025 0.057 0.018 0.004 0.072 0.154 76 I 0.125 0.324 0.010 0.042 0.026 0.045 0.070 0.015 0.005 0.097 0.243 77 A 0.072 0.164 0.007 0.030 0.021 0.036 0.105 0.004 0.003 0.048 0.509 78 R 0.046 0.164 0.010 0.028 0.028 0.042 0.103 0.004 0.004 0.050 0.520 79 M 0.031 0.391 0.005 0.010 0.009 0.014 0.058 0.009 0.002 0.024 0.447 80 D 0.079 0.786 0.002 0.002 0.002 0.003 0.013 0.008 0.001 0.018 0.087 81 E 0.050 0.815 0.007 0.002 0.001 0.001 0.011 0.003 0.002 0.026 0.083 82 E 0.029 0.844 0.002 0.002 0.002 0.003 0.013 0.003 0.001 0.018 0.083 83 R 0.024 0.899 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.005 0.001 0.010 0.047 84 K 0.030 0.888 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.013 0.050 85 K 0.017 0.403 0.005 0.010 0.005 0.006 0.025 0.002 0.001 0.403 0.123 86 Y 0.023 0.528 0.015 0.006 0.005 0.009 0.033 0.010 0.003 0.239 0.130 87 V 0.092 0.596 0.019 0.007 0.004 0.007 0.024 0.019 0.005 0.099 0.128 88 A 0.121 0.124 0.069 0.020 0.008 0.018 0.069 0.009 0.036 0.171 0.356 89 S 0.114 0.094 0.003 0.014 0.011 0.035 0.112 0.007 0.003 0.078 0.529 90 Y 0.081 0.076 0.008 0.028 0.013 0.038 0.127 0.012 0.004 0.094 0.519 91 L 0.031 0.048 0.006 0.061 0.034 0.073 0.195 0.007 0.002 0.073 0.470 92 G 0.009 0.020 0.001 0.088 0.050 0.182 0.113 0.003 0.001 0.133 0.399 93 V 0.011 0.008 0.002 0.119 0.114 0.169 0.086 0.001 0.001 0.152 0.336 94 I 0.004 0.003 0.003 0.275 0.123 0.248 0.064 0.001 0.001 0.102 0.176 95 M 0.019 0.003 0.006 0.161 0.144 0.281 0.051 0.002 0.003 0.138 0.192 96 A 0.101 0.005 0.003 0.119 0.052 0.107 0.091 0.008 0.004 0.106 0.405 97 S 0.388 0.008 0.001 0.026 0.015 0.022 0.069 0.007 0.001 0.072 0.390 98 D 0.032 0.003 0.001 0.013 0.006 0.014 0.108 0.002 0.001 0.026 0.795 99 G 0.003 0.001 0.001 0.014 0.016 0.038 0.142 0.003 0.001 0.015 0.768 100 D 0.143 0.020 0.002 0.024 0.035 0.030 0.113 0.002 0.001 0.065 0.564 101 I 0.028 0.021 0.002 0.016 0.017 0.017 0.127 0.003 0.001 0.048 0.721 102 D 0.079 0.269 0.001 0.006 0.008 0.012 0.100 0.008 0.001 0.026 0.490 103 D 0.122 0.634 0.003 0.005 0.003 0.004 0.041 0.007 0.001 0.035 0.147 104 N 0.031 0.811 0.001 0.002 0.003 0.005 0.023 0.004 0.001 0.022 0.097 105 E 0.031 0.821 0.001 0.003 0.006 0.011 0.015 0.002 0.001 0.026 0.082 106 L 0.024 0.449 0.002 0.011 0.026 0.028 0.035 0.002 0.001 0.328 0.093 107 A 0.009 0.798 0.002 0.009 0.016 0.022 0.021 0.003 0.001 0.057 0.064 108 L 0.023 0.857 0.004 0.007 0.009 0.015 0.011 0.006 0.001 0.014 0.055 109 W 0.035 0.382 0.004 0.021 0.020 0.033 0.022 0.003 0.001 0.391 0.088 110 T 0.011 0.205 0.006 0.012 0.019 0.026 0.032 0.003 0.002 0.564 0.121 111 L 0.052 0.506 0.022 0.013 0.018 0.027 0.040 0.027 0.004 0.121 0.171 112 I 0.093 0.391 0.046 0.025 0.017 0.023 0.045 0.017 0.021 0.071 0.252 113 S 0.131 0.101 0.020 0.016 0.016 0.025 0.110 0.009 0.016 0.073 0.482 114 T 0.205 0.073 0.004 0.015 0.008 0.019 0.085 0.024 0.004 0.062 0.501 115 L 0.290 0.024 0.007 0.017 0.004 0.009 0.112 0.010 0.005 0.057 0.467 116 C 0.024 0.002 0.002 0.029 0.009 0.020 0.166 0.001 0.001 0.033 0.712 117 G 0.012 0.026 0.001 0.019 0.006 0.013 0.126 0.002 0.001 0.029 0.766 118 L 0.118 0.033 0.003 0.025 0.024 0.014 0.172 0.013 0.001 0.220 0.377 119 P 0.020 0.307 0.003 0.036 0.013 0.023 0.110 0.008 0.001 0.105 0.373 120 T 0.029 0.652 0.001 0.009 0.011 0.024 0.028 0.005 0.001 0.020 0.221 121 M 0.011 0.720 0.004 0.026 0.017 0.018 0.021 0.004 0.001 0.021 0.157 122 T 0.005 0.925 0.001 0.005 0.006 0.007 0.007 0.002 0.001 0.010 0.033 123 V 0.019 0.925 0.002 0.003 0.003 0.003 0.004 0.010 0.001 0.006 0.025 124 M 0.049 0.438 0.004 0.015 0.007 0.006 0.016 0.007 0.001 0.379 0.077 125 E 0.022 0.291 0.031 0.010 0.005 0.006 0.040 0.005 0.013 0.463 0.114 126 A 0.100 0.431 0.040 0.010 0.007 0.010 0.058 0.032 0.013 0.091 0.207 127 I 0.205 0.210 0.063 0.010 0.007 0.011 0.045 0.022 0.038 0.074 0.315 128 N 0.112 0.070 0.004 0.007 0.005 0.013 0.096 0.005 0.003 0.038 0.647 129 N 0.110 0.052 0.006 0.009 0.003 0.013 0.069 0.010 0.003 0.057 0.668 130 M 0.216 0.020 0.011 0.010 0.003 0.007 0.098 0.006 0.003 0.055 0.570 131 K 0.047 0.007 0.001 0.014 0.007 0.014 0.086 0.002 0.001 0.022 0.800 132 N 0.027 0.010 0.001 0.012 0.006 0.010 0.098 0.001 0.001 0.022 0.813 133 L 0.030 0.005 0.001 0.020 0.026 0.024 0.162 0.017 0.001 0.047 0.667